#مطالعه_آزاد
مزایا علوم محاسباتی در حوزه جذب و مقالات
در این کانال تا بحال در مورد کاربردهای مختلف محاسبات زیستی و همچنین سرورها و نرم افزارهای موجود صحبت شد. ولی در این پست به مزایای این علم در علوم مختلف پرداخت می شود. مزایای مختلف در زیر لیست شده اند:
1- برای کسانی که خواستار جذب در دانشگاه های خارج از کشور می باشند پذیرش این علوم با استقیال بالایی همراه می باشد. با توجه به اینکه علم روز دنیا هست بیشتر دانشگاه ترجیح می دهند که از مطالعات سنتی خارج شده و وارد مطالعات مدرنیته شوند.
برای مثال یکی از دوستان بنده قرار بود در رشته مهندسی شیمی در یکی از دانشگاه های آمریکا برای مقطع فوق لیسانس جذب شود و جالبترین نکته این بود که استادی مربوط با استفاده از داکینگ پروتئین-پروتئین درصدد ارزیابی ایشان بودند.
2- برای دانشجویانی که در پی مقالات معتبر و سریع با impact factor بالا می باشند وارد شدن در این حوزه بهترین روش ممکن برای رسیدن به هدف می باشد.
3- انجام پروژه های مربوط در کوتاهترین زمان ممکن: با توجه به پیشرفته تر شدن سیستم های محاسباتی، سرعت محاسبات نیز با افزایش چندین برای در هر سال همراه می باشد که این امر کمک می کند تا در کوتاهترین زمان ممکن چندین پروژه را هدایت شود.
@computational_science
مزایا علوم محاسباتی در حوزه جذب و مقالات
در این کانال تا بحال در مورد کاربردهای مختلف محاسبات زیستی و همچنین سرورها و نرم افزارهای موجود صحبت شد. ولی در این پست به مزایای این علم در علوم مختلف پرداخت می شود. مزایای مختلف در زیر لیست شده اند:
1- برای کسانی که خواستار جذب در دانشگاه های خارج از کشور می باشند پذیرش این علوم با استقیال بالایی همراه می باشد. با توجه به اینکه علم روز دنیا هست بیشتر دانشگاه ترجیح می دهند که از مطالعات سنتی خارج شده و وارد مطالعات مدرنیته شوند.
برای مثال یکی از دوستان بنده قرار بود در رشته مهندسی شیمی در یکی از دانشگاه های آمریکا برای مقطع فوق لیسانس جذب شود و جالبترین نکته این بود که استادی مربوط با استفاده از داکینگ پروتئین-پروتئین درصدد ارزیابی ایشان بودند.
2- برای دانشجویانی که در پی مقالات معتبر و سریع با impact factor بالا می باشند وارد شدن در این حوزه بهترین روش ممکن برای رسیدن به هدف می باشد.
3- انجام پروژه های مربوط در کوتاهترین زمان ممکن: با توجه به پیشرفته تر شدن سیستم های محاسباتی، سرعت محاسبات نیز با افزایش چندین برای در هر سال همراه می باشد که این امر کمک می کند تا در کوتاهترین زمان ممکن چندین پروژه را هدایت شود.
@computational_science
#مطالعه_آزاد
مزایا علوم محاسباتی در حوزه علمی و آزمایشگاهی
در پست قبل در مورد مزیت های علوم محاسباتی (به خصوص برای دانشجویان علوم زیستی مانند داروسازی، بیوتکنولوژی، بیوشمی و ... که با روش های زمانبر آزمایشگاهی درگیر می باشند) در تقویت رزومه شخصی صحبت شد.
در این پست در مورد مزایای این علم در سرعت بخشیدن به مطالعات و همچنین باز کردن زمینه مطالعاتی جدید صحبت می شود.
1- کمک به طراحی دارو: با توجه به بررسی هایی که انجام شده است نشان داده شده است که علوم محاسبات در مسیر طراحی دارو هم سرعت مطالعات را افزایش داده و هم اینکه در به میزان زیادی باعث صرفه جویی در هزینه های مربوطه می شوند( در برخی منابع تا 30 درصد صرفه جویی نیز اشاره شده است)
2- مهندسی پروتئین: با پیشرفت علوم محاسبات زیستی مشاهده مولکول ها از جمله پروتئین ها با نرم افزارهایی مانند vmd و ...، طراحی جهش های مربوط به هدف مورد نظر (مانند جهش برای افزایش پایداری)، آنالیز ساختاری مولکول ها و ... با دقت بالایی قابل انجام می باشد.
