Forwarded from ammar Mohseni
SPDBV_4.10_PC.zip
11.2 MB
دیتابیس PDB چیست؟
پایگاهPDB Protein Data Bank))، از معروفترین دیتابیس هایی است که شامل اطلاعات کریستالوگرافی، NMR و cryo-electron microscopy از ساختمان سه بعدی بیومولکول ها میباشد. هم اکنون این پایگاه داده در حدود 114217 ساختار سه بعدی از بیومولکول ها را در خود ذخیره کرده و برای استفاده ی رایگان در آدرس اینترنتی http://www.rcsb.org/pdb قرار داده است.
یکی از اطلاعات ذخیره شده در سایت PDB، فایل های مختصات یا Coordinate files است که حاوی اطلاعاتی از تک تک اتم های هر بیومولکول و موقعیت فضایی آن هاست. این دسته از فایل ها با فرمت های متفاوت PDB، mmCIF و XML ارائه شده اند.
فایل های با فرمت PDB (به عنوان یکی از متداول ترین فرمت ها) دارای چند قسمت کلی است. بخش Header، اولین بخش فایل است شامل اطلاعاتی کلی درباره بیومولکول ، مقاله ای که بیومولکول در آن گزارش شده است و جزئیاتی درباره ی ساختار محلول بیومولکول می باشد. پس از این بخش اطلاعاتی درباره ی توالی بیومولکول و درنهایت مختصات سه بعدی تک تک اتم های آن بیومولکول ارائه شده است.
فایل PDB یک فایل متنی است، به این مفهوم که شما می توانید این فایل را با انواع پردازشگرهای متنی (مثل نرم افزارهای Notepad++، Notepad، WordPad و ...) باز کرده و مشاهده نمایید و حتی تغییر دهید. افزون براین، شما می توانید این فایل ها را با نرم افزارهای گرافیکی (مثل VMD، SPDBV،PyMOL و ...) مشاهده نمایید. با این روش می توانید ساختار سه بعدی بیومولکول را در مانیتور خود ببینید و بسته به نرم افزار مورد استفاده برخی از خصوصیات بیومولکول خود (مثل ساختارهای دوم، فاصله ی پیوندها، زوایای پیوندی، سطوح الکترواستاتیک، موقعیت هر رزیدو در ساختار و ...) را بررسی نمایید.
https://telegram.me/computational_science
پایگاهPDB Protein Data Bank))، از معروفترین دیتابیس هایی است که شامل اطلاعات کریستالوگرافی، NMR و cryo-electron microscopy از ساختمان سه بعدی بیومولکول ها میباشد. هم اکنون این پایگاه داده در حدود 114217 ساختار سه بعدی از بیومولکول ها را در خود ذخیره کرده و برای استفاده ی رایگان در آدرس اینترنتی http://www.rcsb.org/pdb قرار داده است.
یکی از اطلاعات ذخیره شده در سایت PDB، فایل های مختصات یا Coordinate files است که حاوی اطلاعاتی از تک تک اتم های هر بیومولکول و موقعیت فضایی آن هاست. این دسته از فایل ها با فرمت های متفاوت PDB، mmCIF و XML ارائه شده اند.
فایل های با فرمت PDB (به عنوان یکی از متداول ترین فرمت ها) دارای چند قسمت کلی است. بخش Header، اولین بخش فایل است شامل اطلاعاتی کلی درباره بیومولکول ، مقاله ای که بیومولکول در آن گزارش شده است و جزئیاتی درباره ی ساختار محلول بیومولکول می باشد. پس از این بخش اطلاعاتی درباره ی توالی بیومولکول و درنهایت مختصات سه بعدی تک تک اتم های آن بیومولکول ارائه شده است.
