Anime NYC 2021 в конференц-центре Джейвица (район Hell's Kitchen) шла с 19 по 21 ноября, мероприятие посетили около 53000 человек.

22 ноября, на следующий день после возвращения в родную Миннесоту, участник конвенции почувствовал себя больным, 24 ноября получил положительный результат теста на ковид, а 2 декабря власти сообщили, что в его образце выявлен вариант омикрон. Миннесота секвенирует около 20% всех проб, это одна из самых агрессивных программ геномного надзора - но они обнаружили омикрон только спустя 9 дней.

Конвенция выглядит как наиболее вероятное место заражения, поскольку мужчина прилетел в Нью-Йорк только 18 ноября. Ковид уже подтвержден у половины из 35 людей, которых мужчина назвал в качестве своих близких контактов на конференции, а также у его близкого контакта в Миннесоте. Все посетители мероприятия приглашены на тестирование. Для входа на конвенцию все посетители старше 12 должны были подтвердить статус вакцинированного (минимум 1 доза вакцины). Заболевший житель Миннесоты получил три дозы (последнюю в ноябре) - как сообщили власти, на момент выявления омикрона в его образце он уже поправлялся.

В конференц-центре Джейвица c марта 2020 по лето 2021 размещался сначала временный ковидарий, потом центр вакцинации - ну а теперь и центр суперраспространения ковида.

Но, конечно, Нью-Йорку пока далеко до Осло: вчера у 60, а сегодня уже у 80-90 человек из числа посетителей ресторана Louise Restaurang och Bar, где в прошлую пятницу был корпоратив Scatec, подтвержден ковид, по 13 есть результаты секвенирования (омикрон). Некоторые из заболевших - не участники корпоратива, а гости ресторана (два больших этажа).

Зараженных еще больше, чем предполагали эпидемиологи:

Наша рабочая гипотеза состоит в том, что по крайней мере половина из 120 участников были инфицированы вариантом омикрон во время вечеринки. На данный момент это самая крупная вспышка Омикрона за пределами Южной Африки.

Scatec уверяет, что два участника корпоратива, которые вернулись из ЮАР и у которых подтвердился омикрон, прилетели в Норвегию еще до начала эпопеи с новым вариантом. Власти утверждают, что все существующие требования и ограничения были соблюдены.

Доброе утро

Мы получили яростную отповедь о том, что намеренно проигнорировали важные данные из медиабрифинга по вакцинационному статусу госпитализированных в Гаутенге.

Авторы канала не знают, как и зачем рассматривать такие данные.

Во-первых, они не стратифицированы по возрасту даже на уровне дети/взрослые.

Во-вторых, вакцинационный статус известен только для четверти госпитализированных - и мы не знаем, насколько эта четверть репрезентативна относительно всего пула госпитализированных.

В-третьих, после трех волн доля людей с антителами к SARS-CoV2 среди взрослого населения ЮАР составляет, по разным данным, от 60 до 80-90%. Мы уже писали в разборе британского исследования о заражениях в домохозяйствах, что происходит с показателями эффективности вакцины, если в невакцинированном контроле оказывается значимая доля переболевших, и этот фактор не учтен в расчете.

Качественные данные из полей, позволяющие оценить клиническую эффективность вакцин против омикрона подъедут очень, очень нескоро - и вряд ли из ЮАР.

Положительный ПЦР-тест выявлен у девяти граждан, вернувшихся в РФ из ЮАР, штамм устанавливается, сообщили в Роспотребнадзоре.

Это не вспышка омикрона в Португалии.

Видимо, пришло время разговора о том, кому выгодно раскручивать тейк про безобидный мягонький рождественский подарочный омикрон. Начать следует с поздравлений вакцинам:

1️⃣За редкими исключениями, подтвержденные и описанные сейчас в Европе, Азии и Америке случаи омикрона - среди вакцинированных. Для много путешествующего человека в высшей степени логично вакцинироваться двумя компонентами и в первых рядах прийти на ревак, чтобы минимизировать свой риск заехать в ковидный госпиталь в чужой стране третьего мира. Если сейчас вы тестируете на ковид путешественников в Западной Европе, Америке или Восточной Азии - вы в общем и целом тестируете выборку вакцинированных.

2️⃣Скорее всего, большинство пациентов с омикроном, выявленных на текущий момент в этой выборке, получили высокоэффективные мрнк-вакцины - некоторые по три дозы.

3️⃣В горизонте первых 7-14 дней болезни у этих пациентов наблюдается бессимптомное течение или умеренные симптомы.

Логичный вывод - мы видим работу вакцин, а точнее, снижение риска тяжелого течения и смерти, ради которого люди вакцинируются.

