#خبر مهم 🎺🎺🎺🎺🎺🎺🎺🎺
مرکز زیست محاسبات پویا در نظر دارد تا با همکاری مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی همایش رایگان (معرفی علم بیولوژی محاسبات و کاربردهای آن) را در قالب کارگاه یک روز با معرفی زمینه های ذکر شده در پوستر زیر برگزار نماید. این کارگاه کاملا رایگان بوده و شرکت برای افراد آزاد می باشد. در صورتی که مرکز یا موسسه ای آمادگی همکاری را داشته باشد لطفا با مرکز مربوطه تماس حاصل فرمایید.
@computational_science
مرکز زیست محاسبات پویا در نظر دارد تا با همکاری مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی همایش رایگان (معرفی علم بیولوژی محاسبات و کاربردهای آن) را در قالب کارگاه یک روز با معرفی زمینه های ذکر شده در پوستر زیر برگزار نماید. این کارگاه کاملا رایگان بوده و شرکت برای افراد آزاد می باشد. در صورتی که مرکز یا موسسه ای آمادگی همکاری را داشته باشد لطفا با مرکز مربوطه تماس حاصل فرمایید.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Molecular Dynamics Studies of Liposomes as Carriers for Photosensitizing Drugs: Development, Validation, and Simulations with a Coarse-Grained Model
یکی از کاربردهای شبیه سازی داینامیک مولکولی، شبیه سازی سیستم های غشایی مثل سیستم های غشایی دولایه، لیپوزوم ها و میسل ها است. شبیه سازی لیپوزوم ها به منظور بررسی نحوه ی شکل گیری و همچنین عوامل موثر در پایداری و شکل گیری آن ها صورت می گیرد. همچنین با شبیه سازی آنها می توان به لیپوزوم های مناسب و اپتیمایز شده به عنوان حامل دارو دست یافت. لیپوزوم ها به عنوان سیستم های دارورسانی جدید برای انواع بافت ها و محل های خاص در بدن طراحی می شوند .با این حال اطلاعات کمی در مورد مکانیسم دقیق تحویل دارو به بافت ها از طریق لیپوزوم ها در دست است. به همین خاطر در این تحقیق مدل شبیه سازی لیپوزوم به صورت coarse-grained ارائه شده است. غلظت فسفولیپیدی مناسب(حدودا 2500 لیپید) در محیط آبی اضافه شدند که در طی شبیه سازی منجر به تشکیل لیپوزوم می شوند. داروی مورد نظر که برای نفوذ به داخل لیپوزوم مورد بررسی قرار می گیرد داروی hypericin می باشد که در غلظت های مختلف این دارو، نفوذ این دارو مورد بررسی قرار می گیرد. در شکل زیر snapshot هایی از شبیه سازی لیپوزوم مورد نظر به همراه داروی hypericin مشاهده می شود. همچنین مولکول های آب در محیط شبیه سازی اضافه شده اند که به رنگ آبی مشخص شده اند.
@computational_science
Molecular Dynamics Studies of Liposomes as Carriers for Photosensitizing Drugs: Development, Validation, and Simulations with a Coarse-Grained Model
یکی از کاربردهای شبیه سازی داینامیک مولکولی، شبیه سازی سیستم های غشایی مثل سیستم های غشایی دولایه، لیپوزوم ها و میسل ها است. شبیه سازی لیپوزوم ها به منظور بررسی نحوه ی شکل گیری و همچنین عوامل موثر در پایداری و شکل گیری آن ها صورت می گیرد. همچنین با شبیه سازی آنها می توان به لیپوزوم های مناسب و اپتیمایز شده به عنوان حامل دارو دست یافت. لیپوزوم ها به عنوان سیستم های دارورسانی جدید برای انواع بافت ها و محل های خاص در بدن طراحی می شوند .با این حال اطلاعات کمی در مورد مکانیسم دقیق تحویل دارو به بافت ها از طریق لیپوزوم ها در دست است. به همین خاطر در این تحقیق مدل شبیه سازی لیپوزوم به صورت coarse-grained ارائه شده است. غلظت فسفولیپیدی مناسب(حدودا 2500 لیپید) در محیط آبی اضافه شدند که در طی شبیه سازی منجر به تشکیل لیپوزوم می شوند. داروی مورد نظر که برای نفوذ به داخل لیپوزوم مورد بررسی قرار می گیرد داروی hypericin می باشد که در غلظت های مختلف این دارو، نفوذ این دارو مورد بررسی قرار می گیرد. در شکل زیر snapshot هایی از شبیه سازی لیپوزوم مورد نظر به همراه داروی hypericin مشاهده می شود. همچنین مولکول های آب در محیط شبیه سازی اضافه شده اند که به رنگ آبی مشخص شده اند.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در شکل زیر نفوذ دارو در دو بخش هیدروفوبیک و هیدروفیل لیپوزوم مورد بررسی قرار گرفته است.داروهای hypericin ای که هیدروفوب هستند به رنگ زرد هستند و در غلظت های مختلف نفوذ کارآمدی دارند و داروهایی نیز که هیدروفیل هستند به رنگ قرمز هستند که در مرکز لیپوزوم قرار می گیرند. این نوع از شبیه سازی ها با اینکه کمی پیچیده و زمان بر هستند ولی کاربردی که این نوع از شبیه سازی ها دارند این است که اطلاعات با ارزشی در مقیاس اتمی در مورد خود لیپوزوم و داروها به می دهند. همچنین پدیده ی نفوذ دارو در حامل¬ها را نیز مورد بررسی قرار داد.
