Forwarded from JP
#طراحی_پپتید
با این حال تلاش ها برای بهبود و طرح روش هایی که به طراحی پپتید منجر می شد همچنان ادامه دارد. برای کسب اطلاعات بیشتر می توان مقاله مربوطه را مطالعه کرد.
@computational_science
با این حال تلاش ها برای بهبود و طرح روش هایی که به طراحی پپتید منجر می شد همچنان ادامه دارد. برای کسب اطلاعات بیشتر می توان مقاله مربوطه را مطالعه کرد.
@computational_science
Forwarded from 🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
از طریق لینک زیر به این سایت علمی-ویدئویی بپیوندید. http://scivideos.com/#signup و لینک خود سایت: www.scivideos.com
📣دوستان لطفا صبور باشید
اعضا به 1.8k 😉برسه فیلم های اموزش اختصاصی نرم افزارهای بیوانفورماتیکی به زبان فارسی به صورت رایگان قرار داده میشه📣😊😊
پس لطفا شما هم مارو همراهی کنید و امار رو بالا ببرید
تا اون موقع کتاب های اموزشی میذارم
چون خیلی ها نیاز دارن....
دوستان ما به حمایت شما نیاز داریم. حمایت شما فقط با ارسال این پیام برای دوستان خود است. با همکاری صمیمانه خود دانشجویان و علاقمندان به حوزه بیوانفورماتیک رو مطلع کنید تا اونا هم از مطالب ما استفاده کنن و مجبور نباشن برای یادگیری یه سری مطالب کلی هزینه به افراد سودجو بدن
https://telegram.me/computational_science
باتشکر از همه دوستان
اینم از کانال ویدیویی ما
Www.aparat.com/rasouli453
اعضا به 1.8k 😉برسه فیلم های اموزش اختصاصی نرم افزارهای بیوانفورماتیکی به زبان فارسی به صورت رایگان قرار داده میشه📣😊😊
پس لطفا شما هم مارو همراهی کنید و امار رو بالا ببرید
تا اون موقع کتاب های اموزشی میذارم
چون خیلی ها نیاز دارن....
دوستان ما به حمایت شما نیاز داریم. حمایت شما فقط با ارسال این پیام برای دوستان خود است. با همکاری صمیمانه خود دانشجویان و علاقمندان به حوزه بیوانفورماتیک رو مطلع کنید تا اونا هم از مطالب ما استفاده کنن و مجبور نباشن برای یادگیری یه سری مطالب کلی هزینه به افراد سودجو بدن
https://telegram.me/computational_science
باتشکر از همه دوستان
اینم از کانال ویدیویی ما
Www.aparat.com/rasouli453
Telegram
🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
✔️لینک گروه: https://t.me/computational_science_group
✔️لینک کانال: @Computational_science
@ammar_mohseni:ادمین✔️
✔️این شبکه وابسته به مرکز زیست محاسبات پویا می باشد
✔️لینک گروه: https://t.me/computational_science_group
✔️لینک کانال: @Computational_science
@ammar_mohseni:ادمین✔️
✔️این شبکه وابسته به مرکز زیست محاسبات پویا می باشد
Forwarded from Deleted Account
همه کاربران لینوکس میدونن که دستور vim و nano از بهترین و پرکاربردترین دستوراتی هستند که از طریق آنها می توان محتوای خط فرمان را ویرایش نمود. استفاده از این دو کامند بستگی به نظر کاربر دارد. بعضی از کاربران تمایل دارند با دستور vim کار کنند و بعضی دیگر nano را در ارجحیت قرار می دهند. توصیه ما به شما اینه که با توجه به ساده تر بودن دستور nano در مقایسه با vim برای شما که تازه میخواهید در محیط لینوکس کار کنید از این دستور استفاده کنید. مثلا اکر بخواهید در یک فایل متنی در خط 123 آن یک بخشی را ویرایش کنید با تایپ عبارت زیر در ترمینال می توانید به راختی به این بخش دسترسی پیدا نمایید و قسمت دلخواه را ویرایش کنید.
vim +123 filename.txt
دقت داشته باشید که گزینه filename نام فایل شماست که بایستی عبارت صحیح مربوط به آن را هنگام تایپ دستور در این قسمت وارد کنید. برای کسب مهارت در رابطه با دستورات ذکر شده اکنون سیستم عامل خود را باز کنید و با تایپ دستورات بالا در ترمینال خود دستورات مورد نظر را اجرا کنید تا به درستی مطالب موردنظر برای شما قاب تفهیم باشد. سایر دستورات در پست بعدی ذکر می شود.
🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪
انتشار این مطلب بدون ذکر منبع شرعا حرام است و پیگرد قانونی دارد
🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪
vim +123 filename.txt
دقت داشته باشید که گزینه filename نام فایل شماست که بایستی عبارت صحیح مربوط به آن را هنگام تایپ دستور در این قسمت وارد کنید. برای کسب مهارت در رابطه با دستورات ذکر شده اکنون سیستم عامل خود را باز کنید و با تایپ دستورات بالا در ترمینال خود دستورات مورد نظر را اجرا کنید تا به درستی مطالب موردنظر برای شما قاب تفهیم باشد. سایر دستورات در پست بعدی ذکر می شود.
🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪
انتشار این مطلب بدون ذکر منبع شرعا حرام است و پیگرد قانونی دارد
🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪
Forwarded from JP
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Molecular Dynamics Simulation - Peptide Surface Interactions
مطالعه تعامل ها و اینترکشن های سطح پروتئین یکی از موضوعات مهم در زمینه ایمپلنت( implants) و زیست مواد است. اطلاعات و داده های کمی در مورد جزئیات مولکولی در رابطه با کنترل رفتار در جذب پروتئین ها و پپتیدها است. درک اینکه پپتیدها و پروتئین ها چگونه با سطح ایمپلنت( implants) تعامل برقرار می کند در طراحی دستگاه های پزشکی بسیار هائز اهمیت است. همچنین این زمینه برای پیش بینی رفتار پروتئین ها در حلال ها بسیار مفید است. به منظور بررسی قابلیت جذب پپتیدها و پروتئین ها از شبیه سازی استفاده شده است و انرژی آزاد جذب (ΔGads) به دست می آید. شبیه سازی با استفاده از برنامه charmm و فورس فیلد host-guest peptide به همراه توالی TGTG-X-GTGT صورت گرفت.
@computational_science
Molecular Dynamics Simulation - Peptide Surface Interactions
مطالعه تعامل ها و اینترکشن های سطح پروتئین یکی از موضوعات مهم در زمینه ایمپلنت( implants) و زیست مواد است. اطلاعات و داده های کمی در مورد جزئیات مولکولی در رابطه با کنترل رفتار در جذب پروتئین ها و پپتیدها است. درک اینکه پپتیدها و پروتئین ها چگونه با سطح ایمپلنت( implants) تعامل برقرار می کند در طراحی دستگاه های پزشکی بسیار هائز اهمیت است. همچنین این زمینه برای پیش بینی رفتار پروتئین ها در حلال ها بسیار مفید است. به منظور بررسی قابلیت جذب پپتیدها و پروتئین ها از شبیه سازی استفاده شده است و انرژی آزاد جذب (ΔGads) به دست می آید. شبیه سازی با استفاده از برنامه charmm و فورس فیلد host-guest peptide به همراه توالی TGTG-X-GTGT صورت گرفت.
@computational_science
Forwarded from JP
Forwarded from JP
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
به طور خاص نتایج به دست آمده از شبیه سازی با استفاده از CHARMM نشان می دهد که قدرت جذب سطحی در پپتیدها و پروتئین ها بیشتر بستگی به قدرت سطوح آبگریز و بارمثبت دارد. این نتایج باعث تکامل و راه اندازی یک میدان نیرو برای شبیه سازی رفتار جذب پروتئین ها می شود. در حال حاضر با استفاده از نتایج حاصل از این تحقیق یک میدان نیروی سطحی همراه با CHARMM به وجود آمده است که میدان نیروی " dual force-field simulation engine نامیده می شود.
@computational_science
به طور خاص نتایج به دست آمده از شبیه سازی با استفاده از CHARMM نشان می دهد که قدرت جذب سطحی در پپتیدها و پروتئین ها بیشتر بستگی به قدرت سطوح آبگریز و بارمثبت دارد. این نتایج باعث تکامل و راه اندازی یک میدان نیرو برای شبیه سازی رفتار جذب پروتئین ها می شود. در حال حاضر با استفاده از نتایج حاصل از این تحقیق یک میدان نیروی سطحی همراه با CHARMM به وجود آمده است که میدان نیروی " dual force-field simulation engine نامیده می شود.
