#سیستم_بیولوژی
ارایه چند کلیپ ویدئویی از سیستم بیولوژی 👇👇
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
ارایه چند کلیپ ویدئویی از سیستم بیولوژی 👇👇
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
#سیستم_بیولوژی کلیپ برگزیده در برنامه TED🔷🔶🔹🔸
ویدئویی از دکتر باراباسی دانشمند مشهور در زمینه های شبکه های زیستی عصبی و سیستم بیولوژی، که درباره شبکه های پروتئینی و اهمیت آن در بیماری ها در برنامه TED سخنرانی می کنند.👇👇
📝 Do your proteins have their own social network?
⏲ Duration: 16 min
💾 Size: 50 MB
@computational_science🔸🔹🔶🔷
ویدئویی از دکتر باراباسی دانشمند مشهور در زمینه های شبکه های زیستی عصبی و سیستم بیولوژی، که درباره شبکه های پروتئینی و اهمیت آن در بیماری ها در برنامه TED سخنرانی می کنند.👇👇
📝 Do your proteins have their own social network?
⏲ Duration: 16 min
💾 Size: 50 MB
@computational_science🔸🔹🔶🔷
♻️امیدوارم مطالب ارسالی در مورد سیستم بیولوژی مورد پسند اساتید و دانش پژوهان واقع شده باشه ، انشاءالله فردا ادامه مطالب در مورد تکنیک توالی یابی نسل جدید NGS-RNAseq خواهد بود...از اینکه مارو همراهی میکنید صمیمانه تشکر و قدردانی میکنیم.🙏🌺
🔷🔶🔸🔹یکی از مباحث جالب و البته بسیار کاربردی در حوزه ی بیوانفورماتیک، "ایمونوانفورماتیک" است که در طراحی واکسن ها بسیار مورد توجه قرار گرفته است. 🔸🔹🔶🔷
در ادامه کتبی در این زمینه خدمتتان ارئه خواهد شد و امیدواریم مورد استفاده اساتید قرار گیرد.
@computational_science
📚 معرفی کتب 📚
✅ نام: Immunoinformatics
✅ انتشارات: Humana Press
✅نام: Stockley’s Drug Interactions
✅انتشارات: pharmaceutical press
🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔹🔶
@computational_science
در ادامه کتبی در این زمینه خدمتتان ارئه خواهد شد و امیدواریم مورد استفاده اساتید قرار گیرد.
@computational_science
📚 معرفی کتب 📚
✅ نام: Immunoinformatics
✅ انتشارات: Humana Press
✅نام: Stockley’s Drug Interactions
✅انتشارات: pharmaceutical press
🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔹🔶
@computational_science
Immunoinformatics.pdf
18.3 MB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
drug intraction.pdf
17.3 MB
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
@computational_science
معرفی نرم افزار:
#VMD
✅این نرم افزار برای مدلسازی، دیدن و آنالیز سیستم های زیستی مثل پروتئین ها، اسید نوکلئیک ها، غشاهای سلولی و ... به کار می رود. نرم افزار VMD قابلیت باز کردن فایل های ساختاری با فرمت های مختلف (مثل Pdb) را به خوبی داراست. با این نرم افزار شما قادر خواهید بود که بیومولکول مورد نظرتان را به رنگ ها و روش های مختلفی ببینید (مثل مدل های گوی و میله، ریبون، کارتون و ...) و مورد دستورزی قرار دهید. همچنین شما قادر خواهید بود که با استفاده از فایل های مسیر یا تراجکتوری، از مسیر حرکت بیومولکول مورد نظرتان انیمیشن تهیه کنید. در مجموع این نرم افزار به عنوان یکی از قدرتمندترین نرم افزار ها برای مشاهده، ویرایش و آنالیز بیومولکول ها به صورت گرافیکی مطرح است. در ادامه لینک وبسایت این نرم افزار آورده شده است. با مراجعه به این وبسایت می توانید ضمن دانلود نرم افزار، از آموزش های لازم نیز بهره مند شوید.
