#پیشنهادات_انتقادات
با توجه به اینکه هدف ما و دوستان عزیز در این کانال ارائه بهترین مطالب (تا جایی که در توانمون هست) می باشد به همین جهت سعی کردیم بهترین سرورهای مورد نیاز دوستان عزیز رو معرفی کنیم که این کار ادامه دار خواهد بود و هر روز دو سرور مناسب را معرفی خواهیم کرد.
در کنار معرفی سرورها، بحث آموزش در پیش گرفته شد و اولین آموزشی که شروع کردیم #شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی و استفاده از نرم افزار gromacs بود که در حال حاضر ادامه داشته و بعد از این نرم افزار، نرم افزار های دیگه ای مربوط به متدهای مختلف (مانند مدلسازی) آموزش داده خواهد شد.
به همین جهت تقاضایی که اینجا بنده از همه استید بزرگ داریم این می باشد که هر جور پیشنهاد و یا انتقادی که میتونه در بهتر شدن روند کانال کمک کنه رو به آدرس @your_suggestions ارسال نمایند.
بی صبرانه منتظر نظرات شما هستیم.
@computational_science
با توجه به اینکه هدف ما و دوستان عزیز در این کانال ارائه بهترین مطالب (تا جایی که در توانمون هست) می باشد به همین جهت سعی کردیم بهترین سرورهای مورد نیاز دوستان عزیز رو معرفی کنیم که این کار ادامه دار خواهد بود و هر روز دو سرور مناسب را معرفی خواهیم کرد.
در کنار معرفی سرورها، بحث آموزش در پیش گرفته شد و اولین آموزشی که شروع کردیم #شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی و استفاده از نرم افزار gromacs بود که در حال حاضر ادامه داشته و بعد از این نرم افزار، نرم افزار های دیگه ای مربوط به متدهای مختلف (مانند مدلسازی) آموزش داده خواهد شد.
به همین جهت تقاضایی که اینجا بنده از همه استید بزرگ داریم این می باشد که هر جور پیشنهاد و یا انتقادی که میتونه در بهتر شدن روند کانال کمک کنه رو به آدرس @your_suggestions ارسال نمایند.
بی صبرانه منتظر نظرات شما هستیم.
@computational_science
پروتئین ها را می توان زیباترین و منظم ترین مولکول خلقت نامید
در کنار معرفی نرم افزارها و بحث آموزش ها گاهی اوقات لازم می باشد که به زیبایی چیزی که با اون کار میکنیم یه نگاهی بندازیم.
پروتئین یکی از مهمترین و پیچیده ترین و زیباترین ماکرومولکولهای موجود می باشد و اکثر نرم افزارها و سرورها و متدهایی که ارائه شده درصدد بررسی پیچیدگی های این مولکول مهم می باشد.
در این پست هدف برسی پیچیدگی این مولکول نیست بلکه بیشترین خواستیم با ارائه چندتا از عکسهای مربوط به پروتئین های مختلف به جنبیه ای زیبای این ساختار شگفت انگیز نگاهی بیندازیم. از مهمترین جنبه های این مولکول ها میشه به نظم ساختاری و عملکردشون اشاره کرد.
"البته بنده معتقدم که پروتئین ها ذاتا باشعور می باشند و قابلیت درک دارند"
شایدم طرز نگاه بنده به این موضوع به تعصبی که نسبت به این مولکول دارم برمیگرده.
توجه شمارو به چندتا تصویر زیبا ازین مولکول جلب میکنم.
@computational_science
در کنار معرفی نرم افزارها و بحث آموزش ها گاهی اوقات لازم می باشد که به زیبایی چیزی که با اون کار میکنیم یه نگاهی بندازیم.
پروتئین یکی از مهمترین و پیچیده ترین و زیباترین ماکرومولکولهای موجود می باشد و اکثر نرم افزارها و سرورها و متدهایی که ارائه شده درصدد بررسی پیچیدگی های این مولکول مهم می باشد.
در این پست هدف برسی پیچیدگی این مولکول نیست بلکه بیشترین خواستیم با ارائه چندتا از عکسهای مربوط به پروتئین های مختلف به جنبیه ای زیبای این ساختار شگفت انگیز نگاهی بیندازیم. از مهمترین جنبه های این مولکول ها میشه به نظم ساختاری و عملکردشون اشاره کرد.
"البته بنده معتقدم که پروتئین ها ذاتا باشعور می باشند و قابلیت درک دارند"
شایدم طرز نگاه بنده به این موضوع به تعصبی که نسبت به این مولکول دارم برمیگرده.
توجه شمارو به چندتا تصویر زیبا ازین مولکول جلب میکنم.