Нелогичный вывод - мы видим, что омикрон безобиден.

Странно, не правда ли, что нелогичный вывод предпочтен логичному, и кругом обсуждают не триумф вакцин, а мягонькость омикрона? Вброса доктора Кутзе о том, как прекрасно поживают две дюжины ее платных амбулаторных пациентов, равно как и желания властей ЮАР избежать изоляции явно недостаточно, чтобы спровоцировать такие уровни эйфории.

Напрашивается вывод, что заслуженного триумфа вакцины лишены в связи с весьма высоким числом (не доля, а пока именно число) прорывных инфекций у полностью вакцинированных при весьма высокой вирусной нагрузке в отдельных случаях 1️⃣ у них же. В течение недели не осталось камня на камне от гипотезы, что вакцинированные с ковидом менее опасны для окружающих, чем невакцинированные с ковидом - полностью вакцинированные носители омикрона заразны и даже суперзаразны 1️⃣ 2️⃣ 3️⃣, и заражают они других полностью вакцинированных в том числе.

Знаете, как дела в Португалии, где защитник Белененсеша Кафу Пете по возвращении из ЮАР заразил сразу 12 одноклубников ковидом нового образца?

У футболистов вроде бы все хорошо - но теперь дела не очень у больницы Garcia de Orta в Алмаде, городе-спутнике Лиссабона. Она закрыла детское приемное отделение и поликлинику с 10 вечера вторника 30 ноября на 2 недели из-за случая омикрона у одного из врачей - этот врач по совместительству работает в Белененсеш. 28 медицинских работников, 46 детей и родителей, которые контактировали с врачом, самоизолируются и тестируются, у некоторых уже обнаружен ковид. На 3 декабря 30 из 34 предполагаемых случаев омикрона в Португалии связаны с Белененсеш. Мы еще не имеем представления, насколько мягонький омикрон безопасен для детей - а уже произошло суперраспространение варианта в детской больнице.

И дела не очень у португальского премьера Антониу Кошты, который просит не называть ситуацию в больнице вспышкой омикрона. 30 ноября, когда закрылась на карантин больница, Кошта отменил действие европейского ковид-сертификата: с 1 декабря въезжающим в Португалию необходимо предъявить отрицательный результат теста на коронавирус, сделанного не менее чем за 48 часов до пересечения границы.

Вспышку можно назвать хлопком, но от этого не исчезает ни она, ни вопрос ответственности за нее - как и в целом за то, что новый опасный вариант невозбранно разъехался по миру на плечах вакцинированных и распространяется среди местного населения в Великобритании (160 случаев), США (29), Норвегии (кстати, уже 70 ков+ среди участников корпоратива в Осло и 50 среди гостей ресторана), Германии, Испании, Дании, Южной Корее и даже Исландии.

Продолжение⬇️

Но сначала кое-что о ЮАР (16366 новых случаев ковида сегодня, коэффициент позитивности вырос до 23,8%).

Педантичный Александр Драган в @dragan_covid подробно разобрал статью Tshwane District Omicron Variant Patient Profile - Early Features, но мы решили добавить еще перчинку. В своем проникновенном тексте доктор Фарид Абдалла, медицинский чиновник с огромным стажем, утверждает, что в ковидной статистике его больницы у 69% пациентов ковид не является причиной госпитализации, а стал случайной находкой в рамках госпитального комплекса исследований:

В соответствии со статистикой, представленной Департаментом здравоохранения Гаутенга 2 декабря 2021 года для провинции в целом, а также с учетом количества госпитализаций во всех государственных и частных больницах Тшване, отображенных в базе данных NICD DATCOV, мы наблюдаем резкий рост числа госпитализаций в комплексе Steve Biko Academic и Tshwane District Hospitals (SBAH/TDH) с 166 новыми госпитализациями в период с 14 по 29 ноября 2021 года.

Основное наблюдение, которое мы сделали за последние две недели, заключается в том, что большинство пациентов в отделениях COVID не зависели от кислорода. SARS-CoV-2 был случайной находкой у пациентов, которые были госпитализированы по другой медицинской, хирургической или акушерской причине.

Таким образом, первое впечатление при обследовании 166 пациентов, поступивших с момента появления варианта омикрон, вместе с обзором клинического профиля 42 пациентов <...> заключается в том, что большинство госпитализаций произошли по поводу диагнозов, не связанных с COVID-19. Положительный тест на SARS-CoV-2 стал случайной находкой у этих пациентов и во многом обусловлен политикой больницы, требующей тестирования всех пациентов при госпитализации.

