#نرم_افزارهای_مفید
Desmond (software)
نرم افزار Desmond یک بسته نرم افزاری است که توسط گروه تحقیقاتی D.E.Shaw ارائه شده است و با سرعت بالا شبیه سازی داینامیک مولکولی را در سیستم های معمولی انجام می دهد.این نرم افزار از کد الگوریتم های موازی و تکنیک های عددی استفاده می کند تا به عملکرد بالا در سیستم عامل های دارای تعداد زیادی پردازنده دست یابد و همچنین این نرم افزار بر روی سیستم های GPU نیز قادر به انجام محاسبات می باشد.
نرم افزار Desmond از الگوریتم های معمولی مورد استفاده در شبیه سازی داینامیک مولکولی استفاده می کند و که این حالت باعث می شود که شبیه سازی داینامیک مولکولی سریع و دقیق باشد.
@computational_science

خوش آمدید
قابل توجه دوستانی که تازه به جمع ما پیوستن لازمه که توضیحات مختصری در مورد این گروه کانال ارائه بشه. این کانال در زمینه یکی از علوم جدید و نو (بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی) داراه فعالیت میکنه.
بیوانفورماتیک همانطور که بیشتر اسمشو شنیدیم استفاده از علوم کامپیوتر در زیست شناسی است. در این علم بیشتر واسه حل مسائل مختلف راه حل هایی رو به صورت نوشتن الگوریتم هایی ارائه میدن. برای مثال نرم افزارهای مختلف که برای آنالیز ساختار، توالی و ... وجود داره.
علم زیست شناسی محاسباتی علمی هست که از الگوریتم هایی بیوانفورماتیکی برای آنالیزهای مختلف استفاده میکنه. مانند #شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی که برای بررسی و آنالیز حرکت در مولکولهای مختلف مورد استفاده قرار میگیرد.
این علوم باعث سرعت بخشیدن به مطالعات زیست شناسی شده و در قسمت های مختلف مانند طراحی دارو، انتقال دارو، بررسی میانکنش ها و ... مورد استفاده قرار میگیرد.
و اما یکی از مزیت های آن برای محققین عزیز ارائه مقالات در کوتاهترین زمان ممکن نسبت به کارهای آزمایشکاهی می باشد.
🌸🌷🌷امیدوارم بتوانیم بهترین مطالب را در اختیار دوستان قرار بدهیم.🌷🌷🌸
@computational_science

در دو پست بعدی قصد داریم لیست نرم افزارهایی که جهت پیش بینی ژن مورد استفاده قرار میگیرند را برای دوستان ارائه بدیم.

#پیش_بینی_ژن
@computational_science

#پیش_بینی_ژن
@computational_science

#داروهای_پپتیدی
پپتیدها به عنوان مولکول های کوچک زیستی از زیرواحدهای آمینواسیدی تشکیل شده اند و معمولا طول آنها تا حداکثر 50 آمینواسید می رسد. این مولکول ها دارای چندین ویژگی جالب و جذاب در مقایسه با مولکول های شیمیایی کوچک و پروتئین های درمانی (در مبحث جدا در این مورد صحبت خواهد شد) می باشند که عبارتند از:
1- سازگاری ساختاری بالا با پروتئین های هدف
2- قابلیت ایجاد اختلال در میانکنش های پروتئین-پروتئین
3- اندازه کوچک
طراحی داروهای پپتیدی یکی از مباحث روز در عرصه دارویی بوده و کم کم شرکت های بزرگ دارویی دنیا به این سمت روی آورده اند. با توجه به اینکه طراحی این مولکول های کوچک در آزمایشگاه هزینه زمانی و مالی زیادی را لازم دارد به همین چهت گروه های تحقیقاتی مختلف در دنیا روی روش های محاسباتی و کامپیوتری تمرکز کرده اند و چندین داروی پپتید با استفاده از این روش ها به بازار وارد شده اند.
روش های طراحی پپتیدها در آزمایشگاه و کامپیوتری متفاوت بوده و در آینده به این مباحث پرداخته خواهد شد.
www.zistpooya.com
@computational_science