فایل PDB یک فایل متنی است، به این مفهوم که شما می توانید این فایل را با انواع پردازشگرهای متنی (مثل نرم افزارهای Notepad++، Notepad، WordPad و ...) باز کرده و مشاهده نمایید و حتی تغییر دهید. افزون براین، شما می توانید این فایل ها را با نرم افزارهای گرافیکی (مثل VMD، SPDBV،PyMOL و ...) مشاهده نمایید. با این روش می توانید ساختار سه بعدی بیومولکول را در مانیتور خود ببینید و بسته به نرم افزار مورد استفاده برخی از خصوصیات بیومولکول خود (مثل ساختارهای دوم، فاصله ی پیوندها، زوایای پیوندی، سطوح الکترواستاتیک، موقعیت هر رزیدو در ساختار و ...) را بررسی نمایید.
https://telegram.me/computational_science
معرفی نرم افزار:
VMD
این نرم افزار برای مدلسازی، دیدن و آنالیز سیستم های زیستی مثل پروتئین ها، اسید نوکلئیک ها، غشاهای سلولی و ... به کار می رود. نرم افزار VMD قابلیت باز کردن فایل های ساختاری با فرمت های مختلف (مثل Pdb) را به خوبی داراست. با این نرم افزار شما قادر خواهید بود که بیومولکول مورد نظرتان را به رنگ ها و روش های مختلفی ببینید (مثل مدل های گوی و میله، ریبون، کارتون و ...) و مورد دستورزی قرار دهید. همچنین شما قادر خواهید بود که با استفاده از فایل های مسیر یا تراجکتوری، از مسیر حرکت بیومولکول مورد نظرتان انیمیشن تهیه کنید. در مجموع این نرم افزار به عنوان یکی از قدرتمندترین نرم افزار ها برای مشاهده، ویرایش و آنالیز بیومولکول ها به صورت گرافیکی مطرح است. در ادامه لینک وبسایت این نرم افزار آورده شده است. با مراجعه به این وبسایت می توانید ضمن دانلود نرم افزار، از آموزش های لازم نیز بهره مند شوید.
https://telegram.me/computational_science
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
VMD
این نرم افزار برای مدلسازی، دیدن و آنالیز سیستم های زیستی مثل پروتئین ها، اسید نوکلئیک ها، غشاهای سلولی و ... به کار می رود. نرم افزار VMD قابلیت باز کردن فایل های ساختاری با فرمت های مختلف (مثل Pdb) را به خوبی داراست. با این نرم افزار شما قادر خواهید بود که بیومولکول مورد نظرتان را به رنگ ها و روش های مختلفی ببینید (مثل مدل های گوی و میله، ریبون، کارتون و ...) و مورد دستورزی قرار دهید. همچنین شما قادر خواهید بود که با استفاده از فایل های مسیر یا تراجکتوری، از مسیر حرکت بیومولکول مورد نظرتان انیمیشن تهیه کنید. در مجموع این نرم افزار به عنوان یکی از قدرتمندترین نرم افزار ها برای مشاهده، ویرایش و آنالیز بیومولکول ها به صورت گرافیکی مطرح است. در ادامه لینک وبسایت این نرم افزار آورده شده است. با مراجعه به این وبسایت می توانید ضمن دانلود نرم افزار، از آموزش های لازم نیز بهره مند شوید.
https://telegram.me/computational_science
http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
www.ks.uiuc.edu
VMD - Visual Molecular Dynamics
VMD - Visual Molecular Dynamics, molecular graphics software for MacOS X, Unix, and Windows
#طراحی_دارو_بر_اساس_ساختار (Structure-Based Drug Design):
از آنجایی که معرفی علوم و تکنولوژی های جدید همواره و به ناچار با اصطلاحات و مفاهیم ناآشنایی همراه است، ناگزیر درک این علوم برای تازه کاران سخت و موهوم خواهد بود. از اینروست که فراهم آوردن مثال ها و توضیحات روشن می تواند کمک فراوانی به درک این علوم نماید.
در اینجا قصد داریم با ارائه یک مثال به معرفی اجمالی "علم طراحی دارو بر اساس ساختار" بپردازیم.