https://telegram.me/computational_science
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔶🔹
اولین شبکه محاسباتی ایران
@computational_science
#VMD
✅این نرم افزار برای مدلسازی، دیدن و آنالیز سیستم های زیستی مثل پروتئین ها، اسید نوکلئیک ها، غشاهای سلولی و ... به کار می رود. نرم افزار VMD قابلیت باز کردن فایل های ساختاری با فرمت های مختلف (مثل Pdb) را به خوبی داراست. با این نرم افزار شما قادر خواهید بود که بیومولکول مورد نظرتان را به رنگ ها و روش های مختلفی ببینید (مثل مدل های گوی و میله، ریبون، کارتون و ...) و مورد دستورزی قرار دهید. همچنین شما قادر خواهید بود که با استفاده از فایل های مسیر یا تراجکتوری، از مسیر حرکت بیومولکول مورد نظرتان انیمیشن تهیه کنید. در مجموع این نرم افزار به عنوان یکی از قدرتمندترین نرم افزار ها برای مشاهده، ویرایش و آنالیز بیومولکول ها به صورت گرافیکی مطرح است. در ادامه لینک وبسایت این نرم افزار آورده شده است. با مراجعه به این وبسایت می توانید ضمن دانلود نرم افزار، از آموزش های لازم نیز بهره مند شوید.
https://telegram.me/computational_science
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔶🔹
اولین شبکه محاسباتی ایران
@computational_science
Telegram
🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
✔️لینک گروه: https://t.me/computational_science_group
✔️لینک کانال: @Computational_science
@ammar_mohseni:ادمین✔️
✔️این شبکه وابسته به مرکز زیست محاسبات پویا می باشد
✔️لینک گروه: https://t.me/computational_science_group
✔️لینک کانال: @Computational_science
@ammar_mohseni:ادمین✔️
✔️این شبکه وابسته به مرکز زیست محاسبات پویا می باشد
✅یه راهکار برای دوستانی که به هر دلیل هنگام کار با وبسایت rcsb و پیدا کردن فایل pdb پروتئین هاشون به مشکل بر میخورند:
قطعا تا بحال پیش اومده که به دنبال فایل pdb یه پروتئین هستید و با جستجو در وبسایت pdb به نتایج زیادی برخوردید که در انتخاب نتیجهدرست سر در گم شدید. مثلا: به دنبال فایل pdb پروتئین Caspase 8 هستید، اگر تستکنید ملاحظه میکنید که بیش از ۲۹ ساختار به شما نتیجه خواهد داد. راه حلاینه:
✅وارد وبسایت uniprot بشید، اسم پروتئینتون رو سرچ کنید، گونه مورد نظرتون رو انتخاب کنید و entry مدنظر رو باز کنید. از ستون سمت چپ sequence پروتئین رو فراخوانی کنید. فرمت fasta پروتئین رو باز کنید. فرمت مذکور رو کپی و از طریق ابزار protein blast وبسایت ncbi به دنبال نتیجه باشید. در بخش نتایج بلاست براحتی ملاحظه میفرمائید که به ترتیب کدام ساختارها بیشترین شباهت رو به پروتئین مدنظرتون دارند. در این مثال نتیجه 1I4E قابل استفاده خواهد بود.
موفق باشید.
وحید زارع
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science🔸🔹🔶🔷
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
قطعا تا بحال پیش اومده که به دنبال فایل pdb یه پروتئین هستید و با جستجو در وبسایت pdb به نتایج زیادی برخوردید که در انتخاب نتیجهدرست سر در گم شدید. مثلا: به دنبال فایل pdb پروتئین Caspase 8 هستید، اگر تستکنید ملاحظه میکنید که بیش از ۲۹ ساختار به شما نتیجه خواهد داد. راه حلاینه:
✅وارد وبسایت uniprot بشید، اسم پروتئینتون رو سرچ کنید، گونه مورد نظرتون رو انتخاب کنید و entry مدنظر رو باز کنید. از ستون سمت چپ sequence پروتئین رو فراخوانی کنید. فرمت fasta پروتئین رو باز کنید. فرمت مذکور رو کپی و از طریق ابزار protein blast وبسایت ncbi به دنبال نتیجه باشید. در بخش نتایج بلاست براحتی ملاحظه میفرمائید که به ترتیب کدام ساختارها بیشترین شباهت رو به پروتئین مدنظرتون دارند. در این مثال نتیجه 1I4E قابل استفاده خواهد بود.
