С днем падения Arasaka Tower

В отсутствие Снейка главная база MSF в Карибском море была атакована и уничтожена отрядом XOF, подчиняющимся Черепу, а сам Снейк "погиб" в вертолете в результате взрыва бомбы, вшитой Черепом в тело Паз

Девять лет спустя Снейк, потерявший в результате взрыва левую руку, выходит из комы в британском военном госпитале. Госпиталь атакует спецназ XOF, уничтожающий пациентов и врачей, но герою удаётся спастись из рук солдат XOF и сбежать благодаря помощи пациента с забинтованным лицом

Ну а дальше огромные киты, огненные всадники на единорогах, сахелантропы и психомантисы