#ویدئو
CRISPR: Gene editing and beyond

این لینک حاوی اطلاعات مفیدی در مورد ساختار و عملکرد پروتئین ها در قسمت های مختلف سلول در دیتابانک pdb هستش و دیدنش بسیار لذت بخش و آموزنده هست.

#جالب_توجه
سال 2013 موزیک-ویدئویی در سایت یوتیوب آپلود شد که متن شعرش در مورد خطرات ویروس های بیماری زا و آینده جهان هستش. نکته جالب توجه متن شعر ثانیه 71 ام هست که این جمله گفته میشه:
"2020 combined with CoronaVirus, bodies stacking"
ولی اینکه یک نفر چقدر مطالعه داشته باشه که بتونه آینده رو این قدر دقیق پیش بینی کنه (که البته بعید هم نیست) خودش جای بسی تامل داره. لینک موزیک ویدئو در یوتیوب:
https://www.youtube.com/watch?v=gAMtoZa0URs&list=PLQ4_QDrmTviO0OilDcQru0pZ4kBtM_vrS&index=3
متن شعر تا جایی که از ویروس کرونا صحبت می کنه:
The Virus is harvesting
What do you mean H7N3?
Begin life in a lab in the first war of vaccines
Million die in the first week in the pandemic dreams
Reality, black death, smallpox, mutated disease
Flu-shot propaganda for all population and troops
Avoid the plague, it might have seeped into the room
It's now airborne with firestorm
Signal our doom
The dead returns with a pissed off zombie mood
The sprinkler system equipped with AuAg
Where they round up survivors? In a cold facility
Watch the process of terror from the hill near the stream
I remain in a gasmask
I still filter my water clean
This isn't past tense or the plague of Athens
Couldn't be eradicated like smallpox in action
Avian influenza in the jetstream is how it happens
**2020 combined with CoronaVirus, bodies stacking**

#مقاله
#خبر_خوب
در مقاله ای که در تاریخ 15 ژانویه 2021 در ژورنال nature communication چاپ شد، محققان در دانشگاه روهر بوخوم توانستند با تزریق هایپر-اینترلوکین-6 به موش های دارای آسیب شدید نخاعی، مشکل حرکتی آن ها را درمان کنند❤️❤️.
""علم همیشه قدرتمند هست و سعادت آینده بشر را تآمین می کند"💪💪
لینک مقاله:
https://www.nature.com/articles/s41467-020-20112-4

مرکز زیست محاسبات پویا www.zistpooya.com

این فایل صوتی مربوط به سخنرانی دکتر نعمت الله فاضلی در مورد سیستم آموزشی و دانشگاهی در کشور هست که توصیه می کنم حتما گوش کنید. در پست بعدی هم چکیده سخنرانی ایشون رو گذاشتم

‍ 🔹 خاک بر سر آن استاد دانشگاه!

✍️ دکتر نعمت الله فاضلی
در برنامه نكوداشت دكتر محمود مهرمحمدي/ 13 بهمن 97

🔹اگرچه امروز روز نکوداشت است و روز نق زدن و نقد کردن نیست، اما من می خواهم از خودم و از استادانی که اینجا نشسته اند انتقاد کنم. دکتر باقری گفتند که اوضاع معلمان و استادان دانشگاه خوب نیست. اوضاع بدتر از آنی است که ایشان به آرامی خواستند بگویند. ... ایشان به شوخی گفتند که نسل آقای دکتر مهرمحمدی در حال منسوخ شدن است، اما اجازه دهید که بر اساس تحقیقات نشان دهم که این گفته شوخی نیست.
🆔 @sokhanranihaa
🔹در کتاب «مطالعه دگرگونی فرهنگی در سه نسل دانشگاهی» سه نسل از اساتید دانشگاه هایی مثل تهران، علامه طباطبایی، شهید بهشتی، تربیت مدرس و مانند آن مطالعه شده اند. خلاصة این پژوهش این است که هر چقدر به امروز نزدیک می شویم، جنبه های منشی و اخلاقی استادان از جهات گوناگون بدتر می شود. میزان سرمایه های فرهنگی، اخلاقی و منشی استادان روز به روز در حال کاهش است. استادان جوان تر از لحاظ شناختی وضعشان بهتر است. بیشتر زبان انگلیسی می دانند، بیشتر نرم افزار می شناسند، بیشتر به قوانین و قواعد و فوت و فن های استاد شدن آشنا هستند. روزمه های بزرگ دارند! پر از کتاب و مقاله! آت و آشغال ها را ریخته اند در رزومه هایشان! رزومه ای دارد به طول پنجاه متر، پانصد مقاله دارد، هفتصد مقاله دارد و هنوز چهل و پنج سالش نشده استاد تمام می شود. خیلی از شاگردان من استاد شده اند در حالی که من پنج سال است دانشیار شده ام! این فاجعه است! این ابتذال است! باید گریه کنیم! صادقانه می گویم باید گریه کنیم!

