#نرم_افزارهای_مفید
Biskit : A Python platform for structural bioinformatics
این نرم افزار یک بسته نرم افزار منبع باز (open source) است که در پایتون نوشته شده است. این نرم افزار در حیطه های بیوانفورماتیک ساختاری، همولوژی مدلینگ و مدل سازی مولکولی کاربرد دارد. آخرین نسخه این نرم افزار نسخه 2.4.0 است که در مارس 2012 منشر شد و همچنان در حال توسعه است. یک مزیت خوب این نرم افزار این است که با نرم افزارهای خارجی دیگر ارتباط دارد. نرم افزار هایی مثل X-PLOR, Hex, T-Coffee, DSSPو MODELLER به خوبی با این نرم افزار ارتباط دارند. این نرم افزار دارای 2 بخش اصلی است:
• یک بخش کتابخانه که دارای برنامه نویسی شئ گرا (Object-oriented programming) است که عمل تجزیه و تحلیل سازه های مولکولی، کمپلکس های پروتئینی و داینامیک مولکولی را انجام می دهد.
• بخش ساختمان کتابخانه (building on the library) که مجموعه ای از برنامه ها را برای حل کردن وظایف خاص تنظیم می کند. برای مثال در این بخش به صورت خودکار با استفاده از همولوژی مدلینگ یا پیش بینی ساختارهای پیچیده از طریق داک کردن پروتئین های منعطف، ساختارهای مورد نظر به دست می آیند. این نرم افزار کاربردهای زیادی است که در زیر مشاهده می شوند:
• مدل سازی همسان خودکار (Automated homology modelling)
• داکینگ پروتئین-پروتئین
• داکینگ منعطف پروتئین-پروتئین flexible protein-protein docking
• نمونه گیری ساختارها با استفاده از Xplor
• نمونه گیری ساختارها با استفاده از Amber
• اعتبار سنجی مدل سازی (Modelling validation)
• به دست آوردن انرژی آزاد اتصال الکترواستاتیک با استفاده از DelPhi
در شکل زیر نمایی از فلوچارت این نرم افزار را مشاهده می کنیم.
@computational_science
Biskit : A Python platform for structural bioinformatics
این نرم افزار یک بسته نرم افزار منبع باز (open source) است که در پایتون نوشته شده است. این نرم افزار در حیطه های بیوانفورماتیک ساختاری، همولوژی مدلینگ و مدل سازی مولکولی کاربرد دارد. آخرین نسخه این نرم افزار نسخه 2.4.0 است که در مارس 2012 منشر شد و همچنان در حال توسعه است. یک مزیت خوب این نرم افزار این است که با نرم افزارهای خارجی دیگر ارتباط دارد. نرم افزار هایی مثل X-PLOR, Hex, T-Coffee, DSSPو MODELLER به خوبی با این نرم افزار ارتباط دارند. این نرم افزار دارای 2 بخش اصلی است:
• یک بخش کتابخانه که دارای برنامه نویسی شئ گرا (Object-oriented programming) است که عمل تجزیه و تحلیل سازه های مولکولی، کمپلکس های پروتئینی و داینامیک مولکولی را انجام می دهد.
• بخش ساختمان کتابخانه (building on the library) که مجموعه ای از برنامه ها را برای حل کردن وظایف خاص تنظیم می کند. برای مثال در این بخش به صورت خودکار با استفاده از همولوژی مدلینگ یا پیش بینی ساختارهای پیچیده از طریق داک کردن پروتئین های منعطف، ساختارهای مورد نظر به دست می آیند. این نرم افزار کاربردهای زیادی است که در زیر مشاهده می شوند:
• مدل سازی همسان خودکار (Automated homology modelling)
• داکینگ پروتئین-پروتئین
• داکینگ منعطف پروتئین-پروتئین flexible protein-protein docking
• نمونه گیری ساختارها با استفاده از Xplor
• نمونه گیری ساختارها با استفاده از Amber
• اعتبار سنجی مدل سازی (Modelling validation)
• به دست آوردن انرژی آزاد اتصال الکترواستاتیک با استفاده از DelPhi
در شکل زیر نمایی از فلوچارت این نرم افزار را مشاهده می کنیم.
