UGENE✅

یکی از جامع ترین نرم افزارهای بیوانفورماتیک برای آنالیز داده های زیستی مختلف مانند توالی ها، جزییات توالی ها (annotations)، همردیفی های چندگانه، درخت های فیلوژنتیکی، NGS، اسمبلی ها و... به شمار می رود. این نرم افزار شامل مجموعه ای از ابزارها و الگوریتم ها در زمینه ژنومیکس، زیست شناسی تکاملی، ویروس شناسی و ... است. این نرم افزار برای سیستم عامل های ویندوز، لینوکس و Mac ارائه شده است. از ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:
ساخت، ویرایش و نمایش توالی های اسید نوکلئیک و پروتئین
جستجوی سریع در یک توالی
همردیفی های چندگانه توالی: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
جستجو درون پایگاه های اطلاعاتی آنلاین (NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, DAS servers)
جستجوی BLAST بصورت دستی و درون NCBI
کاوشگر ORF
کاوشگر آنزیم های برشی با استفاده از لیست آنزیم های برشی REBASE
پکیج تلفیق شده Primer3 برای طراحی پرایمر PCR
ساخت و نمایش پلاسمید
کلون سازی in silico بوسیله طراحی حامل های کلون سازی
نمایش داده های توالی یابی NGS (فایل های BAM) با استفاده از مرورگر Assembly Browser
آنالیز داده های RNA-seq
آنالیز داده های ChIP-seq
@computational_science

PowerMarker ✅

نرم افزار جامعی برای آنالیز آماری داده های حاصل از نشانگرهای مولکولی است. آنالیزهای به کارگرفته شده در این نرم افزار شامل:
- خلاصه ای از آماره ها: تعداد آلل، تنوع ژنی، ضریب خویش آمیزی، تخمین فراوانی آللی، ژنوتیپی و هاپلوتیپی، عدم تعادل هاردی-وینبرگ و عدم تعادل لینکاژی
- طراحی: انتخاب مجموعه مرکزی (core set) لاین ها یا نشانگرهای نشانمند کننده هاپلوتیپ (haplotype tagging markers)
- ساختار جمعیت: آزمون تمایز جمعیت، آماره های F کلاسیک و آماره های F اختصاصی جمعیت، تخمین ساختار جمعیت
- آنالیز فیلوژنتیک: آنالیز فراوانی، فاصله و درخت، بوت استراپ
- آنالیز ارتباط: آزمون ارتباط برای طرح های مختلف
- ابزارها: ابزارهایی مانند شبیه سازی و شناسایی SNP، آزمون مانتل و P-value دقیق برای جداول احتمالی
توجه: قبل از نصب نرم افزار، از نصب Microsoft .Net framework روی سیستم خود اطمینان حاصل کنید.
@computational_science

‍ ‍ ☑️نرم افزار CFU scope (شمارش تعداد کلنی های موجود بر روی پلیت )برای گوشی های اپل می باشد.
دوستان میتواند نرم افزار مشابه آن را برای اندروید از لینک های زیر دانلود بکنند:

☑️ https://play.google.com/store/apps/details?id=com.colonycount.cklab.activity

☑️ https://play.google.com/store/apps/details?id=com.promega.colonycounter&hl=en

☑️🔺🔺🔺▪️▫️▪️🔺🔺🔺☑️
☑️🔴کانال و سوپر گروه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی 👇👇
@computational_science

https://telegram.me/joinchat/BP7D2zyFRAJTZgcOxXJA9A
☑️🔺🔺🔺▪️▫️▪️🔺🔺🔺☑️

🔻🔺🔵 توالی یابی single-cell

در بافت های زنده , همانند کلیه , تعداد زیادی از انواع سلول ها وجود دارد . هر نوع سلول دارای عملکرد و رده مجزایی است که همکاری آنها منجر به عملکرد هماهنگ بافت , ارگان و در نهایت ارگانیسم می شود . رده و مرحله رشد هر سلول تعیین کننده چگونگی پاسخگویی آنها به یکدیگر و به محیط اطرافشان می شود . در حالیکه هدف نهایی که درک کاملی از بافت ها در سطوح سلولی آنها است مبهم باقی مانده , پیشرفت های اخیر در آنالیز های single-cell نگاهی اجمالی به آینده را ارائه می دهد . عمده ترین انگیزه برای
توالی یابی single-cell بافتی مربوط به تحقیقات سرطان می شود . رویکردهای مشابهی برای برای بهبود درک ما نسبت به سیستم های بیولوژیکی حجیم همانند رشد عصبی و ایمونولوژی برای استفاده وجود دارد.
با دقت بالا و اختصاصیت NGS برای توالی یابی Single-cell و توالی یابی سطوح پایین DNA/RNA به خوبی آشنایی داریم.
تکنیک armamentarium که یکی از تکنیک های منتشر شده است , شامل تشخیص جهش های DNA , تعداد کپی
واریانت ها (CNVs) , اتصالات DNA با پروتئین , RNA splicing و اندازه گیری میزان بیان RNA می شود. اطلاعاتی که اخیرا به چاپ رسیده نشان دهنده استفاده از تکنولوژی Illumina برای توالی یابی single-cell است . ( برای یادگیری بیشتر در رابطه با تکنولوژی های توالی یابی Illumina و microarray به سایت www.illumina.com مراجعه کنید )