@computational_science
Crystal structure of a mycobacterial ATP synthase rotor ring (PDBID:4V1G)
@computational_science
@computational_science
Crystal structure of IgE Fc in complex with a neutralizing antibody (PDBID: 5ANM)
@computational_science
@computational_science
HAEMOGLOBIN (PDBID: 2DHB)
@computational_science
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
طراحی جهش:
جهش عامل اصلی تکامل در طبیعت و یا به اصطلاح دیگر طبیه و موجودات زنده پیشرفت خودشون رو مدیون رخداد جهش هستند. اگه بخواییم خودمونیتر صحبت کنیم جهش بازی طبیعت با موجودات زنده می باشد. یه سری از موجودات رو پیشرفته تر میکنه و یه سری دیگه رو از بین میبره و اینجاست که "انتخاب طبیعی" که "انتخاب اصلح" نیز گفته می شه معنی پیدا میکنه.
وقتی که داروین سفر علمی خودش رو شروع کرد و با موجودات مختلفی روبرو شد تکامل رو حاصل انتخاب برتر میدونس و این به این معنی هست که موجوداتی که برتر هستند زنده میمونند و می تونن تولید مثل کنند و نسل خودشون رو ادامه بدن. ولی منشا این انتخاب زمانی معلوم شد که ژنتیک مولکولی پا به عرصه ظهور گذاشت و همه توجهات رو به خودش جلب کرد.
با پیشرفت علم و ایجاد روش های تعیین توالی DNA و نقص هایی که در افراد تو سنین مختلف ایجاد می شد کم کم مشخص شد که اصلی ترین عامل در تکامل و انتخاب برتر جهش های ژنتیکی می باشد. اینجا بود که دانشمندان از این سیستم به عنوان فرصتی استفاده کردند که بتوانند پروتئین های پیشرفته تر و با عملکرد و فعالیت بهتری ایجاد کنند. (بچه های خوب ژنتیک ببخشند که تو حوزه ژنتیک وارد شد چون من بیوشیمیست هستم)
در طراحی جهش اصولا از دو روش استفاده شد:
1- جهش هدفدار که site directed mutagenesis نیز گفته می شود. در این روش جهش هایی مشخصی با هدف خاصی ایجاد می شوند. یعنی هم هدف مشخصه و هم محل جهش.
2- جهش های تصادفی و یا همون random mutagenesis می باشد. در اینجا چندین جهش به صورت تصادفی در نقاط مختلف از ژن ایجاد می شه و بهترین ها انتخاب میشن که درواقع الگوگیری از طبیعت می باشد.
و اما روی صحبت ما با نوع یک یا همون هدفدار می باشد. در اینجا عوامل مختلفی در ایجاد جهش درگیر می باشند که یکی از مهمترین عوامل پایداری پروتئین جهش داده شده می باشد.
برای ایجاد جهش یکی از بهترین روشها استفاده از روش alanine scanning می باشد. چون آمینواسید آلانین یک آمینواسید default و یا همان بی تاثیر (شاید اصطلاح درستی نباشه) می باشد را با تک تک آمینواسیدهای داخل پروتئین جایگزین می کنن تا تاثیرآمینواسیدی که برداشته شده را بررسی کنند و نقش آمینواسید معین بشه. برای مثال اگه پروتئین ناپایدارتر بشه مشخص میشه که آمینواسیدی که برداشته شده تو پایداری نقش داشته.
این روش رو هم میشه تو آزمایشگاه انجام داد و هم میشه به طور محاسباتی و کامپیوتری مطالعه کرد.
بحثو دیگه طولانی نکنیم. هدف از این پست معرفی سروری هستش که من قبلا خودم استفاده کردم و خیلی خیلی خوبه و درواقع alanine scanning رو در in silico انجام میده. و اسم این سرور خوب هست robetta.
اینم لینکش:
http://robetta.bakerlab.org/alascansubmit.jsp
لطفا کانال مارو قابل بدونین و به دوستاتون معرفی کنین. ممنونم از همه دوستان
@computational_science
طراحی جهش:
جهش عامل اصلی تکامل در طبیعت و یا به اصطلاح دیگر طبیه و موجودات زنده پیشرفت خودشون رو مدیون رخداد جهش هستند. اگه بخواییم خودمونیتر صحبت کنیم جهش بازی طبیعت با موجودات زنده می باشد. یه سری از موجودات رو پیشرفته تر میکنه و یه سری دیگه رو از بین میبره و اینجاست که "انتخاب طبیعی" که "انتخاب اصلح" نیز گفته می شه معنی پیدا میکنه.
وقتی که داروین سفر علمی خودش رو شروع کرد و با موجودات مختلفی روبرو شد تکامل رو حاصل انتخاب برتر میدونس و این به این معنی هست که موجوداتی که برتر هستند زنده میمونند و می تونن تولید مثل کنند و نسل خودشون رو ادامه بدن. ولی منشا این انتخاب زمانی معلوم شد که ژنتیک مولکولی پا به عرصه ظهور گذاشت و همه توجهات رو به خودش جلب کرد.
