Forwarded from JP
#کاربردهای_بیوانفورماتیک
استفاده از روش های یادگیری ماشین برای بیوانفورماتیک یک ایده ی خوبی است که پذیرفته شده است که شامل تلاش های اولیه برای پیش بینی PPI است. این روش ها از داده در دسترس PPI به عنوان ویژگی هایی برای آموزش و طبقه بندی تعامل و پروتئین های غیرتعاملی استفاده می کنند. هر دو یادگیری نیمه نظارتی و تحت نظارتی برای پیش بینی PHI مورد استفاده قرار می گیرند. یکی از این رویکردها رویکرد یادگیری ماشین و داده کاوی است که روش معمول است که امروزه به وفور مورد استفاده قرار می گیرد. در شکل زیر نیز تعدادی از کارهایی را که به این روش در سال های اخیر صورت گرفته اند را نشان می دهد.
@computational_science
استفاده از روش های یادگیری ماشین برای بیوانفورماتیک یک ایده ی خوبی است که پذیرفته شده است که شامل تلاش های اولیه برای پیش بینی PPI است. این روش ها از داده در دسترس PPI به عنوان ویژگی هایی برای آموزش و طبقه بندی تعامل و پروتئین های غیرتعاملی استفاده می کنند. هر دو یادگیری نیمه نظارتی و تحت نظارتی برای پیش بینی PHI مورد استفاده قرار می گیرند. یکی از این رویکردها رویکرد یادگیری ماشین و داده کاوی است که روش معمول است که امروزه به وفور مورد استفاده قرار می گیرد. در شکل زیر نیز تعدادی از کارهایی را که به این روش در سال های اخیر صورت گرفته اند را نشان می دهد.
@computational_science
Forwarded from JP
Forwarded from JP
#کاربردهای_بیوانفورماتیک
رویکرد دوم بر اساس همسانی است. در این روش تعامل های بین یک جفت پروتئین بر اساس تعامل همولوگ در گونه های دیگر مورد بررسی قرار می گیرد. رویکرد دیگر بر مبنای ساختار است. تعدای از مطالعات با استفاده از داده های PPI برای شناسایی جفت پروتئین های میزبان و عامل پاتوژن از ساختارهای مشابه موجود استفاده می کنند. نکته ای که باید در نظر داشت این است که شباهت ساختاری باید خیلی بالا باشد تا در نتایج نهایی به دست آمده اشتباهی رخ ندهد. رویکرد بعدی بر اساس دومین ها و موتیف های پروتئینی است. این ایده به طور مناسب برای موجودات تک سلولی مورد بررسی قرار گرفته است. و برای بررسی تعامل بین پروتئین های میزبان و پاتوژن مورد نظر موتیف ها و دومین ها را در نظر می گیرد. نتیجه گیری نهایی اینکه پیش بینی بر اساس PPI بین گونه های مختلف جانوری در سال های اخیر محبوبیت زیادی را به دست آورده است.روش های محاسباتی نقش مهمی در اثبات داده های تجربی برای پایگاه های PPI را بر عهده داشتند. در این مقاله مطالعاتی بیان شده اند که که به طور مستقیم در پیش بینی PHI نقش دارند. و این روش ها بر اساس تعامل پاتوژن با میزبان مورد نظر طبقه بندی می شوند. Hiv-1 یکی از برجسته ترین پاتوژن هایی که به طور خاص با استفاده از روش یادگیری ماشین مورد بررسی قرار گرفته است.
@computational_science
رویکرد دوم بر اساس همسانی است. در این روش تعامل های بین یک جفت پروتئین بر اساس تعامل همولوگ در گونه های دیگر مورد بررسی قرار می گیرد. رویکرد دیگر بر مبنای ساختار است. تعدای از مطالعات با استفاده از داده های PPI برای شناسایی جفت پروتئین های میزبان و عامل پاتوژن از ساختارهای مشابه موجود استفاده می کنند. نکته ای که باید در نظر داشت این است که شباهت ساختاری باید خیلی بالا باشد تا در نتایج نهایی به دست آمده اشتباهی رخ ندهد. رویکرد بعدی بر اساس دومین ها و موتیف های پروتئینی است. این ایده به طور مناسب برای موجودات تک سلولی مورد بررسی قرار گرفته است. و برای بررسی تعامل بین پروتئین های میزبان و پاتوژن مورد نظر موتیف ها و دومین ها را در نظر می گیرد. نتیجه گیری نهایی اینکه پیش بینی بر اساس PPI بین گونه های مختلف جانوری در سال های اخیر محبوبیت زیادی را به دست آورده است.روش های محاسباتی نقش مهمی در اثبات داده های تجربی برای پایگاه های PPI را بر عهده داشتند. در این مقاله مطالعاتی بیان شده اند که که به طور مستقیم در پیش بینی PHI نقش دارند. و این روش ها بر اساس تعامل پاتوژن با میزبان مورد نظر طبقه بندی می شوند. Hiv-1 یکی از برجسته ترین پاتوژن هایی که به طور خاص با استفاده از روش یادگیری ماشین مورد بررسی قرار گرفته است.