3- طراحی پپتید: با توجه به اینکه پپتیدها طوری طراحی می شوند که بتوانند به یک پروتئین خاص متصل شوند به همین جهت استفاده از روش های محاسباتی مانند داکینگ، شبیه سازی دینایک مولکولی و ... کمک می کنند تا مطالعات با سرعت و دقت بالاتری پیش بروند.
4- بررسی میانکنش ها و تشکیل یا شکست پیوند با استفاده مطالعات کوانتوم مکانیک
5- انجام مطالعاتی که در آزمایشگاه غیر ممکن می باشد: برای مثال مطالعه روی ترکیبات سمی
6- و بقیه کاربردهایی که بعدا توضیح داده خواهند شد.
لازم به ذکر می باشد که برای هر کدام از کاربردهای بالا در پست های بعدی به همراه توضییح مثال هایی نیز ارائه خواهد شد.
@computational_science
مزایا علوم محاسباتی در حوزه علمی و آزمایشگاهی
در پست قبل در مورد مزیت های علوم محاسباتی (به خصوص برای دانشجویان علوم زیستی مانند داروسازی، بیوتکنولوژی، بیوشمی و ... که با روش های زمانبر آزمایشگاهی درگیر می باشند) در تقویت رزومه شخصی صحبت شد.
در این پست در مورد مزایای این علم در سرعت بخشیدن به مطالعات و همچنین باز کردن زمینه مطالعاتی جدید صحبت می شود.
1- کمک به طراحی دارو: با توجه به بررسی هایی که انجام شده است نشان داده شده است که علوم محاسبات در مسیر طراحی دارو هم سرعت مطالعات را افزایش داده و هم اینکه در به میزان زیادی باعث صرفه جویی در هزینه های مربوطه می شوند( در برخی منابع تا 30 درصد صرفه جویی نیز اشاره شده است)
2- مهندسی پروتئین: با پیشرفت علوم محاسبات زیستی مشاهده مولکول ها از جمله پروتئین ها با نرم افزارهایی مانند vmd و ...، طراحی جهش های مربوط به هدف مورد نظر (مانند جهش برای افزایش پایداری)، آنالیز ساختاری مولکول ها و ... با دقت بالایی قابل انجام می باشد.
3- طراحی پپتید: با توجه به اینکه پپتیدها طوری طراحی می شوند که بتوانند به یک پروتئین خاص متصل شوند به همین جهت استفاده از روش های محاسباتی مانند داکینگ، شبیه سازی دینایک مولکولی و ... کمک می کنند تا مطالعات با سرعت و دقت بالاتری پیش بروند.
4- بررسی میانکنش ها و تشکیل یا شکست پیوند با استفاده مطالعات کوانتوم مکانیک
5- انجام مطالعاتی که در آزمایشگاه غیر ممکن می باشد: برای مثال مطالعه روی ترکیبات سمی
6- و بقیه کاربردهایی که بعدا توضیح داده خواهند شد.
لازم به ذکر می باشد که برای هر کدام از کاربردهای بالا در پست های بعدی به همراه توضییح مثال هایی نیز ارائه خواهد شد.
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
#پیش بینی_ساختار_ثانویه_پروتئین
با درک ساختار دوم پروتئین ها می توان بسیاری از مطالعات مهندسی پروتئین را با دقت بالا انجام داد. در حال حاضر روش های آزمایشگاهی متعددی برای بررسی ساختار دوم پروتئین ها وجود دارد. یکی از این ابزارها استفاد از CD می باشد. ولی برای سهولت کار در حوزه محاسباتی نیز سرورها و نرم افزارهای مختلفی وجود دارد.
یکی از بهترین سرورهایی که در حال حاضر برای معرفی انتخاب شده است سرور APSSP می باشد. این سرور با استفاده از روش شبکه های عصبی (NEURAL NETWORK) جهت پیش بینی استفاده می کند.
برای استفاده از این سرور تنها داشتن توالی اولیه از پروتئین پیش بینی ساختار ثانویه کفایت می کند.
http://imtech.res.in/raghava/apssp/
@computational_science
#پیش بینی_ساختار_ثانویه_پروتئین
با درک ساختار دوم پروتئین ها می توان بسیاری از مطالعات مهندسی پروتئین را با دقت بالا انجام داد. در حال حاضر روش های آزمایشگاهی متعددی برای بررسی ساختار دوم پروتئین ها وجود دارد. یکی از این ابزارها استفاد از CD می باشد. ولی برای سهولت کار در حوزه محاسباتی نیز سرورها و نرم افزارهای مختلفی وجود دارد.