@computational_science
Forwarded from JP
انیمیشن میتوکندری به عنوان نیروگاه سلولی 👇👇👇👇👇👇
http://scivideos.com/videos/%D9%86%DB%8C%D8%B1%D9%88%DA%AF%D8%A7%D9%87-%D8%B3%D9%84%D9%88%D9%84-%D9%85%DB%8C%D8%AA%D9%88%DA%A9%D9%86%D8%AF%D8%B1%DB%8C/
http://scivideos.com/videos/%D9%86%DB%8C%D8%B1%D9%88%DA%AF%D8%A7%D9%87-%D8%B3%D9%84%D9%88%D9%84-%D9%85%DB%8C%D8%AA%D9%88%DA%A9%D9%86%D8%AF%D8%B1%DB%8C/
مرجع ویدئوهای علمی
میتوکندری به عنوان نیروگاه سلولی
میتوکندری یکی از اصلی ترین قسمت های سلولی می باشد که از طریق غشاء از سیتوپلاسم جدا شده و یک اندامک مستقل با ژنهای مستقل برای خود می باشد
Forwarded from Bioinformatics & Computational Biology
🔸🔹🔶🔷@computational_science 🔸🔹🔶🔷
یک مقاله جدید در روز گذشته (21 سپتامبر 2016) منتشر شد: بر روی امنیت محصولات تراریخته یا مهندسی شده (GMO)
بیولوژی محاسباتی بحث روز است، بخصوص در مواردی که به سلامت انسان کمک می کند.
با استفاده از شبیه سازی و بکارگیری الگوریتم های خاصی، پیش از اینکه هزینه های هنگفت آزمایشگاهی هدر شود، با کارایی بالا صحت مطالعات پیشبینی می شود.
این مقاله برای افرادی که در حیطه بیوتکنولوژی کار میکنند ، خصوصا بیوتکنولوژی صنایع غذایی می تواند ایده های نوینی بهمراه داشته باشد. لینک فایل پی دی اف در لینک زیر موجود است:
http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1256-6
🔸🔹🔶🔷@computational_science 🔸🔹🔶🔷
یک مقاله جدید در روز گذشته (21 سپتامبر 2016) منتشر شد: بر روی امنیت محصولات تراریخته یا مهندسی شده (GMO)
بیولوژی محاسباتی بحث روز است، بخصوص در مواردی که به سلامت انسان کمک می کند.
با استفاده از شبیه سازی و بکارگیری الگوریتم های خاصی، پیش از اینکه هزینه های هنگفت آزمایشگاهی هدر شود، با کارایی بالا صحت مطالعات پیشبینی می شود.
این مقاله برای افرادی که در حیطه بیوتکنولوژی کار میکنند ، خصوصا بیوتکنولوژی صنایع غذایی می تواند ایده های نوینی بهمراه داشته باشد. لینک فایل پی دی اف در لینک زیر موجود است:
http://bmcbioinformatics.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12859-016-1256-6
🔸🔹🔶🔷@computational_science 🔸🔹🔶🔷
BMC Bioinformatics
A covert authentication and security solution for GMOs
Background Proliferation and expansion of security risks necessitates new measures to ensure authenticity and validation of GMOs. Watermarking and other cryptographic methods are available which conceal and recover the original signature, but in the process…
محققان اعلام کردند علاوه بر حس شنوایی، بویایی، چشایی، بینایی و لامسه دارای سه حس دیگر هستیم که از وجود آن بیخبریم.
به نقل از یاهو، به گفته این محققان در ضمیر ناخودآگاه ما حواس دیگری علاوه بر حواس پنجگانه وجود دارد که به صورت ناخواسته نادیده گرفته شدهاند.
به گفته محققان این پژوهش، ما دارای حسی به نام “thermoception” (حس حرارت) هستیم که مسئول سنجش درجه حرارت بوده و به ما کمک میکند تا در سرمای زمستان بتوانیم میزان سرما را درک کنیم و بر طبق این حس لباس مناسب بپوشیم.
پیشتر احساس گرما و سرما در دستهبندی حس لامسه قرار میگرفت این در حالی است که به گفته محققان این پژوهش شما برای درک سرما یا گرما نیازی به لمس آن ندارید.
