Computational protein design
@computational_science
@computational_science
فایل pdb چیست؟
این اضطلاح مخفف Protein Data Bank بوده و درواقع توصیف کننده مختصات تک تک اتم های موجود در داخل یک ماکرومولکول در فضای سه بعدی می باشد.
این فایل ها از چندین قسمت تشکیل شده اند که عبارتند از:
قسمت Header: شامل اطلاعات جانبی مربوط به خود ماکرومولکول می باشد. به این صورت که این مولکول (مثلا پروتئین) با استفاده از چه روشی تعیین ساختار شده است، در سال چند و توسط چه کسانی مورد مطالعه قرار گرفته است و ...
قسمت ATOM: این نماد که همان اتم خوانده می شود برای اتم هایی استفاده می شود که در داخل ماکرومولکول های زیستی هستند. برای مثال اتم های مربوط به آمینواسیدها، لیپید ها، DNA و ...
قسمت HETATM: به اتم های که غیر از اتم های اشاره شده در بالا هستند گفته می شود.
لازم به ذکر می باشد که خیلی از ماکرومولکول ها (مانند پروتئین ها) از چندین زنجیره تشکیل شده اند که بین زنجیره ها از اصطلاح TER استفاده می شود.
یکی از مهمترین بانک های اطلاعاتی که در برگیرنه حجم عظیمی از فایل های PDB مربوط به پروتئین ها می باشد، دیتا بانک RCSB است که با آدرس اینترنتی www.rcsb.org قابل دسترسی می باشد.
@computational_science
این اضطلاح مخفف Protein Data Bank بوده و درواقع توصیف کننده مختصات تک تک اتم های موجود در داخل یک ماکرومولکول در فضای سه بعدی می باشد.
این فایل ها از چندین قسمت تشکیل شده اند که عبارتند از:
قسمت Header: شامل اطلاعات جانبی مربوط به خود ماکرومولکول می باشد. به این صورت که این مولکول (مثلا پروتئین) با استفاده از چه روشی تعیین ساختار شده است، در سال چند و توسط چه کسانی مورد مطالعه قرار گرفته است و ...
قسمت ATOM: این نماد که همان اتم خوانده می شود برای اتم هایی استفاده می شود که در داخل ماکرومولکول های زیستی هستند. برای مثال اتم های مربوط به آمینواسیدها، لیپید ها، DNA و ...
قسمت HETATM: به اتم های که غیر از اتم های اشاره شده در بالا هستند گفته می شود.
لازم به ذکر می باشد که خیلی از ماکرومولکول ها (مانند پروتئین ها) از چندین زنجیره تشکیل شده اند که بین زنجیره ها از اصطلاح TER استفاده می شود.
یکی از مهمترین بانک های اطلاعاتی که در برگیرنه حجم عظیمی از فایل های PDB مربوط به پروتئین ها می باشد، دیتا بانک RCSB است که با آدرس اینترنتی www.rcsb.org قابل دسترسی می باشد.
@computational_science
www.rcsb.org
RCSB PDB: Homepage
As a member of the wwPDB, the RCSB PDB curates and annotates PDB data according to agreed upon standards. The RCSB PDB also provides a variety of tools and resources. Users can perform simple and advanced searches based on annotations relating to sequence…
کتابخانه های حاصل از آلانین اسکنینگ (alanine scaning library)
یکی از بهترین روش ها در طراحی پپتید، ساخت کتابخانه های پپتیدی با استفاده از روش آلانین اسکنینگ می باشد. در این روش تک تک آمینواسیدهای داخل پپتید با آمینواسید آلانین جایگزین می شود. آلانین آمینواسیدی پایه (default) می باشد. یعنی در ساختار پروتئین هیچ گونه نقش عملکردی و پایدارکنندگی ندارد، به همین جهت وقتی این آمینواسید با سایر آمینواسیدهای داخل پپتید جایگزین می شود می توان با تغییراتی که در داخل پپتید ایجاد می شود به نقش آن آمینواسید پی برد. برای مثال اگر با جایگذاری آمینواسید آلانین با آمینواسید داخل پپتید پایداری تغییر کند می توان گفت که این آمینواسید نقش پایدارکنندگی می تواند داشته باشد.
@computational_science
یکی از بهترین روش ها در طراحی پپتید، ساخت کتابخانه های پپتیدی با استفاده از روش آلانین اسکنینگ می باشد. در این روش تک تک آمینواسیدهای داخل پپتید با آمینواسید آلانین جایگزین می شود. آلانین آمینواسیدی پایه (default) می باشد. یعنی در ساختار پروتئین هیچ گونه نقش عملکردی و پایدارکنندگی ندارد، به همین جهت وقتی این آمینواسید با سایر آمینواسیدهای داخل پپتید جایگزین می شود می توان با تغییراتی که در داخل پپتید ایجاد می شود به نقش آن آمینواسید پی برد. برای مثال اگر با جایگذاری آمینواسید آلانین با آمینواسید داخل پپتید پایداری تغییر کند می توان گفت که این آمینواسید نقش پایدارکنندگی می تواند داشته باشد.
