Последние апдейты по омикрону — в сводке генетика Дмитрия Прусса:

«Хваленая система тестирования Дании захлебнулась под напором Омикрона. За понедельник у них уже 14 тысяч положительных тестов (за вторник еще только начали обрабатывать), и они больше не могут сообщать каждому положительному пациенту, Омикрон ли это. Будут теперь тестировать выборочно, для общей статистики. По имеющимся данным, в целом по национальной системе тестирования они перевалили за 50% Омикрона 18 декабря, а в лабораториях отделов клинической микробиологии ведущих госпиталей - еще 14-го. Так что, похоже, более тяжелые случаи Ковида преимущественно шли от Омикрона, а не от Дельты 🙁 Рабочих рук у них теперь тоже не хватает и более подробные отчеты теперь будут приходить нерегулярно.

В Лондоне рост госпитализаций тоже ускорился, хотя там Омикрон доминирует уже 9-й день и, значит, новые госпитализации - из-за Омикрона.

Нью-Йорк. Омикрон начал обгонять дельту две недели назад и сильно взлетел на прошлой неделе. Выявленные случаи удвоились за прошлую неделю, а за последнюю неделю утроились. И угадайте, что? Уже на ЭТОЙ неделе госпитализации выросли вдвое, что указывает на недельное отставание. А еще указывает на то, что Омикрон ничем не лучше дельты. Фактически же, поскольку Омикрон сейчас поражает в основном молодых и хорошо привитых, чем Дельта, можно предположить, что он даже несколько хуже для пожилых и непривитых.

Теперь о потенциально хороших новостях: спад волны в провинции Гаутенг ЮАР по-прежнему подтверждается. Рост госпитализаций там также замедлился, причем за сегодня число госпитализированных выросло всего на 20 человек».

Первые хорошие новости из Великобритании. Вышло исследование Имперского колледжа Лондона от группы Нила Фергюсона, и это исследование показывает, что риск госпитализации при омикроне заметно ниже, чем при дельте: пациенты с омикроном попадали в больницу на 40−45% реже, чем с дельтой. Я подготовил пересказ исследования и его выводов и разобрал, что всё это значит.

Спойлер: нет, такое снижение рисков не делает омикрон «живой вакциной» и не превращает его в пятый сезонный коронавирус и в безобидную простуду. Почему так — здесь.

Даже в случае лёгкого течения, которое не приводит к госпитализации, омикрон не сулит ничего хорошего. И Нью-Йорк (как и Лондон) наглядно это показывает.

Последнюю неделю Нью-Йорк заполнен многочасовыми очередями на тесты: люди ждут на холоде от 1 до 4 часов.

И омикрон на себе ощущают самые разные отрасли — от общественного транспорта до развлекательных шоу.

• Бродвей отменяет десятки шоу из-за болезни актёров: так, только 23 декабря прошло всего 16 шоу вместо запланированных 33 — меньше половины.

• Свои шоу отменяет и Cirque du Soleil.

• Из-за омикрона закрываются рестораны — также из-за массовой заболеваемости среди персонала. Те, кто продолжает работать, теряют деньги из-за массовых отмен бронирований (от 15 до 60%) и отказов от корпоративов.

• Страдает и профессиональный спорт: в НХЛ, НБА и НФЛ — массовые болезни, карантины и переносы игры.

• Омикрон ударил и по общественному транспорту: болеют машинисты, водители и другие сотрудники.

Отдельный разговор — это школы и дети. Уже сейчас в школах по всему городу отсутствует 35% учащихся. Местами школьникам приходится обедать в своих классах — не хватает персонала, чтобы следить за столовыми.

Особенно заметен рост среди детских госпитализаций: их число выросло в 4 раза за две недели. То же мы наблюдаем и в Англии, где госпитализации детей бьют рекорды за всю эпидемию (как в возрасте 0-5 лет, так и в возрасте 6-17).

«Риски ковида для детей реальны», — предупреждает Мэри Т. Бассетт, и.о. комиссара здравоохранения штата. — Мы предупреждаем жителей Нью-Йорка об этом значительном увеличении числа госпитализации с ковидом среди детей, чтобы педиатры, родители и опекуны могли принять срочные меры для защиты самых юных жителей Нью-Йорка».

Тем временем больницы в Нью-Йорке и в США вообще прекращают лечение моноклональными антителами — большинство из них против омикрона неэффективны. А сотровимаб, единственный препарат, который остаётся эффективен, уже в дефиците и заканчивается в больницах.