@computational_science
#کاربردهای_بیوشیمی_محاسباتی
کاربرد های شبیه سازی:
Molecular Dynamics Study on the Encapsulation of Prilocaine in Liposomes at Physiological pH
در این تحقیق با استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی اثر غلظت بر روی میزان کپسول سازی و به دام افتادن داروی prilocaine (PLC) در لیپوزوم که در PH فیزیولوژی صورت می گیرد، مورد بررسی قرار می گیرد. این اقدام با استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی و در مقیاس زمانی میکروثانیه صورت می گیرد. در PH فیزیولوژی نسبتی بین حالت خنثی و حالت پروتونه شده ی داروی مورد نظر وجود دارد، لذا برای تخمین نسبت این دو حالت دارو، در این تحقیق از معادله Henderson-Hasselbach استفاده شده است.در این تحقیق یکی از نتایجی که به دست آمده این است که مولکول های prilocaine (PLC) که خنثی هستند با سرعت بیشتری ازغشاء لیپوزوم منتشر میشوند و مولکول هایی که در PH فیزیولوژی باردار هستند با نرخ کمتری از غشاء لیپوزوم عبور می کنند. با این حال دراین تحقیق مشخص شد که بسته به PH با افزایش غلظت دارو میزان نرخ به دام انداختن دارو در لیپوزوم افزایش می یابد چون میزان مولکول های دارویی که در معرض حامل لیپوزومی قرار می گیرند زیاد می شود. شکل زیر نیز میزان به دام افتادن دارو را در دو حالت بدون بار و باردار را در طی شبیه سازی نشان می دهد.
در این شکل مولکول های سبز رنگ دارو در حالت بدون بار وخنثی( N plc) هستند و مولکول های قرمز دارو در حالت باردار است (pPLC).که در طی شبیه سازی مشخص است که نرخ انتشار حالت بدون بارمولکول های دارو بیشتر است.
به عنوان یک نکته پایانی و نتیجه کلی این مقاله می توان بیان داشت که شبیه سازی داینامیک مولکولی (molecular dynamic simulation) یک ابزار قدرتمند برای بررسی جنبه های مختلف سیستم های دارورسانی در مقیاس نانو است.
@computational_science
کاربرد های شبیه سازی:
Molecular Dynamics Study on the Encapsulation of Prilocaine in Liposomes at Physiological pH
در این تحقیق با استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی اثر غلظت بر روی میزان کپسول سازی و به دام افتادن داروی prilocaine (PLC) در لیپوزوم که در PH فیزیولوژی صورت می گیرد، مورد بررسی قرار می گیرد. این اقدام با استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی و در مقیاس زمانی میکروثانیه صورت می گیرد. در PH فیزیولوژی نسبتی بین حالت خنثی و حالت پروتونه شده ی داروی مورد نظر وجود دارد، لذا برای تخمین نسبت این دو حالت دارو، در این تحقیق از معادله Henderson-Hasselbach استفاده شده است.در این تحقیق یکی از نتایجی که به دست آمده این است که مولکول های prilocaine (PLC) که خنثی هستند با سرعت بیشتری ازغشاء لیپوزوم منتشر میشوند و مولکول هایی که در PH فیزیولوژی باردار هستند با نرخ کمتری از غشاء لیپوزوم عبور می کنند. با این حال دراین تحقیق مشخص شد که بسته به PH با افزایش غلظت دارو میزان نرخ به دام انداختن دارو در لیپوزوم افزایش می یابد چون میزان مولکول های دارویی که در معرض حامل لیپوزومی قرار می گیرند زیاد می شود. شکل زیر نیز میزان به دام افتادن دارو را در دو حالت بدون بار و باردار را در طی شبیه سازی نشان می دهد.
در این شکل مولکول های سبز رنگ دارو در حالت بدون بار وخنثی( N plc) هستند و مولکول های قرمز دارو در حالت باردار است (pPLC).که در طی شبیه سازی مشخص است که نرخ انتشار حالت بدون بارمولکول های دارو بیشتر است.