@computational_science
به نام خالق زیبایی ها و دوستی ها
با عرض سلام و ادب خدمت همکاران و دوستان دانش پژوه و تمامی عزیزانی که تازه به جمع ما پیوستن ،خدمت همه این فرهیختگان خوش آمد گویی عرض میکنیم...
دوستان عزیز از اینکه ما را همراهی میکنید ممنون هستیم و پوزش میطلبیم بخاطر تاخیر در ارایه مطالب خدمت بزرگواران که آنهم بخاطر ایام امتحانات بود...
انشاءالله از این بعد طبق یک برنامه آموزشی هفتگی خوب و منسجم همراه بزرگواران خواهیم بود که در روزهای آتی خدمت عزیزان ارسال خواهد شد که براحتی بتوانید نیازهای خودتان رو از این کانال خوب و مفید برآورده کنید...
دوستدارن علم و پژوهش برای ما کیفیت و صداقت در علم مهم است نه کمیت! برای ما مهم نیست تعداد افراد کانالمون کم و یا زیاد باشه... متاسفانه الان خیلی از کانال های علمی به یک بازار تبلیغی تبدیل شده و هیچ حوزه آموزشی بجز در چندتا کانال وجود نداره بلکه جامعه علمی پاک رو با افکار و نگرش های بد به یک حوزه کاملا غیر علمی سوق میدهند(کپی پیست و...)...
ما امید داریم با همراهی شما عزیزان در این کانال مفید و پرکاربرد، حوزه تحقیق در بیولوژی را با یک نگرش کاملا متفاوت خدمت دوستان بازگو کنیم و راهکارها و اصول موفقیت آمیز در این حوزه جدید رو خدمت دوستان معرفی کنیم نه تنها در این حوزه بلکه حوزه های جدید مبتنی بر علوم omics را خدمت دوستان معرفی کنیم.. @computational_science
ما به دوستان همراه علم و دانش این نوید رو میدهیم که در ایام آتی ورکشاپ های رایگان در علوم (بیولوژی محاسباتی وبیوانفورماتیک) در حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس خدمت دوستان برگزار خواهیم کرد تا بر صداقت و کیفیت علمی ما از نزدیک آشنا بشوید.. و دوست داریم این حوزه کاربردی به جامعه علمی زیست شناسی در تمام گرایش های مختلف معرفی بشود تا دانشجویان عزیز و جدید الورود در گرایش های بیولوژی هرچه بیشتر با این حوزه علمی آشنایی داشته باشند چرا که در حوزه های تحقیقاتی کلید ورود و تسلط شما بر پروژه های علمی اکثرا حوزه کار با بیوانفورماتیک ؛ محاسبات ریاضی ، طراحی پروتئین و ژن و... کار با نرم افزارهای مختلف مولکولی در پروژهای علمی خواهد بود. پس از علاقه مندان عزیز به حوزه تحقیقات و فناوری تقاضا میشود در معرفی این حوزه به دوستاران علم دریغ نکنند و مارو در امر خدمت رسانی همراهی کنند.
@computational_science
باتشکر فراوان گروه علمی تحقیقاتی زیست محاسبات پویا
@computational_science
با عرض سلام و ادب خدمت همکاران و دوستان دانش پژوه و تمامی عزیزانی که تازه به جمع ما پیوستن ،خدمت همه این فرهیختگان خوش آمد گویی عرض میکنیم...
دوستان عزیز از اینکه ما را همراهی میکنید ممنون هستیم و پوزش میطلبیم بخاطر تاخیر در ارایه مطالب خدمت بزرگواران که آنهم بخاطر ایام امتحانات بود...
انشاءالله از این بعد طبق یک برنامه آموزشی هفتگی خوب و منسجم همراه بزرگواران خواهیم بود که در روزهای آتی خدمت عزیزان ارسال خواهد شد که براحتی بتوانید نیازهای خودتان رو از این کانال خوب و مفید برآورده کنید...
دوستدارن علم و پژوهش برای ما کیفیت و صداقت در علم مهم است نه کمیت! برای ما مهم نیست تعداد افراد کانالمون کم و یا زیاد باشه... متاسفانه الان خیلی از کانال های علمی به یک بازار تبلیغی تبدیل شده و هیچ حوزه آموزشی بجز در چندتا کانال وجود نداره بلکه جامعه علمی پاک رو با افکار و نگرش های بد به یک حوزه کاملا غیر علمی سوق میدهند(کپی پیست و...)...
