Случайно выявленный ковид или госпитализации из-за ковида?

Во время сильной вспышки неизбежен рост инцидентного ковида, когда вирус обнаруживают случайно, при рутинном тестировании, у тех, кого госпитализировали по другим причинам. И такие случаи важно отделять от госпитализаций непосредственно из-за ковида.

Помнится, из ЮАР были сообщения о том, что большинство поступлений (76%) в больницах Тшване, первого эпицентра омикрона, было связано с инцидентным ковидом. Данные южноафриканского минздрава, правда, говорили об обратном — о том, что на инцидентный ковид в Тшване приходилось всего 9%. А что видно по другим странам?

Такая статистика доступна по Англии. Для наглядности — про Лондон, где омикрон стал доминировать раньше.

Что видно?

• Доля «случайного» ковида выросла, но не так серьёзно, как можно было бы ожидать. Сейчас на него приходится почти четверть госпитализаций — никак не большинство.

• Доля «случайного» ковида устойчиво растёт. Ещё в конце ноября-начале декабря, при дельте, его доля составляла 16−18% (остальные были госпитализированы с ковидом как основным диагнозом). 11 декабря начинается устойчивый рост госпитализаций с ковидом-как-случайной-находкой. По последним доступным данным, на 21 декабря в лондонских больницах NHS на таких пациентов приходилось 23,5%.

• Число занятых коек со «случайным» ковидом растёт быстрее, чем число госпитализаций из-за ковида вообще. Как долго это продлится — пока вопрос.

Отдельный вопрос — каков вклад в такое распределение молодых возрастных групп (а именно они сейчас в авангарде нынешней омикронной волны, хотя с середины декабря начался быстрый рост и среди 60+). Очевидно, что молодые будут реже попадать в больницы непосредственно из-за ковида, а вот при госпитализации по другим причинам коронавирус будет встречаться чаще, что может дать завышенный процент «случайного» ковида.

Так было, например, во время летней дельта-волны, когда по мере смещения заболеваемости к старшим возрастам уменьшалась и доля «случайных» госпитализаций (от 22 до 16%).

Отдельный вопрос — как отделить «случайный» ковид от нозокомиального, когда заражение происходит непосредственно в больнице. И чем чревата внутрибольничная вспышка мягонького омикрона в стационаре среди групп риска — но это также пока вопрос открытый (впрочем вопрос, на мой взгляд, скорее риторический).

Графики ниже ⬇️

Республика Конго борется с четвёртой волной коронавируса, которая угрожает оказать большее давление на систему здравоохранения, чем когда-то либо. Коечный фонд в республике стремительно заполняется.

Конго является одной из наименее вакцинированных стран в мире. Прививочной кампании в республике помешали не только территориальные особенности, но и масштабное распространение фейков о вакцинации.

Госпитализации в Нью-Йорке пробили максимум прошлой зимней волны. Рекорд и по суточным госпитализациям, и по их скользящему среднему.

Только за неделю среднее число новых госпитализаций выросло в 2,5 раза, за две недели — в 3,7. Сейчас в больницы попадает почти в 4 раза больше людей, чем на пике летней дельта-волны.

Растёт нагрузка на больницы: занятый коечный фонд достиг 71% от пика прошлой зимы и втрое превысил пик дельта-волны. Пациентов в больницах за неделю стало больше на 110%, в реанимациях — на 69%.

Прохождения пика пока не видно: позитивность в NYC достигла 33%: каждый третий тест положительный. В очереди уже 179 тыс. тестов — до сих пор не готовы многие тесты, взятые 4-5 дней назад.

В больницах ограничили посещения из-за роста заболеваемости. Закрываются десятки клиник из-за нехватки персонала. 6000 полицейских (17%) отсутствуют по болезни. Apple закрывает все свои магазины из-за роста заболеваемости. И в свете этого решение CDC сократить срок изоляции до 5 дней вместо 10 выглядит вынужденным.

Учёные из Онтарио выпустили коротенький препринт с первыми оценками тяжести омикрона. И хотя выборка там скромная, исследование подтверждает первые выводы англичан, шотландцев и южноафриканцев: омикрон, по-видимому, реже приводит к госпитализации.

По канадским оценкам, скорректированный риск госпитализации для омикрона ниже на 54% (95% ДИ 0,27−0,77) по сравнению с дельтой.

• Выборка омикрона: 6314 случаев, 21 госпитализация. Выборка дельты: 8875 случаев, 116 госпитализаций. Период наблюдения — от 22 ноября до 17 декабря.

• Авторы сопоставили случаи по возрасту (±5 лет), полу и дате начала болезни (±7 дней). Также сделали корректировку по статусу и давности вакцинации.

• Для группы 60+ риск госпитализации оценивается на 45% ниже по сравнению с дельтой (95% ДИ 0,28−1,06), для группы младше 60 — на 70% ниже (95% ДИ 0,16−0,57).

