#نرم_افزارهای_مفید
سرور findmod tools یکی از سرورهای مناسب جهت پیش بینی پتانسیل تغییرات پس از ترجمه پروتئین می باشد. با استفاده از این سرور می توان جایگاه هایی از پروتئین را که قابلیت تغییرات پس از ترجمه را دارند مشخص کرد. این سرور با آدرس اینترنتی زیر قابل دسترسی می باشد.
http://web.expasy.org/findmod/

@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
جهت طراحی پرایمر سرورهای آنلاین و نرم افزارهای زیادی وجود دارند که استفاده از آنها صرفا نیاز به شناخت خود خصوصیات پرایمر دارد. و در کل همه سرورها و نرم افزارها تقریبا از یک سری قوانین و الگوریتم های استفاده می کنند. یکی از نرم افزارهای آنلاین مفید در این زمینه سرور primer3 می باشد که با آدرس زیر قابل دسترسی است.
http://simgene.com/Primer3
@computational_science

با توجه به اینکه چهارشنبه روز قبل از کارگاه مصادف با ۲۲ بهمن بوده و تعطیل می باشد٬ بنا به درخواست عده ای از دوستان مبنی بر احتمال مسافرت در روزهای تعطیل٬ کارگاه گرومکس از روز ۲۳ بهمن به روز ۳۰ بهمن منتقل می شود.پوستر کارگاه تا ساعاتی دیگر بارگذاری خواهد شد.

#کارگاه-گرومکس
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
مشخص کردن ویژگی های پروتئین ها مانند وزن مولکولی، نقطه ایزوالکتریک و ترکیب آمینواسیدی در مراحل تخلیص و آنالیز پروتئین مورد نظر در آزمایشگاه مفید بوده و بازده کار را بالا می برد. سرورهای مختلفی برای مشخص کردن این ویژگی ها ارائه شده اند که یکی از این سرورها AACompIdent می باشد که با آدرس اینترنتی زیر قابل دسترسی می باشد.
http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Leon_2003/pages/visualizacion/programas_manuales/spdbv_userguide/us.expasy.org/tools/aacomp/index.html
@computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
پروتئین ها از سطوح ساختاری متفاوتی (اول، دوم، سوم، چهارم) تشکیل شده اند و هر کدام از سطوح پیچیدگی های اطلاعاتی و رمزی مخصوص به خود را دارند. بررسی مسیر فولدینگ پروتئین ها در حال حاضر یکی از دغدغه های اصلی در حوزه بیوشیمی و علی الخصوص علم زیبای مهندسی پروتئین می باشد. با توجه به اینکه بررسی تاخوردگی (فولدینگ) در پروتئین های بزرگتر در حوزه محاسباتی کار سخت و زمان بر می باشد به همین دلیل سرورها و نرم افزارهای متفاوتی ارائه شده اند که بدون طی کردن مسیر فولدینگ سطوح ساختاری مختلف را پیش بینی کنند. یکی از مهمترین سطوح ساختاری، ساختارهای ثانویه می باشد که از مارپیچ های آلفا، صفحات بتا و ... تشکیل شده اند و از تجمع آنها ساختار سوم تشکیل می شوند. جهت پیش بینی ساختار دوم سرورها و نرم افزارهای متفاوتی وجود دارد و همینطور برای ساختار سوم از روش مدلسازی مقایسه ای استفاده می شود. یکی از سرورهایی که در اینجا معرفی می شود و جهت پیش بینی ساختار دوم می باشد. این سرور از الگوریتم jnet (که یکی از الگوریتم های مناسب در پیش بینی ساختار دوم می باشد) استفاده می کند. جهت دسترسی به این سرور می توانید از لینک زیر استفاده کنید.
http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred4/index.html
« با فوروارد کردن این مطالب مفید کانال ما را به دوستانتان معرفی کنید.»
@computational_science

#شبیه_سازی_دینامیک_مولکولی
@computational_science
ما را به دوستانتان معرفی کنید.

