🔶🔷پیش گویی پروموتورهای باکتریایی و یوکاریوتی 🔷🔶
@computational_science
✅برنامه BPROM برنامه تحت وب است که پروموتورهای باکتریایی را پیش گویی میکند . این برنامه از یک تابع تفکیک کننده خطی بهمراه سیگنال و اطلاعاتی نظیر توالی های پروموتور و ترکیب الیگونوکلئوتیدی مناطق پروموتور استفاده میکند.
@computational_science

✅برنامه Find Terrm برنامه ای برای جستجوی سیگنال های پایان مستقل از P باکتریایی است که در انتهای اپران قرار دارند این برنامه در سایت BPROM و FGENES در دسترس هست. در این سایت پیش گوی ها بر اساس تطبیق پروفایل های شناخته شده سیگنال های پایانی همراه با محاسبه انرژی ساختارهای دوم RNA بعنوان ساختار حلقه -سنجاق سر انجام میگیرد .
🔴ولی پیش گویی پروموتور و عناصر تنظیمی در یوکاریوت ها بیشتر براساس روش ازابتدا و براساس جستجوی انطباق توالی ورودی با الگوهای توافقی عناصر تنظیمی و پروموتورهای شناخته شده ، عمل میکند.
برنامه CpGProD برنامه ای تخت وب است و پروموتورهای دارای تراکم بالای جزایر CpG را در توالی های ژنوم پستانداران پیش گویی میکند.
@computational_sciencs
✅برنامه Eponine برنامه ای تحت وب است که پیش گویی نقاط رونویسی را براساس یک سری PSSMهای از پیش ساخته شده مناطق تنظیمی مانند جعبه TATA , جعبه CCAAT ویا جزایر CpG انجام میدهد.
و برنامه های دیگری نیز هرکدام با ویژگی های متعدد در پیش گویی پروموتور عبارتند از :
✅Cluster- Buster
✅Fire EF
✅McPromoter
✅TSSW
✅CONPRO
✔️گروه و کانال بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی رو به دوستانتان معرفی کنید
https://telegram.me/joinchat/BP7D2zyFRAJTZgcOxXJA9A

@computational_science

✅MD simulation using schrodinger desmond package
♦️ارسالی از همکارمحترم دکتر وحید زارع

🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی🔷
@computational_science

دانلود Prezi Pro v6.12.1.0 - نرم افزار پرزی، ساخت ارائه‌ های جالب و تحسین‌برانگیز

راهنمای نصب
1- نرم افزار را نصب کنید.
2- در سایت Prezi.com یک اکانت بسازید.
3- فایل PreziNext.Windows.Core.dll را از داخل پوشه Cracked File کپی و در محل نصب نرم افزار جایگزین فایل موجود کنید.
4- نرم افزار رو به صورت Run as Administrator اجرا کنید و نام کاربری و رمز عبور خود در سایت Prezi.com را وارد کنید.

توجه:
این نرم افزار از زبان فارسی پشتیبانی نمی کند بنابراین هر متن فارسی خود را در قالب فایل pdf ذخیره کرده و سپس این فایل را در پرزی درج (insert) کنید.

همچنین از روش زیر می توانید برای فارسی نویسی مستقیم در Prezi استفاده کنید:
1- در محیط Prezi کلید های Crtl+Shift+Alt+C را بزنید، تا پنجره تنظیمات فونت باز شود.
2- در هر جا عبارتی شبیه:

@font-face
{
src: url('NotoSans-Regular.keg');

دیدید، به جای عبارت NotoSans-Regular.keg که در واقع نوع فونت از پیش تعریف شده است.
عبارت Arial.keg و یا Tahoma.keg را بنویسید، سپس Apply را بزنید تا تغییرات اعمال شود.
(اگر فونت در سیستم Prezi موجود نباشد به شما خطا داده می شود.)
3- وارد این صفحه شوید و متن خود را وارد کنید و خروجی را در Prezi وارد کنید.

تنها اشکال این روش تنوع پایین فونت ها هست ولی سرعت کار نسبت به حالت وارد نمودن PDF به مراتب بالاتر است.

http://cdn.p30download.com/?b=p30dl-software&f=Prezi.v6.12.1.0_p30download.com.part1.rar
http://cdn.p30download.com/?b=p30dl-software&f=Prezi.v6.12.1.0_p30download.com.part2.rar
http://p30download.net/userfiles/p/Prezi.v6.12.1.0.Cracked.File.Only_pd.zip

www.p30download.com🔑

موفق باشید.
حمید مصدقی

🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔹🔶

به نام خدا

عرض سلام و تسلیت به مناسبت ایام شهادت سالار شهیدان و یاران باوفایش خدمت اساتید و دانش پژوهان گرامی

