🔰 @Bioinformatic_Update

با یاری خداوند متعال هشتمین همایش بیوانفورماتیک ایران با همکاری دانشگاه زابل و انجمن بیوانفورماتیک ایران، از 29 بهمن ماه تا 1 اسفند ماه سال 1397 در دانشگاه زابل برگزار خواهد شد. هدف از برگزاری این گردهمایی ایجاد فرصتی برای ارائه جدیدترین دستاوردهای علمی-پژوهشی در زمینه های مختلف بیو انفورماتیک  و برقراری ارتباط بیشتر بین اساتید، دانشجویان و پژوهشگران به منظور تبادل نظر و ایجاد همکاری‌های علمی و همچنین ارتباط نهادهای دانشگاهی و صنعتی است. امید است که برگزاری این همایش بتواند به هم افزایی تجربه ها و ارتباط مستقیم و رو در روی پژوهشگران و دانشجویان فعال در زمینه بیوانفورماتیک کمک شایانی نماید. این همایش فرصتی خواهد بود تا علاقه مندان بتوانند بواسطه سخنرانی، ارائه پوستر و برگزاری میزگردهای تخصصی و شرکت در کارگاه های آموزشی به بحث و تبادل اطلاعات در خصوص انواع روشها، رویکردهای نظری و کاربردهای عملی دانش بیوانفورماتیک بپردازند. لذا از کلیه اساتید، دانشجویان و پژوهشگران دعوت می‌شود با ارائه نتایج پژوهش‌های اصیل و منتشرنشده و تجربیات خود بر غنای علمی این کنفرانس بیافزایند.
🔻در صورت هر گونه تغییرات خدمتت اساتید و پژوهشگران اطلاع داده میشود.
با سپاس فراوان
🔰 @Bioinformatic_Update

دوستان عزیز و ارجمند
دقت فرمایید که افزونه گرامرلی که برای ویرایش متون انگلیسی به کار می رود به شیوه زیر بدون پرداخت پول به صورت رایگان قابل استفاده است. برای استفاده رایگان کافی است ابتدا مروگر کروم خود را اپدیت نمایید. سپس در ادامه به بخش ستینگ مراجعه فرمایید. در بخش ستینگ گزینه more option یا more tools یا more را انتخاب کنید به بخش advance setting مراجعه کرده و گزینه more extension را انتخاب کنید در این بخش افزونه grammarly را نصب نمایید. اکنون برای ویرایش متون خود تنها کافی است متن نوشتار خود را در مرورگر خود کپی نمایید. برای اینکار کافی است افزونه MS word کروم را نیز نصب کنید. به این ترتیب بدون پرداخت پول قادر به ویرایش متون خود هستید و نیاز به خرید اکانت که در بعضی کانال ها تبلیغ می شود ندارید. لطفا بازنشر نمایید تا به دست دوستانتان در گروه های زبان هم برسد و هزینه ای برای خرید این نرم افزار پرداخت نشود.
با تشکر
ادمین
🔶🔷▪️پژوهشکده مجازی▪️🔷🔶
بیوانفورماتیک و بیوشیمی محاسباتی
🔰🌐 @VIBCBC_ir 🦋

💥توجه!
خیلی از دوستان در مورد هزینه هر کدام بسته های آموزشی سوال کردن که به قرار زیر می باشد:
1-بسته آموزشی مدل سازی مقایسه ای با نرم افزار Modeller (از مبتدی تا پیشرفته) (60 هزار تومان)
2- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین در محیط آبی (100 هزار تومان)
3- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین-لیگاند در محیط آبی (150 هزار تومان)
4- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین روی سطح غشاء (200 هزار تومان)
5- بسته آموزشی داکینگ (شامل آموزش نرم افزار autodock، haddock، cluspro، pymol، spdbv، chimera، openbabel، دیتابانک های pdb، chemspider و pubchem می باشد) (90 هزار تومان)
با توجه به قیمت های بالا مجموع قیمت همه بسته ها 600 هزار تومان می باشد که در صورت اعمال تخفیف 20 درصدی برای کسانی که این بسته ها را یک جا خریداری نمایند قیمت نهایی 480 هزار تومان محاسبه می شود.
جهت کسب اطلاعات بیشتر می توانید با آی دی @zistpooya_co و با شماره 09358915469 تماس حاصل فرمایید.