@computational_science
در شکل زیر نفوذ دارو در دو بخش هیدروفوبیک و هیدروفیل لیپوزوم مورد بررسی قرار گرفته است.داروهای hypericin ای که هیدروفوب هستند به رنگ زرد هستند و در غلظت های مختلف نفوذ کارآمدی دارند و داروهایی نیز که هیدروفیل هستند به رنگ قرمز هستند که در مرکز لیپوزوم قرار می گیرند. این نوع از شبیه سازی ها با اینکه کمی پیچیده و زمان بر هستند ولی کاربردی که این نوع از شبیه سازی ها دارند این است که اطلاعات با ارزشی در مقیاس اتمی در مورد خود لیپوزوم و داروها به می دهند. همچنین پدیده ی نفوذ دارو در حامل¬ها را نیز مورد بررسی قرار داد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
آنالیز های مناسبی که برای این نوع از فعالیت ها پیشنهاد می شود ودر این تحقیق نیز مورد استفاده قرار گرفته اند آنالیزهایی مثل:
1-بررسی (Potential of mean force (PMF) داروی مورد نظر برای بررسی نفوذ دارو
2- نمودار پروفایل Free energy که برای بررسی میانکنش دارو با لیپوزوم است
@computational_science
آنالیز های مناسبی که برای این نوع از فعالیت ها پیشنهاد می شود ودر این تحقیق نیز مورد استفاده قرار گرفته اند آنالیزهایی مثل:
1-بررسی (Potential of mean force (PMF) داروی مورد نظر برای بررسی نفوذ دارو
2- نمودار پروفایل Free energy که برای بررسی میانکنش دارو با لیپوزوم است
@computational_science
دوستان عزیز لطفا پست های قبلی رو مجدد مطالعه بفرمایید،
با تشکر
با تشکر
با تشکر
امروز باید سر تعظیم فرود بیاریم جلوی همه دانشگاه هایی که حاضر شدند تا با ما همگاری کنند و هیچگونه هزینه ای را از شرکت کنندگان دریافت نکنند. از دانشگاه های که اعلام آمادگی کردند عبارتند از: دانشگاه تهران، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه الزهرا، دانشگاه رودهن، دانشگاه اسلامشهر و بقیه دانشگاه خوب کشورمان،
جالب است عرض کنم که به علت پر شدن بازه زمانی دور اول بقیه دانشگاه ها به دور دوم موکول شدند.
تا دو روز آینده برنامه همه دانشگاه ها اعلام خواهد شد،
با تشکر و عرض ادب و احترام
امروز باید سر تعظیم فرود بیاریم جلوی همه دانشگاه هایی که حاضر شدند تا با ما همگاری کنند و هیچگونه هزینه ای را از شرکت کنندگان دریافت نکنند. از دانشگاه های که اعلام آمادگی کردند عبارتند از: دانشگاه تهران، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه الزهرا، دانشگاه رودهن، دانشگاه اسلامشهر و بقیه دانشگاه خوب کشورمان،
جالب است عرض کنم که به علت پر شدن بازه زمانی دور اول بقیه دانشگاه ها به دور دوم موکول شدند.