با پیشرفت علم و ایجاد روش های تعیین توالی DNA و نقص هایی که در افراد تو سنین مختلف ایجاد می شد کم کم مشخص شد که اصلی ترین عامل در تکامل و انتخاب برتر جهش های ژنتیکی می باشد. اینجا بود که دانشمندان از این سیستم به عنوان فرصتی استفاده کردند که بتوانند پروتئین های پیشرفته تر و با عملکرد و فعالیت بهتری ایجاد کنند. (بچه های خوب ژنتیک ببخشند که تو حوزه ژنتیک وارد شد چون من بیوشیمیست هستم)
در طراحی جهش اصولا از دو روش استفاده شد:
1- جهش هدفدار که site directed mutagenesis نیز گفته می شود. در این روش جهش هایی مشخصی با هدف خاصی ایجاد می شوند. یعنی هم هدف مشخصه و هم محل جهش.
2- جهش های تصادفی و یا همون random mutagenesis می باشد. در اینجا چندین جهش به صورت تصادفی در نقاط مختلف از ژن ایجاد می شه و بهترین ها انتخاب میشن که درواقع الگوگیری از طبیعت می باشد.
و اما روی صحبت ما با نوع یک یا همون هدفدار می باشد. در اینجا عوامل مختلفی در ایجاد جهش درگیر می باشند که یکی از مهمترین عوامل پایداری پروتئین جهش داده شده می باشد.
برای ایجاد جهش یکی از بهترین روشها استفاده از روش alanine scanning می باشد. چون آمینواسید آلانین یک آمینواسید default و یا همان بی تاثیر (شاید اصطلاح درستی نباشه) می باشد را با تک تک آمینواسیدهای داخل پروتئین جایگزین می کنن تا تاثیرآمینواسیدی که برداشته شده را بررسی کنند و نقش آمینواسید معین بشه. برای مثال اگه پروتئین ناپایدارتر بشه مشخص میشه که آمینواسیدی که برداشته شده تو پایداری نقش داشته.
این روش رو هم میشه تو آزمایشگاه انجام داد و هم میشه به طور محاسباتی و کامپیوتری مطالعه کرد.
بحثو دیگه طولانی نکنیم. هدف از این پست معرفی سروری هستش که من قبلا خودم استفاده کردم و خیلی خیلی خوبه و درواقع alanine scanning رو در in silico انجام میده. و اسم این سرور خوب هست robetta.
اینم لینکش:
http://robetta.bakerlab.org/alascansubmit.jsp
لطفا کانال مارو قابل بدونین و به دوستاتون معرفی کنین. ممنونم از همه دوستان
@computational_science
robetta.bakerlab.org
Computational Interface Alanine Scanning Server
Robetta Server.
#نرم_افزار_آزاد
نرمافزار آزاد (Free Software) نرمافزاری است که در آن، کاربر نرمافزار را کنترل میکند، نه نرمافزار کاربر را.
هر نرمافزاری که ۴ آزادی زیر را برای کاربران رایانه فراهم کند، نرمافزار آزاد است:
1. آزادی ۰: آزادی اجرای نرمافزار به هر منظوری
2. آزادی ۱: آزادی مطالعه و بررسی چگونگی عملکرد برنامه و تغییر آن برای نیاز خود
3. آزادی ۲: آزادی بازتوزیع نرمافزار، برای کمک به دیگران
4. آزادی ۳: آزادی ایجاد تغییر در نرمافزار و بازتوزیع نگارشهای تغییر یافته
نکته:
نرمافزار آزاد به معنای «غیر تجاری» نیست. یک نرمافزار آزاد باید برای استفادهٔ تجاری، توسعهٔ تجاری، و توزیع تجاری در دسترس باشد. توسعهٔ تجاری نرمافزار آزاد نهتنها غیرمعمول نیست، بلکه بسیار مهم نیز هست. بنابراین شما ممکن است پولی پرداخت کرده باشید تا رونوشتهایی از نرمافزار آزاد را بهدست آورید یا آنها را بدون پرداخت هزینه بدست آورده باشید. ولی صرفنظر از اینها، همیشه این آزادی را دارید تا نرمافزار را بازتوزیع کرده، تغییر دهید و یا حتا رونوشتهایی از آن را بفروشید.
@computational_science
نرمافزار آزاد (Free Software) نرمافزاری است که در آن، کاربر نرمافزار را کنترل میکند، نه نرمافزار کاربر را.