موفق باشید.
وحید زارع
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science🔸🔹🔶🔷
http://www.rcsb.org/pdb/home/home.do
www.rcsb.org
RCSB PDB: Homepage
As a member of the wwPDB, the RCSB PDB curates and annotates PDB data according to agreed upon standards. The RCSB PDB also provides a variety of tools and resources. Users can perform simple and advanced searches based on annotations relating to sequence…
Forwarded from عکس نگار
با سلام خدمت همراهان همیشگی ما🌺🌺🌺
از دوستان درخواست کرده بودن با توجه اینکه جایزه نوبل پزشکی امسال (2016) در زمینه فعالیت های مربوط به مکانیسم اتوفاژی (Autophagy) بود مطالبی رو خدمت دوستان ارایه بدیم. تا درک بهتری از این فرایند رو داشته باشیم که خدمت بزرگواران ارسال میگردد👇👇
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computatiobal_science
✅Yoshinori Ohsumi
برنده جایزه نوبل_پزشکی در سال 2016 به خاطر تحقیقاتش بر روی مسیر#اتوفاژی
از دوستان درخواست کرده بودن با توجه اینکه جایزه نوبل پزشکی امسال (2016) در زمینه فعالیت های مربوط به مکانیسم اتوفاژی (Autophagy) بود مطالبی رو خدمت دوستان ارایه بدیم. تا درک بهتری از این فرایند رو داشته باشیم که خدمت بزرگواران ارسال میگردد👇👇
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computatiobal_science
✅Yoshinori Ohsumi
برنده جایزه نوبل_پزشکی در سال 2016 به خاطر تحقیقاتش بر روی مسیر#اتوفاژی
Forwarded from عکس نگار
✅این هفته معرفی یک زیست شناسی سلولی بنام یوشینوری اوهسومی از موسسه تکنولوژی توکیو که از اوایل دهه 1990 بر روی ماهیت ژنتیکی و مکانیکی فرآیند خودخواری (اتوفاژی) کار کرده است و برنده جایزه نوبل در پزشکی و فیزیولوژی شد.👇👇
@computational_science🔸🔹
✅بعد از اینکه در ابتدا، اوهسومی کار خود را بر روی مخمر شروع کرد، ده ها محقق تحقیقات او را دنبال کرده تا آنجایی که امروزه به دنبال داروهایی هستند که فرآیند خودخواری را تنظیم کنند. اینکه سلول ها بطور صحیحی زباله های خود را جمع آوری کرده و دور بریزند، نقش کلیدی در سلامت سلول و در نتیجه موجود زنده از جمله انسان دارد.
✅با استفاده از داروهای موثر در اتوفاژی میتوان کمک موثری به بیمارانی که از هانتیگتون، پارکینسون، و آلزایمر رنج میبرند کرد و حتی بر روی روند درمان سرطان تاثیر گذار بود.
✅اوهسومی و همکارانش در دهه 1990 کشف کردند که مخمری که جهش یافته و گرسنه است تولید واکوئل و حفره غشایی بزرگی می کند در حالیکه مخمرهایی که رشد معمولی دارند اصولا واکوئل های قابل رویت با میکروسکوپ نوری تولید نمی کنند.
اوهسومی با استفاده از مواد جهش زای گوناگون، مخمرهای جهش یافته تولید کرده سپس در مخمرهایی که فقدان آنزیمهای بخصوصی را دارند، متوجه می شد که محتویات واکوئل نمیتواند تخلیه شود و از اینرو واکوئل بزرگ و قابل رویت می شود.
✅در سال 1993، اوهسومی و گروهش، مقاله ای کلیدی منتشر کردند که در آن 15 ژن دخیل در اتوفاژی توضیح داده شده بود. آنها نشان دادند که ساختار پاکسازی سلولی و زدودن زباله های سلولی تا حدودی بین مخمر و پستانداران مشابه است و تاثیر مهمی در سلامت انسان می تواند داشته باشد.