در سال 1981 پزشکان آمریکایی یک بیماری را کشف کردند که بعدها به نام ایدز معروف شد. عامل این بیماری ویروس HIV بود. در سال 1989 یک آنزیم مهم از این ویروس که برای بقای آن ضروری بود شناسایی و با اشعه ی X تعیین ساختار شد. این آنزیم HIV protease نام داشت و دانشمندان به این امید بودند که با مهار آن بتوانند بیماری ایدز را درمان کنند. بی درنگ پژوهش های گسترده ای در این رابطه شروع شد که بیشتر آن ها از روش های سنتی برای یافتن مهارکننده استفاده می کردند. در همین حال عده ای شروع به استفاده از آنالیزهای کامپیوتری کردند که طی آن می توانستند به خوبی ساختار آنزیم را مشاهده و مورد دستورزی و آنالیز قرار دهند. آن ها از کتابخانه های شیمیایی زیادی، که حاوی ساختار بسیاری از مولکول های شیمیایی هستند، به منظور یافتن مهارکننده های احتمالی استفاده کردند. آن ها پی برده بودند که برخلاف بسیاری از آنزیم های دیگر، قلب تپنده ی این آنزیم پروانه ای شکل در مرکز آن قرار دارد. در واقع این آنزیم از دو بخش قرینه تشکیل شده بود و اکتیوسایت آنزیم در مرکز آن قرار داشت.
دانشمندان شرکت دارویی Abbott در کمتر از هشت سال توانستند با مطالعه ی ساختار آنزیم، بررسی هزاران مهارکننده شیمیایی، تعیین نقش رزیدوها در اتصال به مهارکننده ها، اصلاح و مدلسازی مهارکننده ها و سنتز آن ها در آزمایشگاه و ... سه مهارکننده ی مهم را شناسایی و معرفی کنند. همه ی این مراحل تحت عنوان علم "طراحی دارو بر اساس ساختار" قرار می گیرد. برآورد می شود که اگر قرار بود این مطالعه با استفاده از روش های سنتی انجام گیرد، به بیش از 15 سال زمان و حداقل 800 میلیون دلار هزینه نیاز بود.
بنابراین استفاده از روش های محاسباتی با استفاده از رایانه ها می تواند بسیار راهگشا و حیاتی باشد. به ویژه آنکه بشر امروزی با سوالات پیچیده ای روبروست که حل آن از دسترس آزمایش های کورکورانه و کیفی بسیار به دور است.
دو نکته درباره این مطالعه:
الف- علیرغم اینکه این سه دارو از کارایی خوبی برخوردارند اما به خاطر ماهیت تغییرپذیر این آنزیم و نیز پیچیدگی های این ویروس هنوز درمان قطعی حاصل نشده است. با این حال این سه دارو توانسته اند به میزان چشمگیری روند بهبودی بیماران را تحت تاثیر قرار دهند.
ب- در سال 1989 روش های محاسباتی در طراحی دارو بسیار نوپا محسوب می شدند. طی سالیان گذشته متدهای دقیق تر به همراه رایانه های قوی تر توانسته اند مسیر این علوم را هموارتر نمایند. بنابراین اگر قرار باشد این مطالعه را در سال 2015 تکرار کنیم زمان مطالعه به مراتب کمتر از 8 سال خواهد بود و دقت آن نیز به مراتب بالاتر.
@computational_science
از آنجایی که معرفی علوم و تکنولوژی های جدید همواره و به ناچار با اصطلاحات و مفاهیم ناآشنایی همراه است، ناگزیر درک این علوم برای تازه کاران سخت و موهوم خواهد بود. از اینروست که فراهم آوردن مثال ها و توضیحات روشن می تواند کمک فراوانی به درک این علوم نماید.
در اینجا قصد داریم با ارائه یک مثال به معرفی اجمالی "علم طراحی دارو بر اساس ساختار" بپردازیم.