◀️◀️◀️ انواع کاربردهای single-cell sequencing :

سرطان , متاژنومیکس , سلول های بنیادی , ایمونولوژی , نورولوژی , یافتن داروی مناسب , بهداشت باروری , تکامل

🗒source : Single Cell Research
An Overview of Recent Single Cell Research Publications Featuring Illumina® Technology

✅لینک سوپر گروه و کانال بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی
https://telegram.me/joinchat/BP7D2zyFRAJTZgcOxXJA9A

@computational_science

#بیوانفورماتیک
تشخیص تعامل های پروتئین-پروتئین با استفاده از استراتژی های جدید بیوانفورماتیکی

یکی از راه های تشخیص اساس مولکولی بیماری ها و ناهنجاری ها بررسی اینترکشن ها و تعاملات پروتئین-پروتئین است. برای مثال یک گام مهم و اساسی برای درک پیچیدگی عفونت های ویروسی درک فعل وانفعالات بین پروتئین های ویروسی است. ویروس هرپس انسانی پاتوژن گستره انسانی در سراسر جهان است. با وجود تلاش فراوان در دهه گذشته، همچنان جزئیات مولکولی این ویروس مشخص نیست. یکی از اقدامات جدیدی که صورت گرفته است این است که یک پایگاه جدید برای اینترکشن ها و تعاملات پروتئین-پروتئین برای پروتئین های درونی ویروس هرپس در نظر گرفته شده است.
@computational_science

در تحقیقی جدید که اخیرا صورت گرفته است پایگاه داده ی HVint معرفی شده است که یک پایگاه داده یکپارچه و منسجم برای داده تعاملات مولکولی برای ویروس HSV-1 است. این پایگاه داده شامل اینترکشن های تجربی تشخیص داده شده در گونه های مختلف HSV-1 است. در این پایگاه داده تعاملات با استفاده از امتیاز بندی تنظیم شده اند. به همین خاطر این پایگاه داده یک منبعی است که می توان اولویت تعاملات برای تست های تجربی انجام داد. شکل زیر تعاملات مولکولی پروتئین-پروتئین که با استفاده از این پایگاه داده به دست آمده است را نشان می دهد.
@computational_science

مزیت این نقشه اینترکشن های پروتئینی که اینترکتوم نامیده می شود این است که به راحتی می توان از روی آن ارتباط بین پروتئین های ویروس را مشاهده کرد و در صورت نیاز پروتئین هایی را که نیاز است مورد دستکار قرار داد. علاوه بر این پروتئین ها را بر اساس اهمیت اشان تقسیم بندی کرد که در این تصویر نیز پروتئین های مذکور به ۵ دسته مختلف تقسیم شده اند.
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
A coarse grained molecular dynamics study on the structure and stability of small-sized liposomes

یکی از کاربردهایی شبیه سازی داینامیک مولکولی دارد، شبیه سازی سیستم هایی مثل لیپوزوم های زیستی هستند که به عنوان حامل برای داروهای زیستی مورد استفاده قرار می گیرند. لیپوزوم ها در محیط آبی تمایل دارند که به صورت خودتجمعی تشکیل ساختارهای کروی را می دهند که این ساختارهای کروی می توانند به عنوان حامل مواد دارویی استفاده شوند. از آنجایی که لیپوزوم ها از مولکول های زیست سازگار در داخل بدن مثل لیپیدها و دترجنت ها تشکیل می شود، زیست سازگار هستند. نکته ای که قابل ذکر است این است که ساختار هندسی و پایداری حرارتی لیپوزوم ها تحت تاثیر نوع مولکول های لیپید در ساختار خود است. به همین خاطر در این تحقیق ۸ نوع از لیپیدها برای بررسی تاثیر آنها در شکل گیری و پایداری لیپوزوم ها مورد استفاده قرار گرفتند. شکل زیر نمایی از لیپیدهایی که به صورت دانه درشت در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند را نشان می دهد.
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی

سپس این لیپید های مذکور در محیط شبیه سازی با غلظت مناسب قرار گرفتند. این لیپیدها در دو دمای ۳۱۰ و ۳۶۰ درجه کلوین مورد شبیه سازی قرار گرفتند. که در شکل زیر نیز مشخص است. و در نهایت آنالیزها نشان داد که لیپوزومی که از لیپید DMPC تشکیل شده است تمایل مناسبی برای تشکیل ساختار کروی دارد. ونتیجه دیگری که به دست آمد به این صورت است که همه ی این لیپوزوم ها که از لیپیدهای نام برده شده ایجاد شده اند در دمای ۳۶۰ درجه کلوین پایداری دمایی مناسبی را دارند. برای مطالعه بیشتر می توانید مقاله مورد نظر، که عنوان آن در اینجا آمده است را مورد مطالعه قرار دهید.
@computational_science

📣چگونه در یک مقاله عکس های فتوشاپی یا ویرایش شده را تشخیص دهیم؟📣
17 آگوست -2016
👌یکی از مهمترین مواردی که همواره دغدغه داوران و بسیاری از ویراستاران ژورنال های معتبر دنیا می باشد این است که ابزاری در اختیار داشته باشند که بتوانند به راحتی عکس های ادیت شده را از موارد اورجینال شناسایی نمایند. در این تاپیک نرم افزار izitru را به شما همراهان گرامی معرفی میکنیم. این نرم افزار که از محیط کاربری ساده برخوردار است شما را قادر می سازد به راحتی تمامی عکسهای تقلبی را از عکس های اورجینال تشخیص دهید. این نرم افزار تحت وب بوده و فقط کافی است عکس خود را در آن بارگذاری کنید. به راحتی می توانید در این نرم افزار مشخصات اخرین ویرایشی که بر روی عکس اپلود شده صورت گرفته است را مشاهده نمایید
برای دسترسی به این نرم افزار بر روی لینک زیر کلیک کنید
👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿👇🏿
https://www.izitru.com/
👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆👆

از طریق لینک زیر به این سایت علمی-ویدئویی بپیوندید. http://scivideos.com/#signup و لینک خود سایت: www.scivideos.com

http://www.thesaurus.com/browse/suggest
📣وبسایتی جامع برای شناسایی انواع فعل ضمیر اسم و... از یک واژه انگلیسی. با یک جسجوی ساده واژه دلخواه خود را پیدا کنید. دانشجویانی که برای نگارش مقالات خود نیاز به استفاده مداوم از دیکشنری دارند، این وبسایت جایگزین مناسبی برای کارهای آنها خواهد بود و به راحتی می توانند از آن استفاده کنند.
☘☘☘☘☘☘ 💉🚑💊 🍀 🍀 🍀 ☘☘☘☘☘☘
👍مزایای این وبسایت👍
1- مشاهده مترادف ها و متضادها
2-شناسایی اقسام مختلف یک کلمه لاتین
3- شناسایی ریشه-های فعل و ضمایر
4-ارزیابی قسمت های مختلف کلمه
5-تعیین سطح پیچیدگی واژه های ارائه شده
6- ارائه تلفظ دقیق هر واژه
و....

متاژنوم و پزشکی فرد محور
هر فردی دارای توالی منحصربفرد DNA ژنومیک و همچنین توالی ژنی مربوط به ارگانیسم های مختلف(باکتری،قارچ،ویروس و ...) میباشدکه متاژنوم نام دارد. مطالعه فلور یعنی طیف گسترده ای از میکروارگانیسم های ساکن بخش های مختلف بدن انسان، نقش بسیار مهمی در تحقیقات متاژنومیک دارد. با مطالعه فلور روده بیماران ممکن است میکروارگانیسم های مرتبط با یک بیماری مثل دیابت یا استعداد ابتلا به یک بیماری خاص شناسایی گردد. متاژنوم می تواند اساس استفاده از تکنیک های پزشکی فردمحور و توسعه داروهای جدید در آینده باشد!!!
محققان دانشگاه ITMO یک برنامه نرم افزاری بنام MetaFast طراحی کرده اند که امکان مقایسه سریع DNA میکروارگانیسم های زنده در ریزمحیط های متفاوت را میدهد. بااین الگوریتم میتوان به آسانی میکروبیوم یک انسان سالم و یک بیمار را مقایسه کرد و جالبتر ازاین امکان شناسایی پاتوژن های ناشناخته نیز وجوددارد که این دستاورد میتواند کمک بزرگی برای پزشکی فردمحور باشد.
http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/early/2016/06/16/bioinformatics.btw312

@computational_science