🇮🇷🇮🇷🇮🇷معرفی فناوری زیستی با حضور بزرگان صنعت زیستی در ایران 🇮🇷🇮🇷🇮🇷🇮🇷🇮🇷🖕🖕🖕

@computational_science

آموزش دریافت ژن از NCBI :
1- ورود به سایت http://www.ncbi.nlm.nih.gov/
2-تنظیم جستجوگر بر روی gene
3- ورود به صفحه نتایج
4- دریافت اطلاعات ژن
5- دریافت اطلاعات توالی
آموزش تصویری :
👇👇👇👇👇
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Molecular dynamics simulation of nanoindentation of Fe3C and Fe4C
عناصر کمیاب در بدن نقش های مهم و حیاتی دارند. مثلا Iron carbides به عنوان سنسور، کاتالیست و تشخیص های مولکولی و هماهنگ کردن مسیرهای سلولی نقش دارند. لذا این اهمیت و ساختار کوچک این اتم های فلزی نیاز است به صورت تئوری مورد بررسی قرار گیرند. به همین خاطر یکی از کاربردهای شبیه سازی داینامیک مولکولی بررسی یون ها و فلزهای کمیاب در بدن است. با توجه به اینکه تشخیص در حد نانو در حالت تجربی و آزمایشگاهی بسیار هزینه بر و پیچیده است، استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی در این حیطه اطلاعات قابل اعتمادی را در مقیاس زمانی کم والبته با هزینه کمتر ارائه می دهد. به طور معمول از نرم افزار LAMMPS برای شبیه سازی فلزها و ذرات نانویی در داخل بدن استفاده می شود و از نرم افزارهای VMD و OVITO برای مشاهده کردن ساختار سه بعدی این ذرات استفاده می شود.
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
برای مثال شکل زیر شبیه سازی اتم های فلزی را در کنار یک تشخیص دهنده (IDENTOR) نشان می دهد که با استفاده نرم افزار LAMMPS صورت گرفته است. در این شبیه سازی برای اینکه تاثیر تشخیص دهنده بر ری اتم ها مشخص شود اتم ها را در گروه های مختلفی تقسیم بندی شده اند. در واقع در این شبیه سازی اتم های فلزی که قرار است مورد بررسی قرار بگیرند در داخل جعبه شبیه سازی تثبیت می شوند.
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
البته اتم های فلزی که در بخش های رویی جعبه قرار دارند امکان حرکت و جابجایی در جعبه را دارند. مولکول تشخیص دهنده در معرض این اتم های متحرک قرار می گیرد و با میانکنش و ارتباطی که با این اتم ها برقرار می کند در بررسی عملکرد و ویژگی اتم ها نقش دارد و اتم های فلزی که درر لایه های زیرین قرار دارند به صورت حالت تثبیت شده هستند و باعث ثابت شدن اتم های لایه ای بالاتر می شوند.
@computational_science

UGENE✅

یکی از جامع ترین نرم افزارهای بیوانفورماتیک برای آنالیز داده های زیستی مختلف مانند توالی ها، جزییات توالی ها (annotations)، همردیفی های چندگانه، درخت های فیلوژنتیکی، NGS، اسمبلی ها و... به شمار می رود. این نرم افزار شامل مجموعه ای از ابزارها و الگوریتم ها در زمینه ژنومیکس، زیست شناسی تکاملی، ویروس شناسی و ... است. این نرم افزار برای سیستم عامل های ویندوز، لینوکس و Mac ارائه شده است. از ویژگی های این نرم افزار می توان به موارد زیر اشاره کرد:
ساخت، ویرایش و نمایش توالی های اسید نوکلئیک و پروتئین
جستجوی سریع در یک توالی
همردیفی های چندگانه توالی: ClustalW, ClustalO, MUSCLE, Kalign, MAFFT, T-Coffee
جستجو درون پایگاه های اطلاعاتی آنلاین (NCBI, PDB, UniProtKB/Swiss-Prot, UniProtKB/TrEMBL, DAS servers)
جستجوی BLAST بصورت دستی و درون NCBI
کاوشگر ORF
کاوشگر آنزیم های برشی با استفاده از لیست آنزیم های برشی REBASE
پکیج تلفیق شده Primer3 برای طراحی پرایمر PCR
ساخت و نمایش پلاسمید
کلون سازی in silico بوسیله طراحی حامل های کلون سازی
نمایش داده های توالی یابی NGS (فایل های BAM) با استفاده از مرورگر Assembly Browser
آنالیز داده های RNA-seq
آنالیز داده های ChIP-seq
@computational_science

