#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در شکل زیر نفوذ دارو در دو بخش هیدروفوبیک و هیدروفیل لیپوزوم مورد بررسی قرار گرفته است.داروهای hypericin ای که هیدروفوب هستند به رنگ زرد هستند و در غلظت های مختلف نفوذ کارآمدی دارند و داروهایی نیز که هیدروفیل هستند به رنگ قرمز هستند که در مرکز لیپوزوم قرار می گیرند. این نوع از شبیه سازی ها با اینکه کمی پیچیده و زمان بر هستند ولی کاربردی که این نوع از شبیه سازی ها دارند این است که اطلاعات با ارزشی در مقیاس اتمی در مورد خود لیپوزوم و داروها به می دهند. همچنین پدیده ی نفوذ دارو در حامل¬ها را نیز مورد بررسی قرار داد.
@computational_science
در شکل زیر نفوذ دارو در دو بخش هیدروفوبیک و هیدروفیل لیپوزوم مورد بررسی قرار گرفته است.داروهای hypericin ای که هیدروفوب هستند به رنگ زرد هستند و در غلظت های مختلف نفوذ کارآمدی دارند و داروهایی نیز که هیدروفیل هستند به رنگ قرمز هستند که در مرکز لیپوزوم قرار می گیرند. این نوع از شبیه سازی ها با اینکه کمی پیچیده و زمان بر هستند ولی کاربردی که این نوع از شبیه سازی ها دارند این است که اطلاعات با ارزشی در مقیاس اتمی در مورد خود لیپوزوم و داروها به می دهند. همچنین پدیده ی نفوذ دارو در حامل¬ها را نیز مورد بررسی قرار داد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
آنالیز های مناسبی که برای این نوع از فعالیت ها پیشنهاد می شود ودر این تحقیق نیز مورد استفاده قرار گرفته اند آنالیزهایی مثل:
1-بررسی (Potential of mean force (PMF) داروی مورد نظر برای بررسی نفوذ دارو
2- نمودار پروفایل Free energy که برای بررسی میانکنش دارو با لیپوزوم است
@computational_science
آنالیز های مناسبی که برای این نوع از فعالیت ها پیشنهاد می شود ودر این تحقیق نیز مورد استفاده قرار گرفته اند آنالیزهایی مثل:
1-بررسی (Potential of mean force (PMF) داروی مورد نظر برای بررسی نفوذ دارو
2- نمودار پروفایل Free energy که برای بررسی میانکنش دارو با لیپوزوم است
@computational_science
دوستان عزیز لطفا پست های قبلی رو مجدد مطالعه بفرمایید،
با تشکر
با تشکر
با تشکر
امروز باید سر تعظیم فرود بیاریم جلوی همه دانشگاه هایی که حاضر شدند تا با ما همگاری کنند و هیچگونه هزینه ای را از شرکت کنندگان دریافت نکنند. از دانشگاه های که اعلام آمادگی کردند عبارتند از: دانشگاه تهران، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه الزهرا، دانشگاه رودهن، دانشگاه اسلامشهر و بقیه دانشگاه خوب کشورمان،
جالب است عرض کنم که به علت پر شدن بازه زمانی دور اول بقیه دانشگاه ها به دور دوم موکول شدند.
تا دو روز آینده برنامه همه دانشگاه ها اعلام خواهد شد،
با تشکر و عرض ادب و احترام
امروز باید سر تعظیم فرود بیاریم جلوی همه دانشگاه هایی که حاضر شدند تا با ما همگاری کنند و هیچگونه هزینه ای را از شرکت کنندگان دریافت نکنند. از دانشگاه های که اعلام آمادگی کردند عبارتند از: دانشگاه تهران، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه الزهرا، دانشگاه رودهن، دانشگاه اسلامشهر و بقیه دانشگاه خوب کشورمان،
جالب است عرض کنم که به علت پر شدن بازه زمانی دور اول بقیه دانشگاه ها به دور دوم موکول شدند.