به عنوان یک نکته پایانی و نتیجه کلی این مقاله می توان بیان داشت که شبیه سازی داینامیک مولکولی (molecular dynamic simulation) یک ابزار قدرتمند برای بررسی جنبه های مختلف سیستم های دارورسانی در مقیاس نانو است.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Molecular dynamics simulations of large macromolecular complexes
شبیه سازی داینامیک مولکولی کمپلکس ها و اجزاء ماکرومولکولی بزرگ :
بررسی پویایی و داینامیک مولکول ها و ساختار های متنوع زیستی با استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی صورت می گیرد و در نهایت نتیجه این شبیه سازی این است که پدیده های زیستی حاصل از اطلاعات تجربی را با جزئیات بیشتر مشخص می کند. شبیه سازی داینا میک مولکولی علاوه بر این که برای مولکول های زیستی کوچک صورت می گیرد برای شبیه سازی ماکرومولکول ها و کمپلکس های بزرگ زیستی مثل ویروس ها، ریبوزوم، کپسید ها، باکتری های با اندازه کوچک و ... نیز کاربرد دارد. در حال حاضر شبیه سازی های باعملکرد بالا مثل بسته های نرم افزاری NAMD,GROMACS و LAMMPS برای شبیه سازی سیستم های بزرگ زیستی به کار می روند و در حال توسعه و افزوده شدن به تعداد هسته هایشان هستند و دائما در حال اپتیمایز شدن هستند.
در شکل زیر انواع مختلف شبیه سازی بر اساس اندازه ماکرومولکول ها در سطوح مختف را را مشاهده می کنیم. برای مثال: محاسبات کوانتوم-مکانیک امکان بررسی واکنش های شیمیایی با جزئیات اتمی برای تک مولکول را فراهم میکند. شبیه سازی all-atom برای شبیه سازی پروتئین ها، آنزیم ها، مولکول DNA ، کانال های یونی و ... کاربرد دارد. شبیه سازی coarse-grained نیز برای شبیه سازی سیستم های پیچیده مثل ویروس ها، اندامک های سلولی و باکتری ها کاربرد دارد.
شبیه سازی داینامیک مولکولی مورد استفاده برای ساختار و ماکرومولکول های بزرگ، همانطور که بیان شد شبیه سازی از نوع coarse-grained است. این نوع از شبیه سازی با اینکه اتم های مشابه را یکی در نظر می گیرد و ساده سازی زیادی انجام می دهد ولی اطلاعات با ارزشی را در مقیاس زمانی کم به ما می دهد. در شبیه سازی ماکرومولکول های پیچیده مثل ویروس ها و ریبوزوم ها محاسبات پیچیده می شود و گاهی ممکن است برای محقق زمان بر باشد.با این حال شبیه سازی ماکرومولکول های زیستی مثل ریبوزوم ها و ویروس ها به خوبی صورت گرفته است توانسته اطلاعات با ارزشی را نیز در اختیار محققان قرار دهد.
@computational_science
Molecular dynamics simulations of large macromolecular complexes
شبیه سازی داینامیک مولکولی کمپلکس ها و اجزاء ماکرومولکولی بزرگ :
بررسی پویایی و داینامیک مولکول ها و ساختار های متنوع زیستی با استفاده از شبیه سازی داینامیک مولکولی صورت می گیرد و در نهایت نتیجه این شبیه سازی این است که پدیده های زیستی حاصل از اطلاعات تجربی را با جزئیات بیشتر مشخص می کند. شبیه سازی داینا میک مولکولی علاوه بر این که برای مولکول های زیستی کوچک صورت می گیرد برای شبیه سازی ماکرومولکول ها و کمپلکس های بزرگ زیستی مثل ویروس ها، ریبوزوم، کپسید ها، باکتری های با اندازه کوچک و ... نیز کاربرد دارد. در حال حاضر شبیه سازی های باعملکرد بالا مثل بسته های نرم افزاری NAMD,GROMACS و LAMMPS برای شبیه سازی سیستم های بزرگ زیستی به کار می روند و در حال توسعه و افزوده شدن به تعداد هسته هایشان هستند و دائما در حال اپتیمایز شدن هستند.
