#عمومی قدرت مانتیس رو فقط داشته باشین.

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
#genesis
محققان در آزمایشگاه ملی لوس آلاموس (Los Alamos) توانستند بزرگترین شبیه سازی دینامیک مولکولی را برای یک ژن کامل از DNA به انجام برسانند. این شبیه سازی دارای بیش از 1 میلیارد اتم می باشد که برای ران کردن آن از بیش از 100 هزار هسته پردازشی استفاده شده است و امید دارند که بتوانند با این محاسبات بیشتر به عملکرد ژن ها و ماکرمولکول های زیستی در بیماری ها پی ببرند.
مقاله:
Scaling Molecular Dynamics Beyond 100,000 Processor Cores for Large-Scale Biophysical Simulations

سیل و جوها بر مراد او روند🌷اختران زان سان که خواهد آن شوند
زندگی و مرگ، سرهنگان او🌹بر مراد او روانه کوبه کو
هیچ دندانی نخندد در جهان🌹بی رضا و امر آن فرمان روان
هیچ برگی درنیفتد از درخت🌹بی قضا و حکم آن سلطان بخت
در زمین و آسمان ها ذره ای🌹پر نجنباند نگردد پره ای حضرت مولانا❤️

#روش_qm_mm
شبیه سازی دینامیک مولکولی یکی از ابزارهای قدرتمند در توصیف ویژگی های تعادلی سیستم های مولکولی بزرگ مانند پروتئین ها می باشد. در شبیه سازی دینامیک مولکولی وجود الکترون ها نادیده گرفته شده و تاثیر تابع موجی الکترون ها در نظر گرفته نمی شود. شکست و تشکیل پیوند در میدان های نیرویی که در شبیه سازی دینامیک مولکولی مورد استفاده قرار می گیرد وجود ندارد. این نقایص باعث می شود که نتوانیم از شبیه سازی دینامیک مولکولی برای بررسی انتقال پروتون و فرآیندهای حالت گذار استفاده کنیم. به همین جهت روش جدیدی در محاسبات دینامیک مولکولی ارائه شد که به آن QM/MM گفته می شود. در این روش قسمتی از پروتئین که درگیر مکانیسم بوده و در آن شکست و تشکیل پیوند وجود دارد در ناحیه QM و بقیه قسمت های پروتئین در محدوده MM در نظر گرفته می شود. با این روش میتوان مکانیسم عمل پروتیئن ها را با دقت بالایی مورد مطالعه قرار داده و یا مکانیسم عمل مناسبی را برای آن ها پیش بینی کنیم.

#ویدئو Multi Scale Modeling of Chromatin and Nucleosomes

#تلخند
من فک کنم ما یه "وزیر فیلترینگ😂😂" هم داریم که وظیفش فقط فیلتر همه چیه. ماشا... تو این چند روز فیلترشکنا و پروکسیارو جوری از کار انداختن که اگه همون انرژی رو واسه کشور میذاشتن مطمئنن اوضامون خیلی بهتر ازین می شد.

#خبر
محققان در آزمایشگاه تحقیقاتی ارتش در آمریکا توانستند روش محاسبات موازی جدید را ارائه دهند که بتواند تاثیر امواج الکتریکی روی سلول ها را در مقیاس بافتی مورد ارزیابی و مطالعه قرار دهد. این روش که "الکتروپوریشین" نامیده می شود به عنوان روش درمانی برای بیماری سرطان مورد استفاده قرار می گیرد. در این تصویر سلول ها بر اساس پتانسیل غشایی رنگ آمیزی شده اند.
لینک خبر:
https://www.sciencedaily.com/releases/2019/05/190501114430.htm