А CDC выпустил новое руководство для медработников: теперь из-за нехватки кадров сроки изоляции для больных сокращаются до 7 дней. CDC заявляет, что при необходимости сроки можно сократить ещё больше.

В Нью-Йорке пошли дальше: из-за взрывной заболеваемости, которая может «существенно повлиять на критически важные службы, включая здравоохранение, которое уже испытывает острую нехватку кадров», здесь выпустили новое постановление. В городе разрешили выходить на работу сотрудникам десятков отраслей уже через 5 дней изоляции (отсчёт начинается от первых симптомов или от первого положительного теста). В списке «критически важных» встречаются, например, рефлексотерапевты и хиропрактики, сотрудники общепита, помощники по переезду и др.

Город отчаянно пытается жить «нормальной жизнью» и делать вид, будто ничего не происходит, но чем дальше — тем хуже это выходит.

С госпитализациями в Нью-Йорке, впрочем, всё тоже нехорошо ⬇️

Нехороший рост госпитализаций в Нью-Йорке: почти ×3 за последнюю неделю. И растут они с ускорением.

Последние данные доступны на 23 декабря. Если смотреть скользящее среднее, то новые поступления уже в 2 раза превысили пик летней дельта-волны и достигли 60% от максимумов прошлой зимы, когда полностью привито в Нью-Йорке было всего 2% населения (сегодня 71,5%). И если прошлой зимой аналогичный рост занял 33 дня, то сейчас на это ушло всего 2 недели.

Нагрузка на больницы пока заметно ниже, чем в две первые волны. Пациентов в больницах и в реанимациях в Нью-Йорке сейчас в 2,2−2,4 раза меньше, чем на пике прошлой зимы. Проблема в одном: мы не знаем, каковы пределы у этой волны и сколько продлится нынешний рост, особенно с таким ускорением. Другая проблема — это пациенты в ОРИТ: их доля сопоставима с прошлыми волнами, а темпы растут — только за последнюю неделю занятый реанимационный фонд вырос на 53%.

С 12 по 18 декабря, по оценкам CDC, в штате Нью-Йорк омикрон занимал 92%. За неделю до этого речь шла про 13%.

Случайно выявленный ковид или госпитализации из-за ковида?

Во время сильной вспышки неизбежен рост инцидентного ковида, когда вирус обнаруживают случайно, при рутинном тестировании, у тех, кого госпитализировали по другим причинам. И такие случаи важно отделять от госпитализаций непосредственно из-за ковида.

Помнится, из ЮАР были сообщения о том, что большинство поступлений (76%) в больницах Тшване, первого эпицентра омикрона, было связано с инцидентным ковидом. Данные южноафриканского минздрава, правда, говорили об обратном — о том, что на инцидентный ковид в Тшване приходилось всего 9%. А что видно по другим странам?

Такая статистика доступна по Англии. Для наглядности — про Лондон, где омикрон стал доминировать раньше.

Что видно?

• Доля «случайного» ковида выросла, но не так серьёзно, как можно было бы ожидать. Сейчас на него приходится почти четверть госпитализаций — никак не большинство.

• Доля «случайного» ковида устойчиво растёт. Ещё в конце ноября-начале декабря, при дельте, его доля составляла 16−18% (остальные были госпитализированы с ковидом как основным диагнозом). 11 декабря начинается устойчивый рост госпитализаций с ковидом-как-случайной-находкой. По последним доступным данным, на 21 декабря в лондонских больницах NHS на таких пациентов приходилось 23,5%.

• Число занятых коек со «случайным» ковидом растёт быстрее, чем число госпитализаций из-за ковида вообще. Как долго это продлится — пока вопрос.

Отдельный вопрос — каков вклад в такое распределение молодых возрастных групп (а именно они сейчас в авангарде нынешней омикронной волны, хотя с середины декабря начался быстрый рост и среди 60+). Очевидно, что молодые будут реже попадать в больницы непосредственно из-за ковида, а вот при госпитализации по другим причинам коронавирус будет встречаться чаще, что может дать завышенный процент «случайного» ковида.

Так было, например, во время летней дельта-волны, когда по мере смещения заболеваемости к старшим возрастам уменьшалась и доля «случайных» госпитализаций (от 22 до 16%).

Отдельный вопрос — как отделить «случайный» ковид от нозокомиального, когда заражение происходит непосредственно в больнице. И чем чревата внутрибольничная вспышка мягонького омикрона в стационаре среди групп риска — но это также пока вопрос открытый (впрочем вопрос, на мой взгляд, скорее риторический).

Графики ниже ⬇️

Республика Конго борется с четвёртой волной коронавируса, которая угрожает оказать большее давление на систему здравоохранения, чем когда-то либо. Коечный фонд в республике стремительно заполняется.