در شکل زیر انواع مختلف شبیه سازی بر اساس اندازه ماکرومولکول ها در سطوح مختف را را مشاهده می کنیم. برای مثال: محاسبات کوانتوم-مکانیک امکان بررسی واکنش های شیمیایی با جزئیات اتمی برای تک مولکول را فراهم میکند. شبیه سازی all-atom برای شبیه سازی پروتئین ها، آنزیم ها، مولکول DNA ، کانال های یونی و ... کاربرد دارد. شبیه سازی coarse-grained نیز برای شبیه سازی سیستم های پیچیده مثل ویروس ها، اندامک های سلولی و باکتری ها کاربرد دارد.
شبیه سازی داینامیک مولکولی مورد استفاده برای ساختار و ماکرومولکول های بزرگ، همانطور که بیان شد شبیه سازی از نوع coarse-grained است. این نوع از شبیه سازی با اینکه اتم های مشابه را یکی در نظر می گیرد و ساده سازی زیادی انجام می دهد ولی اطلاعات با ارزشی را در مقیاس زمانی کم به ما می دهد. در شبیه سازی ماکرومولکول های پیچیده مثل ویروس ها و ریبوزوم ها محاسبات پیچیده می شود و گاهی ممکن است برای محقق زمان بر باشد.با این حال شبیه سازی ماکرومولکول های زیستی مثل ریبوزوم ها و ویروس ها به خوبی صورت گرفته است توانسته اطلاعات با ارزشی را نیز در اختیار محققان قرار دهد.
@computational_science
اندازه متفاوت مولکول های زیستی @computational_science
مثالهایی از شبیه سازی ویروس ها @computational_science
شبیه سازی ریبوزوم ها @computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
نرم افزار LAMMPS یک بسته نرم افزاری برای شبیه سازی داینامیک مولکولی است که مدل هایی از ensemble یا ذرات را در محیط آبی، جامد و گاز ارائه می دهد. LAMMPS می تواند برای مدل های اتمی، پلیمرها، مولکول های بیولوژیکی، فلزها، گرانول ها، و سیستم های coarse-grained در شرایط مرزی و با استفاده از انواع فورس فیلدها به کار رود. LAMMPS به صورت موثر میتواند بر روی یک دکستاپ تک پردازنده یا لب تاب اجراء شود، اما این نرم افزار برای کامپیوترهای parallel طراحی شده است. نسخه فعلی LAMMPS با برنامه c++ نوشته شده است درحالی که نسخه های قبلی در F77 و F90 نوشته شده بود. در حالت کلی LAMMPS از معادلات حرکت نیوتن برای مجموعه ای ذرات یا مولکول ها یا اتم ها از طریق نیروهای کوتاه برد یا بلند برد استفاده می کند.
این نرم افزار یک نرم افزار بسیار پرکاربرد در بیولوژی مولکولی و بیولوژی محاسباتی است.دلیل این پرکاربرد بودن ویژگی های مخصوص و مزیت های زیاد این نرم افزار است.که شامل موارد زیر می شود:
• می تواند به صورت مجزا یا حالت parallel اجراء شود.
• این نرم افزار به صورت mpi می باشد(distributed-memory message-passing parallelism)
• به صورت open-source است.
• به شدت با برنامه C++ به صورت portable است.
• به آسانی ویژگی های جدید و کدهای جدید را حمایت می کند.
• با استفاده از اسکریپت های ورودی به راحتی قابل اجراء می شود.
@computational_science
نرم افزار LAMMPS یک بسته نرم افزاری برای شبیه سازی داینامیک مولکولی است که مدل هایی از ensemble یا ذرات را در محیط آبی، جامد و گاز ارائه می دهد. LAMMPS می تواند برای مدل های اتمی، پلیمرها، مولکول های بیولوژیکی، فلزها، گرانول ها، و سیستم های coarse-grained در شرایط مرزی و با استفاده از انواع فورس فیلدها به کار رود. LAMMPS به صورت موثر میتواند بر روی یک دکستاپ تک پردازنده یا لب تاب اجراء شود، اما این نرم افزار برای کامپیوترهای parallel طراحی شده است. نسخه فعلی LAMMPS با برنامه c++ نوشته شده است درحالی که نسخه های قبلی در F77 و F90 نوشته شده بود. در حالت کلی LAMMPS از معادلات حرکت نیوتن برای مجموعه ای ذرات یا مولکول ها یا اتم ها از طریق نیروهای کوتاه برد یا بلند برد استفاده می کند.