@computational_science
دوستانی که در pv در خواست جزوات خوب و مفید در زمینه تکنیک Real time PCR را خواسته بودند خدمتتان ارسال میکنیم 👇👇👇
✔️به دوستانتان خودتان هم فوروارد کنید تا کمکی برای یادگیری این تکنیک مهم آزمایشگاه بیولوژی مولکولی شود.
✔️به دوستانتان خودتان هم فوروارد کنید تا کمکی برای یادگیری این تکنیک مهم آزمایشگاه بیولوژی مولکولی شود.
REAL TIME PCR.ppt
6.8 MB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
Real_time_manudagur.ppt
672 KB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
Real-time PCR workshop presentation.ppt
2.6 MB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
Real-time_PCR_کلیات.pdf
1.9 MB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
RealtimePCRFarsi_2.pdf
2.5 MB
جزوه فارسی : ریل تایم پی سی آر«سیناژن»
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
RealtimePCRFarsi_3.pdf
3.3 MB
جزوه فارسی : ریل تایم پی سی آر«سیناژن»
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
RealtimePCRFarsi_1.pdf
1.5 MB
جزوه فارسی : ریل تایم پی سی آر«سیناژن»
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
Realtime PCR PhD class 17Day92.wmv
99.7 MB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶باج افزار جدید Locky چیست و چگونه کار می کند؟
✅ محققان تیم امنیتی #پادویش، باج افزار جدیدی را رصد کرده اند که از طریق ایمیل در فضای اینترنت منتشر شده و قربانیان خود را مورد هدف قرار می دهد. سازنده این باج افزار با فرستادن ایمیلهایی با موضوعات مختلف، سعی در شکار قربانیان خود دارد و این باج افزار نیز در این ایمیل ها با پسوند Hta پیوست شده است.
✅ این فایل که توسط mshta.exe (جزئی از سیستم عامل) اجرا می شود، یک فایل dll که شامل یک کد مخرب می باشد را دانلود کرده و این فایل نیز توسط rundll32.exe (جزئی از سیستم عامل) اجرا می شود. پس از این عملیات، رمز گذاری فایلها شروع می شود و پس از رمزگذاری هر فایل، نام فایلها را به یک نام تصادفی دیگر تغییر می دهد که این نام نیز شامل عدد و کاراکتر بوده و پسوند آن .odin خواهد بود.
✅ باج افزار Locky پس از رمزگذاری فایلها، سه فایل به نامهای _help_instructions.html_ ، _HOWDO_text.bmp و HOWDO_text.html را در سیستم قربانی کپی می کند. این فایلها، نحوه پرداخت باج را برای کاربر توضیح می دهند.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
🔶باج افزار جدید Locky چیست و چگونه کار می کند؟
✅ محققان تیم امنیتی #پادویش، باج افزار جدیدی را رصد کرده اند که از طریق ایمیل در فضای اینترنت منتشر شده و قربانیان خود را مورد هدف قرار می دهد. سازنده این باج افزار با فرستادن ایمیلهایی با موضوعات مختلف، سعی در شکار قربانیان خود دارد و این باج افزار نیز در این ایمیل ها با پسوند Hta پیوست شده است.
✅ این فایل که توسط mshta.exe (جزئی از سیستم عامل) اجرا می شود، یک فایل dll که شامل یک کد مخرب می باشد را دانلود کرده و این فایل نیز توسط rundll32.exe (جزئی از سیستم عامل) اجرا می شود. پس از این عملیات، رمز گذاری فایلها شروع می شود و پس از رمزگذاری هر فایل، نام فایلها را به یک نام تصادفی دیگر تغییر می دهد که این نام نیز شامل عدد و کاراکتر بوده و پسوند آن .odin خواهد بود.