Конго является одной из наименее вакцинированных стран в мире. Прививочной кампании в республике помешали не только территориальные особенности, но и масштабное распространение фейков о вакцинации.

Госпитализации в Нью-Йорке пробили максимум прошлой зимней волны. Рекорд и по суточным госпитализациям, и по их скользящему среднему.

Только за неделю среднее число новых госпитализаций выросло в 2,5 раза, за две недели — в 3,7. Сейчас в больницы попадает почти в 4 раза больше людей, чем на пике летней дельта-волны.

Растёт нагрузка на больницы: занятый коечный фонд достиг 71% от пика прошлой зимы и втрое превысил пик дельта-волны. Пациентов в больницах за неделю стало больше на 110%, в реанимациях — на 69%.

Прохождения пика пока не видно: позитивность в NYC достигла 33%: каждый третий тест положительный. В очереди уже 179 тыс. тестов — до сих пор не готовы многие тесты, взятые 4-5 дней назад.

В больницах ограничили посещения из-за роста заболеваемости. Закрываются десятки клиник из-за нехватки персонала. 6000 полицейских (17%) отсутствуют по болезни. Apple закрывает все свои магазины из-за роста заболеваемости. И в свете этого решение CDC сократить срок изоляции до 5 дней вместо 10 выглядит вынужденным.

Учёные из Онтарио выпустили коротенький препринт с первыми оценками тяжести омикрона. И хотя выборка там скромная, исследование подтверждает первые выводы англичан, шотландцев и южноафриканцев: омикрон, по-видимому, реже приводит к госпитализации.

По канадским оценкам, скорректированный риск госпитализации для омикрона ниже на 54% (95% ДИ 0,27−0,77) по сравнению с дельтой.

• Выборка омикрона: 6314 случаев, 21 госпитализация. Выборка дельты: 8875 случаев, 116 госпитализаций. Период наблюдения — от 22 ноября до 17 декабря.

• Авторы сопоставили случаи по возрасту (±5 лет), полу и дате начала болезни (±7 дней). Также сделали корректировку по статусу и давности вакцинации.

• Для группы 60+ риск госпитализации оценивается на 45% ниже по сравнению с дельтой (95% ДИ 0,28−1,06), для группы младше 60 — на 70% ниже (95% ДИ 0,16−0,57).

• Из интересного: в группе заболевших дельтой на непривитых и частично привитых приходилось 50,1% случаев, в группе заболевших омикроном — всего 20,7%. Полностью привитых заболевших в дельта-группе — 48,5%, в омикрон-группе — 76,9%. С бустерами — от 1,3% для дельты до 2,4% для омикрона.

• На заметку: полностью привитых в Онтарио — 81% населения, а публичный дашборд Онтарио показывает, как и это исследование, снижение эффективности вакцин против симптоматического течения практически до нуля. С бустерами ясности нет (но ранние британские данные, а теперь и датские, показывают эффективность бустеров против симптоматического ковида как минимум в первые недели).

Вернёмся к исследованию. Какие у него ограничения:
1. Короткий период наблюдения.

2. Малая выборка и широкие доверительные интервалы. Поэтому стоит помнить, что все оценки предварительные и основаны на неполных данных — как и в случае с другими аналогичными исследованиями.

3. Нет разбивки по привитым, наивным непривитым и ранее болевшим (а как показывает английское исследование, это может сильно влиять на итоговые оценки). Вместе с тем, оценка в 54% сделана с поправкой на вакцинацию.

4. Есть вероятность неправильной классификации больных из-за рутинного тестирования при госпитализациях.

«Хотя омикрон может показывать меньшую степень тяжести, абсолютное количество госпитализаций и нагрузка на систему здравоохранения могут быть значительными из-за его повышенной трансмиссивности, — пишут авторы.

Обнадёживает, что канадские оценки близки к оценкам Имперского колледжа: там был рассчитан риск госпитализации на 40−45% ниже без корректировки на неучтённые реинфекции и на 0−30% ниже с такой корректировкой.

Снижение тяжести и риска госпитализации на 40-50% — отличные новости. Но почему это не означает ни скорого конца эпидемии, ни превращения коронавируса в обычную простуду — я писал в разборе английского исследования неделю назад. Почитайте, если ещё не.

@dragan_covid

Омикрон вроде как мягче, и он реже приводит на больничную койку — но почему-то там, где он распространяется, быстро взлетают детские госпитализации и за считанные недели поднимаются до рекордных уровней. Это происходит в США, это происходит в Англии, это происходит во Франции.

