Systems Biology and Health Data Analytics Lab at UNSW Biomedical Engineering School is looking to recruit a few PhD students (scholarship available) to work on the following projects:

1. Whole-genome deep convolutional neural networks analysis of De Novo somatic point mutations in cancers.
2. A semi-supervised learning method for identification true RNA-DNA interactions from RNA-chromatin interaction map.
3. developing a machine learning framework for predicting the effect of genetic variations on brain structure and function.
4. An integrative network analysis to model the effect of common (healthy) genomic variants on disease-related genomic variants.
5. Using statistical learning techniques for genotype-phenotype classification in genetic diseases and disorders.

Ideal candidate:
The ideal candidate should be strongly experienced in computer science/mathematics or bioinformatics/biology, and should be highly motivated, and responsible. The applicants are expected to have computer programming experience in at least one of MATLAB, Python, R, or Java.
Other requirements:
1. GPA in Bachelor degree > 3.5 (out of 4)
2. GPA in Master degree > 3.5 (out of 4)
3. the English requirement
4. At least two published papers as first author in ISI indexed journals/conferences.

Please share :)
Please send your CV to Dr Hamid Alinejad Rokny to h.alinejad(at)UNSW(dot)edu(dot)au if you are interested!
https://www.linkedin.com/feed/update/urn:li:activity:6688687897312423936/

#ویدئو
Tumour immunology and immunotherapy

#ویدئو
CRISPR: Gene editing and beyond

این لینک حاوی اطلاعات مفیدی در مورد ساختار و عملکرد پروتئین ها در قسمت های مختلف سلول در دیتابانک pdb هستش و دیدنش بسیار لذت بخش و آموزنده هست.

#جالب_توجه
سال 2013 موزیک-ویدئویی در سایت یوتیوب آپلود شد که متن شعرش در مورد خطرات ویروس های بیماری زا و آینده جهان هستش. نکته جالب توجه متن شعر ثانیه 71 ام هست که این جمله گفته میشه:
"2020 combined with CoronaVirus, bodies stacking"
ولی اینکه یک نفر چقدر مطالعه داشته باشه که بتونه آینده رو این قدر دقیق پیش بینی کنه (که البته بعید هم نیست) خودش جای بسی تامل داره. لینک موزیک ویدئو در یوتیوب:
https://www.youtube.com/watch?v=gAMtoZa0URs&list=PLQ4_QDrmTviO0OilDcQru0pZ4kBtM_vrS&index=3
متن شعر تا جایی که از ویروس کرونا صحبت می کنه:
The Virus is harvesting
What do you mean H7N3?
Begin life in a lab in the first war of vaccines
Million die in the first week in the pandemic dreams
Reality, black death, smallpox, mutated disease
Flu-shot propaganda for all population and troops
Avoid the plague, it might have seeped into the room
It's now airborne with firestorm
Signal our doom
The dead returns with a pissed off zombie mood
The sprinkler system equipped with AuAg
Where they round up survivors? In a cold facility
Watch the process of terror from the hill near the stream
I remain in a gasmask
I still filter my water clean
This isn't past tense or the plague of Athens
Couldn't be eradicated like smallpox in action
Avian influenza in the jetstream is how it happens
**2020 combined with CoronaVirus, bodies stacking**

#مقاله
#خبر_خوب
در مقاله ای که در تاریخ 15 ژانویه 2021 در ژورنال nature communication چاپ شد، محققان در دانشگاه روهر بوخوم توانستند با تزریق هایپر-اینترلوکین-6 به موش های دارای آسیب شدید نخاعی، مشکل حرکتی آن ها را درمان کنند❤️❤️.
""علم همیشه قدرتمند هست و سعادت آینده بشر را تآمین می کند"💪💪
لینک مقاله:
https://www.nature.com/articles/s41467-020-20112-4

مرکز زیست محاسبات پویا www.zistpooya.com

این فایل صوتی مربوط به سخنرانی دکتر نعمت الله فاضلی در مورد سیستم آموزشی و دانشگاهی در کشور هست که توصیه می کنم حتما گوش کنید. در پست بعدی هم چکیده سخنرانی ایشون رو گذاشتم

‍ 🔹 خاک بر سر آن استاد دانشگاه!