هر نرمافزاری که ۴ آزادی زیر را برای کاربران رایانه فراهم کند، نرمافزار آزاد است:
1. آزادی ۰: آزادی اجرای نرمافزار به هر منظوری
2. آزادی ۱: آزادی مطالعه و بررسی چگونگی عملکرد برنامه و تغییر آن برای نیاز خود
3. آزادی ۲: آزادی بازتوزیع نرمافزار، برای کمک به دیگران
4. آزادی ۳: آزادی ایجاد تغییر در نرمافزار و بازتوزیع نگارشهای تغییر یافته
نکته:
نرمافزار آزاد به معنای «غیر تجاری» نیست. یک نرمافزار آزاد باید برای استفادهٔ تجاری، توسعهٔ تجاری، و توزیع تجاری در دسترس باشد. توسعهٔ تجاری نرمافزار آزاد نهتنها غیرمعمول نیست، بلکه بسیار مهم نیز هست. بنابراین شما ممکن است پولی پرداخت کرده باشید تا رونوشتهایی از نرمافزار آزاد را بهدست آورید یا آنها را بدون پرداخت هزینه بدست آورده باشید. ولی صرفنظر از اینها، همیشه این آزادی را دارید تا نرمافزار را بازتوزیع کرده، تغییر دهید و یا حتا رونوشتهایی از آن را بفروشید.
@computational_science
#لینوکس
لینوکس (به انگلیسی: Linux) یک سیستمعامل رایگان و آزاد (متن باز) است که تمامی قابلیت هایی که یک سیستم عامل باید داشته باشد را دارا است. همه ی شما با سیستم عامل ویندوز آشنایی دارید و کار کرده اید اما آیا هیچ گاه از خود پرسیده اید که :
چرا ویندوز و بیشتر نرم افزارهایی که در محیط ویندوزی کار می کنند پولی هستند؟ چرا سورس کد ویندوز محرمانه است و کاربر دقیقا نمی تواند متوجه شود در زیر لایه های ویندوز چه خبر است؟ چرا ویندوزی را که خریداری کرده اید نمی توانید روی سیستم های متعددی آن را نصب نمایید؟ چرا ویندوز دائما در معرض آسیب های ویروسی است؟ از کجا می توان فهمید که ویندوز جاسوسی مرا نمی کند؟ و ...
در سیستم عامل لینوکس نگران هیچ یک از مسائل فوق نخواهید بود. این سیستم عامل رایگان و قدرتمند را می توانید بر روی رایانه های شخصی خود نصب نموده و از آن لذت ببرید. مهمتر آنکه بسیاری از نرم افزارهای علمی برای محیط لینوکس طراحی شده اند، بنابراین امکان استفاده از آن ها در محیط ویندوزی ممکن نیست. از این رو یادگیری لینوکس به همه ی افرادی که در حوزه هایی کار می کنند که با نرم افزارهای علمی سر و کار دارند به شدت توصیه می شود.
نکته: لینوکس انواع متعددی دارد (همانطوری که ویندوزهای ایکس پی، سون، ایت و ... داریم). پیشنهاد ما به شما لینوکس اوبونتو (Ubuntu) است. با کمی جست و جو در اینترنت به منابع بسیاری (فارسی و انگلیسی، ویدئو، کتاب و ...) جهت یادگیری این سیستم عامل زیبا و قدرتمند دسترسی خواهید داشت. برای شروع می توانید این سیستم عامل را به طور رایگان دانلود و نصب نمایید. همچنین اگر مایل به نصب جداگانه ی این سیستم عامل نیستید، می توانید از نرم افزارهای شبیه ساز مثل VMware و Virtualbox نیز استفاده نمایید.
@computational_science
لینوکس (به انگلیسی: Linux) یک سیستمعامل رایگان و آزاد (متن باز) است که تمامی قابلیت هایی که یک سیستم عامل باید داشته باشد را دارا است. همه ی شما با سیستم عامل ویندوز آشنایی دارید و کار کرده اید اما آیا هیچ گاه از خود پرسیده اید که :
چرا ویندوز و بیشتر نرم افزارهایی که در محیط ویندوزی کار می کنند پولی هستند؟ چرا سورس کد ویندوز محرمانه است و کاربر دقیقا نمی تواند متوجه شود در زیر لایه های ویندوز چه خبر است؟ چرا ویندوزی را که خریداری کرده اید نمی توانید روی سیستم های متعددی آن را نصب نمایید؟ چرا ویندوز دائما در معرض آسیب های ویروسی است؟ از کجا می توان فهمید که ویندوز جاسوسی مرا نمی کند؟ و ...
