#نرم_افزارهای_مفید
شما می توانید نرم افزار spdbv رو از طریق لینک زیر دانلود کنید.
http://spdbv.vital-it.ch/download/binaries/SPDBV_4.10_PC.zip
@computational_science

#اخبار
خبر خوشحال کننده از طرف مدیران کانال به شما دوستان عزیز:
ازین پس فیلم آموزشی یک سری از نرم افزارها توسط مرکز زیست محاسبات پویا و همکاران عزیز در این مرکز تولید خواهد شد و در کانال و همچنین در سایت zistpooya.com در قسمت ویدئوهای آموزشی قرار خواهند گرفت و شما می توانید دانلود کرده و مورد استفاده قرار دهید. در ضمن منتظر پیشنهادات شما برای انتخاب نرم افزارها هستیم.
@computational_science

#پیشنهادات_انتقادات
با توجه به اینکه هدف ما و دوستان عزیز در این کانال ارائه بهترین مطالب (تا جایی که در توانمون هست) می باشد به همین جهت سعی کردیم بهترین سرورهای مورد نیاز دوستان عزیز رو معرفی کنیم که این کار ادامه دار خواهد بود و هر روز دو سرور مناسب را معرفی خواهیم کرد.
در کنار معرفی سرورها، بحث آموزش در پیش گرفته شد و اولین آموزشی که شروع کردیم #شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی و استفاده از نرم افزار gromacs بود که در حال حاضر ادامه داشته و بعد از این نرم افزار، نرم افزار های دیگه ای مربوط به متدهای مختلف (مانند مدلسازی) آموزش داده خواهد شد.
به همین جهت تقاضایی که اینجا بنده از همه استید بزرگ داریم این می باشد که هر جور پیشنهاد و یا انتقادی که میتونه در بهتر شدن روند کانال کمک کنه رو به آدرس @your_suggestions ارسال نمایند.
بی صبرانه منتظر نظرات شما هستیم.
@computational_science

#مفهوم_Distribution_در_لینوکس

نسخه های متعدد و متفاوتی از لینوکس وجود دارد. هسته این سیستم عامل را می توان به دلخواه تغییر داد و دستکاری کرد و به همین دلیل هر کس یا هر شرکتی می تواند نسخه لینوکس مخصوص به خود را توزیع و روانه بازار کند. به هر یک از از این نسخه های متفاوت یک توزیع یا Distribution از لینوکس گفته می شود. بر خلاف سایر سیستم عامل هایی که در بازار هستند و توسط یک شرکت کنترل، توزیع و مدیریت می شوند هسته لینوکس بصورت متمرکز مدیریت نشده است و استفاده و تغییر دادن آن نیز آزاد است.

منبع: رسالینوکس

@computational_science

#توزیع_ها_ی_معروف_لینوکس

Redhat:
یکی از پرطرفدارترین و معروف ترین توزیع های لینوکس می باشد که کاربرد تجاری داشته و بیشتر جهت مصرف در سیستم های سرویس دهنده استفاده می شود و شرکت های بزرگ سخت افزاری مانند IBM و Dell در سیستم های خود پشتیبانی می کنند.

Ubuntu:
عضو تيم توسعه Debian و در آن فايرفاكس و Open Office به کاربر ارایه گردیده است. این توزیع یک توزیع رایگان می باشد و مخصوص استفاده خانگی است.

Arch Linux:
یک توزیع که بر پایه قوانین KISS بنا شده همراه با سیستم انتشار Rolling.

Slackware:
اين توزيع لينوكس بيشتر براي حرفه اي هاست چون تمام مراحل پيكربندي كاملا دستي واز طريق خط دستوري انجام میشود.

CentOS:
یک توزیع که از همان سورسی که redhat استفاده می‌کند، مشتق شده است، توسط یک گروه داوطلبی که به آن اختصاص داده شدند، نگهداری می‌شود همراه با سازگاری 100% با ورژن Redhat و یک ورژن به روز رسیده شده که همیشه به‌طور 100% سازگار و همراه نیست.

Debian:
یک توزیع غیر تجاری که توسط جامعه‌ای از توسعه دهنده‌های داوطلب نگهداری می‌شود که تعهد قوی ای به قوانین نرم ‌افزارهای آزاد دارند.

Fedora:
یک توزیع بر پایهٔ جامعه است که توسط Red hat سرپرستی می‌شود. اين توزيع كه مي توان گفت از Redhat گرفته شده براي كاربران معمولي لينوكس داراي پيچيدگي هاي بيشتري است، اما نقطه قوت آن را مي توان در نوآوري در طراحي و پشتیبانی گستره وسيعي از نرم افزارهاي مبتني بر لينوكس در Fedora دانست.