تا دو روز آینده برنامه همه دانشگاه ها اعلام خواهد شد،
با تشکر و عرض ادب و احترام
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Mechanical properties of a complete microtubule revealed through molecular dynamics simulation
میکروتوبل ها (MTS) بزرگترین نوع رشته های سلولی، در فرایندهای مختلف از قبیل میتوز، میوز و فلاژلی که در حرکت نقش دارد، دخیل هستند. بسیاری از فرایندهای سلولی به شدت تحت تاثیر داینامیک MT ها هستند. اما الاستیک مدولی(moduli elastic) به ویژه مدول های یانگ (Young’s modulus) که مربوط به میکروتوبول ها هستند به طور مستقیم از آزمایش های تجربی به دست نمی آیند. به همین خاطر روش داینامیک مولکولی یک روش مناسب برای چنین پدیده هایی است که در حالت تجربی امکان بررسی ندارند. به طور معمول روش داینامیک مولکولی نیاز به خواص اتمی و جزئی سیستم مورد بررسی دارد که در مورد میکروتوبول ها این اطلاعات وجود ندارد. به همین خاطر در این تحقیق اطلاعات تکمیلی ساختاری با استفاده از روش هایی مثل cryo-electron microscopy و electron crystallography به دست آمده است بعد یک مدل از میکروتوبول ها ساخته شده است و در نهایت MD انجام شده است.
شکل زیر مدل اولیه ای که از میکروتوبول ها ساخته شده است، را نشان می دهد.
@computational_science
Mechanical properties of a complete microtubule revealed through molecular dynamics simulation
میکروتوبل ها (MTS) بزرگترین نوع رشته های سلولی، در فرایندهای مختلف از قبیل میتوز، میوز و فلاژلی که در حرکت نقش دارد، دخیل هستند. بسیاری از فرایندهای سلولی به شدت تحت تاثیر داینامیک MT ها هستند. اما الاستیک مدولی(moduli elastic) به ویژه مدول های یانگ (Young’s modulus) که مربوط به میکروتوبول ها هستند به طور مستقیم از آزمایش های تجربی به دست نمی آیند. به همین خاطر روش داینامیک مولکولی یک روش مناسب برای چنین پدیده هایی است که در حالت تجربی امکان بررسی ندارند. به طور معمول روش داینامیک مولکولی نیاز به خواص اتمی و جزئی سیستم مورد بررسی دارد که در مورد میکروتوبول ها این اطلاعات وجود ندارد. به همین خاطر در این تحقیق اطلاعات تکمیلی ساختاری با استفاده از روش هایی مثل cryo-electron microscopy و electron crystallography به دست آمده است بعد یک مدل از میکروتوبول ها ساخته شده است و در نهایت MD انجام شده است.
شکل زیر مدل اولیه ای که از میکروتوبول ها ساخته شده است، را نشان می دهد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در این شکل مدل اتمی از زیر واحد های میکروتوبولی شامل آلفا-توبولین و بتا-توبولین به همراه مولکول GTP و GDP ساخته شده است. همچنین مدل اتمی از میکروتول لوله ای که پلیمریزه شده است نیز ساخته شده است. سپس سیستم کلی MT ساخته شده است و شبیه سازی ان صورت گرفته است. شکل زیر نیز سیستم MT ای که برای شبیه سازی ساخته شده است را نشان می دهد.
@computational_science
در این شکل مدل اتمی از زیر واحد های میکروتوبولی شامل آلفا-توبولین و بتا-توبولین به همراه مولکول GTP و GDP ساخته شده است. همچنین مدل اتمی از میکروتول لوله ای که پلیمریزه شده است نیز ساخته شده است. سپس سیستم کلی MT ساخته شده است و شبیه سازی ان صورت گرفته است. شکل زیر نیز سیستم MT ای که برای شبیه سازی ساخته شده است را نشان می دهد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در نهایت در این تحقیق یک سری داده ها به دست آمدند که با استفاده از این داده ها فیلم هایی تولید شدند که داینامیک را در سطوح مختلفی در ساختار میکروتوبول ها نشان می دهد.
@computational_science
در نهایت در این تحقیق یک سری داده ها به دست آمدند که با استفاده از این داده ها فیلم هایی تولید شدند که داینامیک را در سطوح مختلفی در ساختار میکروتوبول ها نشان می دهد.
@computational_science