تا دو روز آینده برنامه همه دانشگاه ها اعلام خواهد شد،
با تشکر و عرض ادب و احترام
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Mechanical properties of a complete microtubule revealed through molecular dynamics simulation
میکروتوبل ها (MTS) بزرگترین نوع رشته های سلولی، در فرایندهای مختلف از قبیل میتوز، میوز و فلاژلی که در حرکت نقش دارد، دخیل هستند. بسیاری از فرایندهای سلولی به شدت تحت تاثیر داینامیک MT ها هستند. اما الاستیک مدولی(moduli elastic) به ویژه مدول های یانگ (Young’s modulus) که مربوط به میکروتوبول ها هستند به طور مستقیم از آزمایش های تجربی به دست نمی آیند. به همین خاطر روش داینامیک مولکولی یک روش مناسب برای چنین پدیده هایی است که در حالت تجربی امکان بررسی ندارند. به طور معمول روش داینامیک مولکولی نیاز به خواص اتمی و جزئی سیستم مورد بررسی دارد که در مورد میکروتوبول ها این اطلاعات وجود ندارد. به همین خاطر در این تحقیق اطلاعات تکمیلی ساختاری با استفاده از روش هایی مثل cryo-electron microscopy و electron crystallography به دست آمده است بعد یک مدل از میکروتوبول ها ساخته شده است و در نهایت MD انجام شده است.
شکل زیر مدل اولیه ای که از میکروتوبول ها ساخته شده است، را نشان می دهد.
@computational_science
Mechanical properties of a complete microtubule revealed through molecular dynamics simulation
میکروتوبل ها (MTS) بزرگترین نوع رشته های سلولی، در فرایندهای مختلف از قبیل میتوز، میوز و فلاژلی که در حرکت نقش دارد، دخیل هستند. بسیاری از فرایندهای سلولی به شدت تحت تاثیر داینامیک MT ها هستند. اما الاستیک مدولی(moduli elastic) به ویژه مدول های یانگ (Young’s modulus) که مربوط به میکروتوبول ها هستند به طور مستقیم از آزمایش های تجربی به دست نمی آیند. به همین خاطر روش داینامیک مولکولی یک روش مناسب برای چنین پدیده هایی است که در حالت تجربی امکان بررسی ندارند. به طور معمول روش داینامیک مولکولی نیاز به خواص اتمی و جزئی سیستم مورد بررسی دارد که در مورد میکروتوبول ها این اطلاعات وجود ندارد. به همین خاطر در این تحقیق اطلاعات تکمیلی ساختاری با استفاده از روش هایی مثل cryo-electron microscopy و electron crystallography به دست آمده است بعد یک مدل از میکروتوبول ها ساخته شده است و در نهایت MD انجام شده است.
شکل زیر مدل اولیه ای که از میکروتوبول ها ساخته شده است، را نشان می دهد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در این شکل مدل اتمی از زیر واحد های میکروتوبولی شامل آلفا-توبولین و بتا-توبولین به همراه مولکول GTP و GDP ساخته شده است. همچنین مدل اتمی از میکروتول لوله ای که پلیمریزه شده است نیز ساخته شده است. سپس سیستم کلی MT ساخته شده است و شبیه سازی ان صورت گرفته است. شکل زیر نیز سیستم MT ای که برای شبیه سازی ساخته شده است را نشان می دهد.
@computational_science
در این شکل مدل اتمی از زیر واحد های میکروتوبولی شامل آلفا-توبولین و بتا-توبولین به همراه مولکول GTP و GDP ساخته شده است. همچنین مدل اتمی از میکروتول لوله ای که پلیمریزه شده است نیز ساخته شده است. سپس سیستم کلی MT ساخته شده است و شبیه سازی ان صورت گرفته است. شکل زیر نیز سیستم MT ای که برای شبیه سازی ساخته شده است را نشان می دهد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در نهایت در این تحقیق یک سری داده ها به دست آمدند که با استفاده از این داده ها فیلم هایی تولید شدند که داینامیک را در سطوح مختلفی در ساختار میکروتوبول ها نشان می دهد.
@computational_science
در نهایت در این تحقیق یک سری داده ها به دست آمدند که با استفاده از این داده ها فیلم هایی تولید شدند که داینامیک را در سطوح مختلفی در ساختار میکروتوبول ها نشان می دهد.
@computational_science
جهت مطالعه کامل می تونید از مقاله زیر استفاده کنید.
طبقوعده قبلی امروز برنامه همایش بیوانفورماتیک و بیوشیمی محاسباتی رو اعلام میکنیم
روز چهرشنبه 15 اردیبهشت دانشگاه صنعتی اصفهان