💥توجه!
خیلی از دوستان در مورد هزینه هر کدام بسته های آموزشی سوال کردن که به قرار زیر می باشد:
1-بسته آموزشی مدل سازی مقایسه ای با نرم افزار Modeller (از مبتدی تا پیشرفته) (60 هزار تومان)
2- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین در محیط آبی (100 هزار تومان)
3- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین-لیگاند در محیط آبی (150 هزار تومان)
4- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین روی سطح غشاء (200 هزار تومان)
5- بسته آموزشی داکینگ (شامل آموزش نرم افزار autodock، haddock، cluspro، pymol، spdbv، chimera، openbabel، دیتابانک های pdb، chemspider و pubchem می باشد) (90 هزار تومان)
با توجه به قیمت های بالا مجموع قیمت همه بسته ها 600 هزار تومان می باشد که در صورت اعمال تخفیف 20 درصدی برای کسانی که این بسته ها را یک جا خریداری نمایند قیمت نهایی 480 هزار تومان محاسبه می شود.
جهت کسب اطلاعات بیشتر می توانید با آی دی @zistpooya_co و با شماره 09358915469 تماس حاصل فرمایید.

💥💥توجه
تخفيف هاى جديد،
خريد دو ويدئو: ١٠ درصد
سه ويدئو: ١٥ درصد
چهار ويدئو: ٢٠ درصد
و همه ويدئوها ٢٥درصد
جهت كسب اطلاعات بيشتر با آى دى زير تماس حاصل فرماييد:
@zistpooya_co

شبیه سازی کمپلکس پروتئین-لیگاند
یکی از مشکلاتی که اکثر دوستانی که تازه با گرومکس آشنا شده اند با آن موجه می باشند تعریف پارامترهای مربوط به هترواتم هایی است که در داخل فایل pdb موجود می باشد.
همانطور که می دانیم میدان های نیرو (forcefield) های مختلفی در داخل نرم افزار گرومکس تعریف شده اند و ما بر حسب نیاز یکی از این میدان های نیرو را انتخاب می کنیم. این میدان های نیرو به سه دسته تقسیم بندی می شوند:
1- میدان های نیروی all-atom شامل میدان های نیروی amber، oplsaa و charmm
2- میدان های نیرو united atom مانند gromos
3- میدان های نیروی coarse-grained مانند martini
در داخل این میدان های نیرو برای مولکول هایی مانند پروتئین ها، dna، RNA و اسیدهای چرب پارامترهای مختلف تعریف شده است
، و ما بایستی برای سایر مولکول هایی که پارمترهای آن ها موجود نمی باشد، پارامترهای جدید تعریف کنیم.
(یکی از دلایلی که اکث دوستان هنگام وارد کردن دستور pdb2gmx با خطای "مولکول x پیدا نمی شود" مواجه می شوند همین می باشد)
جهت تعریف پارامتر ما در ابتدا بایستی با ساختار میدان نیرو آشنایی داشته باشیم و سپس بر حسب فورفیلد مورد نظر پارامتر مربوطه را بدست بیاوریم.
یادمان باشد:
1- جهت بدست آوردن پارمترهای لیگاند برای میدان های نیروی united-atom مانند gromos از سرور prodrg و ATB استفاده می کنیم. مشکلی که سرور PRODRG دارا می باشد این است که نمی تواند بار جزئی اتم ها را دقیق محاسبه کند. بهترین کار این است که فایل ITP مورد نظر را از این سرور بگیریم (فایل مورد نظر باید دارای اتم های هیدروژن POLAR و آروماتیک باشد) و با استفاده از نرم افزارهای کوانتوم مکانیک مانند گوسین بار جزئی را محاسبه کنیم. در مورد ATB هم همه مولکول ها در داخل آن موجود نمی باشد و مولکول مورد نظر را وارد کنیم که آن هم چندین روز طول می کشد چون خود این سرور هم برای بدست آوردن پارامترها از محاسبات کوانتوم مکانیک استفاده می کند
2- برای بدست آوردن پارامترها برای فورس فیلدهای AMBER از نرم افزار AMBERTOOLS استفاده شود. این نرم افزار از افزونه SQM (یک نرم افزار جانبی برای محاسبه کوانتوم مکانیک می باشد) برای محاسبه بار و پارامترها بهره می گیرد (البته می توان با فلگ هایی که در دستور ANTECHAMBER موجود هست نرم افزار MOPAC را انتخاب کرد که برای این امر نیز بایستی این نرم افزار روی سیستم نصب باشد). همچنین برای بدست آوردن بار جزئی و دقیقتر از نرم افزار Gaussian استفاده کرد (در فیلم آموزشی مربوطه کاملا در مورد این قسمت توضیح داده شده است) میدان نیروی استفاده شده در این نرم افزار جهت تعیین پارامترها gaff می باشد
3- برای بدست آوردن پارامترها برای میدان نیروی charmm نیز از سرور parmchem که از میدان نیروی CGENFF استفاده می کند می توان استفاده کرد. باز هم لازمه عرض کنم که این سرور نیز بار جرئی را درست تعیین نمی کند و می توان با یک سری اسکریپت ها آن را به فرمت GROMACS تبدیل کرد
4- و مورد آخر برای میدان نیروی OPLSAA می باشد که جهت بدست آوردن پارامترها می توان از سرور ligpargen استفاده کرد که باز این سرور مشکل بار دارد که بایستی از محاسبات کوانتوم مکانیک استفاده کرد.
@computational_science