در سال 1981 پزشکان آمریکایی یک بیماری را کشف کردند که بعدها به نام ایدز معروف شد. عامل این بیماری ویروس HIV بود. در سال 1989 یک آنزیم مهم از این ویروس که برای بقای آن ضروری بود شناسایی و با اشعه ی X تعیین ساختار شد. این آنزیم HIV protease نام داشت و دانشمندان به این امید بودند که با مهار آن بتوانند بیماری ایدز را درمان کنند. بی درنگ پژوهش های گسترده ای در این رابطه شروع شد که بیشتر آن ها از روش های سنتی برای یافتن مهارکننده استفاده می کردند. در همین حال عده ای شروع به استفاده از آنالیزهای کامپیوتری کردند که طی آن می توانستند به خوبی ساختار آنزیم را مشاهده و مورد دستورزی و آنالیز قرار دهند. آن ها از کتابخانه های شیمیایی زیادی، که حاوی ساختار بسیاری از مولکول های شیمیایی هستند، به منظور یافتن مهارکننده های احتمالی استفاده کردند. آن ها پی برده بودند که برخلاف بسیاری از آنزیم های دیگر، قلب تپنده ی این آنزیم پروانه ای شکل در مرکز آن قرار دارد. در واقع این آنزیم از دو بخش قرینه تشکیل شده بود و اکتیوسایت آنزیم در مرکز آن قرار داشت.
دانشمندان شرکت دارویی Abbott در کمتر از هشت سال توانستند با مطالعه ی ساختار آنزیم، بررسی هزاران مهارکننده شیمیایی، تعیین نقش رزیدوها در اتصال به مهارکننده ها، اصلاح و مدلسازی مهارکننده ها و سنتز آن ها در آزمایشگاه و ... سه مهارکننده ی مهم را شناسایی و معرفی کنند. همه ی این مراحل تحت عنوان علم "طراحی دارو بر اساس ساختار" قرار می گیرد. برآورد می شود که اگر قرار بود این مطالعه با استفاده از روش های سنتی انجام گیرد، به بیش از 15 سال زمان و حداقل 800 میلیون دلار هزینه نیاز بود.
بنابراین استفاده از روش های محاسباتی با استفاده از رایانه ها می تواند بسیار راهگشا و حیاتی باشد. به ویژه آنکه بشر امروزی با سوالات پیچیده ای روبروست که حل آن از دسترس آزمایش های کورکورانه و کیفی بسیار به دور است.
دو نکته درباره این مطالعه:
الف- علیرغم اینکه این سه دارو از کارایی خوبی برخوردارند اما به خاطر ماهیت تغییرپذیر این آنزیم و نیز پیچیدگی های این ویروس هنوز درمان قطعی حاصل نشده است. با این حال این سه دارو توانسته اند به میزان چشمگیری روند بهبودی بیماران را تحت تاثیر قرار دهند.
ب- در سال 1989 روش های محاسباتی در طراحی دارو بسیار نوپا محسوب می شدند. طی سالیان گذشته متدهای دقیق تر به همراه رایانه های قوی تر توانسته اند مسیر این علوم را هموارتر نمایند. بنابراین اگر قرار باشد این مطالعه را در سال 2015 تکرار کنیم زمان مطالعه به مراتب کمتر از 8 سال خواهد بود و دقت آن نیز به مراتب بالاتر.
@computational_science
طراحی پروتئین به کمک روش های کامپیوتری و محاسباتی از مراحل زیر تشکیل شده است:
1- تعیین ساختار سوم پروتئین هدف
2- ساخت کتابخانه ای از توالی
3- محاسبه انرژی مربوط به توالی
4- پالایش ساختار با استفاده از دینامیک مولکولی
5- بهینه سازی هدفدار ساختار نهایی ایجاد شده
@computational_science
1- تعیین ساختار سوم پروتئین هدف
2- ساخت کتابخانه ای از توالی
3- محاسبه انرژی مربوط به توالی
4- پالایش ساختار با استفاده از دینامیک مولکولی
5- بهینه سازی هدفدار ساختار نهایی ایجاد شده
@computational_science
Computational protein design
@computational_science
@computational_science
فایل pdb چیست؟
این اضطلاح مخفف Protein Data Bank بوده و درواقع توصیف کننده مختصات تک تک اتم های موجود در داخل یک ماکرومولکول در فضای سه بعدی می باشد.
این فایل ها از چندین قسمت تشکیل شده اند که عبارتند از:
قسمت Header: شامل اطلاعات جانبی مربوط به خود ماکرومولکول می باشد. به این صورت که این مولکول (مثلا پروتئین) با استفاده از چه روشی تعیین ساختار شده است، در سال چند و توسط چه کسانی مورد مطالعه قرار گرفته است و ...