در سیستم عامل لینوکس نگران هیچ یک از مسائل فوق نخواهید بود. این سیستم عامل رایگان و قدرتمند را می توانید بر روی رایانه های شخصی خود نصب نموده و از آن لذت ببرید. مهمتر آنکه بسیاری از نرم افزارهای علمی برای محیط لینوکس طراحی شده اند، بنابراین امکان استفاده از آن ها در محیط ویندوزی ممکن نیست. از این رو یادگیری لینوکس به همه ی افرادی که در حوزه هایی کار می کنند که با نرم افزارهای علمی سر و کار دارند به شدت توصیه می شود.
نکته: لینوکس انواع متعددی دارد (همانطوری که ویندوزهای ایکس پی، سون، ایت و ... داریم). پیشنهاد ما به شما لینوکس اوبونتو (Ubuntu) است. با کمی جست و جو در اینترنت به منابع بسیاری (فارسی و انگلیسی، ویدئو، کتاب و ...) جهت یادگیری این سیستم عامل زیبا و قدرتمند دسترسی خواهید داشت. برای شروع می توانید این سیستم عامل را به طور رایگان دانلود و نصب نمایید. همچنین اگر مایل به نصب جداگانه ی این سیستم عامل نیستید، می توانید از نرم افزارهای شبیه ساز مثل VMware و Virtualbox نیز استفاده نمایید.
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
#طراحی_جهش
بنا به درخواست عده ای از دوستان برای معرفی سرور و یا نرم افزارهای مناسب برای طراحی جهش این پست به این امر اختصاص دارد.
برای طراحی جهش نرم افزارها و سرورهای مختلفی وجود دارد که بسته به هدف می توان از هر کدام از آنها استفاده کرد. یکی از سرورهای مناسب که برای طراحی جهش می توان از آن استفاده کرد mini mutate می باشد که توسط دکتر عرب و همکاران در دانشگاه تربیت مدرس ارائه شده است. که از طریق لینک زیر می توان به این سرور دسترسی داشت.
http://bioinf.modares.ac.ir/software/minimutate/
@computational_science
#طراحی_جهش
بنا به درخواست عده ای از دوستان برای معرفی سرور و یا نرم افزارهای مناسب برای طراحی جهش این پست به این امر اختصاص دارد.
برای طراحی جهش نرم افزارها و سرورهای مختلفی وجود دارد که بسته به هدف می توان از هر کدام از آنها استفاده کرد. یکی از سرورهای مناسب که برای طراحی جهش می توان از آن استفاده کرد mini mutate می باشد که توسط دکتر عرب و همکاران در دانشگاه تربیت مدرس ارائه شده است. که از طریق لینک زیر می توان به این سرور دسترسی داشت.
http://bioinf.modares.ac.ir/software/minimutate/
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
#طراحی_جهش
یکی دیگر از نرم افزارهای مفید برای طراحی جهش، spdbv یا همان swiss-pdb viewer می باشد. این نرم افزار جهت مشاهده، بررسی و آنالیز فایل های pdb مربوط به پروتئین ها و سایر مولکول ها مورد استفاده قرار میگیرد. یکی از کاهای که این نرم افزار انجام می دهد طراحی جهش می باشد.
@computational_science
#طراحی_جهش
یکی دیگر از نرم افزارهای مفید برای طراحی جهش، spdbv یا همان swiss-pdb viewer می باشد. این نرم افزار جهت مشاهده، بررسی و آنالیز فایل های pdb مربوط به پروتئین ها و سایر مولکول ها مورد استفاده قرار میگیرد. یکی از کاهای که این نرم افزار انجام می دهد طراحی جهش می باشد.
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
شما می توانید نرم افزار spdbv رو از طریق لینک زیر دانلود کنید.
http://spdbv.vital-it.ch/download/binaries/SPDBV_4.10_PC.zip
@computational_science
شما می توانید نرم افزار spdbv رو از طریق لینک زیر دانلود کنید.
http://spdbv.vital-it.ch/download/binaries/SPDBV_4.10_PC.zip
@computational_science
#اخبار
خبر خوشحال کننده از طرف مدیران کانال به شما دوستان عزیز:
ازین پس فیلم آموزشی یک سری از نرم افزارها توسط مرکز زیست محاسبات پویا و همکاران عزیز در این مرکز تولید خواهد شد و در کانال و همچنین در سایت zistpooya.com در قسمت ویدئوهای آموزشی قرار خواهند گرفت و شما می توانید دانلود کرده و مورد استفاده قرار دهید. در ضمن منتظر پیشنهادات شما برای انتخاب نرم افزارها هستیم.
@computational_science
خبر خوشحال کننده از طرف مدیران کانال به شما دوستان عزیز:
ازین پس فیلم آموزشی یک سری از نرم افزارها توسط مرکز زیست محاسبات پویا و همکاران عزیز در این مرکز تولید خواهد شد و در کانال و همچنین در سایت zistpooya.com در قسمت ویدئوهای آموزشی قرار خواهند گرفت و شما می توانید دانلود کرده و مورد استفاده قرار دهید. در ضمن منتظر پیشنهادات شما برای انتخاب نرم افزارها هستیم.