دوستانى كه مطالب رو مطالعه ميفرمايند لطفا در نظرسنجى ها شركت كنيد تا مطالبى كه واسه دوستان مفيد هستش تو كانال گذاشته بشه
با تشكر

🗓 بیست و هشتمین #کنفرانس بین المللی تحقیقات سرطان و داروهای ضد سرطان
🔰28th International Conference on Cancer Research and Anticancer Therapies
🔰 @Bioinformatic_Update

🗓 #کنفرانس بین المللی زیست شناسی محاسباتی و بیوانفورماتیک
🔆ژاپن_توکیو
⚛International #Conference on Computational Biology and Bioinformatics
🔆Japan_Tokyo
🔰 @Bioinformatic_Update

💥توجه!
خیلی از دوستان در مورد هزینه هر کدام بسته های آموزشی سوال کردن که به قرار زیر می باشد:
1-بسته آموزشی مدل سازی مقایسه ای با نرم افزار Modeller (از مبتدی تا پیشرفته) (60 هزار تومان)
2- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین در محیط آبی (100 هزار تومان)
3- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین-لیگاند در محیط آبی (150 هزار تومان)
4- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین روی سطح غشاء (200 هزار تومان)
5- بسته آموزشی داکینگ (شامل آموزش نرم افزار autodock، haddock، cluspro، pymol، spdbv، chimera، openbabel، دیتابانک های pdb، chemspider و pubchem می باشد) (90 هزار تومان)
با توجه به قیمت های بالا مجموع قیمت همه بسته ها 600 هزار تومان می باشد که در صورت اعمال تخفیف 20 درصدی برای کسانی که این بسته ها را یک جا خریداری نمایند قیمت نهایی 480 هزار تومان محاسبه می شود.
جهت کسب اطلاعات بیشتر می توانید با آی دی @zistpooya_co و با شماره 09358915469 تماس حاصل فرمایید.

💥💥توجه
تخفيف هاى جديد،
خريد دو ويدئو: ١٠ درصد
سه ويدئو: ١٥ درصد
چهار ويدئو: ٢٠ درصد
و همه ويدئوها ٢٥درصد
جهت كسب اطلاعات بيشتر با آى دى زير تماس حاصل فرماييد:
@zistpooya_co