✅ در سال 1993، اوهسومی و گروهش، مقاله ای کلیدی منتشر کردند که در آن 15 ژن دخیل در اتوفاژی توضیح داده شده بود.
نخست، پروتئین یا اندامک سلولی آسیب دیده، علامتگذاری شده و سپس توسط غشایی احاطه می شود. سپس این بخش غشایی جدید، به اندامک غشایی وارد شده، که لیزوزوم نام دارد. تصویر زیر، دانش امروز ما را از اتوفاژی نشان می دهد، که مرهون تلاش های اوهسومی است.
@computational_science🔸🔹
ده ها آزمایشگاه، اکنون، بر روی مدل های حیوانی بیماری های زوال عصبی همچون پارکینسون، آلزایمر، و هانتیگتون کار میکنند.
به عنوان مثال، چاربل موسی از دانشگاه جرج تاون واشینگتون و بث لوین از دانشگاه تگزاس در دالاس، بخشی از پروژه های بزرگی هستند که با بودجه دولتی به دنبال دارویی هستند که با تقویت اتوفاژی به جنگ علیه عفونت ها و بیماری های زوال عصبی بروند.
https://www.linkedin.com/pulse/
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science🔸🔹🔶🔷
@computational_science🔸🔹
✅بعد از اینکه در ابتدا، اوهسومی کار خود را بر روی مخمر شروع کرد، ده ها محقق تحقیقات او را دنبال کرده تا آنجایی که امروزه به دنبال داروهایی هستند که فرآیند خودخواری را تنظیم کنند. اینکه سلول ها بطور صحیحی زباله های خود را جمع آوری کرده و دور بریزند، نقش کلیدی در سلامت سلول و در نتیجه موجود زنده از جمله انسان دارد.
✅با استفاده از داروهای موثر در اتوفاژی میتوان کمک موثری به بیمارانی که از هانتیگتون، پارکینسون، و آلزایمر رنج میبرند کرد و حتی بر روی روند درمان سرطان تاثیر گذار بود.
✅اوهسومی و همکارانش در دهه 1990 کشف کردند که مخمری که جهش یافته و گرسنه است تولید واکوئل و حفره غشایی بزرگی می کند در حالیکه مخمرهایی که رشد معمولی دارند اصولا واکوئل های قابل رویت با میکروسکوپ نوری تولید نمی کنند.
اوهسومی با استفاده از مواد جهش زای گوناگون، مخمرهای جهش یافته تولید کرده سپس در مخمرهایی که فقدان آنزیمهای بخصوصی را دارند، متوجه می شد که محتویات واکوئل نمیتواند تخلیه شود و از اینرو واکوئل بزرگ و قابل رویت می شود.
✅در سال 1993، اوهسومی و گروهش، مقاله ای کلیدی منتشر کردند که در آن 15 ژن دخیل در اتوفاژی توضیح داده شده بود. آنها نشان دادند که ساختار پاکسازی سلولی و زدودن زباله های سلولی تا حدودی بین مخمر و پستانداران مشابه است و تاثیر مهمی در سلامت انسان می تواند داشته باشد.
✅ در سال 1993، اوهسومی و گروهش، مقاله ای کلیدی منتشر کردند که در آن 15 ژن دخیل در اتوفاژی توضیح داده شده بود.
نخست، پروتئین یا اندامک سلولی آسیب دیده، علامتگذاری شده و سپس توسط غشایی احاطه می شود. سپس این بخش غشایی جدید، به اندامک غشایی وارد شده، که لیزوزوم نام دارد. تصویر زیر، دانش امروز ما را از اتوفاژی نشان می دهد، که مرهون تلاش های اوهسومی است.
@computational_science🔸🔹
ده ها آزمایشگاه، اکنون، بر روی مدل های حیوانی بیماری های زوال عصبی همچون پارکینسون، آلزایمر، و هانتیگتون کار میکنند.
