🔴از این به بعد در کانال کتب های اورجینال و ترجمه شده در حوزه های بیوانفورماتیک ، بیولوژی محاسباتی ، مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی ، بیوشیمی و ژنتیک برای همراهان همیشگی مان معرفی خواهیم کرد تا در دوره تعطیلات از فرصت هایشان بهترین استفاده رو ببرند..

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Ribosome MD simulations

ریبوزوم ها کمپلکس های مولکولی ماشینی هستند که کد ژنتیکی از روی مولکول RNA را می خوانند و پروتئین ها را ایجاد می کنند که مولکول های کلیدی در مسیرهای متابیولیک سلولی هستند. ریبوزوم های باکتریایی از این نظر مهم هستند که این مولکول ها اهداف عناصر آنتی باکتریال هستند. ساختار بلورنگاری X-RAY مولکول ریبوزوم در حال حاضر در دسترس است.
این مولکول زیستی یکی از پیچیده ترین مولکول های زیستی است برای مثال مولکول ریبوزوم باکتریایی از حدود ۱۵۲۲۵۰اتم سنگین تشکیل شده است. مولکول ریبوزوم با توجه به بزرگ بودن خود به طور کامل تعیین ساختار نشده و برخی از قسمت های این مولکول هنوز ساختار خاصی برایشان تعریف نشده است. به این منظور و همچنین یافتن مکانیسم عمل و جزئیات اتمی این مولکول شبیه سازی مدل سازی این مولکول در محیط شبیه سازی با استفاده از آب Implicit صورت گرفته است. شکل زیر قسمت های missing parts این مولکول را نشان می هد.
@computational_science

missing parts in ribosome @computational_science

برای اینکه این قسمت های تعیین ساختار نشده را پیش بینی کنند از مدل سازی با استفاده از قالب های مونومری ساختاری استفاده شده است. این روش تحت عنوان KEM map ارائه می شود. گرچه قدرت تفکیک قسمت های مدل شده در این مولکول پایین می باشد ولی اما با استفاده از روشی تحت عنوان coot FFکه همراه با نمودار راماچاندران استفاده می شود می توان قسمت های مدل سازی شده را اپتیمایز کرد. شکل زیر نیز به صورت شماتیک نشان می دهد که قسمت های missing parts چگونه مدل سازی شده اند.

modelling of missing parts in ribosome @computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
یکی از مشکلات اساسی که ریبوزوم ها دارند این است که بار کلی آنها دائما در حال تغییر است. چون این مولکولها با مولکول DNA اتصال برقرار می کنند به این تغییر بار لحظه ای نیاز دارند. لذا با استفاده از آب explicit که در محیط شبیه سازی استفاده می شود می توان این مشکل را حل کرد. برای مولکول ریبوزوم و برای اینکه مولکول خنثی شود از یون های NA و Mg استفاده می شود. در نهایت MD این ملکول در محیط شبیه سازیبه صورت کامل صورت گرفت که با استفاده از داده های به دست آمده به راحتی می توان مکانیسم اتمی این مولکول را به دست آورد. شکل زیر نیز مدل های نهایی شبیه سازی شده مولکول ریبوزوم را نشان می دهد.
@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی ریبوزم @computational_science

نرم افزار ChemDraw ابزاری برای طراحی ساختارهای شیمیایی. دوستانی که در زمینه کموانفورماتیک کار میکنن از این نرم افزار می توانند برای ترسیم انواع ساختارهای زیستی استفاده کنند
👇👇👇👇👇👇👇👇

یک نرم افزار خوب برای رسم شکل مولکول ها و انتقال آن به word می باشد . از قابلیت های این نرم افزار رسم شکل با دادن نام ترکیب و یا دادن نام ترکیب بر اساس شکل مولکول می باشد . این نرم افزار می تواند شکل 3 بعدی مولکول رانشان دهد و حتی طیف C NMR و H NMR ترکیب را ارایه دهد .

برای تفسیر داده هاتون میتونید از نرم افزار OriginPro استفاده کنید که مختص این کار است و به صورت حرفه ای می تواند به عنوان ابزاری کاربردی مورد استفاده شما قرار گیرد

لطفا این کتاب را مطاله بفرمایید:
کتاب تبارنما، فیلوژنی و مدلهای تکامل مولکولی
تالیف: دکتر جواد ناظمی رفیعی-انتشارات دانشگاه کردستان
این کتاب تمامی ابهامات شما را در زمینه تبارنمای فیلوژنی و چگونگی ارزیابی فواصل و تفسیر نتایج فیلوژنی رو براتون فراهم میکنه.