#اخبار
مطالعات بیوانفورماتیکی در حال حاضر روی چه سیستم هایی متمرکز شده است؟
مطالعات بیوانفورماتیکی در مهندسی پزشکی و همچنین در حوزه computational medicine به طور اساسی روی آنالیز داده های سلولی بدست آمده -جهت بررسی مکانیزم رفتاری آنها- تمرکز کرده اند. در توضیح این جمله می توان گفت که در حال حاضر تحقیقات پزشکی به سمتی پیش می روند که بتوانند مکانیسم تشکیل یک بیماری را از طریق بررسی ارتباطات مولکولی مورد مطالعه قرار دهند. برای مثال یکی از تحقیقات، بررسی میزان Mrna موجود در ریزآرایه های ژنی جهت بدست آوردن دید کلی نسبت به فعالیت های سلولی می باشد. در این تحقیق از طریق بررسی سطوح بیان همزمان هزاران ژن به اطلاعات رفتاری مناسبی در مورد سلول دست پیدا می کنند. به طور مشابه، روش های جدیدی جهت اندازه گیری سطح بیان پروتئین ها در سلول ها و بافت ها و همینطور بررسی الگوهای میانکنش پروتئین-پروتئین استفاده می شود که منبع اطلاعاتی مناسبی را جهت یادگیری مکانیسم تشکیل یک بیماری در اختیار محققان قرار می دهند. علم بیوانفورماتیک و حوزه های پزشکی مربوطه در حال حاضر روی روش های جدیدی متمرکز شده اند که بتوانند این داده ها را مورد آنالیز قرار دهند.
@computational_science

بررسی نفوذ دارو در داخل پروتئین از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی در ویدئو زیر:

#نرم_افزارهای_مفید
کلمه BLAST چیست؟
اصطلاح BLAST مخفف جمله Basic Local Alignment Search Tools می باشد. همانطور که از اسمش پیداست، روشی می باشد که جهت جستجوی توالی مشابه توالی وارد شده به صورت لوکال مورد استفاده قرار میگیرد این روش از ماتریکس های تکاملی استفاده کرده و توالی های مشابه با توالی مورد نظر ما را برحسب میزان شباهت اولویت بندی می کند. فرض کنید که ما توالی داریم و می خواهیم قرابت گونه ای این توالی را پیدا کنیم و یا به زبان ساده تر توالی های مشابه با توالی مورد نظر در گونه های جانوری دیگر را پیدا کنیم. در اینصورت برحسب طول توالی که وارد می کنیم ماتریکس تکاملی مناسب (که در اکثر حالات BLOSUM-62 می باشد) را انتخاب می کنیم و سپس به نرم افزار اجازه می دهیم تا از دیتابانک انتخابی توالی های مشابه را پیدا کند.
@Computational_science
نکته: ماتریکس های تکاملی که به آنها ماتریکس های جایگزینی نیز گفته می شود، احتمال جایگزینی هر آمینواسید با آمینواسید دیگر را بیان می کنند. درواقع برای هر نوع جایگزینی امتیازی (score) داده شده است و برحسب این امتیاز میزان تشابه توالی های مختلف سنجیده می شود. از ماتریکس های تکاملی موجود می توان PAM-30 (برای توالی های کمتر از 35 آمینواسید)، PAM-70 (برای توالی های بین 35-50 آمینواسید)، BLOSUM-80 (برای توالی های 50-85 آمینواسید) و BLOSUM-62 (برای توالی های بیشتر از 85 آمینواسید) را نام برد.
@Computational_science
سرور BLAST نیز از طریق لینک زیر قابل دسترسی می باشد.
http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi?PROGRAM=blastp&PAGE_TYPE=BlastSearch&LINK_LOC=blasthome