🔹دیروز گزارش فرهنگی سال از خانم فاطمه جواهری، به نام «سیاست فرهنگی در وزارت علوم» به دستم رسید. اوضاع دانشگاه ها بخصوص استادان و دانشجویان به‌ویژه تحصیلات تکمیلی، به لحاظ منش، قابلیت ها و عادت های تفکر انتقادی، گوش دادن، شنیدن، صحبت کردن، صداقت، و ارزش های وجودی که انسان دانشگاهی باید داشته باشد بسیار اسفبار است. بسیار اسفبار! امیدوارم این کتاب منتشر شود تا اساتید بدانند در دانشگاه ها و آموزش عالی کشور چه اتفاقی افتاده است. مقاله ای خودم نوشته ام که به زودی منتشر می شود، در زمینه «سواد آکادمیک». متاسفانه باید بگویم که بیش از 50% از اساتید ما سواد خواندن و نوشتن ندارند. این طبیعی است. وقتی آزمون بین المللی پرلز نشان می دهد که در «درک مطلب» ما از افغانستان نیز عقب تریم، همین ها کرور کرور دکترا می گیرند. از 50 کشور در 2016 ما چهل و پنجمی هستیم.

🔹چرا لقب استاد و دکتر را رایگان به این و آن اهدا می کنیم؟ این ظلم به مقام علم و دانش است که به بسیاری از اساتید دانشگاه می گوییم استاد و دکتر. این بی احترامی و ظلم است به ناموس علم و اخلاق و بشریت. آنهایی که این القاب را گرفته اند مقصر نیستند. سیستمی باید پاسخگو باشد که کرور کرور دکتر و استاد تربیت می کند. آیین نامه ارتقاء، سیستم پاداش دهی و نظام کنترل کیفیت باید پاسخگو باشد! سیستم سیاسی و مدیریتی باید پاسخگو باشد!

🔹دانشگاه فقط متن نیست، منش هم هست! کتاب «دانشگاه به سوی فضیلتِ» جان نیکسون را بخوانید. استدعا می کنم بخوانید! گزارش خانم دکتر جواهری را بخوانید تا ببینید چه اتفاقی در دانشگاه های کشور افتاده است. دزدی کردن هنجار دانشگاه است! استثمار دانشجو هنجار دانشگاه است! قانون است! استادی که هیچ سهمی در نوشتن مقاله ندارد در نهایت بی شرمی نام خودش را بر روی مقاله و کتاب می آورد! هزار نوع ناهنجاری در دانشگاه ها به نام قانون اعمال می شود! ... «اصالت» حلقه گمشده آموزش عالی ما شده است. چرا همه ما ساکتیم؟ منش مهمتر از متن است، مهمتر از مقاله است. این چه سیستمی است که به انسانیت انسان احترام نمی گذارد اما به مقاله احترام می گذارد؟

🔹طبیعی است که آدم‌ها عصبی باشند. من نسبت به آن آدمی که خیلی خونسرد است تردید دارم که چطور این همه بحران، این همه تعارض، این همه نابرابری را می بیند، ولی خیلی آرام و متین و شیک راه می رود تا به ایشان بگویند آقای دکتر! خاک بر سر آن استاد دانشگاهی که ظلم و نابرابری را می بیند، فساد را می بیند .... و دلش خوش است که به موقع ارتقاء گرفته است و چهل سال نشده استاد تمام شده است. خاک بر سر آن استاد دانشگاه که رزومه آن لاین گذاشته است با 200، 300، 400 مقاله ... و خاک بر سر آن سیستم دانشگاهی! شاد باشید!

تلخیص و پیاده سازی: پویش ملی دوباره دانشگاه


🆑کانال سخنرانی ها
🆔 @sokhanranihaa
🆔 @sokhanranihaa
@dobarehdaneshgah

#I-TASSER
همونطور که هممون می دونیم سرور I-TASSER برای مدلسازی ساختار سه بعدی پروتئین ها مورد استفاده قرار می گیره و از لحاظ دقت در مدلسازی یکی از بهترین سرور ها هستش. نکته جالب توجه در مورد این سرور تعداد کاربرای مختلف این سرور از کشورهای مختلف هست که ایران در رتبه ۹ از لحاظ تعداد کاربرای این سایت قرار داره (تصویر زیر نشون دهنده تعداد کاربرای این سرور واسه ۱۹ کشور اول هست.)