یکی از بهترین سرورهایی که در حال حاضر برای معرفی انتخاب شده است سرور APSSP می باشد. این سرور با استفاده از روش شبکه های عصبی (NEURAL NETWORK) جهت پیش بینی استفاده می کند.
برای استفاده از این سرور تنها داشتن توالی اولیه از پروتئین پیش بینی ساختار ثانویه کفایت می کند.
http://imtech.res.in/raghava/apssp/
@computational_science
crdd.osdd.net
Advanced Protein Secondary Structure Prediction Server
protein secondary structure prediction from Dr G P S Raghava's Group
#نرم_افزارهای_مفید
#مدلسازی_ساختار_DNA
در حاضر مطالعات ساختاری DNA هم در حوزه آزمایشگاه و هم در حوزه محاسباتی در حال رشد می باشد. اغلب اوقات، جهت انجام یک سری از مطالعات مانند بررسی نحوه اتصال به سایر مولکول ها (Docking) دانستن ساختار سه بعدی DNA لازم می باشد.
همینچنین بررسی کنفورماسیون DNA در حالت اتصال به پروتئین و عدم اتصال یکی دیگر از بررسی و مطالعات مهم در حوزه کنترل بیان ژن اس. به همین جهت دسترسی سریعتر به مدل سه بعدی از توالی مورد نظر از DNA می تواند مطالعات را با دقت و سرعت بالاتری پیش ببرد.
سرور 3D-DART یکی از سرورهایی می باشد که در حال حاضر برای این منظور مورد استفاده قرار میگرید. از مزایای این سرور می توان به داشتن رابط کاربری مناسب اشاره کرد.
همچنین در این سرور کلیه اطلعات لازم برای DNA (برای مثال زاویه خمش DNA دورشته ای مورد نظر) را وارد کرد.
http://haddock.chem.uu.nl/enmr/services/3DDART/
@computational_science
#مدلسازی_ساختار_DNA
در حاضر مطالعات ساختاری DNA هم در حوزه آزمایشگاه و هم در حوزه محاسباتی در حال رشد می باشد. اغلب اوقات، جهت انجام یک سری از مطالعات مانند بررسی نحوه اتصال به سایر مولکول ها (Docking) دانستن ساختار سه بعدی DNA لازم می باشد.
همینچنین بررسی کنفورماسیون DNA در حالت اتصال به پروتئین و عدم اتصال یکی دیگر از بررسی و مطالعات مهم در حوزه کنترل بیان ژن اس. به همین جهت دسترسی سریعتر به مدل سه بعدی از توالی مورد نظر از DNA می تواند مطالعات را با دقت و سرعت بالاتری پیش ببرد.
سرور 3D-DART یکی از سرورهایی می باشد که در حال حاضر برای این منظور مورد استفاده قرار میگرید. از مزایای این سرور می توان به داشتن رابط کاربری مناسب اشاره کرد.
همچنین در این سرور کلیه اطلعات لازم برای DNA (برای مثال زاویه خمش DNA دورشته ای مورد نظر) را وارد کرد.
http://haddock.chem.uu.nl/enmr/services/3DDART/
@computational_science
در سال 2013 جایزه نوبل در رشته شیمی به زمینه شیمی محاسباتی تعلق گرفت.
در سال 2013 اتفاقی بزرگ در حوزه محاسبات اتفاق افتاد و این امر نشان داد که علوم محاسباتی بخصوص شیمی محاسباتی )که در واقع بیشتر روی مولکول های زیستی تمرکز دارد،( چقدر در پیشبرد علوم موثر و مفید واقع شده است.
مارتین کارپلاس (Martin Karplus) ، مایکل لوویت (Michael Levitt) و آرییه مارشل (Arieh Warshel) سه دانشمندی بودند که جایزه نوبل را به خاطر توسعه علم شیمی محاسباتی به طور مشترک برنده شدند.
این سه دانشمند موفق به ارائه روش هایی شدند که با آنها می توان رفتار مولکول ها از حالت تک مولکولی تا حالت چند مولکولی می توان مورد مطالعه قرار داد.