Gentoo:
روش نصب در اين توزيع اگرچه در آغاز به شکل كامپايل كردن بود اما بعدا امكان افزودن پکیچ RPM به آن افزوده شد.

Knoppix:
اولین توزیع سی دی زنده، که کاملا از یک رسانهٔ قابل حمل اجرا می‌شود. بدون نصب در دیسک سخت. از Debian گرفته شده و اين توزيع پس ازبوت شدن در كامپيوتر كاربر، بسياري از انواع نرم افزارهاي ريزودرشت مانند چندين مرورگر اينترنتي، چندين برنامه office را به وي ارائه مي كرد بطوري كه كمتر كاربري لازم مي دانست برنامه اي را نصب نمايد.

Mandriva:
یک توزیع گرفته شده از Redhat که در فرانسه و برزیل محبوب می باشد، امروزه با همان نام و به ‌وسیله یک شرکت فرانسوی اداره می‌شود. اين توزيع امروزه يكي از لينوكس هايی با محيط زيبا و قابل اطمينان است كه از برنامه Rpm Drake براي نصب آسان بسته هاي RPM استفاده ميكند.

OpenSUSE:
اين توزيع هم به مانند Ubuntu هم باميزكار GNOME و هم KDE ارائه مي شود.

منبع: رسالینوکس

@computational_science

#انتخاب_لینوکس

برای اینکه بتوانید یک نسخه متناسب با نیاز خود انتخاب کنید بایستی سئوالات زیر را ابتدا از خود بپرسید و بر حسب آن توزیع لینوکس مورد نظرتان را را انتخاب کنید:

آیا پایه و اساس کد توزیع مورد نظر قابل اتکا و اعتماد است؟

آیا مرتبا مورد تغییر واقع می شود؟

آیا بروزرسانی بسته های نرم افزاری آن راحت است؟
آیا بروز رسانی آن از یک نسخه به نسخه بالاتر راحت است؟

آیا برنامه نویس های زیادی برای آن نرم افزار تولید کرده اند؟

فراموش نکنید که هیچ نسخه بهترینی در لینوکس وجود ندارد. برای درک بهتر این موضوع به این مثال توجه کنید: شما وقتی که به کوهنوردی می روید، کفش کوهنوردی، کوله، لباس بادگیر و ضد آب می پوشید، وقتی برای یک مهمانی دعوت می شوید کت و شلوار و کفش رسمی می پوشید و وقتی هم که به ورزش می روید لباس گرمکن و کفش ورزشی به پا می کنید و در نهایت برای انجام کارهای روزمره خودتان هم لباس مخصوص خود را دارید. این دقیقا چیزی است که در لینوکس مشاهده می کنید، اینکه چه نسخه ای از لینوکس جوابگوی کار شما است کاملا به این بستگی دارد که شما از لینوکس چه انتظاری دارید و در کجا می خواهید از لینوکس استفاده کنید؟ لینوکس برای هر محیطی یک محصول ویژه آن دارد.

اکثر کاربران لینوکس ترجیح می دهند که از نسخه های شناخته شده لینوکس استفاده کنند. این نسخه ها معمولا دارای پشتوانه قویتری نسبت به تیم های پشتیبانی سایر توزیع های لینوکس هستند.


منبع: رسالینوکس

@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
انرژی کل سیستم
@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
انرژی کششی پیوند
@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
انرژی خمشی
@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
انرژی چرخشی
@computational_science

#مطالعه_آزاد
مزایا علوم محاسباتی در حوزه جذب و مقالات
در این کانال تا بحال در مورد کاربردهای مختلف محاسبات زیستی و همچنین سرورها و نرم افزارهای موجود صحبت شد. ولی در این پست به مزایای این علم در علوم مختلف پرداخت می شود. مزایای مختلف در زیر لیست شده اند:
1- برای کسانی که خواستار جذب در دانشگاه های خارج از کشور می باشند پذیرش این علوم با استقیال بالایی همراه می باشد. با توجه به اینکه علم روز دنیا هست بیشتر دانشگاه ترجیح می دهند که از مطالعات سنتی خارج شده و وارد مطالعات مدرنیته شوند.
برای مثال یکی از دوستان بنده قرار بود در رشته مهندسی شیمی در یکی از دانشگاه های آمریکا برای مقطع فوق لیسانس جذب شود و جالبترین نکته این بود که استادی مربوط با استفاده از داکینگ پروتئین-پروتئین درصدد ارزیابی ایشان بودند.

