Сэнку Исигами и его соратники из «Царства Науки» выходят на финишную прямую в своей миссии по возрождению человечества. После завершения строительства космического корабля герои отправляются на Луну. Там их ждёт встреча с таинственным Вопрошателем, существом, ответственным за окаменение Земли тысячи лет назад.

Когда Аянокодзи и его одноклассники начинают второй год обучения в Высшей школе развития, их сразу же встречает новая череда сложных экзаменов — и появление необычных первокурсников. Им придётся быстро найти общий язык, ведь первое специальное испытание объединяет студентов первого и второго курсов в команды для письменного теста.

Однако условия оказываются крайне жёсткими: если команда покажет плохой результат, отчисление грозит только ученикам второго года. Ситуация становится ещё напряжённее, когда выясняется, что среди новичков может скрываться человек из Белой комнаты.

Теперь Аянокодзи предстоит не только избежать исключения, но и вычислить таинственного противника, который действует из тени.