این اتفاق راهی را برای شیمیدان ها گشود که با آن بتوانند اتفاقات گوناگون مانند تاخوردگی پروتئین ها، کاتالیز، انتقال الکترون و طراحی دارو. را مورد مطالعه قرار دهند.
"بیایید حوزه محاسبات را بیشتر درک کنیم تا بتوانیم جهان اطرافمان را بهتر مورد تحلیل قرار دهیم."
@computational_science
در سال 2013 اتفاقی بزرگ در حوزه محاسبات اتفاق افتاد و این امر نشان داد که علوم محاسباتی بخصوص شیمی محاسباتی )که در واقع بیشتر روی مولکول های زیستی تمرکز دارد،( چقدر در پیشبرد علوم موثر و مفید واقع شده است.
مارتین کارپلاس (Martin Karplus) ، مایکل لوویت (Michael Levitt) و آرییه مارشل (Arieh Warshel) سه دانشمندی بودند که جایزه نوبل را به خاطر توسعه علم شیمی محاسباتی به طور مشترک برنده شدند.
این سه دانشمند موفق به ارائه روش هایی شدند که با آنها می توان رفتار مولکول ها از حالت تک مولکولی تا حالت چند مولکولی می توان مورد مطالعه قرار داد.
این اتفاق راهی را برای شیمیدان ها گشود که با آن بتوانند اتفاقات گوناگون مانند تاخوردگی پروتئین ها، کاتالیز، انتقال الکترون و طراحی دارو. را مورد مطالعه قرار دهند.
"بیایید حوزه محاسبات را بیشتر درک کنیم تا بتوانیم جهان اطرافمان را بهتر مورد تحلیل قرار دهیم."
@computational_science
لازم به ذکر می باشد که اسم دانشمند سومی آرییه وارشل می باشد که به اشتباه آرییه مارشل ذکر شد.
#نرم_افزار_R_قسمت_اول
نرم افزار R، یک زبان برنامهنویسی و محیط نرمافزاری برای محاسبات آماری و تحلیل داده است، که بر اساس زبانهای اس و اسکیم پیادهسازی شده است. این نرمافزار بازمتن، تحت اجازهنامه عمومی همگانی گنو عرضه شده و به رایگان قابل دسترس است.
نرم افزار R ، حاوی محدوده گستردهای از تکنیکهای آماری (از جمله: مدلسازی خطی و غیرخطی، آزمونهای کلاسیک آماری، تحلیل سریهای زمانی، ردهبندی، خوشهبندی و غیره) و قابلیتهای گرافیکی است. در محیط R، کدهای سی، سی++ و فورترن قابلیت اتصال و فراخوانی هنگام اجرای برنامه را دارند و کاربران خبره میتوانند توسط کدهای سی، مستقیماً اشیا R را تغییر دهند.
گرچه نرمافزار R اغلب به منظور انجام محاسبات آماری به کار میرود، این نرمافزار قابل به کارگیری در محاسبات ماتریسی است و در این زمینه، همپای نرمافزارهایی چون اُکتاو و نسخه ی تجاری آن متلب (MATLAB) است.
نرم افزار R ، همچنین نرمافزار قدرتمندی برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارهاست.
@computational_science
نرم افزار R، یک زبان برنامهنویسی و محیط نرمافزاری برای محاسبات آماری و تحلیل داده است، که بر اساس زبانهای اس و اسکیم پیادهسازی شده است. این نرمافزار بازمتن، تحت اجازهنامه عمومی همگانی گنو عرضه شده و به رایگان قابل دسترس است.
نرم افزار R ، حاوی محدوده گستردهای از تکنیکهای آماری (از جمله: مدلسازی خطی و غیرخطی، آزمونهای کلاسیک آماری، تحلیل سریهای زمانی، ردهبندی، خوشهبندی و غیره) و قابلیتهای گرافیکی است. در محیط R، کدهای سی، سی++ و فورترن قابلیت اتصال و فراخوانی هنگام اجرای برنامه را دارند و کاربران خبره میتوانند توسط کدهای سی، مستقیماً اشیا R را تغییر دهند.
گرچه نرمافزار R اغلب به منظور انجام محاسبات آماری به کار میرود، این نرمافزار قابل به کارگیری در محاسبات ماتریسی است و در این زمینه، همپای نرمافزارهایی چون اُکتاو و نسخه ی تجاری آن متلب (MATLAB) است.
نرم افزار R ، همچنین نرمافزار قدرتمندی برای ایجاد اشکال گرافیکی و نمودارهاست.
@computational_science