✍️ دکتر نعمت الله فاضلی
در برنامه نكوداشت دكتر محمود مهرمحمدي/ 13 بهمن 97

🔹اگرچه امروز روز نکوداشت است و روز نق زدن و نقد کردن نیست، اما من می خواهم از خودم و از استادانی که اینجا نشسته اند انتقاد کنم. دکتر باقری گفتند که اوضاع معلمان و استادان دانشگاه خوب نیست. اوضاع بدتر از آنی است که ایشان به آرامی خواستند بگویند. ... ایشان به شوخی گفتند که نسل آقای دکتر مهرمحمدی در حال منسوخ شدن است، اما اجازه دهید که بر اساس تحقیقات نشان دهم که این گفته شوخی نیست.
🆔 @sokhanranihaa
🔹در کتاب «مطالعه دگرگونی فرهنگی در سه نسل دانشگاهی» سه نسل از اساتید دانشگاه هایی مثل تهران، علامه طباطبایی، شهید بهشتی، تربیت مدرس و مانند آن مطالعه شده اند. خلاصة این پژوهش این است که هر چقدر به امروز نزدیک می شویم، جنبه های منشی و اخلاقی استادان از جهات گوناگون بدتر می شود. میزان سرمایه های فرهنگی، اخلاقی و منشی استادان روز به روز در حال کاهش است. استادان جوان تر از لحاظ شناختی وضعشان بهتر است. بیشتر زبان انگلیسی می دانند، بیشتر نرم افزار می شناسند، بیشتر به قوانین و قواعد و فوت و فن های استاد شدن آشنا هستند. روزمه های بزرگ دارند! پر از کتاب و مقاله! آت و آشغال ها را ریخته اند در رزومه هایشان! رزومه ای دارد به طول پنجاه متر، پانصد مقاله دارد، هفتصد مقاله دارد و هنوز چهل و پنج سالش نشده استاد تمام می شود. خیلی از شاگردان من استاد شده اند در حالی که من پنج سال است دانشیار شده ام! این فاجعه است! این ابتذال است! باید گریه کنیم! صادقانه می گویم باید گریه کنیم!

🔹دیروز گزارش فرهنگی سال از خانم فاطمه جواهری، به نام «سیاست فرهنگی در وزارت علوم» به دستم رسید. اوضاع دانشگاه ها بخصوص استادان و دانشجویان به‌ویژه تحصیلات تکمیلی، به لحاظ منش، قابلیت ها و عادت های تفکر انتقادی، گوش دادن، شنیدن، صحبت کردن، صداقت، و ارزش های وجودی که انسان دانشگاهی باید داشته باشد بسیار اسفبار است. بسیار اسفبار! امیدوارم این کتاب منتشر شود تا اساتید بدانند در دانشگاه ها و آموزش عالی کشور چه اتفاقی افتاده است. مقاله ای خودم نوشته ام که به زودی منتشر می شود، در زمینه «سواد آکادمیک». متاسفانه باید بگویم که بیش از 50% از اساتید ما سواد خواندن و نوشتن ندارند. این طبیعی است. وقتی آزمون بین المللی پرلز نشان می دهد که در «درک مطلب» ما از افغانستان نیز عقب تریم، همین ها کرور کرور دکترا می گیرند. از 50 کشور در 2016 ما چهل و پنجمی هستیم.

🔹چرا لقب استاد و دکتر را رایگان به این و آن اهدا می کنیم؟ این ظلم به مقام علم و دانش است که به بسیاری از اساتید دانشگاه می گوییم استاد و دکتر. این بی احترامی و ظلم است به ناموس علم و اخلاق و بشریت. آنهایی که این القاب را گرفته اند مقصر نیستند. سیستمی باید پاسخگو باشد که کرور کرور دکتر و استاد تربیت می کند. آیین نامه ارتقاء، سیستم پاداش دهی و نظام کنترل کیفیت باید پاسخگو باشد! سیستم سیاسی و مدیریتی باید پاسخگو باشد!

🔹دانشگاه فقط متن نیست، منش هم هست! کتاب «دانشگاه به سوی فضیلتِ» جان نیکسون را بخوانید. استدعا می کنم بخوانید! گزارش خانم دکتر جواهری را بخوانید تا ببینید چه اتفاقی در دانشگاه های کشور افتاده است. دزدی کردن هنجار دانشگاه است! استثمار دانشجو هنجار دانشگاه است! قانون است! استادی که هیچ سهمی در نوشتن مقاله ندارد در نهایت بی شرمی نام خودش را بر روی مقاله و کتاب می آورد! هزار نوع ناهنجاری در دانشگاه ها به نام قانون اعمال می شود! ... «اصالت» حلقه گمشده آموزش عالی ما شده است. چرا همه ما ساکتیم؟ منش مهمتر از متن است، مهمتر از مقاله است. این چه سیستمی است که به انسانیت انسان احترام نمی گذارد اما به مقاله احترام می گذارد؟