@computational_science
Forwarded from 🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
#پیشنهادات_انتقادات
با توجه به اینکه هدف ما و دوستان عزیز در این کانال ارائه بهترین مطالب (تا جایی که در توانمون هست) می باشد به همین جهت سعی کردیم بهترین سرورهای مورد نیاز دوستان عزیز رو معرفی کنیم که این کار ادامه دار خواهد بود و هر روز دو سرور مناسب را معرفی خواهیم کرد.
در کنار معرفی سرورها، بحث آموزش در پیش گرفته شد و اولین آموزشی که شروع کردیم #شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی و استفاده از نرم افزار gromacs بود که در حال حاضر ادامه داشته و بعد از این نرم افزار، نرم افزار های دیگه ای مربوط به متدهای مختلف (مانند مدلسازی) آموزش داده خواهد شد.
به همین جهت تقاضایی که اینجا بنده از همه استید بزرگ داریم این می باشد که هر جور پیشنهاد و یا انتقادی که میتونه در بهتر شدن روند کانال کمک کنه رو به آدرس @your_suggestions ارسال نمایند.
بی صبرانه منتظر نظرات شما هستیم.
@computational_science
با توجه به اینکه هدف ما و دوستان عزیز در این کانال ارائه بهترین مطالب (تا جایی که در توانمون هست) می باشد به همین جهت سعی کردیم بهترین سرورهای مورد نیاز دوستان عزیز رو معرفی کنیم که این کار ادامه دار خواهد بود و هر روز دو سرور مناسب را معرفی خواهیم کرد.
در کنار معرفی سرورها، بحث آموزش در پیش گرفته شد و اولین آموزشی که شروع کردیم #شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی و استفاده از نرم افزار gromacs بود که در حال حاضر ادامه داشته و بعد از این نرم افزار، نرم افزار های دیگه ای مربوط به متدهای مختلف (مانند مدلسازی) آموزش داده خواهد شد.
به همین جهت تقاضایی که اینجا بنده از همه استید بزرگ داریم این می باشد که هر جور پیشنهاد و یا انتقادی که میتونه در بهتر شدن روند کانال کمک کنه رو به آدرس @your_suggestions ارسال نمایند.
بی صبرانه منتظر نظرات شما هستیم.
@computational_science
#مفهوم_Distribution_در_لینوکس
نسخه های متعدد و متفاوتی از لینوکس وجود دارد. هسته این سیستم عامل را می توان به دلخواه تغییر داد و دستکاری کرد و به همین دلیل هر کس یا هر شرکتی می تواند نسخه لینوکس مخصوص به خود را توزیع و روانه بازار کند. به هر یک از از این نسخه های متفاوت یک توزیع یا Distribution از لینوکس گفته می شود. بر خلاف سایر سیستم عامل هایی که در بازار هستند و توسط یک شرکت کنترل، توزیع و مدیریت می شوند هسته لینوکس بصورت متمرکز مدیریت نشده است و استفاده و تغییر دادن آن نیز آزاد است.
منبع: رسالینوکس
@computational_science
نسخه های متعدد و متفاوتی از لینوکس وجود دارد. هسته این سیستم عامل را می توان به دلخواه تغییر داد و دستکاری کرد و به همین دلیل هر کس یا هر شرکتی می تواند نسخه لینوکس مخصوص به خود را توزیع و روانه بازار کند. به هر یک از از این نسخه های متفاوت یک توزیع یا Distribution از لینوکس گفته می شود. بر خلاف سایر سیستم عامل هایی که در بازار هستند و توسط یک شرکت کنترل، توزیع و مدیریت می شوند هسته لینوکس بصورت متمرکز مدیریت نشده است و استفاده و تغییر دادن آن نیز آزاد است.
منبع: رسالینوکس
@computational_science
#توزیع_ها_ی_معروف_لینوکس
Redhat:
یکی از پرطرفدارترین و معروف ترین توزیع های لینوکس می باشد که کاربرد تجاری داشته و بیشتر جهت مصرف در سیستم های سرویس دهنده استفاده می شود و شرکت های بزرگ سخت افزاری مانند IBM و Dell در سیستم های خود پشتیبانی می کنند.
Ubuntu:
عضو تيم توسعه Debian و در آن فايرفاكس و Open Office به کاربر ارایه گردیده است. این توزیع یک توزیع رایگان می باشد و مخصوص استفاده خانگی است.
Arch Linux:
یک توزیع که بر پایه قوانین KISS بنا شده همراه با سیستم انتشار Rolling.