• Из интересного: в группе заболевших дельтой на непривитых и частично привитых приходилось 50,1% случаев, в группе заболевших омикроном — всего 20,7%. Полностью привитых заболевших в дельта-группе — 48,5%, в омикрон-группе — 76,9%. С бустерами — от 1,3% для дельты до 2,4% для омикрона.

• На заметку: полностью привитых в Онтарио — 81% населения, а публичный дашборд Онтарио показывает, как и это исследование, снижение эффективности вакцин против симптоматического течения практически до нуля. С бустерами ясности нет (но ранние британские данные, а теперь и датские, показывают эффективность бустеров против симптоматического ковида как минимум в первые недели).

Вернёмся к исследованию. Какие у него ограничения:
1. Короткий период наблюдения.

2. Малая выборка и широкие доверительные интервалы. Поэтому стоит помнить, что все оценки предварительные и основаны на неполных данных — как и в случае с другими аналогичными исследованиями.

3. Нет разбивки по привитым, наивным непривитым и ранее болевшим (а как показывает английское исследование, это может сильно влиять на итоговые оценки). Вместе с тем, оценка в 54% сделана с поправкой на вакцинацию.

4. Есть вероятность неправильной классификации больных из-за рутинного тестирования при госпитализациях.

«Хотя омикрон может показывать меньшую степень тяжести, абсолютное количество госпитализаций и нагрузка на систему здравоохранения могут быть значительными из-за его повышенной трансмиссивности, — пишут авторы.

Обнадёживает, что канадские оценки близки к оценкам Имперского колледжа: там был рассчитан риск госпитализации на 40−45% ниже без корректировки на неучтённые реинфекции и на 0−30% ниже с такой корректировкой.

Снижение тяжести и риска госпитализации на 40-50% — отличные новости. Но почему это не означает ни скорого конца эпидемии, ни превращения коронавируса в обычную простуду — я писал в разборе английского исследования неделю назад. Почитайте, если ещё не.

@dragan_covid

Омикрон вроде как мягче, и он реже приводит на больничную койку — но почему-то там, где он распространяется, быстро взлетают детские госпитализации и за считанные недели поднимаются до рекордных уровней. Это происходит в США, это происходит в Англии, это происходит во Франции.

В тексте по ссылке (увы, совсем не новогоднем) разбираюсь со статистикой детских госпитализаций разных стран и с исследованиями, которые, возможно, объясняют, такой рост и возможные риски для детей.

Почти 9 тысяч прекрасных подписчиков — кажется, неплохой итог для канала, который был создан всего полтора месяца назад, ещё и на такую узкую тему, как ковид.

Спасибо, что подписываетесь сами и советуете другим. Спасибо, что читаете, делитесь, откликаетесь. За комментарии, замечания, благодарности и бурные споры. Меня очень греет, что удалось собрать столько неглупых и сознательных людей в одном месте, причём без вложений в рекламу и продвижение. Это потрясающе.

Если мои тексты кажутся вам интересными, а то, о чём я пишу, приносит пользу, — буду рад, если вы поделитесь моим каналом с кем-то ещё. Это для меня главный подарок.

В моём канале нет и пока не будет рекламы, и я не собираюсь его в какой-то момент перепродавать или начинать зарабатывать на каких-нибудь БАДах, как почему-то кто-то считает. От изучения ковида и эпидемии я не получаю ничего, ни с кем не аффилирован и не преследую никаких интересов. Мой единственный интерес — это эпидемия и коронавирус, и всё, что с этим связано. Порой я бываю предвзят, но это моя персональная предвзятость и мои личные убеждения: я и правда считаю, что в отношении эпидемии слишком много было и остаётся неоправданного оптимизма, который стоил здоровья и жизней большого количества людей.

Надеюсь, главным итогом 2022 года станет закрытие этого канала — просто оттого что он станет не нужен. Пусть SARS-CoV-2 превратится в неопасный эндемичный вирус, омикрон окажется последним VOC'ом, и бесконечные вспышки и волны эпидемии останутся в прошлом, пусть все алармистские прогнозы провалятся, а все оптимистичные сбудутся, а каждый из вас пусть сталкивается только с сезонными коронавирусами.

И напомню, что при канале есть чат. Присоединяйтесь: возможно, там не хватает именно вас. Чат хаотичный, правил минимум, модерация максимально мягкая, и там может быть не всегда приятно находиться. Но всегда есть что и с кем обсудить.

Будьте здоровы.

По интернету разлетелась страшилка про новый крайне опасный вариант B.1.640.2, который активно распространяется по Франции, уже обнаружен в Великобритании, успел уложить в больницу уже 952 человека, среди которых аж 315 на ИВЛ.