توفیق خدا شامل حال بنده شده تا با معرفی نرم افزار نمدی وقت شما سروران بگیرم
@computational_science
✅1-نرم افزار نمدی یک نرم افزار تحت ویندوز و با کاربری بسیار راحته و تمامی اپشنهایی که گرومکس و لمپس رو در خود دارد اما بسیار ملموستر
✅2-نمدی با VMDکاملا ست شده و شما میتوانید هر کمپلکسی رو براساس میدان بار چارم بسازید
✅3- نمدی همچون هر شبیه ساز دیگر تمامی فورس فیلدها را ساپورت میکند اما با چارم و امبر برترین کارایی را دارد
✅4- افرادی که با گرومکس کار میکنند بایستی دانش برنامه نویسی و با کدها اشنایی داشته، در حالیکه در نمدی شما براحتی باکس اب یون سایر مواد مدنظر در باکس قرار میدهید و حتی به راحتی چندین کمپلکس رو در هم ادغام و استفاد میکنید
✅5- ساخت ترکیبات جدید مثل داروها، پلیمرها، قندها و چربی ها براحتی انجام میگیرد
✅6- در صورت نیاز به محاسبات کوانتومی برای بارها و پارامترهای LJ، Van der Waals و .... رابط کاربری برای گوسین داشته و شما به راحتی محاسبات رو در گوسین انجام داده و نتایج را به محاسبات نمدی می اورید.
✅ 7- نمدی می توانند کمپلکس های بسیار پیچیده مثل فتوسنتز، کپسیدهای ویروسی، کانالی و غشایی ، گلیکوپپتیدی ویا هایپرژنومیکسی را شبیه سازی و محاسبات ترموسنسی، pH متری و ولتامتری را بازسازی نمایید.
✅8-انترکشنهای پلیمری-دارویی، پلیمری-پلیمری، و آنتی بادی کاملا ساپورت نموده و میدانهای بار و پارامترهای آنها در اختیار محققین قراردارد.
✅9- انالیزها در VMDبرعکس گرومکس کاملا گرافیکی بوده و خروجی منوها، فایلهایی حاوی دیتاهاست. البته VMDتراجکتوری های گرومکس امبر و لمپس را هم ساپورت میکند.
✅10- محاسبه کلیه انالیزها قابل انجام بوده و محققین میتواند با اشراف به نحوه ای کار تراجکتوری ها خود را انالیز نمایند.

✔️در پایان از مدیر محترم، اساتید و دانش پژوهان گرامی کانال و گروه 🔸 شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔸کمال تشکر را داشته و خاطر نشان میکنم امید به خدا بعد از پایان دوره مقدماتی کارگاه نمدی، دوره های پیشرفته نمدی با رویکردی غشایی و کانالی که در دوره دکتری توسط اساتید خود Prof. Tajkhorshid (از نویسندگان نمدی) و Dr.kalani اموخته ام در خدمت دانشجویان بزرگوار باشم.

محمود جوکار

🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔹🔶
@computational_science

مهندسی ژنتیک در راه تولید داروی مسکن: 🔸🔹

🔻باکتری E.coli با قابلیت ترشح thebaine طراحی شده است.🔺

♦️ژن تبایین که یک پیشساز مورفین است و در شیره خشخاش وجود دارد، در این باکتری وارد شده است.🔸🔹

‍ 🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔹🔶
@computational_science
#خبر علمی

✔️‌نرم‌افزار اکسل علت «۲۰ درصد» از اشتباهات مقاله‌های علم ژنتیک!
اکسل مسبب بیست درصد از اشتباهات مقالات علمی مرتبط با علم ژنتیک است.

♦️مقاله‌ای به تازگی در مجله علمی ژنوم بایولوژی منتشر شد است که فرمت پیش‌فرض شده برنامه اکسل (که یکی از برنامه‌های اداری شرکت مایکروسافت است) را مسئول حدود بیست درصد از خطاهای موجود در مقالات علمی در علم ژنتیک می‌داند.

🔶پژوهشگران دریافته‌اند که این خطاها از آنجا ناشی می‌شوند که برنامه تصحیح خودکار (auto correcting) اکسل،نام‌های متداول ژن‌ها را به تاریخ یا عدد تبدیل می‌کند. از آنجا که هیچ راهی برای خاموش کردن این گزینه اکسل وجود ندارد، دانشمندان باید این خطاهای خودکار را به طور دستی درست کنند؛ کاری که بسیاری از آنها فراموش می‌کنند و در نهایت، مقاله با همان خطای درست نشده،‌ منتشر می‌شود.