قسمت ATOM: این نماد که همان اتم خوانده می شود برای اتم هایی استفاده می شود که در داخل ماکرومولکول های زیستی هستند. برای مثال اتم های مربوط به آمینواسیدها، لیپید ها، DNA و ...
قسمت HETATM: به اتم های که غیر از اتم های اشاره شده در بالا هستند گفته می شود.
لازم به ذکر می باشد که خیلی از ماکرومولکول ها (مانند پروتئین ها) از چندین زنجیره تشکیل شده اند که بین زنجیره ها از اصطلاح TER استفاده می شود.
یکی از مهمترین بانک های اطلاعاتی که در برگیرنه حجم عظیمی از فایل های PDB مربوط به پروتئین ها می باشد، دیتا بانک RCSB است که با آدرس اینترنتی www.rcsb.org قابل دسترسی می باشد.
@computational_science
این اضطلاح مخفف Protein Data Bank بوده و درواقع توصیف کننده مختصات تک تک اتم های موجود در داخل یک ماکرومولکول در فضای سه بعدی می باشد.
این فایل ها از چندین قسمت تشکیل شده اند که عبارتند از:
قسمت Header: شامل اطلاعات جانبی مربوط به خود ماکرومولکول می باشد. به این صورت که این مولکول (مثلا پروتئین) با استفاده از چه روشی تعیین ساختار شده است، در سال چند و توسط چه کسانی مورد مطالعه قرار گرفته است و ...
قسمت ATOM: این نماد که همان اتم خوانده می شود برای اتم هایی استفاده می شود که در داخل ماکرومولکول های زیستی هستند. برای مثال اتم های مربوط به آمینواسیدها، لیپید ها، DNA و ...
قسمت HETATM: به اتم های که غیر از اتم های اشاره شده در بالا هستند گفته می شود.
لازم به ذکر می باشد که خیلی از ماکرومولکول ها (مانند پروتئین ها) از چندین زنجیره تشکیل شده اند که بین زنجیره ها از اصطلاح TER استفاده می شود.
یکی از مهمترین بانک های اطلاعاتی که در برگیرنه حجم عظیمی از فایل های PDB مربوط به پروتئین ها می باشد، دیتا بانک RCSB است که با آدرس اینترنتی www.rcsb.org قابل دسترسی می باشد.
@computational_science
www.rcsb.org
RCSB PDB: Homepage
As a member of the wwPDB, the RCSB PDB curates and annotates PDB data according to agreed upon standards. The RCSB PDB also provides a variety of tools and resources. Users can perform simple and advanced searches based on annotations relating to sequence…
کتابخانه های حاصل از آلانین اسکنینگ (alanine scaning library)
یکی از بهترین روش ها در طراحی پپتید، ساخت کتابخانه های پپتیدی با استفاده از روش آلانین اسکنینگ می باشد. در این روش تک تک آمینواسیدهای داخل پپتید با آمینواسید آلانین جایگزین می شود. آلانین آمینواسیدی پایه (default) می باشد. یعنی در ساختار پروتئین هیچ گونه نقش عملکردی و پایدارکنندگی ندارد، به همین جهت وقتی این آمینواسید با سایر آمینواسیدهای داخل پپتید جایگزین می شود می توان با تغییراتی که در داخل پپتید ایجاد می شود به نقش آن آمینواسید پی برد. برای مثال اگر با جایگذاری آمینواسید آلانین با آمینواسید داخل پپتید پایداری تغییر کند می توان گفت که این آمینواسید نقش پایدارکنندگی می تواند داشته باشد.
@computational_science
یکی از بهترین روش ها در طراحی پپتید، ساخت کتابخانه های پپتیدی با استفاده از روش آلانین اسکنینگ می باشد. در این روش تک تک آمینواسیدهای داخل پپتید با آمینواسید آلانین جایگزین می شود. آلانین آمینواسیدی پایه (default) می باشد. یعنی در ساختار پروتئین هیچ گونه نقش عملکردی و پایدارکنندگی ندارد، به همین جهت وقتی این آمینواسید با سایر آمینواسیدهای داخل پپتید جایگزین می شود می توان با تغییراتی که در داخل پپتید ایجاد می شود به نقش آن آمینواسید پی برد. برای مثال اگر با جایگذاری آمینواسید آلانین با آمینواسید داخل پپتید پایداری تغییر کند می توان گفت که این آمینواسید نقش پایدارکنندگی می تواند داشته باشد.