✅ باج افزار Locky پس از رمزگذاری فایلها، سه فایل به نامهای _help_instructions.html_ ، _HOWDO_text.bmp و HOWDO_text.html را در سیستم قربانی کپی می کند. این فایلها، نحوه پرداخت باج را برای کاربر توضیح می دهند.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
#سایت_های_مفید
در وب سایت زیر می توانید فایل های علمی مانند pdf، پاورپوینت، عکس، ویدئو، فایل های صوتی و ... خود را با دیگران به اشتراک بگذارید. فایل های مرتبط به زمانی تحقیقاتی خود را آنلاین مطالعه بفرمایید و یا اینکه دانلود کرده و استفاده کنید.
www.scivideos.com
در وب سایت زیر می توانید فایل های علمی مانند pdf، پاورپوینت، عکس، ویدئو، فایل های صوتی و ... خود را با دیگران به اشتراک بگذارید. فایل های مرتبط به زمانی تحقیقاتی خود را آنلاین مطالعه بفرمایید و یا اینکه دانلود کرده و استفاده کنید.
www.scivideos.com
scivideos.com! Join Us
Scientific videos network
Join us and Share your scientific videos with other scientist.
☘☘☘ روش جدید تقلب برای چاپ مقالات: سرقت هویت (ابداع ناب ایرانی):
امروز در صفحه مجله معتبر 4OR (فصلنامه تحقیق در عملیات) که توسط Springer منتشر میشود، متوجه این مطلب تأسفبار شدم. قصه از این قرار است.
مجله یک مقالهای منتسب به اقتصاددانی مشهور از آلمان (فرض کنیم XXX) دریافت میکند که با ایمیل یاهو ارسال شده است. سردبیر مجله به دلیل نوع ایمیل و تفاوت جدی موضوع مقاله با زمینه کاری پروفسور XXX بلافاصله با ایمیل سازمانی وی مکاتبه میکنند و ایشان در جواب میگوید که این مقاله را به عمرش ندیده است و این سومین مورد است که چنین اتفاقی برای وی میافتد!
سردبیر مجله بهاتفاق همکاران تصمیم میگیرند طوری وانمود کنند که گویی مقاله وارد چرخه داوری شده است و پس از مدتی فهرستی از ایرادات جزئی را به همان ایمیل یاهو ارسال میکنند. نویسندگان هم در مدتی کوتاه ایرادات را رفع میکنند و ارسال میکنند. سردبیر متوجه میشود که در نسخه جدید مقاله دیگر نامی از آن اقتصاددان معروف نیست و بجای آن این اسامی قرار گرفته است:
Alireza Noruzi, Hasan Jafari (both with affiliation Young Researchers and Elite Club, Ardabil Branch, Islamic Azad University, Ardabil, Iran)
Tohid Banki (Department of Engineering, Bilesuvar Moghan Branch, Islamic Azad University, Bilesuvar, Moghan, Iran)
Mohsen Mohammadi (Department of Electrical Engineering, Payame Noor University (PNU), Tehran, Iran)
سردبیر تصمیم میگیرد که این موش و گربه بازی را کنار بگذارد و مستقیماً مطلب را نویسنده مسئول «آقای علیرضا نوروزی» در میان بگذارد. سردبیر دلیل ناپدید شدن اسم آن اقتصاددان معروف را جویا میشود که نویسنده مسئول میگویند پس از ارسال مقاله پروفسور XXX از ادامه مقاله منصرف شدند و کار را به ما حواله کردند. باقی داستان هم که مشخص است....
این موضوع در جاهای مختلف منعکس شده است و شما هم میتوانید جزئیات دقیقتر داستان را در آدرس زیر ملاحظه نمایید:
http://link.springer.com/article/10.1007/s10288-016-0329-8
بهجز مورد فوق، در صفحه مربوط به تقلبهای این مجله، نام هفت هشت متقلب دیگر هم فهرست شده که دو نفر از آن هم مربوط به ایران و از دانشگاه تهران هستند. لینک زیر این فهرست را نشان میدهد:
http://www.4or.be/Plagiarism.html
نمیدانم تا کی باید شاهد این رویدادهای تأسفبار باشیم که حیثیت علمی و فرهنگی یک مملکت را در مخاطره میاندازد. کمترین کاری که میتوانیم بکنیم این است که این نوشته را آنقدر در شبکههای اجتماعی بچرخانیم تا هزینه کار را برای این افراد که با آبروی یک کشور بازی میکنند، حسابی بالا ببریم.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
امروز در صفحه مجله معتبر 4OR (فصلنامه تحقیق در عملیات) که توسط Springer منتشر میشود، متوجه این مطلب تأسفبار شدم. قصه از این قرار است.