سفر به دنیای اتم ها

#نرم_افزارهای_مفید
LOMETS (Local Meta-Threading-Server)-UNIVERSITY OF MICHIGAN
نر مافزار LOMETS یک نرم افزار آنلاین است که برای پیشگویی ساختار 3 بعدی پروتئین ها به کار می رود. این نرم افزار مدل های 3 بعدی با امتیاز بالا از آلاینمنت رشته الگو برای کاربر فراهم می کند. که برای این کار از 9 برنامه های تریدینگی که به صورت local در کامپیوتر نصب می شوند استفاده می کند. که این برنامه ها شامل (FFAS-3D, HHsearch, MUSTER, pGenTHREADER, PPAS, PRC, PROSPECT2, SP3, and SPARKS-X) است. نصب local این برنامه ها باعث می شود که سرعت مدل کردن ساختارها افزایش یابد و همچنین دقت کار بالا رود. پیشگویی ساختار 3 بعدی که وب سرور LOMETS انجام می دهد حداقل 7% دقیق تر از کامپیوترهای شخصی پیش بینی ساختار سوم است.

بعد از وارد کردن اطلاعات ورودی، این وب سرویس حدود 160 مدل را به ما ارائه می دهد که از بین این مدل ها 10 مدل برتر انتخاب می شوند و آنالیزها و مطالعات بر روی این 10 مدل ادامه می یابد. انتخاب مدل های برتر بر اساس امتیاز-z (z-score) می باشد و هر مدلی که امتیاز-z کمتری داشته باشد به عنوان مدل برتر انتخاب می شود. برای مطالعه بیشتر می توانید به لینک زیر مراجعه فرمایید.
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/LOMETS/
@computational_science

#خدمات_مرکز_زیست_محاسبات_پویا

💥خدماتی که #زیست_محاسبات_پویا تو حوزه شبیه سازی ارائه میده شامل:
- روش های شبیه سازی شامل:
1- شبیه سازی All-atom
2- شبیه سازی United-atom
3- شبیه سازی coarse-grained
4- شبیه سازی SMD (Steered Molecular dynamics simulation)
5- شبیه سازی TMD (Targeted Molecular dynamics simulation)
7- شبیه سازی Normal Mode
8- و ....
-سیستم های مولکولی قابل شبیه سازی
1- پروتئین
2- پروتئین-لیگاند
3- مولکول DNA
4- پروتئین-DNA
5- نانوذرات کربنی (نانولوله، گرافیت، فولرن و ...)
6- سیستم های غشایی (غشاء، وزیکول، میسل و ...)
7- نانوکریستال ها (هماتیت، مگنتیت و ...)
8- جذب و رهایش دارو
9- گلیکوپروتئین های و گلیکو لیپیدها
10 و ...
با ما در ارتباط باشید
@zistpooya_co
www.zistpooya.com
آدرس کانال: @computational_science

#انتخاب_لینوکس

برای اینکه بتوانید یک نسخه متناسب با نیاز خود انتخاب کنید بایستی سئوالات زیر را ابتدا از خود بپرسید و بر حسب آن توزیع لینوکس مورد نظرتان را را انتخاب کنید:
آیا پایه و اساس کد توزیع مورد نظر قابل اتکا و اعتماد است؟
آیا مرتبا مورد تغییر واقع می شود؟
آیا بروزرسانی بسته های نرم افزاری آن راحت است؟
آیا بروز رسانی آن از یک نسخه به نسخه بالاتر راحت است؟
آیا برنامه نویس های زیادی برای آن نرم افزار تولید کرده اند؟
فراموش نکنید که هیچ نسخه بهترینی در لینوکس وجود ندارد. برای درک بهتر این موضوع به این مثال توجه کنید: شما وقتی که به کوهنوردی می روید، کفش کوهنوردی، کوله، لباس بادگیر و ضد آب می پوشید، وقتی برای یک مهمانی دعوت می شوید کت و شلوار و کفش رسمی می پوشید و وقتی هم که به ورزش می روید لباس گرمکن و کفش ورزشی به پا می کنید و در نهایت برای انجام کارهای روزمره خودتان هم لباس مخصوص خود را دارید. این دقیقا چیزی است که در لینوکس مشاهده می کنید، اینکه چه نسخه ای از لینوکس جوابگوی کار شما است کاملا به این بستگی دارد که شما از لینوکس چه انتظاری دارید و در کجا می خواهید از لینوکس استفاده کنید؟ لینوکس برای هر محیطی یک محصول ویژه آن دارد
اکثر کاربران لینوکس ترجیح می دهند که از نسخه های شناخته شده لینوکس استفاده کنند. این نسخه ها معمولا دارای پشتوانه قویتری نسبت به تیم های پشتیبانی سایر توزیع های لینوکس هستند.
منبع: رسالینوکس
@computational_science