ابزار DNAPARS یا Dna parsimony program یکی از نرم افزارهای حرفه ای در زمینه ترسیم انواع تبارنماهای فیلوژنتیکی Unroot می باشد که در ترسیم انواع تبارنماهای واگرا کاربرد دارد. درمقایسه با نرم افزارهای دیگری مانند MEGA و PHYLIP این نرم افزار از روش نزدیکترین همسایه برای ترسیم تبارنمای فیلوژنتیکی با ضریب برش تا حداقل 0.2 استفاده می کند. تمایز این نرم افزار با سایر نرم افزارها در این است که این نرم افزار علاوه بر ترسیم تبارنمای فیلوژنتیکی نقاط حفاظت شده (CONSERVED) و نیمه حفاظت شده (SEMICONSERVED) و LIKE-CONSERVED REGIONS رو هم مشخص میکنه. این ویژگی بیولوژیست رو قادر میسازده در تفکیک و تجانس بین نمونه-های مورد ارزیابی با وسواس و دقت بیشتری عمل کند. پژوهشگرانی که در زمینه شناسایی OTU های مختلف یک سوش یا نژاد یا گونه فعالیت می کنند از این نرم افزار به صورت گسترده ای استفاده می کنند. در حال حاضر ورژن version 3.5c این نرم افزار با بهبود سیسم گرافیکی و انالیزی برای دو سیستم عامل لینوکس و ویندوز در اختیار است

مواقعی هست که به صورت ناگهانی فایل ها را پاک می کنید، هارد خود را فرمت می کنید و سپس متوجه می شوید که فایل های ضروری نیز فرمت شده و یا به خاطر ویروس فایل هایتان از دست رفته اند. در این مواقع است که نرم افزار های ریکاوری بسیار کاربرد دارند. Do Your Data Recovery نرم افزاری قوی است که به شما در بازیابی فایل های delete، فرمت و یا گم شده کمک بسیاری می نماید. با استفاده از این برنامه می توانید فایل های خود را حتی پس از خالی کردن Recycle Bin بازیابی نمایید و یا فایل های آسیب دیده و گم شده را نیز ریکاوری کنید. این برنامه می تواند انواع فایل ها با هر فرمتی را از روی انواع دستگاه ها، سخت افزار ها، هارد دیسک ها و یا دستگاه های قابل حمل بازیابی کند.

قابلیت های کلیدی نرم افزار Do Your Data Recovery:
- بازیابی فایل ها از انواع هارد ها و دستگاه ها
- بازیابی انواع فایل با فرمت های مختلف
- سازگار با ویندوز 10
- بازیابی از فلش و دوربین های دیجیتالی
- و ...

👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇👇

نرم افزار Do Your Data Recovery
#بازیابی_اطلاعات_پاک شده

راهنمای نصب🔪🔪🔪🔪🔪🔪🔪

1- نرم افزار را نصب کنید.
2- محتویات پوشه Cracked file را در محل نصب نرم افزار* کپی و جایگزین فایل (های) قبلی کنید.
3- نرم افزار را اجرا کنید.

* محل نصب نرم افزار: پوشه محل نصب معمولاً در درایو ویندوز و داخل پوشه Program Files قرار دارد. همچنین با این روش می توانید محل نصب را پیدا کنید:
- در ویندوز XP: بعد از نصب، روی Shortcut نرم افزار در منوی Start کلیک راست کرده و روی گزینه Properties و سپس روی گزینه Find Target کلیک کنید.
- در ویندوز 7: بعد از نصب، روی Shortcut نرم افزار در منوی Start کلیک راست کرده و روی گزینه Open file location کلیک کنید.
- در ویندوز 8: بعد از نصب، روی Shortcut نرم افزار در صفحه Start Screen کلیک راست کرده و روی گزینه Open file location کلیک کنید، در پنجره ایی که باز می شود مجدداً روی Shortcut نرم افزار کلیک راست کنید و روی گزینه Open file location کلیک کنید.
- در ویندوز 10: بعد از نصب، روی Shortcut نرم افزار در منوی Start کلیک راست کرده و روی گزینه Open file location کلیک کنید، در پنجره ایی که باز می شود مجدداً روی Shortcut نرم افزار کلیک راست کنید و روی گزینه Open file location کلیک کنید.

محتویات پوشه فعالسازی نرم افزار