PowerMarker ✅

نرم افزار جامعی برای آنالیز آماری داده های حاصل از نشانگرهای مولکولی است. آنالیزهای به کارگرفته شده در این نرم افزار شامل:
- خلاصه ای از آماره ها: تعداد آلل، تنوع ژنی، ضریب خویش آمیزی، تخمین فراوانی آللی، ژنوتیپی و هاپلوتیپی، عدم تعادل هاردی-وینبرگ و عدم تعادل لینکاژی
- طراحی: انتخاب مجموعه مرکزی (core set) لاین ها یا نشانگرهای نشانمند کننده هاپلوتیپ (haplotype tagging markers)
- ساختار جمعیت: آزمون تمایز جمعیت، آماره های F کلاسیک و آماره های F اختصاصی جمعیت، تخمین ساختار جمعیت
- آنالیز فیلوژنتیک: آنالیز فراوانی، فاصله و درخت، بوت استراپ
- آنالیز ارتباط: آزمون ارتباط برای طرح های مختلف
- ابزارها: ابزارهایی مانند شبیه سازی و شناسایی SNP، آزمون مانتل و P-value دقیق برای جداول احتمالی
توجه: قبل از نصب نرم افزار، از نصب Microsoft .Net framework روی سیستم خود اطمینان حاصل کنید.
@computational_science

‍ ‍ ☑️نرم افزار CFU scope (شمارش تعداد کلنی های موجود بر روی پلیت )برای گوشی های اپل می باشد.
دوستان میتواند نرم افزار مشابه آن را برای اندروید از لینک های زیر دانلود بکنند:

☑️ https://play.google.com/store/apps/details?id=com.colonycount.cklab.activity

☑️ https://play.google.com/store/apps/details?id=com.promega.colonycounter&hl=en

☑️🔺🔺🔺▪️▫️▪️🔺🔺🔺☑️
☑️🔴کانال و سوپر گروه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی 👇👇
@computational_science

https://telegram.me/joinchat/BP7D2zyFRAJTZgcOxXJA9A
☑️🔺🔺🔺▪️▫️▪️🔺🔺🔺☑️

🔻🔺🔵 توالی یابی single-cell

در بافت های زنده , همانند کلیه , تعداد زیادی از انواع سلول ها وجود دارد . هر نوع سلول دارای عملکرد و رده مجزایی است که همکاری آنها منجر به عملکرد هماهنگ بافت , ارگان و در نهایت ارگانیسم می شود . رده و مرحله رشد هر سلول تعیین کننده چگونگی پاسخگویی آنها به یکدیگر و به محیط اطرافشان می شود . در حالیکه هدف نهایی که درک کاملی از بافت ها در سطوح سلولی آنها است مبهم باقی مانده , پیشرفت های اخیر در آنالیز های single-cell نگاهی اجمالی به آینده را ارائه می دهد . عمده ترین انگیزه برای
توالی یابی single-cell بافتی مربوط به تحقیقات سرطان می شود . رویکردهای مشابهی برای برای بهبود درک ما نسبت به سیستم های بیولوژیکی حجیم همانند رشد عصبی و ایمونولوژی برای استفاده وجود دارد.
با دقت بالا و اختصاصیت NGS برای توالی یابی Single-cell و توالی یابی سطوح پایین DNA/RNA به خوبی آشنایی داریم.
تکنیک armamentarium که یکی از تکنیک های منتشر شده است , شامل تشخیص جهش های DNA , تعداد کپی
واریانت ها (CNVs) , اتصالات DNA با پروتئین , RNA splicing و اندازه گیری میزان بیان RNA می شود. اطلاعاتی که اخیرا به چاپ رسیده نشان دهنده استفاده از تکنولوژی Illumina برای توالی یابی single-cell است . ( برای یادگیری بیشتر در رابطه با تکنولوژی های توالی یابی Illumina و microarray به سایت www.illumina.com مراجعه کنید )

◀️◀️◀️ انواع کاربردهای single-cell sequencing :

سرطان , متاژنومیکس , سلول های بنیادی , ایمونولوژی , نورولوژی , یافتن داروی مناسب , بهداشت باروری , تکامل

🗒source : Single Cell Research
An Overview of Recent Single Cell Research Publications Featuring Illumina® Technology