#توزیع_ها_ی_معروف_لینوکس

Redhat:
یکی از پرطرفدارترین و معروف ترین توزیع های لینوکس می باشد که کاربرد تجاری داشته و بیشتر جهت مصرف در سیستم های سرویس دهنده استفاده می شود و شرکت های بزرگ سخت افزاری مانند IBM و Dell در سیستم های خود پشتیبانی می کنند.

Ubuntu:
عضو تيم توسعه Debian و در آن فايرفاكس و Open Office به کاربر ارایه گردیده است. این توزیع یک توزیع رایگان می باشد و مخصوص استفاده خانگی است.

Arch Linux:
یک توزیع که بر پایه قوانین KISS بنا شده همراه با سیستم انتشار Rolling.

Slackware:
اين توزيع لينوكس بيشتر براي حرفه اي هاست چون تمام مراحل پيكربندي كاملا دستي واز طريق خط دستوري انجام میشود.

CentOS:
یک توزیع که از همان سورسی که redhat استفاده می‌کند، مشتق شده است، توسط یک گروه داوطلبی که به آن اختصاص داده شدند، نگهداری می‌شود همراه با سازگاری 100% با ورژن Redhat و یک ورژن به روز رسیده شده که همیشه به‌طور 100% سازگار و همراه نیست.

Debian:
یک توزیع غیر تجاری که توسط جامعه‌ای از توسعه دهنده‌های داوطلب نگهداری می‌شود که تعهد قوی ای به قوانین نرم ‌افزارهای آزاد دارند.

Fedora:
یک توزیع بر پایهٔ جامعه است که توسط Red hat سرپرستی می‌شود. اين توزيع كه مي توان گفت از Redhat گرفته شده براي كاربران معمولي لينوكس داراي پيچيدگي هاي بيشتري است، اما نقطه قوت آن را مي توان در نوآوري در طراحي و پشتیبانی گستره وسيعي از نرم افزارهاي مبتني بر لينوكس در Fedora دانست.

Gentoo:
روش نصب در اين توزيع اگرچه در آغاز به شکل كامپايل كردن بود اما بعدا امكان افزودن پکیچ RPM به آن افزوده شد.

Knoppix:
اولین توزیع سی دی زنده، که کاملا از یک رسانهٔ قابل حمل اجرا می‌شود. بدون نصب در دیسک سخت. از Debian گرفته شده و اين توزيع پس ازبوت شدن در كامپيوتر كاربر، بسياري از انواع نرم افزارهاي ريزودرشت مانند چندين مرورگر اينترنتي، چندين برنامه office را به وي ارائه مي كرد بطوري كه كمتر كاربري لازم مي دانست برنامه اي را نصب نمايد.

Mandriva:
یک توزیع گرفته شده از Redhat که در فرانسه و برزیل محبوب می باشد، امروزه با همان نام و به ‌وسیله یک شرکت فرانسوی اداره می‌شود. اين توزيع امروزه يكي از لينوكس هايی با محيط زيبا و قابل اطمينان است كه از برنامه Rpm Drake براي نصب آسان بسته هاي RPM استفاده ميكند.

OpenSUSE:
اين توزيع هم به مانند Ubuntu هم باميزكار GNOME و هم KDE ارائه مي شود.

منبع: رسالینوکس

@computational_science

دوستان عزیز. در صورت امکان چند ثانیه از وقت خود را به کودکان محک اختصاص دهید و در این کارزار شرکت فرمایید؛


به منظور حمایت از کودکان محک
"درخواست ادامه همکاری با پزشکان حاذق بیمارستان محک"
Karzar.net/18937
با به اشتراک گذاری این لینک و ارسال آن برای دیگران، نسبت به جمع آوری امضا اقدام کنیم.

دوستان عزیز کارگاه تمدید شد و شروع آن از ۱۰ اسفند می باشد.ثبت نام از طریق لینک زیر
www.zistpooya.com/workshop