#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
MOIL - A Public Domain Molecular Modeling Software

این نرم افزار یک نرم افزار مناسب که برای مدل کردن ساختار مولکول های زیستی به کار می رود. آخرین ورژن این نرم افزار ورژن MOIL11 است. این نرم افزار برای سیستم عامل های ویندوزxp ، سیستم عامل مک/x و لینوکس (فدورا) در دسترس می باشد. این نرم افزار از اصولی شامل مکانیک کلاسیک ، بهینه کردن انرژی ، داینامیک مولکولی و همولوژی مدلینگ استفاده می کند. کدهای شبیه سازی در این نرم افزار به صورت نمودارهای شبیه سازی و با استفاده از مدل Landau Zener تعریف می شوند. شکل زیر محیط گرافیکی این نرم افزار را نشان می دهد.

@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید MOIL:Protein modelling software @computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
نسخه بهینه سازی شده این نرم افزار روی GPU و سیستم های حافظه ای مشترک نیز ران می شود. و بر روی یک ند (node) اعمال می شود که این باعث می شود که سرعت مدل کردن و ران کردن این نرم افزار می شود. یکی از مزیت های این نرم افزار این است که این است که فایل های سه بعدی مثل PDB را به مجموعه داده هایی دیگر نیز می تواند تبدیل کند. این نرم افزار یک مزیت دیگری که دارد این است که برنامه های دیگری مثل نرم افزارهای زیر را حمایت می کند:
• Zener curve crossing model3
• replica exchange4
• free energy calculations of mutants5
• a coarse grained potential6
• "plastic" networks7
این نرم افزار دقت کار بالایی دارد که مزیت مهم این نرم افزار نسبت به سایر نرم افزار های مدل کردن می باشد. شکل زیر پروتئین HIV-RT را نشان می دهد که به خوبی توسط نرم افزار MOIL مدل شده است.
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید MOIL: Protein modelling software @computational_science

کانال ( @computational_science ) و گروه ( https://telegram.me/joinchat/BP7D2zyFRAJTZgcOxXJA9A ) ما را به دوستان خود معرفی کنید.

Hassan Rasouli:
عنوان کتاب'✅بیوشیمی و بیوفیزیک متابولیسم'✅
مولف:📍 دکتر رضا خدارحمی عضو هیت علمی دانشگاه علوم پزشکی کرمانشاه - نوشین بهرامی قانع
با مقدمه: مرحوم دکتر ناصر ملک نیا
ناشر: انتشارات نور دانش. خیابان 16 اذر روبروی درب غربی دانشگاه تهران
🔐🔐🔐🔐🔐🔐🔐🔐🔐
راهنمای جامع برای مباحث تخصصی بیوشیمی در حوزه متابولیسم
🔐🔐🔐🔐🔐🔐
این کتاب بر اساس کتب مرجع بیوشیمی smith.mathews.stryer.rawan.lenninger.voet
نوشته شده است و مطالب ان بر اساس سرفصل درس بیوشیمی 2(متابولیسم) مصوبه شورای عالی برنامه ریزی تنظیم شده است. این کتاب در 15فصل به صورت تفسیری اصول بیوشیمیایی متابولیسم،فلسفه انجام و زمام وقوع مسیرهای متابولیکی را مدنظر قرار داده است....دوستان این کتاب چندبار به چاپ رسیده است...

https://www.clinicalkey.com
پایگاهی برای پزشکان.پرستاران. جراحان محققان علوم بیولوژی و پزشکی. این پایگاه اطلاعاتی که با هدف ارتقا سلامتی عمومی و همچنین افزایش جستجوی تخصصی در حوزه علوم پزشکی با همکاریNIH و WHO و سازمان پزشکان بدون مرز با حمایت های علمی سازمان انتشاراتی الزیویر راه اندازی شده است. این سامانه به محققان علوم پزشکی این اجازه را می دهد که برای افزایش سطح دانش کیفی در حوزه علوم پزشکی با دسترسی به منابع دقیق اطلاعاتی بدون اتلاف وقت را فراهم اورند. این مرورگر اطلاعاتی که به عقیده برخی از صاحبنظران در اینده نزدیکی می تواند پل ارتباطی بین همه پژوهشگران علوم زیستی به ویژه پزشکان در سرتاسر دنیا باشد و باعث افزایش سطح سلامتی و رفاه عمومی گردد....

🔴از این به بعد در کانال کتب های اورجینال و ترجمه شده در حوزه های بیوانفورماتیک ، بیولوژی محاسباتی ، مهندسی ژنتیک و بیوتکنولوژی ، بیوشیمی و ژنتیک برای همراهان همیشگی مان معرفی خواهیم کرد تا در دوره تعطیلات از فرصت هایشان بهترین استفاده رو ببرند..

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Ribosome MD simulations

ریبوزوم ها کمپلکس های مولکولی ماشینی هستند که کد ژنتیکی از روی مولکول RNA را می خوانند و پروتئین ها را ایجاد می کنند که مولکول های کلیدی در مسیرهای متابیولیک سلولی هستند. ریبوزوم های باکتریایی از این نظر مهم هستند که این مولکول ها اهداف عناصر آنتی باکتریال هستند. ساختار بلورنگاری X-RAY مولکول ریبوزوم در حال حاضر در دسترس است.
این مولکول زیستی یکی از پیچیده ترین مولکول های زیستی است برای مثال مولکول ریبوزوم باکتریایی از حدود ۱۵۲۲۵۰اتم سنگین تشکیل شده است. مولکول ریبوزوم با توجه به بزرگ بودن خود به طور کامل تعیین ساختار نشده و برخی از قسمت های این مولکول هنوز ساختار خاصی برایشان تعریف نشده است. به این منظور و همچنین یافتن مکانیسم عمل و جزئیات اتمی این مولکول شبیه سازی مدل سازی این مولکول در محیط شبیه سازی با استفاده از آب Implicit صورت گرفته است. شکل زیر قسمت های missing parts این مولکول را نشان می هد.
@computational_science

missing parts in ribosome @computational_science

برای اینکه این قسمت های تعیین ساختار نشده را پیش بینی کنند از مدل سازی با استفاده از قالب های مونومری ساختاری استفاده شده است. این روش تحت عنوان KEM map ارائه می شود. گرچه قدرت تفکیک قسمت های مدل شده در این مولکول پایین می باشد ولی اما با استفاده از روشی تحت عنوان coot FFکه همراه با نمودار راماچاندران استفاده می شود می توان قسمت های مدل سازی شده را اپتیمایز کرد. شکل زیر نیز به صورت شماتیک نشان می دهد که قسمت های missing parts چگونه مدل سازی شده اند.

modelling of missing parts in ribosome @computational_science

#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
یکی از مشکلات اساسی که ریبوزوم ها دارند این است که بار کلی آنها دائما در حال تغییر است. چون این مولکولها با مولکول DNA اتصال برقرار می کنند به این تغییر بار لحظه ای نیاز دارند. لذا با استفاده از آب explicit که در محیط شبیه سازی استفاده می شود می توان این مشکل را حل کرد. برای مولکول ریبوزوم و برای اینکه مولکول خنثی شود از یون های NA و Mg استفاده می شود. در نهایت MD این ملکول در محیط شبیه سازیبه صورت کامل صورت گرفت که با استفاده از داده های به دست آمده به راحتی می توان مکانیسم اتمی این مولکول را به دست آورد. شکل زیر نیز مدل های نهایی شبیه سازی شده مولکول ریبوزوم را نشان می دهد.
@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی ریبوزم @computational_science