2- برای دانشجویانی که در پی مقالات معتبر و سریع با impact factor بالا می باشند وارد شدن در این حوزه بهترین روش ممکن برای رسیدن به هدف می باشد.
3- انجام پروژه های مربوط در کوتاهترین زمان ممکن: با توجه به پیشرفته تر شدن سیستم های محاسباتی، سرعت محاسبات نیز با افزایش چندین برای در هر سال همراه می باشد که این امر کمک می کند تا در کوتاهترین زمان ممکن چندین پروژه را هدایت شود.
@computational_science

#مطالعه_آزاد
مزایا علوم محاسباتی در حوزه علمی و آزمایشگاهی
در پست قبل در مورد مزیت های علوم محاسباتی (به خصوص برای دانشجویان علوم زیستی مانند داروسازی، بیوتکنولوژی، بیوشمی و ... که با روش های زمانبر آزمایشگاهی درگیر می باشند) در تقویت رزومه شخصی صحبت شد.
در این پست در مورد مزایای این علم در سرعت بخشیدن به مطالعات و همچنین باز کردن زمینه مطالعاتی جدید صحبت می شود.
1- کمک به طراحی دارو: با توجه به بررسی هایی که انجام شده است نشان داده شده است که علوم محاسبات در مسیر طراحی دارو هم سرعت مطالعات را افزایش داده و هم اینکه در به میزان زیادی باعث صرفه جویی در هزینه های مربوطه می شوند( در برخی منابع تا 30 درصد صرفه جویی نیز اشاره شده است)
2- مهندسی پروتئین: با پیشرفت علوم محاسبات زیستی مشاهده مولکول ها از جمله پروتئین ها با نرم افزارهایی مانند vmd و ...، طراحی جهش های مربوط به هدف مورد نظر (مانند جهش برای افزایش پایداری)، آنالیز ساختاری مولکول ها و ... با دقت بالایی قابل انجام می باشد.
3- طراحی پپتید: با توجه به اینکه پپتیدها طوری طراحی می شوند که بتوانند به یک پروتئین خاص متصل شوند به همین جهت استفاده از روش های محاسباتی مانند داکینگ، شبیه سازی دینایک مولکولی و ... کمک می کنند تا مطالعات با سرعت و دقت بالاتری پیش بروند.
4- بررسی میانکنش ها و تشکیل یا شکست پیوند با استفاده مطالعات کوانتوم مکانیک
5- انجام مطالعاتی که در آزمایشگاه غیر ممکن می باشد: برای مثال مطالعه روی ترکیبات سمی
6- و بقیه کاربردهایی که بعدا توضیح داده خواهند شد.

لازم به ذکر می باشد که برای هر کدام از کاربردهای بالا در پست های بعدی به همراه توضییح مثال هایی نیز ارائه خواهد شد.
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
#پیش بینی_ساختار_ثانویه_پروتئین
با درک ساختار دوم پروتئین ها می توان بسیاری از مطالعات مهندسی پروتئین را با دقت بالا انجام داد. در حال حاضر روش های آزمایشگاهی متعددی برای بررسی ساختار دوم پروتئین ها وجود دارد. یکی از این ابزارها استفاد از CD می باشد. ولی برای سهولت کار در حوزه محاسباتی نیز سرورها و نرم افزارهای مختلفی وجود دارد.
یکی از بهترین سرورهایی که در حال حاضر برای معرفی انتخاب شده است سرور APSSP می باشد. این سرور با استفاده از روش شبکه های عصبی (NEURAL NETWORK) جهت پیش بینی استفاده می کند.
برای استفاده از این سرور تنها داشتن توالی اولیه از پروتئین پیش بینی ساختار ثانویه کفایت می کند.
http://imtech.res.in/raghava/apssp/
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
#مدلسازی_ساختار_DNA
در حاضر مطالعات ساختاری DNA هم در حوزه آزمایشگاه و هم در حوزه محاسباتی در حال رشد می باشد. اغلب اوقات، جهت انجام یک سری از مطالعات مانند بررسی نحوه اتصال به سایر مولکول ها (Docking) دانستن ساختار سه بعدی DNA لازم می باشد.
همینچنین بررسی کنفورماسیون DNA در حالت اتصال به پروتئین و عدم اتصال یکی دیگر از بررسی و مطالعات مهم در حوزه کنترل بیان ژن اس. به همین جهت دسترسی سریعتر به مدل سه بعدی از توالی مورد نظر از DNA می تواند مطالعات را با دقت و سرعت بالاتری پیش ببرد.
سرور 3D-DART یکی از سرورهایی می باشد که در حال حاضر برای این منظور مورد استفاده قرار میگرید. از مزایای این سرور می توان به داشتن رابط کاربری مناسب اشاره کرد.
همچنین در این سرور کلیه اطلعات لازم برای DNA (برای مثال زاویه خمش DNA دورشته ای مورد نظر) را وارد کرد.
http://haddock.chem.uu.nl/enmr/services/3DDART/
@computational_science