@computational_science
به نام خالق زیبایی ها و دوستی ها
با عرض سلام و ادب خدمت همکاران و دوستان دانش پژوه و تمامی عزیزانی که تازه به جمع ما پیوستن ،خدمت همه این فرهیختگان خوش آمد گویی عرض میکنیم...
دوستان عزیز از اینکه ما را همراهی میکنید ممنون هستیم و پوزش میطلبیم بخاطر تاخیر در ارایه مطالب خدمت بزرگواران که آنهم بخاطر ایام امتحانات بود...
انشاءالله از این بعد طبق یک برنامه آموزشی هفتگی خوب و منسجم همراه بزرگواران خواهیم بود که در روزهای آتی خدمت عزیزان ارسال خواهد شد که براحتی بتوانید نیازهای خودتان رو از این کانال خوب و مفید برآورده کنید...
دوستدارن علم و پژوهش برای ما کیفیت و صداقت در علم مهم است نه کمیت! برای ما مهم نیست تعداد افراد کانالمون کم و یا زیاد باشه... متاسفانه الان خیلی از کانال های علمی به یک بازار تبلیغی تبدیل شده و هیچ حوزه آموزشی بجز در چندتا کانال وجود نداره بلکه جامعه علمی پاک رو با افکار و نگرش های بد به یک حوزه کاملا غیر علمی سوق میدهند(کپی پیست و...)...
ما امید داریم با همراهی شما عزیزان در این کانال مفید و پرکاربرد، حوزه تحقیق در بیولوژی را با یک نگرش کاملا متفاوت خدمت دوستان بازگو کنیم و راهکارها و اصول موفقیت آمیز در این حوزه جدید رو خدمت دوستان معرفی کنیم نه تنها در این حوزه بلکه حوزه های جدید مبتنی بر علوم omics را خدمت دوستان معرفی کنیم.. @computational_science
ما به دوستان همراه علم و دانش این نوید رو میدهیم که در ایام آتی ورکشاپ های رایگان در علوم (بیولوژی محاسباتی وبیوانفورماتیک) در حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس خدمت دوستان برگزار خواهیم کرد تا بر صداقت و کیفیت علمی ما از نزدیک آشنا بشوید.. و دوست داریم این حوزه کاربردی به جامعه علمی زیست شناسی در تمام گرایش های مختلف معرفی بشود تا دانشجویان عزیز و جدید الورود در گرایش های بیولوژی هرچه بیشتر با این حوزه علمی آشنایی داشته باشند چرا که در حوزه های تحقیقاتی کلید ورود و تسلط شما بر پروژه های علمی اکثرا حوزه کار با بیوانفورماتیک ؛ محاسبات ریاضی ، طراحی پروتئین و ژن و... کار با نرم افزارهای مختلف مولکولی در پروژهای علمی خواهد بود. پس از علاقه مندان عزیز به حوزه تحقیقات و فناوری تقاضا میشود در معرفی این حوزه به دوستاران علم دریغ نکنند و مارو در امر خدمت رسانی همراهی کنند.
@computational_science
باتشکر فراوان گروه علمی تحقیقاتی زیست محاسبات پویا
@computational_science
با عرض سلام و ادب خدمت همکاران و دوستان دانش پژوه و تمامی عزیزانی که تازه به جمع ما پیوستن ،خدمت همه این فرهیختگان خوش آمد گویی عرض میکنیم...
دوستان عزیز از اینکه ما را همراهی میکنید ممنون هستیم و پوزش میطلبیم بخاطر تاخیر در ارایه مطالب خدمت بزرگواران که آنهم بخاطر ایام امتحانات بود...