🔷یک گروه استرالیایی که به بررسی خطاهای موجود در صفحات اکسل مقالات ژنتیکی پرداخته می‌گوید اگر برای پردازش داده‌های ژنتیکی از اکسل در همان فرمت اولیه و خودکارش استفاده شود، آن وقت نام ژن‌ها به تاریخ و همینطور اعداد عوض می‌شود.
@computational_science

🔶این گروه تحقیقاتی بیش از سی و پنج هزار صفحه اکسل متعلق به بیش از سه هزار و پانصد مقاله علمی منتشر شده در ۱۹ مجله متفاوت در سال‌های بین ۲۰۰۵ و ۲۰۱۵ در حوزه علم ژنتیک را بررسی کرد و به این نتیجه رسید که تقریبا یک پنجم تمام مقالاتی که از اکسل در آنها استفاده شده است، دارای خطا هستند.
@computational_science

✅به گزارش واشینتگن پست، اگر محققی نام ژن MARCH1 را در اکسل وارد کند و دکمه Enter را بزند، اکسل به طور خودکار این نام را به تاریخ یکم مارچ یا 1-MAR عوض می‌کند. اگر محقق در همان زمان متوجه این اشتباه بشود و دکمه Undo را بزند، نام اولیه باز نمی‌گردد بلکه اکسل عدد 42430 را جایگزین می‌کند. چرا که این عدد معادل همان تاریخ یک مارس در برنامه‌ریزی داخلی اکسل است.

🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔹🔶

@computational_science
✔️با ارسال این پست شبکه محاسباتی رو به دوستانتان معرفی کنید.🔸🔹🔶🔷

🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
کتاب پروفسور علی کرمی
@computational_science

#طریقه گرفتن توالی ژن از NCBI
🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science

‍ 🔷🔸شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔸🔷
@computational_science

♦️#نرم افزار R ، محیطی قدرتمند برای تحلیل آماری می باشد که در چندین سیستم عامل مختلف قابل اجرا است. 🔸🔹🔶🔷

✅نرم افزار R بصورت رایگان در دسترس بوده و تحت پروانه ی عمومی همگانی، گنو (GNU) از بنیاد نرم افزارهای آزاد (Free Software Foundation) توزیع می گردد.
شما می توانید این برنامه را از شبکه جامع آرشیو نرم افزار R در (CRAN) دانلود نمایید.
باینری های آماده اجرای نرم افزار R برای سیستم عامل های ویندوز (Windows)، مک او اس ایکس (Mac OS X) و لینوکس (Linux) در دسترس می باشد.
کد منبع (source code) نیز قابل دانلود بوده و می تواند برای سیستم عامل های دیگر کامپایل شود.
✅نرم افزار R برای اولین بار به عنوان یک پروژه تحقیقاتی توسط راس ایهاکا (Ross Ihaka) و رابرت جنتلمن (Robert Gentleman) نوشته شد،
و در حال حاضر توسط گروهی از متخصصان علم آمار به نام "تیم هسته نرم افزار R" با صفحه ای در آدرس www.r-project.org در حال توسعه ی فعال می باشد.
@computational_science

✅نرم افزار R به گونه‌ای طراحی شده، که بی شباهت به زباننرم افزار S که توسط جان چمبرز (John Chambers) و دیگر افراد در آزمایشگاه‌های بل توسعه یافته بود نباشد.
نسخه ی تجاری نرم افزار S با قابلیتهای بیشتر، توسط موسسه ی علوم آماری به عنوان نرم افزار SPlus توسعه یافته و به بازار عرضه شده؛
بعدها این نسخه نرم افزار SPlus، توسط شرکت Insightful خریداری شده و اکنون نیز متعلق به TIBCO Spotfire می باشد.
✔️نرم افزار R و نرم افزار SPlus را می توان به عنوان دو پیاده‌ سازی زبان نرم افزار S در نظر گرفت.
🔷🔸شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔸🔷
@computational_science

🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔶

@computational_science

🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔹🔶

@computational_science
♦️#بررسی اجمالی زبان برنامه نویسی پایتونpythone

✅زبان پایتون یک زبان برنامه نویسی اسکریپتی ، سطح بالا ، تفسیری ، تعاملی و شی گرا می باشد .

✔️زبان پایتون ، تفسیری است
✔️زبان پایتون ، تعاملی است
✔️زبان پایتون ، شی گرا است
✔️زبان پایتون ، زبانی برای مبتدیان است

✅زبان برنامه نویسی پایتون توسط " گیدو ون روسوم " در اواخر دهه هشتاد و اوایل دهه نود در موسسه ملی تحقیقات ریاضی و رایانه ( CWI ) در هلند توسعه یافت .