حس دیگری که همیشه مخصوصا در مدرسه و دانشگاه و محل کار به کمک ما میآید و ما از وجود آن بیاطلاع هستیم، proprioception (حس موقعیت اندامهای بدن) نام دارد که به ما کمک میکند تا بدون نگاه کردن به صفحه کلید لغات مورد نظر خود را تایپ کنید.
این حس حتی در زمان راه رفتن نیز به کمک انسان آمده و فرد بدون نگاه کردن به زمین میتواند به راحتی راه رفته و به پاهای خود برای ادامه مسیر اطمینان کند.
به کمک این حس حتی بدون نگاه کردن به اندامهای مختلف بدن میتوان موقعیت آنها را درک کرد.
شاید بتوان گفت که ما ساده ترین کارهای خود مانند رانندگی، راه رفتن، تایپ کردن و غیره را مدیون این حس هستیم.
در نهایت، حسی به نام “equilibrioception” (حس تعادل) مربوط به حفظ تعادل ما بوده و از افتادن و زمین خوردن ما جلوگیری میکند.
البته محققان این پژوهش برای اثبات رسمی این ادعای جدید نیازمند انجام پژوهشهای بیشتر هستند اما نکته قابل توجه اینجاست که بدون وجود این حواس زندگی برای ما بسیار دشوار خواهد شد.
به نقل از یاهو، به گفته این محققان در ضمیر ناخودآگاه ما حواس دیگری علاوه بر حواس پنجگانه وجود دارد که به صورت ناخواسته نادیده گرفته شدهاند.
به گفته محققان این پژوهش، ما دارای حسی به نام “thermoception” (حس حرارت) هستیم که مسئول سنجش درجه حرارت بوده و به ما کمک میکند تا در سرمای زمستان بتوانیم میزان سرما را درک کنیم و بر طبق این حس لباس مناسب بپوشیم.
پیشتر احساس گرما و سرما در دستهبندی حس لامسه قرار میگرفت این در حالی است که به گفته محققان این پژوهش شما برای درک سرما یا گرما نیازی به لمس آن ندارید.
حس دیگری که همیشه مخصوصا در مدرسه و دانشگاه و محل کار به کمک ما میآید و ما از وجود آن بیاطلاع هستیم، proprioception (حس موقعیت اندامهای بدن) نام دارد که به ما کمک میکند تا بدون نگاه کردن به صفحه کلید لغات مورد نظر خود را تایپ کنید.
این حس حتی در زمان راه رفتن نیز به کمک انسان آمده و فرد بدون نگاه کردن به زمین میتواند به راحتی راه رفته و به پاهای خود برای ادامه مسیر اطمینان کند.
به کمک این حس حتی بدون نگاه کردن به اندامهای مختلف بدن میتوان موقعیت آنها را درک کرد.
شاید بتوان گفت که ما ساده ترین کارهای خود مانند رانندگی، راه رفتن، تایپ کردن و غیره را مدیون این حس هستیم.
در نهایت، حسی به نام “equilibrioception” (حس تعادل) مربوط به حفظ تعادل ما بوده و از افتادن و زمین خوردن ما جلوگیری میکند.
البته محققان این پژوهش برای اثبات رسمی این ادعای جدید نیازمند انجام پژوهشهای بیشتر هستند اما نکته قابل توجه اینجاست که بدون وجود این حواس زندگی برای ما بسیار دشوار خواهد شد.
Forwarded from Deleted Account
Dark Purple یک فلش درایو مخرب است که از طریق یو اس بی وارد سیستم شده و باعث نابودی اطلاعات درایور ها و کل قطعات سخت افزاری می شود.
کلیک- Dark Purple نوعی فلش مموری مخرب است که می تواند پس از اتصال کامپیوتر را به آتش بکشد یا قطعات اصلی آن را بسوزاند. این قطعه توسط یک متخصص روس ساخته شده که علاقه زیادی به حوزه سخت افزار دارد.
این فلش مموری مخرب بعد از اینکه انرژی الکتریکی ۲۲۰ ولت را از طریق درگاه یو اس بی دریافت کرد مثل یک ترانسفورماتور جریان مستقیم عمل می کند و در هر سیکل به وسیله چند خازن کوچک جریان خروجی را افزایش می دهد. این دوره زمانی رفت و برگشت تا وقتی ادامه پیدا می کند که برد اصلی سیستم و قطعاتی که دارای دیود های TVS هستند به کلی از بین بروند.
