Forwarded from СНК патологической анатомии ПМГМУ им. И.М. Сеченова
«Путь в науку» 6 декабря 2024 💫
👍6🔥1
Коллеги, представляем вашему вниманию интересную научную статью:
🔬 При помощи системы MarrowQuant 2.0 ученые разработали алгоритм оценки клеточности трепанобиоптатов костного мозга. 🩸 Алгоритм умеет определять 5 классов: костные, гемопоэтические, адипоцитарные и интерстициальные/микрососудистые и другие области со средней точностью маски 86%, максимальной для костей (99%), кроветворных (92%) и адипоцитных областей (98%) 📈
🖥️ Самое приятное, что система интегрирована во всем известное программное обеспечение QuPath, и авторы даже делятся кодом:
В открытый доступ также выложен учебный набор сканов костного мозга https://idr.openmicroscopy.org/webclient/? show=project-2104 и https://idr.openmicroscopy.org/webclient/? show=project-2103
С полным текстом работы можно ознакомиться по ссылке➡️ https://www.modernpathology.org/article/S0893-3952(22)05528-4/fulltext
Коды для MarrowQuant2.0 и StarDist для адипоцитов доступны на GitHub и Zenodo, а также подробное руководство по установке 2 рабочих процессов в QuPath 0.3.2: https://github.com/Naveiras-Lab/MarrowQuant2.0/blob/main/README.md; https://zenodo.org/badge/latestdoi/525402383
В открытый доступ также выложен учебный набор сканов костного мозга https://idr.openmicroscopy.org/webclient/? show=project-2104 и https://idr.openmicroscopy.org/webclient/? show=project-2103
С полным текстом работы можно ознакомиться по ссылке
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥13❤3
Forwarded from Bone&Soft gangster pathology (Илья Сидоров)
Ждал, пока Ирина Семеновна опубликует это фото.
Довольно интересное мероприятие получилось, было приятно увидеться с коллегами, с некоторыми познакомиться.
Очень подкупило, что царила дружелюбная и веселая атмосфера. Судя по сообщениям из других каналов, был запрос на комментирование конкурсных случаев.
Миоэпителиальная карцинома мягких тканей с утратой экспрессии INI1/SMARCB1. Очень красивый, идеологически верный и элегантный случай, который требует довольно глубокой ориентации в области или большой смекалки.
Элегантность: Сложно отличить строму от опухолевого компонента и, соответственно, понять: экспрессия SMA в строме или в опухоли? Это все опухоль. Также фокальные и неоднозначные реакции с другими маркерами, которые подтверждают миоэпителиальную дифференцировку (GFAP, S100), ну и главный кринж — это утрата INI1. Тут все относительно просто: 22-я хромосома содержит много генов, которые дают работу врачам, занимающимся мягкими тканями (EWSR1 (его перестройка часто наблюдается в миоэпителиальной карциноме), SMARCB1, GLI1, DDIT3, STAT6, MDM2, CDK4 и т.д.). Понятно, да? Это я еще не все вспомнил. Гены расположены очень близко, и при изменении одного из них, не часто, но бывает, другой ген тоже может пострадать (например, при перестройке EWSR1 часть SMARCB1 нарушается, и мы получаем делецию этого гена). То же самое и в GLI1-ассоциированных опухолях (амплификация GLI1 может сопровождаться амплификацией соседних генов).
Грубое и механистическое объяснение, и генетики будут правы, если дадут мне по лицу какой-нибудь минзуркой.
Идеологически верный этот случай потому, что, на мой специфический вкус, иронично послать на конкурс EWSR1-перестроенный случай (Дмитрий Михайлович называет этот ген промискуитетным, мне это очень нравится 😂), но с нюансом в виде делеции соседнего гена. Внутри ору, простите.
Шок, этот случай был на канале 😃.
Второй случай (фиброхрящевая мезенхимома) тоже идеологически-верный, красивый и лично для меня очень поучительный.