مجله یک مقالهای منتسب به اقتصاددانی مشهور از آلمان (فرض کنیم XXX) دریافت میکند که با ایمیل یاهو ارسال شده است. سردبیر مجله به دلیل نوع ایمیل و تفاوت جدی موضوع مقاله با زمینه کاری پروفسور XXX بلافاصله با ایمیل سازمانی وی مکاتبه میکنند و ایشان در جواب میگوید که این مقاله را به عمرش ندیده است و این سومین مورد است که چنین اتفاقی برای وی میافتد!
سردبیر مجله بهاتفاق همکاران تصمیم میگیرند طوری وانمود کنند که گویی مقاله وارد چرخه داوری شده است و پس از مدتی فهرستی از ایرادات جزئی را به همان ایمیل یاهو ارسال میکنند. نویسندگان هم در مدتی کوتاه ایرادات را رفع میکنند و ارسال میکنند. سردبیر متوجه میشود که در نسخه جدید مقاله دیگر نامی از آن اقتصاددان معروف نیست و بجای آن این اسامی قرار گرفته است:
Alireza Noruzi, Hasan Jafari (both with affiliation Young Researchers and Elite Club, Ardabil Branch, Islamic Azad University, Ardabil, Iran)
Tohid Banki (Department of Engineering, Bilesuvar Moghan Branch, Islamic Azad University, Bilesuvar, Moghan, Iran)
Mohsen Mohammadi (Department of Electrical Engineering, Payame Noor University (PNU), Tehran, Iran)
سردبیر تصمیم میگیرد که این موش و گربه بازی را کنار بگذارد و مستقیماً مطلب را نویسنده مسئول «آقای علیرضا نوروزی» در میان بگذارد. سردبیر دلیل ناپدید شدن اسم آن اقتصاددان معروف را جویا میشود که نویسنده مسئول میگویند پس از ارسال مقاله پروفسور XXX از ادامه مقاله منصرف شدند و کار را به ما حواله کردند. باقی داستان هم که مشخص است....
این موضوع در جاهای مختلف منعکس شده است و شما هم میتوانید جزئیات دقیقتر داستان را در آدرس زیر ملاحظه نمایید:
http://link.springer.com/article/10.1007/s10288-016-0329-8
بهجز مورد فوق، در صفحه مربوط به تقلبهای این مجله، نام هفت هشت متقلب دیگر هم فهرست شده که دو نفر از آن هم مربوط به ایران و از دانشگاه تهران هستند. لینک زیر این فهرست را نشان میدهد:
http://www.4or.be/Plagiarism.html
نمیدانم تا کی باید شاهد این رویدادهای تأسفبار باشیم که حیثیت علمی و فرهنگی یک مملکت را در مخاطره میاندازد. کمترین کاری که میتوانیم بکنیم این است که این نوشته را آنقدر در شبکههای اجتماعی بچرخانیم تا هزینه کار را برای این افراد که با آبروی یک کشور بازی میکنند، حسابی بالا ببریم.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
SpringerLink
A brand new cheating attempt: a case of usurped identity
4OR - We recall some cases of ethical misconduct that occurred in the recent years, and we report a new trick that was recently attempted to cheat the journal in order to obtain the publication of...
modelface 1_7.bat
21.6 KB
✅رابط کاربر مدلر
دکتر امیرحسین ساختمان
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
دکتر امیرحسین ساختمان
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
modelface 1_7.bat
✅رابط کاربری مدل فیس جهت ساخت اسکریپتهای پایتون مورد نیاز برای مدلر و ران کردن برنامه مدلر بدون نیاز به هیچ دستور دیگر طراحی شده است. رابط های دیگری نیز قبلن گزارش شده است مثل Inight II و discovery studio که تجاری هستد و رابط chimera که رایگان می باشند. مزیت رابط فوق اصلاح missing atom types و امکان ایجاد جهش نقطه ای در ساختار پی دی بی هست. اگر مشکلی در استفاده وجود داشت بنده با ایمیل asakhteman@sums.ac.ir در خدمت دوستان هستم.
دکتر امیرحسین ساختمان
✅مراحل طراحی و تست رابط داک فیس جهت virtual screeningو انجام اعتبار سنجی های داکینگ مانند ROC curve و enrichment factor , SSLR هم در حال اتمام هست که بعد از چاپ مقاله منتشر خواهد شد.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
دکتر امیرحسین ساختمان
✅مراحل طراحی و تست رابط داک فیس جهت virtual screeningو انجام اعتبار سنجی های داکینگ مانند ROC curve و enrichment factor , SSLR هم در حال اتمام هست که بعد از چاپ مقاله منتشر خواهد شد.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
2-Homology-modeling.mp4
284.3 MB
✅فایل آموزشی همولوژی مدلینگ
دکتر امیرحسین ساختمان
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
دکتر امیرحسین ساختمان
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science