🔹طبیعی است که آدم‌ها عصبی باشند. من نسبت به آن آدمی که خیلی خونسرد است تردید دارم که چطور این همه بحران، این همه تعارض، این همه نابرابری را می بیند، ولی خیلی آرام و متین و شیک راه می رود تا به ایشان بگویند آقای دکتر! خاک بر سر آن استاد دانشگاهی که ظلم و نابرابری را می بیند، فساد را می بیند .... و دلش خوش است که به موقع ارتقاء گرفته است و چهل سال نشده استاد تمام شده است. خاک بر سر آن استاد دانشگاه که رزومه آن لاین گذاشته است با 200، 300، 400 مقاله ... و خاک بر سر آن سیستم دانشگاهی! شاد باشید!

تلخیص و پیاده سازی: پویش ملی دوباره دانشگاه


🆑کانال سخنرانی ها
🆔 @sokhanranihaa
🆔 @sokhanranihaa
@dobarehdaneshgah

#I-TASSER
همونطور که هممون می دونیم سرور I-TASSER برای مدلسازی ساختار سه بعدی پروتئین ها مورد استفاده قرار می گیره و از لحاظ دقت در مدلسازی یکی از بهترین سرور ها هستش. نکته جالب توجه در مورد این سرور تعداد کاربرای مختلف این سرور از کشورهای مختلف هست که ایران در رتبه ۹ از لحاظ تعداد کاربرای این سایت قرار داره (تصویر زیر نشون دهنده تعداد کاربرای این سرور واسه ۱۹ کشور اول هست.)

سفر به دنیای اتم ها

#نرم_افزارهای_مفید
LOMETS (Local Meta-Threading-Server)-UNIVERSITY OF MICHIGAN
نر مافزار LOMETS یک نرم افزار آنلاین است که برای پیشگویی ساختار 3 بعدی پروتئین ها به کار می رود. این نرم افزار مدل های 3 بعدی با امتیاز بالا از آلاینمنت رشته الگو برای کاربر فراهم می کند. که برای این کار از 9 برنامه های تریدینگی که به صورت local در کامپیوتر نصب می شوند استفاده می کند. که این برنامه ها شامل (FFAS-3D, HHsearch, MUSTER, pGenTHREADER, PPAS, PRC, PROSPECT2, SP3, and SPARKS-X) است. نصب local این برنامه ها باعث می شود که سرعت مدل کردن ساختارها افزایش یابد و همچنین دقت کار بالا رود. پیشگویی ساختار 3 بعدی که وب سرور LOMETS انجام می دهد حداقل 7% دقیق تر از کامپیوترهای شخصی پیش بینی ساختار سوم است.

بعد از وارد کردن اطلاعات ورودی، این وب سرویس حدود 160 مدل را به ما ارائه می دهد که از بین این مدل ها 10 مدل برتر انتخاب می شوند و آنالیزها و مطالعات بر روی این 10 مدل ادامه می یابد. انتخاب مدل های برتر بر اساس امتیاز-z (z-score) می باشد و هر مدلی که امتیاز-z کمتری داشته باشد به عنوان مدل برتر انتخاب می شود. برای مطالعه بیشتر می توانید به لینک زیر مراجعه فرمایید.
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/LOMETS/
@computational_science

#خدمات_مرکز_زیست_محاسبات_پویا

💥خدماتی که #زیست_محاسبات_پویا تو حوزه شبیه سازی ارائه میده شامل:
- روش های شبیه سازی شامل:
1- شبیه سازی All-atom
2- شبیه سازی United-atom
3- شبیه سازی coarse-grained
4- شبیه سازی SMD (Steered Molecular dynamics simulation)
5- شبیه سازی TMD (Targeted Molecular dynamics simulation)
7- شبیه سازی Normal Mode
8- و ....
-سیستم های مولکولی قابل شبیه سازی
1- پروتئین
2- پروتئین-لیگاند
3- مولکول DNA
4- پروتئین-DNA
5- نانوذرات کربنی (نانولوله، گرافیت، فولرن و ...)
6- سیستم های غشایی (غشاء، وزیکول، میسل و ...)
7- نانوکریستال ها (هماتیت، مگنتیت و ...)
8- جذب و رهایش دارو
9- گلیکوپروتئین های و گلیکو لیپیدها
10 و ...
با ما در ارتباط باشید
@zistpooya_co
www.zistpooya.com
آدرس کانال: @computational_science