این نرم افزار یک نرم افزار بسیار پرکاربرد در بیولوژی مولکولی و بیولوژی محاسباتی است.دلیل این پرکاربرد بودن ویژگی های مخصوص و مزیت های زیاد این نرم افزار است.که شامل موارد زیر می شود:
• می تواند به صورت مجزا یا حالت parallel اجراء شود.
• این نرم افزار به صورت mpi می باشد(distributed-memory message-passing parallelism)
• به صورت open-source است.
• به شدت با برنامه C++ به صورت portable است.
• به آسانی ویژگی های جدید و کدهای جدید را حمایت می کند.
• با استفاده از اسکریپت های ورودی به راحتی قابل اجراء می شود.
@computational_science
#خبر مهم 🎺🎺🎺🎺🎺🎺🎺🎺
مرکز زیست محاسبات پویا در نظر دارد تا با همکاری مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی همایش رایگان (معرفی علم بیولوژی محاسبات و کاربردهای آن) را در قالب کارگاه یک روز با معرفی زمینه های ذکر شده در پوستر زیر برگزار نماید. این کارگاه کاملا رایگان بوده و شرکت برای افراد آزاد می باشد. در صورتی که مرکز یا موسسه ای آمادگی همکاری را داشته باشد لطفا با مرکز مربوطه تماس حاصل فرمایید.
@computational_science
مرکز زیست محاسبات پویا در نظر دارد تا با همکاری مراکز تحقیقاتی و دانشگاهی همایش رایگان (معرفی علم بیولوژی محاسبات و کاربردهای آن) را در قالب کارگاه یک روز با معرفی زمینه های ذکر شده در پوستر زیر برگزار نماید. این کارگاه کاملا رایگان بوده و شرکت برای افراد آزاد می باشد. در صورتی که مرکز یا موسسه ای آمادگی همکاری را داشته باشد لطفا با مرکز مربوطه تماس حاصل فرمایید.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Molecular Dynamics Studies of Liposomes as Carriers for Photosensitizing Drugs: Development, Validation, and Simulations with a Coarse-Grained Model
یکی از کاربردهای شبیه سازی داینامیک مولکولی، شبیه سازی سیستم های غشایی مثل سیستم های غشایی دولایه، لیپوزوم ها و میسل ها است. شبیه سازی لیپوزوم ها به منظور بررسی نحوه ی شکل گیری و همچنین عوامل موثر در پایداری و شکل گیری آن ها صورت می گیرد. همچنین با شبیه سازی آنها می توان به لیپوزوم های مناسب و اپتیمایز شده به عنوان حامل دارو دست یافت. لیپوزوم ها به عنوان سیستم های دارورسانی جدید برای انواع بافت ها و محل های خاص در بدن طراحی می شوند .با این حال اطلاعات کمی در مورد مکانیسم دقیق تحویل دارو به بافت ها از طریق لیپوزوم ها در دست است. به همین خاطر در این تحقیق مدل شبیه سازی لیپوزوم به صورت coarse-grained ارائه شده است. غلظت فسفولیپیدی مناسب(حدودا 2500 لیپید) در محیط آبی اضافه شدند که در طی شبیه سازی منجر به تشکیل لیپوزوم می شوند. داروی مورد نظر که برای نفوذ به داخل لیپوزوم مورد بررسی قرار می گیرد داروی hypericin می باشد که در غلظت های مختلف این دارو، نفوذ این دارو مورد بررسی قرار می گیرد. در شکل زیر snapshot هایی از شبیه سازی لیپوزوم مورد نظر به همراه داروی hypericin مشاهده می شود. همچنین مولکول های آب در محیط شبیه سازی اضافه شده اند که به رنگ آبی مشخص شده اند.