انشاءالله از این بعد طبق یک برنامه آموزشی هفتگی خوب و منسجم همراه بزرگواران خواهیم بود که در روزهای آتی خدمت عزیزان ارسال خواهد شد که براحتی بتوانید نیازهای خودتان رو از این کانال خوب و مفید برآورده کنید...
دوستدارن علم و پژوهش برای ما کیفیت و صداقت در علم مهم است نه کمیت! برای ما مهم نیست تعداد افراد کانالمون کم و یا زیاد باشه... متاسفانه الان خیلی از کانال های علمی به یک بازار تبلیغی تبدیل شده و هیچ حوزه آموزشی بجز در چندتا کانال وجود نداره بلکه جامعه علمی پاک رو با افکار و نگرش های بد به یک حوزه کاملا غیر علمی سوق میدهند(کپی پیست و...)...
ما امید داریم با همراهی شما عزیزان در این کانال مفید و پرکاربرد، حوزه تحقیق در بیولوژی را با یک نگرش کاملا متفاوت خدمت دوستان بازگو کنیم و راهکارها و اصول موفقیت آمیز در این حوزه جدید رو خدمت دوستان معرفی کنیم نه تنها در این حوزه بلکه حوزه های جدید مبتنی بر علوم omics را خدمت دوستان معرفی کنیم.. @computational_science
ما به دوستان همراه علم و دانش این نوید رو میدهیم که در ایام آتی ورکشاپ های رایگان در علوم (بیولوژی محاسباتی وبیوانفورماتیک) در حوزه پروتئومیکس و ژنومیکس خدمت دوستان برگزار خواهیم کرد تا بر صداقت و کیفیت علمی ما از نزدیک آشنا بشوید.. و دوست داریم این حوزه کاربردی به جامعه علمی زیست شناسی در تمام گرایش های مختلف معرفی بشود تا دانشجویان عزیز و جدید الورود در گرایش های بیولوژی هرچه بیشتر با این حوزه علمی آشنایی داشته باشند چرا که در حوزه های تحقیقاتی کلید ورود و تسلط شما بر پروژه های علمی اکثرا حوزه کار با بیوانفورماتیک ؛ محاسبات ریاضی ، طراحی پروتئین و ژن و... کار با نرم افزارهای مختلف مولکولی در پروژهای علمی خواهد بود. پس از علاقه مندان عزیز به حوزه تحقیقات و فناوری تقاضا میشود در معرفی این حوزه به دوستاران علم دریغ نکنند و مارو در امر خدمت رسانی همراهی کنند.
@computational_science
باتشکر فراوان گروه علمی تحقیقاتی زیست محاسبات پویا
@computational_science
Forwarded from 🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
با سلام و احترام
دوستانی که سوال یا هر مشکلی در زمینه های تئوری دارن میتونن تو گروه زیر عضو بشن و سوالاتشونو بپرسن.با تشکر
https://telegram.me/joinchat/BP7D2wMpgBMa-vyZ7mwALw
دوستانی که سوال یا هر مشکلی در زمینه های تئوری دارن میتونن تو گروه زیر عضو بشن و سوالاتشونو بپرسن.با تشکر
https://telegram.me/joinchat/BP7D2wMpgBMa-vyZ7mwALw
با عرض سلام و احترام خدمت بزرگواران
از امروز طبق وعده قبلی در طی روزهای زوج، آموزش نرم افزارها شروع می شود. اولین نرم افزاری که جهت آموزش انتخاب شده است نرم افزار Gromacs می باشد. هدف از این دوره آموزشی اراِئه مبانی شبیه سازی، بررسی فایل های این نرم افزار و انجام یک مثال می باشد. امیدوارم بتوانیم بهترین کیفیت را برای شما ارائه دهیم.
از امروز طبق وعده قبلی در طی روزهای زوج، آموزش نرم افزارها شروع می شود. اولین نرم افزاری که جهت آموزش انتخاب شده است نرم افزار Gromacs می باشد. هدف از این دوره آموزشی اراِئه مبانی شبیه سازی، بررسی فایل های این نرم افزار و انجام یک مثال می باشد. امیدوارم بتوانیم بهترین کیفیت را برای شما ارائه دهیم.