«Все случаи были выявлены при госпитализации. Пациенты поступили со среднетяжёлым или тяжёлым течением», — пишут в единственном первоисточнике. Когда 33% выявленных заболевших попадают на ИВЛ — это серьёзно.

«По предварительным данным французских исследователей, новый вариант B.1.640.2 так же заразен, как дельта, но приводит к более тяжёлому течению болезни. Также возможно, что он лучше ускользает от иммунитета: большинство госпитализированных было полностью привито, у некоторых из них поставлены бустеры. То, что почти всем потребовалась госпитализация, а многие сейчас в тяжёлом состоянии, — это очень тревожный сигнал».

Есть небольшая проблема: единственный источник этих новостей — это онлайн-портал Thailand Medical News. На портале через раз публикуются кликбейтные новости и статьи с кричащими BREAKING! WARNING! MUST READ! И полно статей с рекомендациями БАДов для лечения ковида.

Что в сухом остатке? Да, вариант такой есть. Заявления про тысячу госпитализированных и триста человек на вентиляторах не сопровождаются источниками и больше нигде не упоминаются. Ни в англоязычных источниках, ни во франкоязычных. Единственный источник новости про страшную вспышку на юге Франции — это тайский интернет-портал.

→ Что на самом деле можно сказать про B.1.640.2

• Впервые его загрузили на GISAID ещё 4 ноября, это был образец из Парижа. К слову, первый образец сверхзаразного омикрона загрузили тремя неделями позже — 22 ноября.

• С того момента было загружено всего 20 образцов B.1.640.2. Последний образец датирован 6 декабря. В декабре было всего три образца.

• Том Пикок, вирусолог британского Имперского колледжа, пишет: «B.1.640.2 на самом деле предшествует омикрону. У него было много возможностей выстрелить, и, если бы он представлял реальную угрозу, мы бы уже это увидели. Но этого не произошло, и B.1.640.2 похож на случайный бесполезный вариант, каких уже было немало». К слову, именно Том Пикок первым забил тревогу относительно омикрона (тогда ещё B.1.1.529) — уже на следующий день после его загрузки.

• Вероятно, этот вымирающий вариант стал сенсацией благодаря смешению нескольких факторов. Первый — это французский препринт про B.1.640.2, второй — это всплеск госпитализаций и пациентов в ОРИТ на юго-востоке Франции.

→ Препринт про B.1.640.2: сенсация на ровном месте

• Препринту мы обязаны Дидье Раулю — одному из главных апологетов лечения гидроксихлорохином (Дидье проводил сомнительные клинические испытания вопреки всем протоколам и продолжал стоять на эффективности хлорохина даже тогда, когда независимые исследования показали, что он неэффективне).

• Препринт про B.1.640.2 опубликовали в конце декабря, а B.1.640.2 авторы нескромно назвали IHU — в честь лаборатории Дидье Рауля. В препринте разбирают 12 случаев с этим вариантом, индексный случай приходится на привитого мужчину, прилетевшего из Камеруна во Францию в середине ноября. Есть ещё 9 случаев под подозрением.

• Этот вариант обладает 46 мутациями. На шиповидный белок приходится 9 делеций и 14 аминокислотных замен, среди которых есть N501Y, связанная с повышенной заразностью, и E484K, ассоциированная с иммунным ускользанием. Есть мутации, присущие другим VOC и VOI — гамме, лямбде, дельте, омикрону.

• Авторы препринта не спешат с выводами и отмечают, что 12 случаев слишком мало, чтобы можно было строить предположения о вирусологических, клинических и эпидемиологических особенностях этого варианта. Вывод, к которому они приходят, не отличается новизной:

«Эти наблюдения ещё раз показывают непредсказуемость возникновения новых вариантов SARS-CoV-2 и их завозов из-за границы, а также демонстрируют, как сложно отслеживать и контролировать такие завозы».

→ Что происходит на юго-востоке Франции

Коротко: ситуация в регионе Прованс — Альпы — Лазурный Берег крайне нехорошая, но причина этому, видимо, дельта. Подробности в следующем посте ⬇️

→ Что происходит на юго-востоке Франции и имеет ли к этому отношение новый вариант B.1.640.2

• Ежедневные госпитализации в регионе быстро растут — намного быстрее, чем в среднем по стране. Франция пока на уровне 40% от прошлых пиков, регион уже почти достиг максимумов.

• Поступления в реанимацию уже превысили прошлые пики с начала эпидемии. В остальной Франции уровень тот же — около 40% от пиков.

• Смертность растёт достаточно круто, тогда как в прошлые волны динамика не сильно отличалась от остальной части страны.

• Уровень заболеваемости на 100 тыс. человек не отличается от остальной Франции: около 1500 на 100 000.