Обзор 42 пациентов в отделении от 2 декабря 2021 года показывает, что 29 (70%) не зависят от кислорода. Эти пациенты хорошо насыщаются комнатным воздухом и не имеют респираторных симптомов. Это пациенты, которых мы назвали бы «случайными госпитализациями COVID», у которых была другая медицинская или хирургическая причина для госпитализации.

Удивительно, но если верить официальным данным NICD с 14 по 27 ноября, всего 9% госпитализированных в округе Тшване ков+ пациентов оказались в стационаре по причинам, не связанным с ковидом - зато 87% были госпитализированы именно из-за него:

С 14 по 27 ноября 2021 года было зарегистрировано 4062 случая SARS-CoV-2 и 640 госпитализаций в городском округе Тшване: 373 (58,3%) в государственном секторе и 267 (41,7%) в частном секторе. Общее соотношение выявленных случаев к госпитализациям составило 15,8%.

Причина госпитализации была доступна для 415 (64,8%) поступивших. Большинство пациентов (363, 87%) были госпитализированы с симптомами COVID-19, в то время как 14 (3%) были госпитализированы для изоляции и 38 (9%) дали положительный результат на SARS-CoV-2 случайно при госпитализации по другим причинам (Рисунок 10).

Запрошенные NICD данные о причине госпитализации отправили не все больницы, не хватает информации по 225 пациентам. Похоже, как раз 166 ковидных пациентов доктора Фарида, большинство из которых были госпитализированы не по поводу ковида, не попали в отчет NICD.

Мы решили помочь и добавили данные Steve Biko к тем, которые смог собрать NICD, в указанном доктором соотношении 69% к 31%: 115 - случайно выявленный ковид, 51 - госпитализации по поводу ковида. Теперь у нас есть 581 из 640 госпитализаций в следующем соотношении: 414 (71%) - тяжелый ковид, 153 (26%) - ковид, выявленный при госпитализации по другому поводу, 14 - изоляция. Если это выглядит хорошо, то мы не знаем, что выглядит плохо.

Кстати, вчера вечером в интервью Enca доктор Абдалла презентовал свои жизнеутверждающие выводы и между делом сообщил, что в последние несколько дней число ковидных коек в стационарах Тшване растет на 30-40% в день. Либо легко переносящие мягонький омикрон-ковид тшванийцы начали массово травмироваться, рожать и планово лечиться, либо кто-то врет.

Для наглядности - рисунок 10 из отчета NICD ЮАР по 47 эпидемиологической неделе.

Кое-что о Выборге (датском):

Ещё в пятницу в Дании было подтверждено секвенированием всего 18 случаев омикрона, плюс 42 предположительных по ПЦР. Сегодня число случаев с генетическим подтверждением - 32, с ПЦР-подтверждением - 151 (причем датчане справились с высокой долей ложноположительных омикронов на ПЦР и теперь будут считать результат вариантспецифичного ПЦР-теста подтверждением омикрона).

Случилось, как нетрудно предположить, суперраспространение: 150 старшеклассников из школ Выборга собрались на рождественский утренник, 20 человек получили положительный результат теста к пятнице, а сегодня ков+ среди участников праздника уже 55 - у 15 омикрон подтвержден секвенированием, у 38 - вариант-специфичной ПЦР.

10 случаев омикрона подтверждено у участников концерта диджея Янсена 27 ноября по результатам скринингов 1 и 3 декабря.

И кое-что о Зимбабве:

Зимбабве в пятницу сообщила о 50 случаях омикрона, из них 22 - пробы футболистов юниорской сборной (младше 17 лет), 20 - пробы пациентов из Masvingo Teachers College, где набирает обороты вспышка, и уже зарегистрировано 157 случаев ковида, и еще 8 - при секвенировании рандомных образцов.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

Доброе утро

Омикрон распространяется чудовищными темпами, и даже если доля тяжелых случаев и смертей окажется ниже, чем в дельта-волну, впереди все равно маячит такое число инфицированных, какого мы и не представляем - а значит, и госпитализации, и смерти, и неизбежная перегрузка системы здравоохранения (о детях напишем чуть позже). Еще год назад Адам Кухарский, профессор Лондонской школы гигиены и тропической медицины, сделал об этом предельно наглядный график.

Продолжим тему того, почему же вместо панегириков вакцинам всюду осанны мягонькому новому ковиду (начало тут).