✅ویژگی های برجسته زبان برنامه نویسی پایتون عبارتند از

✔️یادگیری آسان
✔️خوانده شدن آسان
✔️نگهداری و تغییر آسان
✔️دارا بودن یک کتابخانه گسترده استاندارد
✔️حالت تعاملی
✔️قابل حمل بودن
✔️توسعه پذیری
✔️دارا بودن پایگاه های داده
✔️برنامه نویسی رابط گرافیکی کاربر - GUI
✔️مقیاس پذیری

✅دسترسی به زبان برنامه نویسی پایتون🌐

به روزترین و رایج ترین سورس کد ، باینری ها ، مستندات ، اخبار و غیره در وب سایت رسمی زبان پایتون در دسترس می باشد :

وب سایت رسمی زبان برنامه نویسی پایتون : http://www.python.org

✅شما می توانید مستندات زبان برنامه نویسی پایتون را از سایت زیر دانلود نمایید . اسناد در فرمت های HTML ، پی دی اف ، و پست اسکریپت موجود می باشند .

🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔹🔶
اولین شبکه محاسباتی ایران
@computational_science

وب سایت اسناد زبان پایتون : http://www.python.org/doc

🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔶

@computational_science

Tim J. Stevens, Wayne Boucher-Python Programming for Biology_ Bioinformatics and Beyond-Cambridge University Press (2015)

🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔶

@computational_science

-Bioinformatics Programming Using Python-Oreilly (2009)

✅از دوستان عزیزم در پی وی پیام داده بودن تا در مورد سیستم بیولوژی (System Biology) و توالی یابی نسل سوم NGS- RNNseq مطالبی گذاشته شود.👇👇

#سیستم_بیولوژی
برای سیستم بیولوژی تااکنون تعاریف بسیار متفاوت و گوناگونی ارایه شده و هنوز یک تعریف جامع و کامل که مورد توافق اکثریت باشد معرفی نشده است . از این رو سعی کردیم در این مطلب یک تعریف مناسب و قابل فهمی برای شما ارایه دهم. سیستم بیولوژی علمی است که سعی در مدل سازی محاسباتی و ریاضی، شبیه سازی و انالیز مکانیزم ها و فرایند ها در سیستم های پیچیده زیستی دارد.
@computational_science

🔶شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔶
@computational_science
#سیستم_بیولوژی
زیست شناسی یک مفهوم بسیار گسترده است اما برای تعریف سیستم بیولوژی از این زاویه به زیست شناسی نگاه می کنیم:

✅از برهمکنش تعداد زیادی مولکول یک اندامک درون سلولی به وجود می آید که به عنوان یک واحد عملکردی در سطوح مختلف سلولی، بافتی و فیزیولوژیک ایفای نقش می کند. مطالعه ی "کمی" همه ی این فرآیندها در حوزه ی سیستم بیولوژی قرار دارد.
پس رسالت سیستم بیولوژی استفاده از زیست شناسی مولکولی و بیوشیمی اجزاء سلولی به منظور درک عملکردهای فیزیولوژیک می باشد.
✅اصطلاح "سیستم بیولوژی" در اوایل قرن بیست و یکم مطرح شد و پیشتر از آن به این حوزه به طورکلی "سیستم های پیچیده" گفته می شد.
در اواخر دهه ی 90، آقای Ravi Iyengar اقدام به بررسی همزمان هزاران mRNA موجود در یک سلول پرداخت و از این طریق تلاش نمود تا نحوه ی پاسخ دادن سلول به یک محرک را مطالعه نماید. وی در مطالعه ای دیگر بصورت محاسباتی اثبات نمود که مولکول ها چگونه با یکدیگر تشکیل یک شبکه سیگنالینگ را می دهند؛ مولکول هایی که به تنهایی عملکرد معناداری ندارند بلکه ارتباط آنها با یکدیگر در قالب یک شبکه به صورت یک سیگنال سلولی بروز می یابد. نتایج این مطالعات در مجله ساینس منتشر شد.

✅سیستم بیولوژی دو رویکرد کلی را دنبال می کند:

✔️الف- رویکرد پایین به بالا (Bottom-Up):
در این رویکرد از اجزای کوچک سلولی شروع می شود؛ برای مثال با درنظر گرفتن ژن ها، پروتئین ها، لیپیدها و...در کنار هم، به این موضوع می پردازیم که چگونه این اجزاء تشکیل یک سیستمی را می دهند که عملکرد خاصی را دنبال می کند.

✔️ب- رویکرد بالا به پایین (Top-Down):
در این رویکرد به منظور درک خصوصیات و توانایی های یک سیستم، آن را به طور کامل و کلی در نظر می گیرند، درست برعکس حالت الف.
🔶🔹شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران 🔹🔶
@computational_science