С праздником!

Я добился публикации своей статьи

Ну как добился. Точнее это была единственная возможность видимо. Она без doi, без номера, без pdf...

Это, конечно, грустно. За 2 года ее не хотели нигде принимать в зарубежных и наших журналах с ответом "это неинтересно". Действительно, такая ведь частая патология...

Полный текст доступен по кнопке "XML (RUS)", скачается word документ статьи. Кому интересно можете ознакомиться, как я выкручивался в месте, где нет никаких условий

Надеюсь, что редакция все же допилят свой журнал, и статья выйдет в нормальном варианте. Но пока имеем, что имеем

- ВЫ ПИЛИ НАЗНАЧЕННЫЕ ТАБЛЕТКИ? - НЕТ

Продолжим тему инструментальных переменных (1 часть здесь).

К вам пришел пациент, вы его послушали, осмотрели. Затем назначили обследование и, возможно, лечение. Вы уверены, что он будет следовать вашим рекомендациям? Или что у него не возникнет ситуация, когда он не сможет явиться на обследование или принимать лечение?

При чтении литературы по методу инструментальных переменных обращает на себя внимание разделение участников по нескольким категориям [1, 2]:
🔹 compliers (послушники)
🔹 defiers (не послушники)
🔹 always-takers (всегда за)
🔹 never-takers (всегда против)

Мы введем некоторые обозначения для удобства:
Z - назначено лечение (0 - нет, 1 - да)
T - получает лечение (0 - нет, 1 - да)

📍Compliers - субъекты, которые строго следуют предписанному вмешательству. Если им скажут, что надо принимать лечение (Z = 1), то они будут его принимать (T = 1). Если скажут не принимать, не будут (Z = T = 0).

📍Defiers - субъекты, которые ведут себя наоборот, против назначения. Если скажут лечиться (Z = 1), то они не будут (T = 0). Соответственно в обратной ситуации тоже (Z = 0, а T = 1)

📍Always-takers - субъекты, которые вне зависимости от предписания всегда будут получать вмешательство. Скажут лечиться (Z = 1) или не лечиться (Z = 0), они будут лечиться (T = 1).

📍Never-takers - субъекты, которые вне зависимости от предписания всегда не будут получать вмешательство (т.е. наоборот от always-takers). Скажут лечиться (Z = 1) или не лечиться (Z = 0), они не будут лечиться (T = 0).

Можно почитать примеры на котиках в статье Бориса Соколова и посмотреть пример выявления compliers и расчета LATE от A. Heiss).

Нам бы хотелось, чтобы compliers было большинство (и обычно это так, иначе что-то идёт не по плану). В действительности, в группе назначенного лечения мы не знаем, кто относится к compliers, а кто к always-takers. Аналогичная ситуация с группой контроля, туда примешиваются never-takers к compliers (рис. 1 из публикации, в ней же вариант как решить проблему, и рис. 2 таблицы из публикации).


❗На данный момент может показаться, что это награмождение теории без идентификации проблемы. Но давайте вспомним 1 пост про инструментальные переменные.

Мы хотим оценить причинную ассоциацию в виде ATE. Возможно спутывающих ассоциаций много, все учесть не выйдет (т.е. ATE не доступен). Но если у нас есть возможность использовать инструментальную переменную, то мы можем оценить LATE-IV. И я в 1 части писал, что это средний эффект лечения среди "послушных". Т.е. инструментальная переменная нам даёт результат сравнения между compliers (в группе контроля Z = T = 0 и в группе лечения Z = T = 1). Введу оговорку, что в неРКИ переменную "назначено лечение" не получится использовать как инструмент, т.к. не соблюдаются предположения.

И это же интересный результат! Если при соблюдении назначения мы не выявим эффект, то стоит ли использовать такое лечение в реальной практике (где 100% комплаенса нет)? Вопрос открытый...

Здесь конечно нужно четко понимать, что означает назначение лечения и факт лечения (назначили курс = прошел курс или назначали лекарство = пропил хотя бы 1 месяц это лекарство). На мой взгляд, если это не определить заранее, то будет нарушение предположения SUTVA [3, 4].

В качестве мотивации можно почитать как применение данного подхода смогло довести до Нобелевской премии.

При прочтении поста могло сложиться впечатление, что это похоже на анализ per protocol в РКИ (те кто соблюдал протокол). Но о применении IV в РКИ я буду рассуждать в следующем раз.