Утечка нового VOC является крупнейшей управленческой катастрофой:

🔸Сотни подтвержденных и больше тысячи предполагаемых случаев за пределами юга Африки, большинство - у полностью вакцинированных
🔸Сommunity transmission в Великобритании, США, Норвегии, Дании, Южной Корее, целый ряд стран молчит и затягивает публикацию данных по омикрону
🔸Полностью вакцинированные бессимптомные (в том числе после недавнего буста) заражают других полностью вакцинированных
🔸Эпизоды суперраспространения с десятками и сотнями зараженных

Один зараженный гулял по Вестминстеру, другой водил детей в школу в Эссексе, третья уехала из аэропорта в Эйлат на общественном автобусе, а в Нидерландах случились настоящие Бонни и Клайд: 30-летний испанец и 28-летняя португалка прилетели в страну на одном из двух рейсов, заблокированных в Схипхоле для тестирования, португалка получила ПЦР(+), оба были посажены на карантин, ушли из отеля, доехали до Схипхола, зарегистрировались на рейс в Испанию и уже были в самолете, когда их сняли с рейса доблестные голландские инспекторы лестрейды.

Геномный надзор облажался - омикрон ухватили за хвост не Великобритания или ЮАР, а Гонконг и Ботсвана.

Фанстастический факап эпидслужб подробно описан в твитах Стефани Нолен, медицинской журналистки из New York Times, одной из 600 пассажиров двух злополучных рейсов из ЮАР:

Тест отрицательный. По крайней мере, сегодня. После всего этого времени с орущими людьми без масок в непроветриваемом помещении - посмотрим, что принесут ближайшие дни. Сейчас сижу в терминале 10 часов до вылета в YYZ.

Когда я вчера вечером прилетела в Канаду, у меня взяли тест, но не потребовали изолироваться, по-видимому, потому, что я вакцинирована. Я приняла решение самоизолироваться в съемном жилье с AirBnB и продолжать сдавать тесты после контакта с вирусом в аэропорту, который мне любезно организовали голландские власти.

Меня расстраивает это дополнительное время вдали от моей семьи, и чем больше я думаю об этом, тем больше злюсь на голландцев. Безусловно, поместите нас в карантин и проверьте. Но сначала вытащите нас из самолета, позвольте нам изолироваться друг от друга, раздайте N95 и заставьте тупых без масок их надеть.

Я также зла на Великобританию. Канада потребовала от меня предоставить отрицательный результат ПЦР в Южной Африке, прежде чем я сяду в самолет. И ЮАР, и Замбия требовали от меня того же, когда я вылетала в эти страны на прошлой неделе. Но Великобритания такого не требует - и пассажиры, летящие в Великобританию, с которыми я разговаривала, пока мы были в локапе, не сдавали тесты.

Теперь Великобритания (и почти все остальные) не принимает рейсы из ЮАР и еще 6 стран, хотя простое требование сдать тест для тех, кто летит в Великобританию, могло бы обеспечить безопасность всех в самолете. Единственный человек, у которого во время локапа на моих глазах подтвердился ковид, был британцем, направлявшимся в Великобританию. Сколько таких было еще?

Вместо квалифицированных управленцев - клинические долбоебы, вместо заранее подготовленных планов экстренного реагирования - бардак и создание идеальных условий для суперраспространения. Спустя два года пандемии на крайне важном направлении профилактики и контроля инфекций дела у человечества хуже, чем мы могли представить. И когда обывателям рассказывают, что да, упустили, но мягонький же и безобидный вариант - это прежде всего попытка представить случившийся управленческий проеб менее существенным, чем он есть. Но не только.

Продолжение⬇️

Роспотребнадзор подтвердил вариант омикрон у двух россиян, прибывших из ЮАР. Еще у 10 пассажиров с положительным результатом теста на ковид вариант устанавливают.

Омикрон-дашборд обновляется здесь

По оценке Алексея Ракши, в районе 24 декабря Россия перейдет рубеж в миллион избыточных смертей за время пандемии.

В минувшую пятницу Росстат сообщил о 74 893 ковид-ассоциированных смертях, зарегистрированных в октябре. Мы прогнозировали вилку 65-75 тысяч - похоже, наш самый пессимистичный прогноз оказался лучше реальности, и Росстат втискивался в эту горестную вилку по методу сестер Золушки в оригинальном варианте сказки.

Отрезанное в процессе втискивания будет добавлено к и без того ужасной статистике ноября, но ее опубликуют тогда, когда всем будет не до нее - как и не до курантов пандемии, бьющих миллион.

Ковид и дети. Апдейт от профессора Мативы из госпиталя Барагванат в Йоханнесбурге:

🔸В больницу ежедневно поступает 5-10 детей в возрасте младше 12 лет, а также преимущественно невакцинированные молодые люди в возрасте до 40 лет и несколько человек в возрасте 40-50 лет. Беременные женщины и раньше болели ковидом, но бессимптомно - сейчас они попадают в госпиталь с симптомами.