В тексте по ссылке (увы, совсем не новогоднем) разбираюсь со статистикой детских госпитализаций разных стран и с исследованиями, которые, возможно, объясняют, такой рост и возможные риски для детей.

Почти 9 тысяч прекрасных подписчиков — кажется, неплохой итог для канала, который был создан всего полтора месяца назад, ещё и на такую узкую тему, как ковид.

Спасибо, что подписываетесь сами и советуете другим. Спасибо, что читаете, делитесь, откликаетесь. За комментарии, замечания, благодарности и бурные споры. Меня очень греет, что удалось собрать столько неглупых и сознательных людей в одном месте, причём без вложений в рекламу и продвижение. Это потрясающе.

Если мои тексты кажутся вам интересными, а то, о чём я пишу, приносит пользу, — буду рад, если вы поделитесь моим каналом с кем-то ещё. Это для меня главный подарок.

В моём канале нет и пока не будет рекламы, и я не собираюсь его в какой-то момент перепродавать или начинать зарабатывать на каких-нибудь БАДах, как почему-то кто-то считает. От изучения ковида и эпидемии я не получаю ничего, ни с кем не аффилирован и не преследую никаких интересов. Мой единственный интерес — это эпидемия и коронавирус, и всё, что с этим связано. Порой я бываю предвзят, но это моя персональная предвзятость и мои личные убеждения: я и правда считаю, что в отношении эпидемии слишком много было и остаётся неоправданного оптимизма, который стоил здоровья и жизней большого количества людей.

Надеюсь, главным итогом 2022 года станет закрытие этого канала — просто оттого что он станет не нужен. Пусть SARS-CoV-2 превратится в неопасный эндемичный вирус, омикрон окажется последним VOC'ом, и бесконечные вспышки и волны эпидемии останутся в прошлом, пусть все алармистские прогнозы провалятся, а все оптимистичные сбудутся, а каждый из вас пусть сталкивается только с сезонными коронавирусами.

И напомню, что при канале есть чат. Присоединяйтесь: возможно, там не хватает именно вас. Чат хаотичный, правил минимум, модерация максимально мягкая, и там может быть не всегда приятно находиться. Но всегда есть что и с кем обсудить.

Будьте здоровы.

По интернету разлетелась страшилка про новый крайне опасный вариант B.1.640.2, который активно распространяется по Франции, уже обнаружен в Великобритании, успел уложить в больницу уже 952 человека, среди которых аж 315 на ИВЛ.

«Все случаи были выявлены при госпитализации. Пациенты поступили со среднетяжёлым или тяжёлым течением», — пишут в единственном первоисточнике. Когда 33% выявленных заболевших попадают на ИВЛ — это серьёзно.

«По предварительным данным французских исследователей, новый вариант B.1.640.2 так же заразен, как дельта, но приводит к более тяжёлому течению болезни. Также возможно, что он лучше ускользает от иммунитета: большинство госпитализированных было полностью привито, у некоторых из них поставлены бустеры. То, что почти всем потребовалась госпитализация, а многие сейчас в тяжёлом состоянии, — это очень тревожный сигнал».

Есть небольшая проблема: единственный источник этих новостей — это онлайн-портал Thailand Medical News. На портале через раз публикуются кликбейтные новости и статьи с кричащими BREAKING! WARNING! MUST READ! И полно статей с рекомендациями БАДов для лечения ковида.

Что в сухом остатке? Да, вариант такой есть. Заявления про тысячу госпитализированных и триста человек на вентиляторах не сопровождаются источниками и больше нигде не упоминаются. Ни в англоязычных источниках, ни во франкоязычных. Единственный источник новости про страшную вспышку на юге Франции — это тайский интернет-портал.

→ Что на самом деле можно сказать про B.1.640.2

• Впервые его загрузили на GISAID ещё 4 ноября, это был образец из Парижа. К слову, первый образец сверхзаразного омикрона загрузили тремя неделями позже — 22 ноября.

• С того момента было загружено всего 20 образцов B.1.640.2. Последний образец датирован 6 декабря. В декабре было всего три образца.

• Том Пикок, вирусолог британского Имперского колледжа, пишет: «B.1.640.2 на самом деле предшествует омикрону. У него было много возможностей выстрелить, и, если бы он представлял реальную угрозу, мы бы уже это увидели. Но этого не произошло, и B.1.640.2 похож на случайный бесполезный вариант, каких уже было немало». К слову, именно Том Пикок первым забил тревогу относительно омикрона (тогда ещё B.1.1.529) — уже на следующий день после его загрузки.