ما امید داریم با همراهی شما عزیزان در این کانال مفید و پرکاربرد، حوزه تحقیق در بیولوژی را با یک نگرش کاملا متفاوت خدمت دوستان بازگو کنیم و راهکارها و اصول موفقیت آمیز در این حوزه جدید رو خدمت دوستان معرفی کنیم نه تنها در این حوزه بلکه حوزه های جدید مبتنی بر علوم omics را خدمت دوستان معرفی کنیم.. @computational_science
ما به دوستان همراه علم و دانش این نوید رو میدهیم که در ایام آتی ورکشاپ های رایگان در علوم (بیولوژی محاسباتی وبیوانفورماتیک) در حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس خدمت دوستان برگزار خواهیم کرد تا بر صداقت و کیفیت علمی ما از نزدیک آشنا بشوید.. و دوست داریم این حوزه کاربردی به جامعه علمی زیست شناسی در تمام گرایش های مختلف معرفی بشود تا دانشجویان عزیز و جدید الورود در گرایش های بیولوژی هرچه بیشتر با این حوزه علمی آشنایی داشته باشند چرا که در حوزه های تحقیقاتی کلید ورود و تسلط شما بر پروژه های علمی اکثرا حوزه کار با بیوانفورماتیک ؛ محاسبات ریاضی ، طراحی پروتئین و ژن و... کار با نرم افزارهای مختلف مولکولی در پروژهای علمی خواهد بود. پس از علاقه مندان عزیز به حوزه تحقیقات و فناوری تقاضا میشود در معرفی این حوزه به دوستاران علم دریغ نکنند و مارو در امر خدمت رسانی همراهی کنند.
@computational_science
باتشکر فراوان گروه علمی تحقیقاتی زیست محاسبات پویا
@computational_science
Forwarded from 🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
با سلام و احترام
دوستانی که سوال یا هر مشکلی در زمینه های تئوری دارن میتونن تو گروه زیر عضو بشن و سوالاتشونو بپرسن.با تشکر
https://telegram.me/joinchat/BP7D2wMpgBMa-vyZ7mwALw
دوستانی که سوال یا هر مشکلی در زمینه های تئوری دارن میتونن تو گروه زیر عضو بشن و سوالاتشونو بپرسن.با تشکر
https://telegram.me/joinchat/BP7D2wMpgBMa-vyZ7mwALw
با عرض سلام و احترام خدمت بزرگواران
از امروز طبق وعده قبلی در طی روزهای زوج، آموزش نرم افزارها شروع می شود. اولین نرم افزاری که جهت آموزش انتخاب شده است نرم افزار Gromacs می باشد. هدف از این دوره آموزشی اراِئه مبانی شبیه سازی، بررسی فایل های این نرم افزار و انجام یک مثال می باشد. امیدوارم بتوانیم بهترین کیفیت را برای شما ارائه دهیم.
از امروز طبق وعده قبلی در طی روزهای زوج، آموزش نرم افزارها شروع می شود. اولین نرم افزاری که جهت آموزش انتخاب شده است نرم افزار Gromacs می باشد. هدف از این دوره آموزشی اراِئه مبانی شبیه سازی، بررسی فایل های این نرم افزار و انجام یک مثال می باشد. امیدوارم بتوانیم بهترین کیفیت را برای شما ارائه دهیم.
#سیستم_بیولوژی
زیست شناسی یک مفهوم بسیار گسترده است اما برای تعریف سیستم بیولوژی از این زاویه به زیست شناسی نگاه می کنیم:
از برهمکنش تعداد زیادی مولکول یک اندامک درون سلولی به وجود می آید که به عنوان یک واحد عملکردی در سطوح مختلف سلولی، بافتی و فیزیولوژیک ایفای نقش می کند. مطالعه ی "کمی" همه ی این فرآیندها در حوزه ی سیستم بیولوژی قرار دارد.
پس رسالت سیستم بیولوژی استفاده از زیست شناسی مولکولی و بیوشیمی اجزاء سلولی به منظور درک عملکردهای فیزیولوژیک می باشد.
اصطلاح "سیستم بیولوژی" در اوایل قرن بیست و یکم مطرح شد و پیشتر از آن به این حوزه به طورکلی "سیستم های پیچیده" گفته می شد.
در اواخر دهه ی 90، آقای Ravi Iyengar اقدام به بررسی همزمان هزاران mRNA موجود در یک سلول پرداخت و از این طریق تلاش نمود تا نحوه ی پاسخ دادن سلول به یک محرک را مطالعه نماید. وی در مطالعه ای دیگر بصورت محاسباتی اثبات نمود که مولکول ها چگونه با یکدیگر تشکیل یک شبکه سیگنالینگ را می دهند؛ مولکول هایی که به تنهایی عملکرد معناداری ندارند بلکه ارتباط آنها با یکدیگر در قالب یک شبکه به صورت یک سیگنال سلولی بروز می یابد. نتایج این مطالعات در مجله ساینس منتشر شد.