🔰 @Bioinformatic_Update

با یاری خداوند متعال هشتمین همایش بیوانفورماتیک ایران با همکاری دانشگاه زابل و انجمن بیوانفورماتیک ایران، از 29 بهمن ماه تا 1 اسفند ماه سال 1397 در دانشگاه زابل برگزار خواهد شد. هدف از برگزاری این گردهمایی ایجاد فرصتی برای ارائه جدیدترین دستاوردهای علمی-پژوهشی در زمینه های مختلف بیو انفورماتیک  و برقراری ارتباط بیشتر بین اساتید، دانشجویان و پژوهشگران به منظور تبادل نظر و ایجاد همکاری‌های علمی و همچنین ارتباط نهادهای دانشگاهی و صنعتی است. امید است که برگزاری این همایش بتواند به هم افزایی تجربه ها و ارتباط مستقیم و رو در روی پژوهشگران و دانشجویان فعال در زمینه بیوانفورماتیک کمک شایانی نماید. این همایش فرصتی خواهد بود تا علاقه مندان بتوانند بواسطه سخنرانی، ارائه پوستر و برگزاری میزگردهای تخصصی و شرکت در کارگاه های آموزشی به بحث و تبادل اطلاعات در خصوص انواع روشها، رویکردهای نظری و کاربردهای عملی دانش بیوانفورماتیک بپردازند. لذا از کلیه اساتید، دانشجویان و پژوهشگران دعوت می‌شود با ارائه نتایج پژوهش‌های اصیل و منتشرنشده و تجربیات خود بر غنای علمی این کنفرانس بیافزایند.
🔻در صورت هر گونه تغییرات خدمتت اساتید و پژوهشگران اطلاع داده میشود.
با سپاس فراوان
🔰 @Bioinformatic_Update

دوستان عزیز و ارجمند
دقت فرمایید که افزونه گرامرلی که برای ویرایش متون انگلیسی به کار می رود به شیوه زیر بدون پرداخت پول به صورت رایگان قابل استفاده است. برای استفاده رایگان کافی است ابتدا مروگر کروم خود را اپدیت نمایید. سپس در ادامه به بخش ستینگ مراجعه فرمایید. در بخش ستینگ گزینه more option یا more tools یا more را انتخاب کنید به بخش advance setting مراجعه کرده و گزینه more extension را انتخاب کنید در این بخش افزونه grammarly را نصب نمایید. اکنون برای ویرایش متون خود تنها کافی است متن نوشتار خود را در مرورگر خود کپی نمایید. برای اینکار کافی است افزونه MS word کروم را نیز نصب کنید. به این ترتیب بدون پرداخت پول قادر به ویرایش متون خود هستید و نیاز به خرید اکانت که در بعضی کانال ها تبلیغ می شود ندارید. لطفا بازنشر نمایید تا به دست دوستانتان در گروه های زبان هم برسد و هزینه ای برای خرید این نرم افزار پرداخت نشود.
با تشکر
ادمین
🔶🔷▪️پژوهشکده مجازی▪️🔷🔶
بیوانفورماتیک و بیوشیمی محاسباتی
🔰🌐 @VIBCBC_ir 🦋

💥توجه!
خیلی از دوستان در مورد هزینه هر کدام بسته های آموزشی سوال کردن که به قرار زیر می باشد:
1-بسته آموزشی مدل سازی مقایسه ای با نرم افزار Modeller (از مبتدی تا پیشرفته) (60 هزار تومان)
2- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین در محیط آبی (100 هزار تومان)
3- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین-لیگاند در محیط آبی (150 هزار تومان)
4- بسته آموزشی شبیه سازی دینامیک مولکولی پروتئین روی سطح غشاء (200 هزار تومان)
5- بسته آموزشی داکینگ (شامل آموزش نرم افزار autodock، haddock، cluspro، pymol، spdbv، chimera، openbabel، دیتابانک های pdb، chemspider و pubchem می باشد) (90 هزار تومان)
با توجه به قیمت های بالا مجموع قیمت همه بسته ها 600 هزار تومان می باشد که در صورت اعمال تخفیف 20 درصدی برای کسانی که این بسته ها را یک جا خریداری نمایند قیمت نهایی 480 هزار تومان محاسبه می شود.
جهت کسب اطلاعات بیشتر می توانید با آی دی @zistpooya_co و با شماره 09358915469 تماس حاصل فرمایید.