@computational_science
Molecular Dynamics Studies of Liposomes as Carriers for Photosensitizing Drugs: Development, Validation, and Simulations with a Coarse-Grained Model
یکی از کاربردهای شبیه سازی داینامیک مولکولی، شبیه سازی سیستم های غشایی مثل سیستم های غشایی دولایه، لیپوزوم ها و میسل ها است. شبیه سازی لیپوزوم ها به منظور بررسی نحوه ی شکل گیری و همچنین عوامل موثر در پایداری و شکل گیری آن ها صورت می گیرد. همچنین با شبیه سازی آنها می توان به لیپوزوم های مناسب و اپتیمایز شده به عنوان حامل دارو دست یافت. لیپوزوم ها به عنوان سیستم های دارورسانی جدید برای انواع بافت ها و محل های خاص در بدن طراحی می شوند .با این حال اطلاعات کمی در مورد مکانیسم دقیق تحویل دارو به بافت ها از طریق لیپوزوم ها در دست است. به همین خاطر در این تحقیق مدل شبیه سازی لیپوزوم به صورت coarse-grained ارائه شده است. غلظت فسفولیپیدی مناسب(حدودا 2500 لیپید) در محیط آبی اضافه شدند که در طی شبیه سازی منجر به تشکیل لیپوزوم می شوند. داروی مورد نظر که برای نفوذ به داخل لیپوزوم مورد بررسی قرار می گیرد داروی hypericin می باشد که در غلظت های مختلف این دارو، نفوذ این دارو مورد بررسی قرار می گیرد. در شکل زیر snapshot هایی از شبیه سازی لیپوزوم مورد نظر به همراه داروی hypericin مشاهده می شود. همچنین مولکول های آب در محیط شبیه سازی اضافه شده اند که به رنگ آبی مشخص شده اند.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
در شکل زیر نفوذ دارو در دو بخش هیدروفوبیک و هیدروفیل لیپوزوم مورد بررسی قرار گرفته است.داروهای hypericin ای که هیدروفوب هستند به رنگ زرد هستند و در غلظت های مختلف نفوذ کارآمدی دارند و داروهایی نیز که هیدروفیل هستند به رنگ قرمز هستند که در مرکز لیپوزوم قرار می گیرند. این نوع از شبیه سازی ها با اینکه کمی پیچیده و زمان بر هستند ولی کاربردی که این نوع از شبیه سازی ها دارند این است که اطلاعات با ارزشی در مقیاس اتمی در مورد خود لیپوزوم و داروها به می دهند. همچنین پدیده ی نفوذ دارو در حامل¬ها را نیز مورد بررسی قرار داد.
@computational_science
در شکل زیر نفوذ دارو در دو بخش هیدروفوبیک و هیدروفیل لیپوزوم مورد بررسی قرار گرفته است.داروهای hypericin ای که هیدروفوب هستند به رنگ زرد هستند و در غلظت های مختلف نفوذ کارآمدی دارند و داروهایی نیز که هیدروفیل هستند به رنگ قرمز هستند که در مرکز لیپوزوم قرار می گیرند. این نوع از شبیه سازی ها با اینکه کمی پیچیده و زمان بر هستند ولی کاربردی که این نوع از شبیه سازی ها دارند این است که اطلاعات با ارزشی در مقیاس اتمی در مورد خود لیپوزوم و داروها به می دهند. همچنین پدیده ی نفوذ دارو در حامل¬ها را نیز مورد بررسی قرار داد.
@computational_science
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
آنالیز های مناسبی که برای این نوع از فعالیت ها پیشنهاد می شود ودر این تحقیق نیز مورد استفاده قرار گرفته اند آنالیزهایی مثل:
1-بررسی (Potential of mean force (PMF) داروی مورد نظر برای بررسی نفوذ دارو
2- نمودار پروفایل Free energy که برای بررسی میانکنش دارو با لیپوزوم است
@computational_science
آنالیز های مناسبی که برای این نوع از فعالیت ها پیشنهاد می شود ودر این تحقیق نیز مورد استفاده قرار گرفته اند آنالیزهایی مثل:
1-بررسی (Potential of mean force (PMF) داروی مورد نظر برای بررسی نفوذ دارو
2- نمودار پروفایل Free energy که برای بررسی میانکنش دارو با لیپوزوم است
@computational_science
دوستان عزیز لطفا پست های قبلی رو مجدد مطالعه بفرمایید،
با تشکر
با تشکر
با تشکر
امروز باید سر تعظیم فرود بیاریم جلوی همه دانشگاه هایی که حاضر شدند تا با ما همگاری کنند و هیچگونه هزینه ای را از شرکت کنندگان دریافت نکنند. از دانشگاه های که اعلام آمادگی کردند عبارتند از: دانشگاه تهران، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه الزهرا، دانشگاه رودهن، دانشگاه اسلامشهر و بقیه دانشگاه خوب کشورمان،
جالب است عرض کنم که به علت پر شدن بازه زمانی دور اول بقیه دانشگاه ها به دور دوم موکول شدند.