Красота выражается в трехфазности опухоли, что, с одной стороны, может сделать ее очень узнаваемой (на вскидку кто-то вспомнит доброкачественную или с промежуточной степенью злокачественности костную опухоль с трехфазной морфологией?), ну а с другой — это прям очень редкая штука.
Второй красивый момент: опухоль демонстрирует не совсем доброкачественную рентгенологическую картину с экспансивным ростом и разрушением кортикальной пластинки, что может увести в дифференциально-диагностические дали с одной стороны, а с другой является ее характерной чертой.
Личный момент: в своё время этот случай вызвал значительные трудности - исключались почти все основные версии конкурсантов (фиброзная дисплазия с хрящевой дифференцировкой aka фиброхрящевая дисплазия, low-grade центральная остеосаркома). Были вылиты антитела, снимки были затерты до дыр. Затем случай посмотрел Рощин Виталий Юрьевич... и поставил диагноз за 5 секунд. Это был очень хороший урок, который В.Ю. давал как до, так и после, что в некотором роде и сформировало из меня человека, который немного разбирается в этой области. Фундаментальный и самый значительный вклад в изучение фиброхрящевой мезенхимомы внесла наш коллега, признанный эксперт с мировым именем д.м.н. Булычева Ирина Владиславовна, поэтому представление данного случая широкой аудитории является идеологически-верным и правильным.
Стоит сказать, что за собой мы тоже не постояли и свой долг перед сообществом выполнили: этот случай был опубликован. Арина (@arina_oladiy), Привет!
Довольно интересное мероприятие получилось, было приятно увидеться с коллегами, с некоторыми познакомиться.
Очень подкупило, что царила дружелюбная и веселая атмосфера. Судя по сообщениям из других каналов, был запрос на комментирование конкурсных случаев.
Миоэпителиальная карцинома мягких тканей с утратой экспрессии INI1/SMARCB1. Очень красивый, идеологически верный и элегантный случай, который требует довольно глубокой ориентации в области или большой смекалки.
Элегантность: Сложно отличить строму от опухолевого компонента и, соответственно, понять: экспрессия SMA в строме или в опухоли? Это все опухоль. Также фокальные и неоднозначные реакции с другими маркерами, которые подтверждают миоэпителиальную дифференцировку (GFAP, S100), ну и главный кринж — это утрата INI1. Тут все относительно просто: 22-я хромосома содержит много генов, которые дают работу врачам, занимающимся мягкими тканями (EWSR1 (его перестройка часто наблюдается в миоэпителиальной карциноме), SMARCB1, GLI1, DDIT3, STAT6, MDM2, CDK4 и т.д.). Понятно, да? Это я еще не все вспомнил. Гены расположены очень близко, и при изменении одного из них, не часто, но бывает, другой ген тоже может пострадать (например, при перестройке EWSR1 часть SMARCB1 нарушается, и мы получаем делецию этого гена). То же самое и в GLI1-ассоциированных опухолях (амплификация GLI1 может сопровождаться амплификацией соседних генов).
Грубое и механистическое объяснение, и генетики будут правы, если дадут мне по лицу какой-нибудь минзуркой.
Идеологически верный этот случай потому, что, на мой специфический вкус, иронично послать на конкурс EWSR1-перестроенный случай (Дмитрий Михайлович называет этот ген промискуитетным, мне это очень нравится 😂), но с нюансом в виде делеции соседнего гена. Внутри ору, простите.
Шок, этот случай был на канале 😃.
Второй случай (фиброхрящевая мезенхимома) тоже идеологически-верный, красивый и лично для меня очень поучительный.
Красота выражается в трехфазности опухоли, что, с одной стороны, может сделать ее очень узнаваемой (на вскидку кто-то вспомнит доброкачественную или с промежуточной степенью злокачественности костную опухоль с трехфазной морфологией?), ну а с другой — это прям очень редкая штука.
Второй красивый момент: опухоль демонстрирует не совсем доброкачественную рентгенологическую картину с экспансивным ростом и разрушением кортикальной пластинки, что может увести в дифференциально-диагностические дали с одной стороны, а с другой является ее характерной чертой.