اکثر قطعات اصلی نصب شده بر روی مادر برد از طریق کابل و یا سیم کشی داخلی به یکدیگر وصل شده اند. به همین دلیل جریان بیش از حد به آن ها نیز آسیب وارد می کند. با توجه به اینکه این روزها فایروال و آنتی ویروس های قدرتمندی بر روی گجت های مختلف نصب است، از USB killer می توان برای نابود کردن همه اطلاعات موجود بر روی دستگاه های دارای درگاه یو اس بی با ضریب اطمینان ۱۰۰ درصد استفاده کرد.
تولید انبوه USB killer باعث می شود که از این به بعد اگر به یک فلش درایو ناشناس برخورد کردید صرف نظر از اطلاعات، آن را به حال خود رها کنید یا اینکه منتظر نابودی تمام قطعات سیستم تان شوید.
منبع: خبرگذاری صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران
کلیک- Dark Purple نوعی فلش مموری مخرب است که می تواند پس از اتصال کامپیوتر را به آتش بکشد یا قطعات اصلی آن را بسوزاند. این قطعه توسط یک متخصص روس ساخته شده که علاقه زیادی به حوزه سخت افزار دارد.
این فلش مموری مخرب بعد از اینکه انرژی الکتریکی ۲۲۰ ولت را از طریق درگاه یو اس بی دریافت کرد مثل یک ترانسفورماتور جریان مستقیم عمل می کند و در هر سیکل به وسیله چند خازن کوچک جریان خروجی را افزایش می دهد. این دوره زمانی رفت و برگشت تا وقتی ادامه پیدا می کند که برد اصلی سیستم و قطعاتی که دارای دیود های TVS هستند به کلی از بین بروند.
اکثر قطعات اصلی نصب شده بر روی مادر برد از طریق کابل و یا سیم کشی داخلی به یکدیگر وصل شده اند. به همین دلیل جریان بیش از حد به آن ها نیز آسیب وارد می کند. با توجه به اینکه این روزها فایروال و آنتی ویروس های قدرتمندی بر روی گجت های مختلف نصب است، از USB killer می توان برای نابود کردن همه اطلاعات موجود بر روی دستگاه های دارای درگاه یو اس بی با ضریب اطمینان ۱۰۰ درصد استفاده کرد.
تولید انبوه USB killer باعث می شود که از این به بعد اگر به یک فلش درایو ناشناس برخورد کردید صرف نظر از اطلاعات، آن را به حال خود رها کنید یا اینکه منتظر نابودی تمام قطعات سیستم تان شوید.
منبع: خبرگذاری صدا و سیمای جمهوری اسلامی ایران
Forwarded from JP
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Defining the membrane disruption mechanism of kalata B1 via coarse-grained molecular dynamics simulation
مطالعات نشان داده است که مولکول kalata b1 مولکولی است که باعث اختلال غشاء می شود. در این مطالعه برای به دست آوردن درک مناسب و مکانیسم پروتئین KB1 از شبیه سازی داینامیک مولکولی دانه درشت استفاده شده است. این شبیه سازی در غلظت های مختلف مولکول KB1 صورت گرفت. دو پیکربندی از الیگومر KB1 تشخیص داده شد که شامل پیکربندی برج مانند و پیکربندی خوشه دیوار مانند است. اتصالات بین الیگومر دیوار مانند منجر به شکل گیری یک فضای توخالی در داخل خوشه KB1 در غشاء می شود.
@computational_science
Defining the membrane disruption mechanism of kalata B1 via coarse-grained molecular dynamics simulation
مطالعات نشان داده است که مولکول kalata b1 مولکولی است که باعث اختلال غشاء می شود. در این مطالعه برای به دست آوردن درک مناسب و مکانیسم پروتئین KB1 از شبیه سازی داینامیک مولکولی دانه درشت استفاده شده است. این شبیه سازی در غلظت های مختلف مولکول KB1 صورت گرفت. دو پیکربندی از الیگومر KB1 تشخیص داده شد که شامل پیکربندی برج مانند و پیکربندی خوشه دیوار مانند است. اتصالات بین الیگومر دیوار مانند منجر به شکل گیری یک فضای توخالی در داخل خوشه KB1 در غشاء می شود.
@computational_science