#شبیه_سازی_دانه_درشت
یکی از مشکلات اساسی که در شبیه سازی دینامیک مولکولی همیشه با آن مواجه هستیم محدودیت در قدرت کامپیوترهای محاسباتی به خصوصی برای سیستمهایی با تعداد اتم بیشتر می باشد. استفاده از شبیه سازی معمول (که به آن all-atom نیز گفته می شود) برای مطابعه تجمع مولکول های بزرگ، شبیه سازی تاخورگی پروتئین ها، بررسی تشکیل میسل، وزیکول و ... امری بسیار زمان بر می باشد. به همین دلیل گروه های تحقیقاتی مختلف در صدد کاهش این زمان با روش های مختلف شده اند که در زیر به آن ها اشاره می شود:
1: استفاده محدوده (cut-off) برای محاسبه میانکنش های غیرپیوندی (واندروالس و الکترواستاتیک). در این میانکنش اتم با اتم های اطراف دارای محدودیت می باشد. برای مثال اگر CUT-OFF رو در فایل اسکریپت روی 12 تنظیم کنیم بدین معنی می باشد که میانکنش اتم X با اتم هایی که در فاصله حداکثر 12 آنگسترومی قرار دارند مورد محاسبه قرار گیرد.
2- ایجاد میدان نیروی united atom: در این نو میدان نیرو اتم های هیدروژن غیر قطبی (هیدروژن هایی که به اتم های سنگین مانند کربن متصل هستند) با اتم سنگین مربوطه تلفیق شده و یک دانه یا اتم نسبتا بزرگتر ایجاد می کند. و همین امر باعث کاهش تعداد اتم ها و در نتیجه کاهش تعداد محاسبات می شود.
3- ایجاد میدان نیروی دانه درشت (coarse-grained): یکی از معروفترین این نوع میدان های نیرو، میدان نیروی مارتینی می باشد. در این نوع میدان نیرو 4 اتم سنگین که در کنار هم قرار دارند یک دانه درشت را ایجاد می کنند که پارامترهای تلفیقی از این 4 اتم را دارد. لازم به ذکر می باشد که اتم های هیدروژن مد نظر نیستند.
این سه روش که در بالا ذکر شد جزو روش های معمول در کاهش زمان محاسبات می باشد.
اگر از اطلاعات ارائه شده در کانال راضی هستید لطفا دوستان خود را به کانال ما دعوت کنید.
@computational_science

#ویدئو زنجیره غذایی (دست بالای دست)👆👆👆👆👆

#نرم_افزار
پایمول ورژن ویندوزی👇👇

#معرفی_سرور
سرور زیر جهت طراحی جهش و نقش پایدارکنندگی آمینواسید جهش یافته مورد استفاده قرار می گیرد.
http://biosig.unimelb.edu.au/dynamut/

#آموزش_آنلاین
آموزش آنلاین نرم افزار های زیر:
1- نرم افزار gromacs
2- نرم افزار amber
3- نرم افزار NAMD
4- نرم افزارهای داکینگ و مدلسازی
5- و ...
شماره تماس:
09358915469
@zistpooya_co

جهت اطلاع از نحوه همکاری به لینک زیر مراجعه فرمایید http://zistpooya.com/index.php/cooperation/

👆👆 اینجا ترکیه ‘ این سگ آسیب دیده و خودش رو رسونده به داروخانه تا درمان بشه ❤️❤️❤️

دقیقا مث اینجا که حیوونای زبون بسته احساس امنیت دارن.

#تخفیف_بسته_های_آموزشی
به مناسبت ولادت امام رضا (ع) به کسانی که بسته های آموزشی را یک جا خریداری نمایند تخفیف 20 درصدی تعلق خواهد گرفت. این تخفیف تا تاریخ 23 تیرماه اعتبار دارد.💥💥

#بسته_های_آموزشی
1-بسته آموزشی مدل سازی مقایسه ای با نرم افزار Modeller (از مبتدی تا پیشرفته) (60 هزار تومان)
2- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین در محیط آبی (100 هزار تومان)
3- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین-لیگاند در محیط آبی (150 هزار تومان)
4- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین روی سطح غشاء (200 هزار تومان)
5- بسته آموزشی داکینگ (شامل آموزش نرم افزار autodock، haddock، cluspro، pymol، spdbv، chimera، openbabel، دیتابانک های pdb، chemspider و pubchem می باشد) (90 هزار تومان)
6- بسته آموزشی اسکرینینگ مجازی (80 هزار تومان)
شماره تماس: 09358915469
تلگرام: @zistpooya_co
لینک سایت: http://zistpooya.com/index.php/shop1/