Открытых данных о том, что за варианты распространяются в этом регионе, пока нет, а отчёты из-за праздников публикуются с задержкой. По словам Лорана Пейяра, одного из руководителей минздрава региона, причина этого роста — дельта. На омикрон на прошлой неделе приходилось около 20%, сейчас его доля близка к 60%. О других вариантах речи не идёт.

О том же говорит и министр здравоохранения Оливье Веран: «За увеличение числа пациентов в реанимациях по всей Франции пока ответственна дельта-волна».

Нас ждёт ещё немало удивительных и нехороших вариантов, и то цунами омикрона, которое мы сейчас наблюдаем, лишь ускоряет появление новых вариантов и разгоняет эволюцию. Да и факт появления таких вариантов, как B.1.640.2, и их завозы привитыми, ничего хорошего не сулит. Эволюция продолжается, и глупо и опрометчиво объявлять омикрон концом эпидемии, как это делают уважаемые эксперты:

Например, как Геннадий Онищенко, спрогнозировавший, что эпидемия может закончиться к маю. Напомню, Онищенко также автор других интересных прогнозов: так, в середине февраля 2020 он заявлял, что «не будет две трети переболевших на планете», в мае 2020 говорил о том, что «вирус сейчас уже выдыхается», в июне 2020 — о том, что от гриппа умирает больше, чем от ковида, а в июле 2020 он заявлял, что второй волны в России и мире не будет, и так далее.

Или как Александр Сергеев, президент РАН, который прогнозирует, что с 2022 года ковид «войдёт в режим эпидемии гриппа». Напомню, в сентябре 2020 Сергеев говорил, что скачка заболеваемости осенью ждать не стоит, максимум «будет некое увеличение», а спустя несколько месяцев допускал коллективный иммунитет уже к лету 2021 после массовой вакцинации.

Омикрон — явно не последний сюрприз коронавируса. Но B.1.640.2 определённо не из их числа.

Давайте устроим сегодня день картинок.

Обновления будут каждый час. Впереди почти десяток стран. Один пост — один график. Без оценок и лишних домыслов. Просто срез очередной волны эпидемии — как утверждается, самой безобидной.

Онтарио, Канада. Число пациентов с ковидом выросло в 3 раза за неделю, в 5,6 раз — за полторы. Пациентов в реанимациях стало на 57% больше за неделю.

Оценивается, что около 1% заболевших требуют госпитализации, а впереди — сотни тысяч случаев.

Модели показывают, что в ближайшие недели Онтарио может столкнуться с нехваткой тысяч коек. На днях в провинции ввели ограничения, закрыли школы, запретили сборы в помещениях более 5 человек, на улице — более 10.

Приостановили все операции, кроме экстренных. В ближайшие недели будут отложены десятки тысяч операций: от 8000 до 10000 в неделю. Это высвободит до полутора тысяч коек для ковида. Впрочем, в больницах сейчас не хватает не только мест, но и персонала, отсутствующего по болезни.

Синтия Маллиган, журналистка из Торонто, рассказывает, как из-за заболеваемости медработников и высвобождения коек многие онкобольные остаются без операций. Между тем, согласно метаанализу, опубликованному в BMJ, задержка в лечении рака на 4 недели увеличивает риск смерти на 10%.

Онтарио, Канада. Эффективность вакцинации против заражения за несколько недель рухнула до 10-20%. Следом за этим, с задержкой в 1,5−2 недели, также началось снижение эффективности против госпитализации (сейчас она оценивается в 80%). В последние дни виден загиб кривой с оценкой эффективности вакцин против реанимации, но делать выводы рано (сейчас она оценивается в 93%).

Последнюю неделю в Онтарио идёт быстрый рост госпитализаций среди обеих групп: как непривитых, так и привитых.

США. Недельная сумма новых госпитализаций достигла исторических максимумов с июля 2020-го: за неделю в больницы попадает более 114 тысяч человек.

Занятый коечный фонд также быстро растёт: сейчас занято 107 тысяч коек — на четверть меньше, чем на пике прошлой зимы.

В реанимациях сейчас 20 тысяч пациентов (18,6% от всех госпитализированных) — это почти в полтора раза меньше, чем на пике прошлой зимы (тогда в ОРИТ лежало 21,8% госпитализированных с ковидом — почти 30 тысяч).

За неделю новые госпитализации выросли на 56%, за две недели — ровно вдвое.

США. Во многих штатах число пациентов в реанимациях приближается к рекордному уровню по мере роста заболеваемости, вызванного омикроном.

США. Продолжается быстрый рост детских госпитализаций. Последние данные относятся ко 2 января, на тот момент новые госпитализации детей с ковидом выросли в 3,3 раза за две недели. Уже вдвое превышены все прошлые максимумы.

США, Флорида. Очень неприятная инфографика от местного минздрава. За неделю число пациентов с ковидом выросло в 2,1 раза, за две недели — в 4,9 раза. Каждый день число занятых коек растёт на 10−20%.