Slackware:
اين توزيع لينوكس بيشتر براي حرفه اي هاست چون تمام مراحل پيكربندي كاملا دستي واز طريق خط دستوري انجام میشود.
CentOS:
یک توزیع که از همان سورسی که redhat استفاده میکند، مشتق شده است، توسط یک گروه داوطلبی که به آن اختصاص داده شدند، نگهداری میشود همراه با سازگاری 100% با ورژن Redhat و یک ورژن به روز رسیده شده که همیشه بهطور 100% سازگار و همراه نیست.
Debian:
یک توزیع غیر تجاری که توسط جامعهای از توسعه دهندههای داوطلب نگهداری میشود که تعهد قوی ای به قوانین نرم افزارهای آزاد دارند.
Fedora:
یک توزیع بر پایهٔ جامعه است که توسط Red hat سرپرستی میشود. اين توزيع كه مي توان گفت از Redhat گرفته شده براي كاربران معمولي لينوكس داراي پيچيدگي هاي بيشتري است، اما نقطه قوت آن را مي توان در نوآوري در طراحي و پشتیبانی گستره وسيعي از نرم افزارهاي مبتني بر لينوكس در Fedora دانست.
Gentoo:
روش نصب در اين توزيع اگرچه در آغاز به شکل كامپايل كردن بود اما بعدا امكان افزودن پکیچ RPM به آن افزوده شد.
Knoppix:
اولین توزیع سی دی زنده، که کاملا از یک رسانهٔ قابل حمل اجرا میشود. بدون نصب در دیسک سخت. از Debian گرفته شده و اين توزيع پس ازبوت شدن در كامپيوتر كاربر، بسياري از انواع نرم افزارهاي ريزودرشت مانند چندين مرورگر اينترنتي، چندين برنامه office را به وي ارائه مي كرد بطوري كه كمتر كاربري لازم مي دانست برنامه اي را نصب نمايد.
Mandriva:
یک توزیع گرفته شده از Redhat که در فرانسه و برزیل محبوب می باشد، امروزه با همان نام و به وسیله یک شرکت فرانسوی اداره میشود. اين توزيع امروزه يكي از لينوكس هايی با محيط زيبا و قابل اطمينان است كه از برنامه Rpm Drake براي نصب آسان بسته هاي RPM استفاده ميكند.
OpenSUSE:
اين توزيع هم به مانند Ubuntu هم باميزكار GNOME و هم KDE ارائه مي شود.
منبع: رسالینوکس
@computational_science
Redhat:
یکی از پرطرفدارترین و معروف ترین توزیع های لینوکس می باشد که کاربرد تجاری داشته و بیشتر جهت مصرف در سیستم های سرویس دهنده استفاده می شود و شرکت های بزرگ سخت افزاری مانند IBM و Dell در سیستم های خود پشتیبانی می کنند.
Ubuntu:
عضو تيم توسعه Debian و در آن فايرفاكس و Open Office به کاربر ارایه گردیده است. این توزیع یک توزیع رایگان می باشد و مخصوص استفاده خانگی است.
Arch Linux:
یک توزیع که بر پایه قوانین KISS بنا شده همراه با سیستم انتشار Rolling.
Slackware:
اين توزيع لينوكس بيشتر براي حرفه اي هاست چون تمام مراحل پيكربندي كاملا دستي واز طريق خط دستوري انجام میشود.
CentOS:
یک توزیع که از همان سورسی که redhat استفاده میکند، مشتق شده است، توسط یک گروه داوطلبی که به آن اختصاص داده شدند، نگهداری میشود همراه با سازگاری 100% با ورژن Redhat و یک ورژن به روز رسیده شده که همیشه بهطور 100% سازگار و همراه نیست.
Debian:
یک توزیع غیر تجاری که توسط جامعهای از توسعه دهندههای داوطلب نگهداری میشود که تعهد قوی ای به قوانین نرم افزارهای آزاد دارند.
Fedora:
یک توزیع بر پایهٔ جامعه است که توسط Red hat سرپرستی میشود. اين توزيع كه مي توان گفت از Redhat گرفته شده براي كاربران معمولي لينوكس داراي پيچيدگي هاي بيشتري است، اما نقطه قوت آن را مي توان در نوآوري در طراحي و پشتیبانی گستره وسيعي از نرم افزارهاي مبتني بر لينوكس در Fedora دانست.
Gentoo:
روش نصب در اين توزيع اگرچه در آغاز به شکل كامپايل كردن بود اما بعدا امكان افزودن پکیچ RPM به آن افزوده شد.