سیستم بیولوژی دو رویکرد کلی را دنبال می کند:
الف- رویکرد پایین به بالا (Bottom-Up):
در این رویکرد از اجزای کوچک سلولی شروع می شود؛ برای مثال با درنظر گرفتن ژن ها، پروتئین ها، لیپیدها و...در کنار هم، به این موضوع می پردازیم که چگونه این اجزاء تشکیل یک سیستمی را می دهند که عملکرد خاصی را دنبال می کند.
ب- رویکرد بالا به پایین (Top-Down):
در این رویکرد به منظور درک خصوصیات و توانایی های یک سیستم، آن را به طور کامل و کلی در نظر می گیرند، درست برعکس حالت الف.
@computational_science
زیست شناسی یک مفهوم بسیار گسترده است اما برای تعریف سیستم بیولوژی از این زاویه به زیست شناسی نگاه می کنیم:
از برهمکنش تعداد زیادی مولکول یک اندامک درون سلولی به وجود می آید که به عنوان یک واحد عملکردی در سطوح مختلف سلولی، بافتی و فیزیولوژیک ایفای نقش می کند. مطالعه ی "کمی" همه ی این فرآیندها در حوزه ی سیستم بیولوژی قرار دارد.
پس رسالت سیستم بیولوژی استفاده از زیست شناسی مولکولی و بیوشیمی اجزاء سلولی به منظور درک عملکردهای فیزیولوژیک می باشد.
اصطلاح "سیستم بیولوژی" در اوایل قرن بیست و یکم مطرح شد و پیشتر از آن به این حوزه به طورکلی "سیستم های پیچیده" گفته می شد.
در اواخر دهه ی 90، آقای Ravi Iyengar اقدام به بررسی همزمان هزاران mRNA موجود در یک سلول پرداخت و از این طریق تلاش نمود تا نحوه ی پاسخ دادن سلول به یک محرک را مطالعه نماید. وی در مطالعه ای دیگر بصورت محاسباتی اثبات نمود که مولکول ها چگونه با یکدیگر تشکیل یک شبکه سیگنالینگ را می دهند؛ مولکول هایی که به تنهایی عملکرد معناداری ندارند بلکه ارتباط آنها با یکدیگر در قالب یک شبکه به صورت یک سیگنال سلولی بروز می یابد. نتایج این مطالعات در مجله ساینس منتشر شد.
سیستم بیولوژی دو رویکرد کلی را دنبال می کند:
الف- رویکرد پایین به بالا (Bottom-Up):
در این رویکرد از اجزای کوچک سلولی شروع می شود؛ برای مثال با درنظر گرفتن ژن ها، پروتئین ها، لیپیدها و...در کنار هم، به این موضوع می پردازیم که چگونه این اجزاء تشکیل یک سیستمی را می دهند که عملکرد خاصی را دنبال می کند.
ب- رویکرد بالا به پایین (Top-Down):
در این رویکرد به منظور درک خصوصیات و توانایی های یک سیستم، آن را به طور کامل و کلی در نظر می گیرند، درست برعکس حالت الف.
@computational_science
با عرض سلام و اخترام خدمت دوستان.بنا به درخواست عده ای از دوستان و مبنی بر گذاشتن سورس اصلی نرم افزار انتخاب شده برای آموزش بنده این هم خود نرم افزار و هم نحوه نصبش رو لینوکس رو اینجا خدمتتون قرار میدم.با تشکر از همراهی و صبر شما بزرگواران
شما ابتدا نرم افزار fftw رو نصب نموده و سپس اقدام به نصب گرومکس نمایید.
sudo su root
copy fftw-3.3.3.tar.gz and gromacs-4.5.3 files in installation directory
cd installation directory
—----------------------------------------------------------------------
fftw installation:
tar xvzf fftw-3.3.3.tar.gz
cd fftw-3.3.3
./configure —enable-float —enable-threads
make
make install
—---------------------------------------------------------------------
Gromacs installation:
cd .. (cd installation directory )
tar xvzf gromacs-4.5.3.tar.gz
cd gromacs-4.5.3
./configure
make
make install
make links
copy fftw-3.3.3.tar.gz and gromacs-4.5.3 files in installation directory
cd installation directory
—----------------------------------------------------------------------
fftw installation:
tar xvzf fftw-3.3.3.tar.gz
cd fftw-3.3.3
./configure —enable-float —enable-threads
make
make install
—---------------------------------------------------------------------
Gromacs installation:
cd .. (cd installation directory )
tar xvzf gromacs-4.5.3.tar.gz
cd gromacs-4.5.3
./configure
make
make install
make links
در صورت داشتن هرگونه سوالی لطفا در گروه زیر مطرح نمایید.