با عرض سلام و احترام
بسته آموزشى virtual screening با استفاده از نرم افزار autodock vina بعد از به حد نصاب رسيدن تعداد ثبت نام كنندگان شروع به توليد خواهد شد،
١- حداكثر تعداد ثبت نام كننده ٢٠ نفر
٢- مدت زمان لازم براى توليد ١ هفته
٣- هزينه ثبت نام ٨٠ هزار تومان
لينك ثبت نام روى وب سايت زيست پويا قرار خواهد گرفت،
- در ضمن دوستان مي توانند جهت ثبت نام از طريق تلگرام كلمه كليدى (VS_vid) را به همراه مشخصات خود به آى دى زير ارسال نمايند
@zistpooya_co
- دوستان مي توانند جهت كسب اطلاعات بيشتر از طريق آى دى زير با ما در ارتباط باشند:
@zistpooya_co

لینک ثبت نام فیلم آموزشی virtual screening با استفاده از نرم افزار vina
1- پایه و اساس داکینگ
2- نحوه استخراج ساختار پروتئین و دیتابیس لیگاندی از دیتابانک pdb، chemspider،pubchem،zinc،drugbank
3- آموزش نرم افزار pymol، spdbvو کایمرا و openbabel
4- آموزش نحوه فیلتر کردن دیتابیس لیگاندی
5- آموزش نرم افزار vina و mgltools به صورت کامل (از مرحله آماده سازی فایل تا آنالیز خروجی ها)
6- آنالیز
http://zistpooya.com/index.php/virtual-screening/

#تشكر
ممنون از حسن اعتماد دوستان نسبت به مركز زيست محاسبات پويا
انشا... هفته بعد بستهvirtual screening رو آماده خواهيم كرد
باز هم ممنونيم

جهت اطلاع از نحوه همکاری به لینک زیر مراجعه فرمایید http://zistpooya.com/index.php/cooperation/

⚡️تعرفه استفاده از سیستم های محاسباتی مرکز زیست محاسبات پویا (@zistpooya_co)

#ویدئوهای_آموزشی
ویدئوی آموزشی virtual screening با استفاده از نرم افزارهای autodock و vina
در این ویدئوی آموزشی موارد زیر آموزش داده شدند:
1- آموزش مختصری از دیتابانک های zinc، chemspider و pubchem
2- آموزش نرم افزارهای chimera، pymol و vmd
3- آموزش نرم افزارهای pyrx و raccoon
4- آموزش نحوه آپلود تعداد بالای لیگاند به طور همزمان در pyrx
5- آموزش virtual screening با استفاده از نرم افزارهای autodock و vina در کنار pyrx
جهت تماس با ما از آی دی زیر در تلگرام استفاده نمایید. @zistpooya_co
http://zistpooya.com/index.php/virtual-screening/

#خدمات_مرکز_زیست_محاسبات_پویا

💥خدماتی که #زیست_محاسبات_پویا تو حوزه شبیه سازی ارائه میده شامل:
- روش های شبیه سازی شامل:
1- شبیه سازی All-atom
2- شبیه سازی United-atom
3- شبیه سازی coarse-grained
4- شبیه سازی SMD (Steered Molecular dynamics simulation)
5- شبیه سازی TMD (Targeted Molecular dynamics simulation)
7- شبیه سازی Normal Mode
8- و ....
-سیستم های مولکولی قابل شبیه سازی
1- پروتئین
2- پروتئین-لیگاند
3- مولکول DNA
4- پروتئین-DNA
5- نانوذرات کربنی (نانولوله، گرافیت، فولرن و ...)
6- سیستم های غشایی (غشاء، وزیکول، میسل و ...)
7- نانوکریستال ها (هماتیت، مگنتیت و ...)
8- جذب و رهایش دارو
9- گلیکوپروتئین های و گلیکو لیپیدها
10 و ...
با ما در ارتباط باشید
@zistpooya_co
www.zistpooya.com
آدرس کانال: @computational_science

#خدمات_مرکز_زیست_محاسبات_پویا www.zistpooya.com

#نمونه_کار
تعدادی از نمونه های پروژه های انجام شده توسط مرکز زیست محاسبات پویا از بین صدها پروژه، در لینک زیر آورده شده است. از اعتماد شما دوستان به این مرکز بسیار ممنونیم
http://zistpooya.com/index.php/nemone-kar/