Knoppix:
اولین توزیع سی دی زنده، که کاملا از یک رسانهٔ قابل حمل اجرا میشود. بدون نصب در دیسک سخت. از Debian گرفته شده و اين توزيع پس ازبوت شدن در كامپيوتر كاربر، بسياري از انواع نرم افزارهاي ريزودرشت مانند چندين مرورگر اينترنتي، چندين برنامه office را به وي ارائه مي كرد بطوري كه كمتر كاربري لازم مي دانست برنامه اي را نصب نمايد.
Mandriva:
یک توزیع گرفته شده از Redhat که در فرانسه و برزیل محبوب می باشد، امروزه با همان نام و به وسیله یک شرکت فرانسوی اداره میشود. اين توزيع امروزه يكي از لينوكس هايی با محيط زيبا و قابل اطمينان است كه از برنامه Rpm Drake براي نصب آسان بسته هاي RPM استفاده ميكند.
OpenSUSE:
اين توزيع هم به مانند Ubuntu هم باميزكار GNOME و هم KDE ارائه مي شود.
منبع: رسالینوکس
@computational_science
#انتخاب_لینوکس
برای اینکه بتوانید یک نسخه متناسب با نیاز خود انتخاب کنید بایستی سئوالات زیر را ابتدا از خود بپرسید و بر حسب آن توزیع لینوکس مورد نظرتان را را انتخاب کنید:
آیا پایه و اساس کد توزیع مورد نظر قابل اتکا و اعتماد است؟
آیا مرتبا مورد تغییر واقع می شود؟
آیا بروزرسانی بسته های نرم افزاری آن راحت است؟
آیا بروز رسانی آن از یک نسخه به نسخه بالاتر راحت است؟
آیا برنامه نویس های زیادی برای آن نرم افزار تولید کرده اند؟
فراموش نکنید که هیچ نسخه بهترینی در لینوکس وجود ندارد. برای درک بهتر این موضوع به این مثال توجه کنید: شما وقتی که به کوهنوردی می روید، کفش کوهنوردی، کوله، لباس بادگیر و ضد آب می پوشید، وقتی برای یک مهمانی دعوت می شوید کت و شلوار و کفش رسمی می پوشید و وقتی هم که به ورزش می روید لباس گرمکن و کفش ورزشی به پا می کنید و در نهایت برای انجام کارهای روزمره خودتان هم لباس مخصوص خود را دارید. این دقیقا چیزی است که در لینوکس مشاهده می کنید، اینکه چه نسخه ای از لینوکس جوابگوی کار شما است کاملا به این بستگی دارد که شما از لینوکس چه انتظاری دارید و در کجا می خواهید از لینوکس استفاده کنید؟ لینوکس برای هر محیطی یک محصول ویژه آن دارد.
اکثر کاربران لینوکس ترجیح می دهند که از نسخه های شناخته شده لینوکس استفاده کنند. این نسخه ها معمولا دارای پشتوانه قویتری نسبت به تیم های پشتیبانی سایر توزیع های لینوکس هستند.
منبع: رسالینوکس
@computational_science
برای اینکه بتوانید یک نسخه متناسب با نیاز خود انتخاب کنید بایستی سئوالات زیر را ابتدا از خود بپرسید و بر حسب آن توزیع لینوکس مورد نظرتان را را انتخاب کنید:
آیا پایه و اساس کد توزیع مورد نظر قابل اتکا و اعتماد است؟
آیا مرتبا مورد تغییر واقع می شود؟
آیا بروزرسانی بسته های نرم افزاری آن راحت است؟
آیا بروز رسانی آن از یک نسخه به نسخه بالاتر راحت است؟
آیا برنامه نویس های زیادی برای آن نرم افزار تولید کرده اند؟
فراموش نکنید که هیچ نسخه بهترینی در لینوکس وجود ندارد. برای درک بهتر این موضوع به این مثال توجه کنید: شما وقتی که به کوهنوردی می روید، کفش کوهنوردی، کوله، لباس بادگیر و ضد آب می پوشید، وقتی برای یک مهمانی دعوت می شوید کت و شلوار و کفش رسمی می پوشید و وقتی هم که به ورزش می روید لباس گرمکن و کفش ورزشی به پا می کنید و در نهایت برای انجام کارهای روزمره خودتان هم لباس مخصوص خود را دارید. این دقیقا چیزی است که در لینوکس مشاهده می کنید، اینکه چه نسخه ای از لینوکس جوابگوی کار شما است کاملا به این بستگی دارد که شما از لینوکس چه انتظاری دارید و در کجا می خواهید از لینوکس استفاده کنید؟ لینوکس برای هر محیطی یک محصول ویژه آن دارد.
اکثر کاربران لینوکس ترجیح می دهند که از نسخه های شناخته شده لینوکس استفاده کنند. این نسخه ها معمولا دارای پشتوانه قویتری نسبت به تیم های پشتیبانی سایر توزیع های لینوکس هستند.
منبع: رسالینوکس
@computational_science