🔸В прошлые волны ковид у детей лечился как любая вирусная инфекция, дети редко попадали в госпиталь. сейчас детей привозят в больницу с умеренным и тяжелым течением ковида, им нужна кислородная поддержка, поддерживающая терапия.

🔸Повсюду закрываются начальные школы из-за вспышек и кластеров ковида, родителям предлагают забрать детей домой до следующего года - без сообщений в новостях.

🔸Впервые за все время работы ковидного отделения умер от ковида здоровый 15-летний ребенок:

Но что действительно разбило мне сердце вчера, это 15-летний ребенок, который был здоров [до ковида]. Двухдневная история лихорадки, поступает в больницу, дает положительный результат на Covid, и ухудшается буквально на наших глазах, и ничего, никакая поддерживающая терапия, не смогло ей помочь.

Это первый известный мне случай умершего от ковида ребенка, у которого не было сопутствующих заболеваний. В прошлом году мы потеряли 11-летнего ребенка, но в том случае у пациента была хроническая болезнь почек, сопутствующее заболевание высокого риска.

Знает ли Петр Чумаков, когда называет омикрон живой вакциной ради того, чтобы его имя снова всплыло в топе новостей, что от этой живой вакцины бывают мертвые дети?

Все наши посты о ковиде у детей здесь

Первые новости о нейтрализации нового варианта, как и прошлой зимой, пришли из лаборатории Блума, где очень молодые ученые делают очень крутые вещи. На этот раз команда Блума применила разработанный ими калькулятор иммунного ускользания:

Мы создали калькулятор, в котором собраны данные глубокого мутационного сканирования, чтобы оценивать, как мутации в RBD SARSCoV2 влияют на распознавание поликлональными антителами человека. Калькулятор подчеркивает обширные антигенные изменения в варианте омикрон.

Калькулятор использует экспериментальные данные о том, как все мутации, возможные в RBD SARSCoV2, влияют на связывание 33 нейтрализующих антител, для расчета антигенных эффектов произвольных комбинаций мутаций в сайте RBD.

Этот подход не является сложным вычислительным алгоритмом черного ящика: это простое агрегирование прямых экспериментальных данных для создания карты связывания поликлональных антител, а затем интуитивный расчет того, как на нее влияют мутации.

Расчеты хорошо коррелируют с исследованиями нейтрализации, проведенными различными группами ученых на вариантах и мутантах SARSCoV2.

Расчеты подтверждают предположения ученых: нейтрализующая способность антител к RBD спайка рухнула туда, где все это время в гордом одиночестве был искусственный полимутантный спайк PMS20 группы Пола Биениаса (в реакциях нейтрализации псевдовирус с PMS20 не смогли нейтрализовать 17 из 21 сыворотки реконвалесцентов и 8 из 14 сывороток вакцинированных мРНК-вакцинами). Что ж, похоже, теперь у него есть настоящий природный друг - наш мягонький омикрон, чудо чудесное и живая вакцина.

Весь тред лаборатории Блума здесь.

Эти новости могут показаться ужасными, но наш канал не занимается фирмонгерством, так что уже несколько дней на случай таких новостей мы носим в кармане большой пузырек успокоительного из одного свежего исследования. Накапаем чуть позже.

❗️Сергей Собянин подтвердил сведения о двух погибших при стрельбе в МФЦ "Рязанский".

Еще три человека, по словам мэра столицы, пострадали, убийца задержан.

"В МФЦ "Рязанский" произошла трагедия. В результате стрельбы неизвестного погибли два человека, трое пострадали. Убийцу задержали. Приношу соболезнования пострадавшим и семьям погибших. Врачи делают все возможное по оказанию помощи раненым".

По некоторым данным, одна из пострадавших — 10-летняя девочка. Стрельбу в МФЦ открыл 45-летний Сергей Глазов, конфликт произошел из-за маски.

@pdmnews

❗️Бывший военный Сергей Глазов открыл стрельбу в Москве не из-за требования надеть маску, а из-за конфликта с ГБУ «Жилищник» Рязанского района. Об этом Znak.com рассказал источник в МВД.

«[У Сергея Глазова] был конфликт был с „Жилищником“, потому что ему перекрыли канализационные стояки. У „Жилищника“ давно такая тактика — человек не платит за коммуналку один-два месяца, ему перекрывают стояки, человек элементарно в туалете смыть не может», — рассказал источник нашего издания. Добавим, что сразу после стрельбы ряд СМИ сообщил, что Глазов был антипрививочником и считал пандемию коронавируса заговором.