#طراحی_دارو_بر_اساس_ساختار (Structure-Based Drug Design):

از آنجایی که معرفی علوم و تکنولوژی های جدید همواره و به ناچار با اصطلاحات و مفاهیم ناآشنایی همراه است، ناگزیر درک این علوم برای تازه کاران سخت و موهوم خواهد بود. از اینروست که فراهم آوردن مثال ها و توضیحات روشن می تواند کمک فراوانی به درک این علوم نماید.
در اینجا قصد داریم با ارائه یک مثال به معرفی اجمالی "علم طراحی دارو بر اساس ساختار" بپردازیم.
در سال 1981 پزشکان آمریکایی یک بیماری را کشف کردند که بعدها به نام ایدز معروف شد. عامل این بیماری ویروس HIV بود. در سال 1989 یک آنزیم مهم از این ویروس که برای بقای آن ضروری بود شناسایی و با اشعه ی X تعیین ساختار شد. این آنزیم HIV protease نام داشت و دانشمندان به این امید بودند که با مهار آن بتوانند بیماری ایدز را درمان کنند. بی درنگ پژوهش های گسترده ای در این رابطه شروع شد که بیشتر آن ها از روش های سنتی برای یافتن مهارکننده استفاده می کردند. در همین حال عده ای شروع به استفاده از آنالیزهای کامپیوتری کردند که طی آن می توانستند به خوبی ساختار آنزیم را مشاهده و مورد دستورزی و آنالیز قرار دهند. آن ها از کتابخانه های شیمیایی زیادی، که حاوی ساختار بسیاری از مولکول های شیمیایی هستند، به منظور یافتن مهارکننده های احتمالی استفاده کردند. آن ها پی برده بودند که برخلاف بسیاری از آنزیم های دیگر، قلب تپنده ی این آنزیم پروانه ای شکل در مرکز آن قرار دارد. در واقع این آنزیم از دو بخش قرینه تشکیل شده بود و اکتیوسایت آنزیم در مرکز آن قرار داشت.
دانشمندان شرکت دارویی Abbott در کمتر از هشت سال توانستند با مطالعه ی ساختار آنزیم، بررسی هزاران مهارکننده شیمیایی، تعیین نقش رزیدوها در اتصال به مهارکننده ها، اصلاح و مدلسازی مهارکننده ها و سنتز آن ها در آزمایشگاه و ... سه مهارکننده ی مهم را شناسایی و معرفی کنند. همه ی این مراحل تحت عنوان علم "طراحی دارو بر اساس ساختار" قرار می گیرد. برآورد می شود که اگر قرار بود این مطالعه با استفاده از روش های سنتی انجام گیرد، به بیش از 15 سال زمان و حداقل 800 میلیون دلار هزینه نیاز بود.
بنابراین استفاده از روش های محاسباتی با استفاده از رایانه ها می تواند بسیار راهگشا و حیاتی باشد. به ویژه آنکه بشر امروزی با سوالات پیچیده ای روبروست که حل آن از دسترس آزمایش های کورکورانه و کیفی بسیار به دور است.
دو نکته درباره این مطالعه:
الف- علیرغم اینکه این سه دارو از کارایی خوبی برخوردارند اما به خاطر ماهیت تغییرپذیر این آنزیم و نیز پیچیدگی های این ویروس هنوز درمان قطعی حاصل نشده است. با این حال این سه دارو توانسته اند به میزان چشمگیری روند بهبودی بیماران را تحت تاثیر قرار دهند.
ب- در سال 1989 روش های محاسباتی در طراحی دارو بسیار نوپا محسوب می شدند. طی سالیان گذشته متدهای دقیق تر به همراه رایانه های قوی تر توانسته اند مسیر این علوم را هموارتر نمایند. بنابراین اگر قرار باشد این مطالعه را در سال 2015 تکرار کنیم زمان مطالعه به مراتب کمتر از 8 سال خواهد بود و دقت آن نیز به مراتب بالاتر.