@Ebm_base

Помню, в прошлом году на Российском онкологическом конгрессе Анастасия Данилова задала мне вопрос "Никита, а как в используете ИИ?"
Шутка про "мемы делаю" была не шутка. Но даже за это время немного изменилось мое взаимодействие.
Иногда я через него правлю или прошу сделать какой-то элемент кода, который я потом разбираю.
Все чаще в проектах я использую его для монотонной ручной работы (названия чанков (блоков кода), нумерация и названия таблиц/рисунков, при внесение правок в уже готовый отчёт сопоставление результатов кода и текста, проверка работоспособности кода при рендере, поиск грамматических и орфографических ошибок).
Так же какую-то бюрократическую работу я перекидываю на LLM (особенно учитывая, что меня посадили заниматься этой хернёй без моего желания). Инструменты становятся доступнее и удобнее, главное понимать их границы, нести ответственность за окончательный результат. Не нужно скидывать на него процесс мышления

Журнальный клуб существует уже почти 6 лет. Почти непрерывно, т.е. не в формате курсов или отдельных потоков. Пройдя отбор, участник может участвовать сколько хочет долго (при соблюдении правил). При этом это полностью бесплатно. А так же всем участникам доступны записи всех предыдущих занятий, дополнительный материалы, записанные лекции (хоть и старые уже). Сколько это требует ресурсов (временных и моральных в основном) даже нет смысла рассказывать. На данный момент я не встречал подобные и настолько долгоживущие журнальные клубы, как минимум вне ВУЗ'ов (возможно я не прав, буду рад если поделитесь).

Но уже более 4 лет я пытаюсь опубликовать свой опыт по журнальному клубу. Текст много раз переписывался, результаты дополнялись, теория пересматривалась. Подавал в журналы с бесплатной и платной (open access) публикацией. В большинстве случаев я получал "reject" от редактора, потому что "не интересно"/"не соответствует тематике журнала"/"не актуально" и прочее. Несколько раз редакторы и рецензенты присылали замечания (и они помогали дополнять статью), но в итоге все равно получал "reject".
Я не хочу переводить и публиковать статью в российском журнале, потому что считаю важным (для себя важным) поделиться им достаточно широко (международно). Но я и устал биться в стену.
В комментах к прошлой статье напомнили, что можно было выложить препринт. И получив очередной "reject" я решил, что это пока лучшее решение для распространения моей публикации.

И вот получил письмо, что препринт размещен, вместе с дополнительными материалами (полностью доступен бесплатно, продублирую текст в комментарии). Я буду рад, если вы прочитаете, расскажете свое впечатление, укажите, что можно ещё поправить (особенно на самом Medrxiv, там можно комментарий оставить) или хотя бы поделитесь, чтобы и другие коллеги увидели, прочитали и оставили впечатление. Мне это важно.

Я продолжу дальше стучаться в разные журналы (надеюсь не попаду на счёт из 3 тыс зелёных). озможно когда-нибудь я смогу с гордостью опубликовать пост, что статья вышла в хорошем журнале, где ее прочитает ещё больше людей...

P.S. в тексте статьи и доп материалах даже есть тесты, которые проходят кандидаты для вступления в ЖК, а участники как срез знаний 😉

P.P.S. в материалах так же расписана вся организация ЖК 😉

P.P.P.S. отдельное спасибо хочу выразить Матвею Славенко. С последней редакцией его взгляд со стороны очень сильно помог (ну и морально поддержал)

@Ebm_base

в рамках подготовки снова делаю мемы)
Предложения и критика приветствуются)

Коллеги из института биоинформатики начали публиковать материалы, чтобы уменьшить количество мифов о биостатистике (также можно сослаться для ответу рецензенту) 🎉
Очень рекомендую ознакомиться с первой публикацией и поддержать авторов! 🔥
Так же вы можете слова благодарности и поддержки написать здесь (знаю, что коллеги читают) или в группе инициатора (в ней же можно задавать свои вопросы, всегда ответят) 🔥

Не очень я хотел когда-либо подобное писать... Но ситуация и ответственность за семью для меня важнее некоторых принципов.

Если у вас есть потребность в биостатистике, то я могу предложить свое участие в вашем проекте.

С чем я могу помочь:
- анализ данных (статистический анализ). Уровень разный, зависит от задачи (от простых тестов до сложных моделей)
- методология исследований (консультация, протокол, сопровождение). Тут многое зависит от специальности, но при взаимной работе с клиницистом это возможно.
- планирование исследования (план статистического анализа). Продумывание, обоснование, альтернативы и т.д.
- выступление (лекция, мастер-класс и т.п.) по интересующей теме из методологии КИ или биостатистики. Обсуждаемо, темы на ваш выбор, зависит от количества людей, потребности в практике и т.д. Для СПб возможно очно, остальные онлайн.

Если что-то из этого для вас актуально (или ваших знакомых), то можете написать в ЛС @Nik_Burlov. Отвечу на все вопросы, обсудим вместе все нюансы.