✅لینک سوپر گروه و کانال بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی
https://telegram.me/joinchat/BP7D2zyFRAJTZgcOxXJA9A

@computational_science

#بیوانفورماتیک
تشخیص تعامل های پروتئین-پروتئین با استفاده از استراتژی های جدید بیوانفورماتیکی

یکی از راه های تشخیص اساس مولکولی بیماری ها و ناهنجاری ها بررسی اینترکشن ها و تعاملات پروتئین-پروتئین است. برای مثال یک گام مهم و اساسی برای درک پیچیدگی عفونت های ویروسی درک فعل وانفعالات بین پروتئین های ویروسی است. ویروس هرپس انسانی پاتوژن گستره انسانی در سراسر جهان است. با وجود تلاش فراوان در دهه گذشته، همچنان جزئیات مولکولی این ویروس مشخص نیست. یکی از اقدامات جدیدی که صورت گرفته است این است که یک پایگاه جدید برای اینترکشن ها و تعاملات پروتئین-پروتئین برای پروتئین های درونی ویروس هرپس در نظر گرفته شده است.
@computational_science

در تحقیقی جدید که اخیرا صورت گرفته است پایگاه داده ی HVint معرفی شده است که یک پایگاه داده یکپارچه و منسجم برای داده تعاملات مولکولی برای ویروس HSV-1 است. این پایگاه داده شامل اینترکشن های تجربی تشخیص داده شده در گونه های مختلف HSV-1 است. در این پایگاه داده تعاملات با استفاده از امتیاز بندی تنظیم شده اند. به همین خاطر این پایگاه داده یک منبعی است که می توان اولویت تعاملات برای تست های تجربی انجام داد. شکل زیر تعاملات مولکولی پروتئین-پروتئین که با استفاده از این پایگاه داده به دست آمده است را نشان می دهد.
@computational_science

مزیت این نقشه اینترکشن های پروتئینی که اینترکتوم نامیده می شود این است که به راحتی می توان از روی آن ارتباط بین پروتئین های ویروس را مشاهده کرد و در صورت نیاز پروتئین هایی را که نیاز است مورد دستکار قرار داد. علاوه بر این پروتئین ها را بر اساس اهمیت اشان تقسیم بندی کرد که در این تصویر نیز پروتئین های مذکور به ۵ دسته مختلف تقسیم شده اند.
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
A coarse grained molecular dynamics study on the structure and stability of small-sized liposomes

یکی از کاربردهایی شبیه سازی داینامیک مولکولی دارد، شبیه سازی سیستم هایی مثل لیپوزوم های زیستی هستند که به عنوان حامل برای داروهای زیستی مورد استفاده قرار می گیرند. لیپوزوم ها در محیط آبی تمایل دارند که به صورت خودتجمعی تشکیل ساختارهای کروی را می دهند که این ساختارهای کروی می توانند به عنوان حامل مواد دارویی استفاده شوند. از آنجایی که لیپوزوم ها از مولکول های زیست سازگار در داخل بدن مثل لیپیدها و دترجنت ها تشکیل می شود، زیست سازگار هستند. نکته ای که قابل ذکر است این است که ساختار هندسی و پایداری حرارتی لیپوزوم ها تحت تاثیر نوع مولکول های لیپید در ساختار خود است. به همین خاطر در این تحقیق ۸ نوع از لیپیدها برای بررسی تاثیر آنها در شکل گیری و پایداری لیپوزوم ها مورد استفاده قرار گرفتند. شکل زیر نمایی از لیپیدهایی که به صورت دانه درشت در این تحقیق مورد استفاده قرار گرفتند را نشان می دهد.
@computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی

سپس این لیپید های مذکور در محیط شبیه سازی با غلظت مناسب قرار گرفتند. این لیپیدها در دو دمای ۳۱۰ و ۳۶۰ درجه کلوین مورد شبیه سازی قرار گرفتند. که در شکل زیر نیز مشخص است. و در نهایت آنالیزها نشان داد که لیپوزومی که از لیپید DMPC تشکیل شده است تمایل مناسبی برای تشکیل ساختار کروی دارد. ونتیجه دیگری که به دست آمد به این صورت است که همه ی این لیپوزوم ها که از لیپیدهای نام برده شده ایجاد شده اند در دمای ۳۶۰ درجه کلوین پایداری دمایی مناسبی را دارند. برای مطالعه بیشتر می توانید مقاله مورد نظر، که عنوان آن در اینجا آمده است را مورد مطالعه قرار دهید.
@computational_science