تا دو روز آینده برنامه همه دانشگاه ها اعلام خواهد شد،
با تشکر و عرض ادب و احترام
امروز باید سر تعظیم فرود بیاریم جلوی همه دانشگاه هایی که حاضر شدند تا با ما همگاری کنند و هیچگونه هزینه ای را از شرکت کنندگان دریافت نکنند. از دانشگاه های که اعلام آمادگی کردند عبارتند از: دانشگاه تهران، دانشگاه صنعتی اصفهان، دانشگاه الزهرا، دانشگاه رودهن، دانشگاه اسلامشهر و بقیه دانشگاه خوب کشورمان،
جالب است عرض کنم که به علت پر شدن بازه زمانی دور اول بقیه دانشگاه ها به دور دوم موکول شدند.
تا دو روز آینده برنامه همه دانشگاه ها اعلام خواهد شد،
با تشکر و عرض ادب و احترام
#کاربردهای_شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
Mechanical properties of a complete microtubule revealed through molecular dynamics simulation
میکروتوبل ها (MTS) بزرگترین نوع رشته های سلولی، در فرایندهای مختلف از قبیل میتوز، میوز و فلاژلی که در حرکت نقش دارد، دخیل هستند. بسیاری از فرایندهای سلولی به شدت تحت تاثیر داینامیک MT ها هستند. اما الاستیک مدولی(moduli elastic) به ویژه مدول های یانگ (Young’s modulus) که مربوط به میکروتوبول ها هستند به طور مستقیم از آزمایش های تجربی به دست نمی آیند. به همین خاطر روش داینامیک مولکولی یک روش مناسب برای چنین پدیده هایی است که در حالت تجربی امکان بررسی ندارند. به طور معمول روش داینامیک مولکولی نیاز به خواص اتمی و جزئی سیستم مورد بررسی دارد که در مورد میکروتوبول ها این اطلاعات وجود ندارد. به همین خاطر در این تحقیق اطلاعات تکمیلی ساختاری با استفاده از روش هایی مثل cryo-electron microscopy و electron crystallography به دست آمده است بعد یک مدل از میکروتوبول ها ساخته شده است و در نهایت MD انجام شده است.
شکل زیر مدل اولیه ای که از میکروتوبول ها ساخته شده است، را نشان می دهد.
@computational_science
Mechanical properties of a complete microtubule revealed through molecular dynamics simulation
میکروتوبل ها (MTS) بزرگترین نوع رشته های سلولی، در فرایندهای مختلف از قبیل میتوز، میوز و فلاژلی که در حرکت نقش دارد، دخیل هستند. بسیاری از فرایندهای سلولی به شدت تحت تاثیر داینامیک MT ها هستند. اما الاستیک مدولی(moduli elastic) به ویژه مدول های یانگ (Young’s modulus) که مربوط به میکروتوبول ها هستند به طور مستقیم از آزمایش های تجربی به دست نمی آیند. به همین خاطر روش داینامیک مولکولی یک روش مناسب برای چنین پدیده هایی است که در حالت تجربی امکان بررسی ندارند. به طور معمول روش داینامیک مولکولی نیاز به خواص اتمی و جزئی سیستم مورد بررسی دارد که در مورد میکروتوبول ها این اطلاعات وجود ندارد. به همین خاطر در این تحقیق اطلاعات تکمیلی ساختاری با استفاده از روش هایی مثل cryo-electron microscopy و electron crystallography به دست آمده است بعد یک مدل از میکروتوبول ها ساخته شده است و در نهایت MD انجام شده است.
شکل زیر مدل اولیه ای که از میکروتوبول ها ساخته شده است، را نشان می دهد.
@computational_science