#داروهای_پپتیدی
روش های طراحی پپتید (بحث خواهد شد)
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
Vienna-PTM web server: a toolkit for MD simulations of protein post-translational modifications-2013
تغییرات پس از ترجمه (PTMs) نقش مهمی در فرایند های سلولی مثل تاثیر مستقیم بر ساختار، داینامیک و شبکه های سلولی دارد. با وجود اهمیت آن ها، درک ما از فرایند PTMs پروتئین در سطح اتمی بسیار کم است. لذا شبیه سازی داینامیک مولکولی (MD) با ارائه بینش با وضوح بالا و همچنین توابع بیومولکولی مسیر جدیدی برای مطالعه این فرآیندها پیش روی ما قرار می دهد. با این حال به دلیل فقدان ابزارهای محاسباتی مناسب برای مفهوم (PTMs)، مطالعات (PTMs) در رابطه با پروتئین ها همچنان کم است.اخیرا وب سرور Vienna-PTM با آدرس اینترنتی (http://vienna-ptm.univie.ac.at) ارائه شده است که به صورت اتومات می تواند PTMs را به صورت سه بعدی ارائه دهد. این سرور برای 256 مورد (PTMs) غیرآنزیمی و آنزیمی مورد بررسی قرار گرفته است. در نهایت این سرور پارامترهای force field را که برای شبیه سازی داینامیک مولکولی نیاز است را فراهم می کند که به طور عمومی برای میدان های نیرو GROMOS 54A7 و 45A3 مورد استفاده قرار می گیرد.
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید سرور vienna @computational_science

📍شبیه سازی دینامیک مولکولی
طراحی پپتید و داروهای هدفمند

لینک کانال تخصصی بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی
@computational_science

با سلام خدمت دوستان عزیز، لینک زیر مربوط به انجمن بیوانفورماتیک هست دوستانی که تمایل دارند می توانند در لینک زیر عضو شده و از مطالب مفید آن استفاده کنند. https://telegram.me/IranianBioinformaticsSociety

با سلام خدمت دوستان، فرارسیدن عید نوروز این عید باستانی را پیشاپیش شما و خانواده های محترمتان تبریک عرض می گوییم. عیدتان مبارک

#داروهای_پپتیدی
نکته: برای ایجاد ساختار سه بعدی پپتیدها بهتر استکه که از روش مدلسازی de novo به جای روش مدلسازی مقایسه ای (homology modelling) استفاده کنیم.
توضیح: برای توضیح این امر سه دلیل وجود دارد:
1- تعداد پپتیدهایی که از طریق روش های آزمایشگاهی تعیین ساختار شده اند محدود می باشند که این امر یک محدودیت بزرگ برای پیدا کردم الگو برای #مدلسازی_مقایسه_ای را ایجاد می کند.
2- پپتیدها در مقایسه با پروتئین ها به خاطر داشتن میانکنش های پایدار کننده پایین، انعطاف پذیری بالایی را دارند به همین جهت از روش مدلسازی مقایسه ای نمی توان به یک ساختار پایدار دست پیدا کرد.
3- در پپتیدها با تغییر یک آمینواسید ساختار و عملکرد پپتید عوض می شود و از طریق مدلسازی مقایسه ای نمی توان تاثیر ساختار یک آمینواسید را مورد بررسی قرار داد.
@computational_science

فراوانی کنفورماسیون ها در پپتید
@computational_science

#داروهای_پپتیدی : لیستی از سرورهای مهم در پیش بینی ساختار پپتیدها از طریق مدلسازی de novo در جدول آورده شده است. @computational_science

لطفا کانال ما را به دوستان خود معرفی کنید.

در کانال بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی نگرش نوین به علوم جدید بیولوژی را تجربه کنید...
@computational_science

اولین مرکز محاسباتی و تحقیقاتی در زمینه طراحی دارو و طراحی پپتید www.zistpooya.com و آدرس کانال @computational_science