با عرض سلام و احترام
بسته آموزشى virtual screening با استفاده از نرم افزار autodock vina بعد از به حد نصاب رسيدن تعداد ثبت نام كنندگان شروع به توليد خواهد شد،
١- حداكثر تعداد ثبت نام كننده ٢٠ نفر
٢- مدت زمان لازم براى توليد ١ هفته
٣- هزينه ثبت نام ٨٠ هزار تومان
لينك ثبت نام روى وب سايت زيست پويا قرار خواهد گرفت،
- در ضمن دوستان مي توانند جهت ثبت نام از طريق تلگرام كلمه كليدى (VS_vid) را به همراه مشخصات خود به آى دى زير ارسال نمايند
@zistpooya_co
- دوستان مي توانند جهت كسب اطلاعات بيشتر از طريق آى دى زير با ما در ارتباط باشند:
@zistpooya_co

لینک ثبت نام فیلم آموزشی virtual screening با استفاده از نرم افزار vina
1- پایه و اساس داکینگ
2- نحوه استخراج ساختار پروتئین و دیتابیس لیگاندی از دیتابانک pdb، chemspider،pubchem،zinc،drugbank
3- آموزش نرم افزار pymol، spdbvو کایمرا و openbabel
4- آموزش نحوه فیلتر کردن دیتابیس لیگاندی
5- آموزش نرم افزار vina و mgltools به صورت کامل (از مرحله آماده سازی فایل تا آنالیز خروجی ها)
6- آنالیز
http://zistpooya.com/index.php/virtual-screening/

#تشكر
ممنون از حسن اعتماد دوستان نسبت به مركز زيست محاسبات پويا
انشا... هفته بعد بستهvirtual screening رو آماده خواهيم كرد
باز هم ممنونيم

جهت اطلاع از نحوه همکاری به لینک زیر مراجعه فرمایید http://zistpooya.com/index.php/cooperation/

⚡️تعرفه استفاده از سیستم های محاسباتی مرکز زیست محاسبات پویا (@zistpooya_co)

#ویدئوهای_آموزشی
ویدئوی آموزشی virtual screening با استفاده از نرم افزارهای autodock و vina
در این ویدئوی آموزشی موارد زیر آموزش داده شدند:
1- آموزش مختصری از دیتابانک های zinc، chemspider و pubchem
2- آموزش نرم افزارهای chimera، pymol و vmd
3- آموزش نرم افزارهای pyrx و raccoon
4- آموزش نحوه آپلود تعداد بالای لیگاند به طور همزمان در pyrx
5- آموزش virtual screening با استفاده از نرم افزارهای autodock و vina در کنار pyrx
جهت تماس با ما از آی دی زیر در تلگرام استفاده نمایید. @zistpooya_co
http://zistpooya.com/index.php/virtual-screening/

#خدمات_مرکز_زیست_محاسبات_پویا

💥خدماتی که #زیست_محاسبات_پویا تو حوزه شبیه سازی ارائه میده شامل:
- روش های شبیه سازی شامل:
1- شبیه سازی All-atom
2- شبیه سازی United-atom
3- شبیه سازی coarse-grained
4- شبیه سازی SMD (Steered Molecular dynamics simulation)
5- شبیه سازی TMD (Targeted Molecular dynamics simulation)
7- شبیه سازی Normal Mode
8- و ....
-سیستم های مولکولی قابل شبیه سازی
1- پروتئین
2- پروتئین-لیگاند
3- مولکول DNA
4- پروتئین-DNA
5- نانوذرات کربنی (نانولوله، گرافیت، فولرن و ...)
6- سیستم های غشایی (غشاء، وزیکول، میسل و ...)
7- نانوکریستال ها (هماتیت، مگنتیت و ...)
8- جذب و رهایش دارو
9- گلیکوپروتئین های و گلیکو لیپیدها
10 و ...
با ما در ارتباط باشید
@zistpooya_co
www.zistpooya.com
آدرس کانال: @computational_science

#خدمات_مرکز_زیست_محاسبات_پویا www.zistpooya.com

#نمونه_کار
تعدادی از نمونه های پروژه های انجام شده توسط مرکز زیست محاسبات پویا از بین صدها پروژه، در لینک زیر آورده شده است. از اعتماد شما دوستان به این مرکز بسیار ممنونیم
http://zistpooya.com/index.php/nemone-kar/