به عنوان مثال، چاربل موسی از دانشگاه جرج تاون واشینگتون و بث لوین از دانشگاه تگزاس در دالاس، بخشی از پروژه های بزرگی هستند که با بودجه دولتی به دنبال دارویی هستند که با تقویت اتوفاژی به جنگ علیه عفونت ها و بیماری های زوال عصبی بروند.
https://www.linkedin.com/pulse/
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science🔸🔹🔶🔷
Forwarded from عکس نگار
#اتوفاژي #Autophagy
@computational_science🔸🔹🔶🔷
✅اتوفاژی (به زبان یونانی خودخواري) فرآیندي براي کنترل میزان و کیفیت محتویات سیتوپلاسمی در سلول هاي یوکاریوتیک است که شامل تخریب و هضم پروتئین هاي آسیب دیده یا بدشکل گرفته و ارگانل هاي طویل العمري چون #میتوکندري و #پراکسی زوم می باشد.
در شرایط عادی اتوفاژی به منظور حفظ #هموستاز سلول، در مقادیر پایینی انجام می شود.
@computational_science🔸🔹🔶🔷
✅اتوفاژی تحت استرس های مختلف مانند گرسنگی، تجمعات پروتئينی، تکامل، استرس اکسيداتيو و عفونت ميکروبی القا مي شود. يکی از مسيرهای تنظيمی مهم اتوفاژی، مسير پروتئين کيناز mTOR که مهارکننده اصلی اتوفاژی مي باشد و در حضور فاکتورهای رشد، انسولين و مواد مغذی فراوان مانند اسيدآمينه، اتوفاژی را مهار مي کند. کاهش ATP داخل سلولی باعث فعال شدن AMPK مي شود که مهارکننده mTOR بوده و با القای اتوفاژی، هموستاز را حفظ مي کند.
✅اتوفاژی در فرایندهای مختلف سلولی مانند آپاپتوز و تعادل انرژی سلولی نقش حیاتی دارد. همچنین در نقش بسیار مهمی در بیماری دیابت و مقاومت به انسولین در بدن ایفا می کند.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science🔸🔹🔶🔷
✅این تصویر، دانش امروز ما را از اتوفاژی نشان می دهد، که مرهون تلاش های اوهسومی است👇👇
@computational_science🔸🔹🔶🔷
✅اتوفاژی (به زبان یونانی خودخواري) فرآیندي براي کنترل میزان و کیفیت محتویات سیتوپلاسمی در سلول هاي یوکاریوتیک است که شامل تخریب و هضم پروتئین هاي آسیب دیده یا بدشکل گرفته و ارگانل هاي طویل العمري چون #میتوکندري و #پراکسی زوم می باشد.
در شرایط عادی اتوفاژی به منظور حفظ #هموستاز سلول، در مقادیر پایینی انجام می شود.
@computational_science🔸🔹🔶🔷
✅اتوفاژی تحت استرس های مختلف مانند گرسنگی، تجمعات پروتئينی، تکامل، استرس اکسيداتيو و عفونت ميکروبی القا مي شود. يکی از مسيرهای تنظيمی مهم اتوفاژی، مسير پروتئين کيناز mTOR که مهارکننده اصلی اتوفاژی مي باشد و در حضور فاکتورهای رشد، انسولين و مواد مغذی فراوان مانند اسيدآمينه، اتوفاژی را مهار مي کند. کاهش ATP داخل سلولی باعث فعال شدن AMPK مي شود که مهارکننده mTOR بوده و با القای اتوفاژی، هموستاز را حفظ مي کند.
✅اتوفاژی در فرایندهای مختلف سلولی مانند آپاپتوز و تعادل انرژی سلولی نقش حیاتی دارد. همچنین در نقش بسیار مهمی در بیماری دیابت و مقاومت به انسولین در بدن ایفا می کند.
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science🔸🔹🔶🔷
✅این تصویر، دانش امروز ما را از اتوفاژی نشان می دهد، که مرهون تلاش های اوهسومی است👇👇
✅ارایه چند کلیپ ویدئویی در زمینه اتوفاژی (خودخواری)👇👇
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
This media is not supported in your browser
VIEW IN TELEGRAM
#اتوفاژی(خودخواری) و #جایزه_نوبل
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
اتوفاژی درون سلولی.mov
1.3 MB
#اتوفاژی(خودخواری) و #جایزه_نوبل
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science