• Вероятно, этот вымирающий вариант стал сенсацией благодаря смешению нескольких факторов. Первый — это французский препринт про B.1.640.2, второй — это всплеск госпитализаций и пациентов в ОРИТ на юго-востоке Франции.

→ Препринт про B.1.640.2: сенсация на ровном месте

• Препринту мы обязаны Дидье Раулю — одному из главных апологетов лечения гидроксихлорохином (Дидье проводил сомнительные клинические испытания вопреки всем протоколам и продолжал стоять на эффективности хлорохина даже тогда, когда независимые исследования показали, что он неэффективне).

• Препринт про B.1.640.2 опубликовали в конце декабря, а B.1.640.2 авторы нескромно назвали IHU — в честь лаборатории Дидье Рауля. В препринте разбирают 12 случаев с этим вариантом, индексный случай приходится на привитого мужчину, прилетевшего из Камеруна во Францию в середине ноября. Есть ещё 9 случаев под подозрением.

• Этот вариант обладает 46 мутациями. На шиповидный белок приходится 9 делеций и 14 аминокислотных замен, среди которых есть N501Y, связанная с повышенной заразностью, и E484K, ассоциированная с иммунным ускользанием. Есть мутации, присущие другим VOC и VOI — гамме, лямбде, дельте, омикрону.

• Авторы препринта не спешат с выводами и отмечают, что 12 случаев слишком мало, чтобы можно было строить предположения о вирусологических, клинических и эпидемиологических особенностях этого варианта. Вывод, к которому они приходят, не отличается новизной:

«Эти наблюдения ещё раз показывают непредсказуемость возникновения новых вариантов SARS-CoV-2 и их завозов из-за границы, а также демонстрируют, как сложно отслеживать и контролировать такие завозы».

→ Что происходит на юго-востоке Франции

Коротко: ситуация в регионе Прованс — Альпы — Лазурный Берег крайне нехорошая, но причина этому, видимо, дельта. Подробности в следующем посте ⬇️

→ Что происходит на юго-востоке Франции и имеет ли к этому отношение новый вариант B.1.640.2

• Ежедневные госпитализации в регионе быстро растут — намного быстрее, чем в среднем по стране. Франция пока на уровне 40% от прошлых пиков, регион уже почти достиг максимумов.

• Поступления в реанимацию уже превысили прошлые пики с начала эпидемии. В остальной Франции уровень тот же — около 40% от пиков.

• Смертность растёт достаточно круто, тогда как в прошлые волны динамика не сильно отличалась от остальной части страны.

• Уровень заболеваемости на 100 тыс. человек не отличается от остальной Франции: около 1500 на 100 000.

Открытых данных о том, что за варианты распространяются в этом регионе, пока нет, а отчёты из-за праздников публикуются с задержкой. По словам Лорана Пейяра, одного из руководителей минздрава региона, причина этого роста — дельта. На омикрон на прошлой неделе приходилось около 20%, сейчас его доля близка к 60%. О других вариантах речи не идёт.

О том же говорит и министр здравоохранения Оливье Веран: «За увеличение числа пациентов в реанимациях по всей Франции пока ответственна дельта-волна».

Нас ждёт ещё немало удивительных и нехороших вариантов, и то цунами омикрона, которое мы сейчас наблюдаем, лишь ускоряет появление новых вариантов и разгоняет эволюцию. Да и факт появления таких вариантов, как B.1.640.2, и их завозы привитыми, ничего хорошего не сулит. Эволюция продолжается, и глупо и опрометчиво объявлять омикрон концом эпидемии, как это делают уважаемые эксперты:

Например, как Геннадий Онищенко, спрогнозировавший, что эпидемия может закончиться к маю. Напомню, Онищенко также автор других интересных прогнозов: так, в середине февраля 2020 он заявлял, что «не будет две трети переболевших на планете», в мае 2020 говорил о том, что «вирус сейчас уже выдыхается», в июне 2020 — о том, что от гриппа умирает больше, чем от ковида, а в июле 2020 он заявлял, что второй волны в России и мире не будет, и так далее.

Или как Александр Сергеев, президент РАН, который прогнозирует, что с 2022 года ковид «войдёт в режим эпидемии гриппа». Напомню, в сентябре 2020 Сергеев говорил, что скачка заболеваемости осенью ждать не стоит, максимум «будет некое увеличение», а спустя несколько месяцев допускал коллективный иммунитет уже к лету 2021 после массовой вакцинации.

Омикрон — явно не последний сюрприз коронавируса. Но B.1.640.2 определённо не из их числа.