Личный момент: в своё время этот случай вызвал значительные трудности - исключались почти все основные версии конкурсантов (фиброзная дисплазия с хрящевой дифференцировкой aka фиброхрящевая дисплазия, low-grade центральная остеосаркома). Были вылиты антитела, снимки были затерты до дыр. Затем случай посмотрел Рощин Виталий Юрьевич... и поставил диагноз за 5 секунд. Это был очень хороший урок, который В.Ю. давал как до, так и после, что в некотором роде и сформировало из меня человека, который немного разбирается в этой области. Фундаментальный и самый значительный вклад в изучение фиброхрящевой мезенхимомы внесла наш коллега, признанный эксперт с мировым именем д.м.н. Булычева Ирина Владиславовна, поэтому представление данного случая широкой аудитории является идеологически-верным и правильным.
Стоит сказать, что за собой мы тоже не постояли и свой долг перед сообществом выполнили: этот случай был опубликован. Арина (@arina_oladiy), Привет!
Hemoncim
Фиброзно-хрящевая мезенхимома: клинический случай и обзор литературы | Карягина | Вопросы гематологии/онкологии и иммунопатологии…
🔥2
Forwarded from ikletskaya_the_pathologist
"Жизнь подобна игрищам: иные приходят на них состязаться, иные - торговать, а самые счастливые - смотреть"- сказал Пифагор
Очень счастлива была смотреть на самых-самых в такой легендарной компании!
Очень счастлива была смотреть на самых-самых в такой легендарной компании!
🔥9
Forwarded from Сеченовский Университет
#НаукаБытьПервым
Впервые в России Сеченовский Университет провел Открытое первенство по цифровой патологии «Поле зрения».
Мероприятие собрало лучших специалистов страны, которые показали свои диагностические способности на высокотехнологичных цифровых платформах.
На очный тур первенства собрались 28 финалистов заочного этапа конкурса: это врачи-патологоанатомы, которые стали лучшими среди 700 участников из 65 российских регионов. Они решали 10 кейсов на двух телемедицинских платформах — «Юним» (UNIM Digital Pathology©) и «Ванселл» (OneCell).
Как отметила Татьяна Демура — директор Института клинической морфологии и цифровой патологии, проректор по научной деятельности Сеченовского Университета, участники первенства должны были показать все свои навыки.
Победители разделили между собой призовой фонд в 350 тысяч рублей, все остальные участники получили подарки от технологических партнеров.
🔵 Подробности — в большом материале на сайте Сеченовского Университета.
📸 Много ярких фотографий — в нашем ФОТОАЛЬБОМЕ.
Впервые в России Сеченовский Университет провел Открытое первенство по цифровой патологии «Поле зрения».
Мероприятие собрало лучших специалистов страны, которые показали свои диагностические способности на высокотехнологичных цифровых платформах.
На очный тур первенства собрались 28 финалистов заочного этапа конкурса: это врачи-патологоанатомы, которые стали лучшими среди 700 участников из 65 российских регионов. Они решали 10 кейсов на двух телемедицинских платформах — «Юним» (UNIM Digital Pathology©) и «Ванселл» (OneCell).
Как отметила Татьяна Демура — директор Института клинической морфологии и цифровой патологии, проректор по научной деятельности Сеченовского Университета, участники первенства должны были показать все свои навыки.
«Никуда не уйдет основа основ — базисное образование, но уметь работать в цифре, использовать цифровые методы в диагностике врач-патологоанатом сегодня просто обязан. И мы этому учим. Мы готовим наших ординаторов, студентов, ну и, безусловно, наших врачей. И «Поле зрения» — это тот самый механизм, с помощью которого мы показываем, как эту практику можно внедрить», — подчеркнула Татьяна Демура.
Победители разделили между собой призовой фонд в 350 тысяч рублей, все остальные участники получили подарки от технологических партнеров.
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🔥11👏3❤2