@computational_science

شبیه سازی دینامیک مولکولی یا Molecular Dynamics Simulation (به اختصار MD) یک روش شبیه سازی به وسیله کامپیوتر است که به مطالعه ی حرکات اتم ها و مولکول ها می پردازد. در این روش به مولکول ها و اتم ها اجازه داده می شود که طی یک مدت زمان مشخصی با یکدیگر میانکنش دهند تا درکی از دینامیک سیستم به دست بیاید. در واقع با استفاده از معادلات حرکتی نیوتن، می توان مسیر (Trajectory) حرکت اتم ها و مولکول ها را در فضا طی یک بازه زمانی مشخص، تعیین نمود. برای این منظور انرژی های پتانسیل بین ذرات تشکیل دهنده سیستم با استفاده از میدان های نیروی مکانیک مولکولی محاسبه می شود.
این روش در ابتدا (اواخر دهه ی 1950) در حوزه ی فیزیک نظری به کار گرفته شد، اما امروزه در زمینه های متنوعی مثل شبیه سازی بیومولکول ها، علوم مواد، شیمی- فیزیک و ... به شدت رواج یافته است.
از کاربردهای این روش می توان به موارد زیر اشاره کرد:
1- بررسی رفتار ماکرومولکول های زیستی در شرایط مختلف
2- بررسی پایداری مولکولها
3- بررسی میانکنش مولکول های مختلف با یکدیگر
4- بررسی حالت های مختلف غشایی دارای فسفولیپیدهای مختلف
5- محاسبه انرژی آزاد و آنتروپی
6- بررسی فولدینگ پروتئین ها
7- طراحی دارو
8- بررسی و مطالعه نانولوله ها، گرافن
و ...
دو مطالعه ی جالب که در سال 2006 با استفاده از این متد صورت گرفت:
1- شبیه سازی کامل ویروس (satellite tobacco mosaic virus): سایز سیستم مورد مطالعه: یک میلیون اتم، زمان شبیه سازی: 50 نانوثانیه، برنامه مورد استفاده : NAMD
این ویروس آلوده کننده گیاهان از 60 کپی یکسان از یک پروتئین (که کپسید را می سازد) و یکRNA تک رشته ای به طول 1063 نوکلئوتید تشکیل شده است. نکته ی اساسی این ویروس این است که کپسید در عدم حضور RNA بسیار ناپایدار است. هدف از انجام این شبیه سازی، بررسی مکانیسم های اسمبل شدن این ویروس بود. نکته ی جالب این که اگر قرار بود این مطالعه به وسیله ی یک کامپیوتر معمولی (که در سال 2006 رایج بود) انجام شود حدود 35 سال زمان می برد!
منبع:
Freddolino P, Arkhipov A, Larson SB, McPherson A, Schulten K. “Molecular dynamics simulation of the Satellite Tobacco Mosaic Virus (STMV)”. Theoretical and Computational Biophysics Group. University of Illinois at Urbana Champaign.

2- شبیه سازی فولد شدن Villin Headpiece: سایز سیستم مورد مطالعه: بیست هزار اتم، زمان شبیه سازی: 500 میکروثانیه یا 500 هزار نانوثانیه! برنامه مورد استفاده : Folding@home
آقای ویجای پاندی از دانشگاه استنفورد برای مطالعه خصوصیات کینتیکی Villin Headpiece برنامه ای ریخت که طی آن 200 هزار کامپیوتر خانگی از سراسر جهان در انجام آن شرکت داشتند. او طی این پروژه به مطالعه مسیر فولدینگ و ساختارهای گذار این پروتئین پرداخت.
منبع:
The Folding@Home Project and recent papers published using trajectories from it. Vijay Pande Group. Stanford University

#ویدئو نحوه تعیین شعاع زمین توسط ابوریحان بیرونی. باحاله🙂🙂🙂

#ویدئو چندین میکروثانیه شبیه سازی دینامیک مولکولی و مطالعه فولدینگ پروتئین، 👏👏👏👏

#ویدئو تولید پروتئین و فولدینگ آن. مگه میشه از زیبایی های پروتئین گذشت😍

#کمک_آموزشی
دوستانی که می خوان پایه شبیه سازی دینامیک مولکولی رو یاد بگیرن می تونن از لینک زیر استفاده کنن.
https://embnet.vital-it.ch/MD_tutorial/