@Computational_science

#نرم_افزارهای_مفید
گلیکوزیلاسیون و نرم افزارهای مربوطه
گلیکوزیلاسیون واکنشی است که در آن یک گروه کربوهیدارت از طریق گروه هیدروکسیل یا سایر گروه های عملکردی به مولکول های دیگر (مانند پروتئین ها) وصل می شوند. در بیولوژی گلیکوزیلاسیون به طور اساسی به واکنش های آنزیمی اشاره می کند که در آن یه گروه گلیکان به پروتئین، لیپید یا سایر مولکول های ارگانیک متصل می شود. این واکنش ها هم می توانند همزمان با ترجمه صورت پذیرند و هم بعد از ترجمه که حالت دوم جزو تغییرات پس از ترجمه می باشد (post-translational modifications). گیکان ها نقش های ساختاری و عملکردی متفاوتی را در غشاها و پروتئین های ترشحی ایفاء می کنند. بیشتر پروتئین هایی که در داخل شبکه آندوپلاسمی سنتز می شوند دچار فرآیند گلیکوزیلاسیون می باشند. در حال 5 کلاس از گلکان های وجود دارند که عبارتند از:
@computational_science
1- گلیکان های N-Linked : گلیکان هایی هستند که به نیتروژن آسپاراژین و یا زنجیره جانبی آرژنین وصل می شوند و برای وصل شدن به دولیکول فسفات نیاز دارند.
2- گیکان های O-Linked : گلیکان هایی که به اکسیژن هیدروکسیل سرین، ترئونین، تیروزین، هیدروکسی لایزین و یا هیدروکسی پرولین وصل می شوند.
3- فسفو-گلیکان ها (phosphor-glycans) که به گروه فسفات مولکول فسفوسرین وصل می شوند.
4- گیکان های C-Linked حالتی که در آن گروهای قند به اتم کربن زنجیره جانبی تریپتوفان وصل می شوند (این حالت کمیاب می باشد)
5- گروه گلیپیشن (glypiation) می باشد که در آن لنگر GPI پروتئین ها را از طریق پیوندهای گیکانی به لیپیدها وصل میکند
با توجه به اینکه دو تا از حالت های بالا (O-Linked و N-Linked) در سلول ها زیاد می باشد یه همسن جهت سرورهایی برای پیش بینی جایگاه اتصال گلیکان ها به روی پروتئین ها ارائه شده است که برای حالت N-Linked از طریق لینک زیر:
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetNGlyc/
و برای حالت O-Linked از طریق لینک زیر قابل دسترسی می باشد.
http://www.cbs.dtu.dk/services/NetOGlyc/
@computational_science
مارا به دوستانتان معرفی کنید.

#نرم_افزارهای_مفید
#همولوژی_مدلینگ:
همولوژی مدلینگ که به آن مدلسازی مقایسه ای پروتئین ها نیز گفته می شود، ساخت مدل هایی با رزولوشین در اندازه اتم (که پروتئین هدف گفته می شود) با استفاده از توالی این پروتئین و ساختار سوم پروتئین های مشابه (همولوگ) (که پروتئین الگو گفته می شود) می باشد. این روش بر این مبنا استوار می باشد که حفظ شدگی ساختار بیشتر از حفظ شدگی توالی در طول تکامل می باشد. به همین جهت اگر از پروتئین هایی که همولوگ هم می باشند و ساختار سوم آنها تعیین شده باشد می توان به عنوان الگو برای توالی هدف استفاده کرد. در مدلسازی مقایسه ای بایستی در ابتدا یک یا چندین الگو برای پروتئین هدف مشخص کنیم و سپس توالی پروتئین های الگو را با توالی پروتئین هدف تطبیق (alignment) کنیم. هر چقدر دقت تطابق توالی بالا باشد مدلی که ساخته می شود دقت بالای خواهد داشت.
کلا مدلسازی مقایسه ای از چهار مرحله تشکیل شده است:
1- پیدا کردن پروتئین الگو از طریق BLAST
2- ساخت فایل alignment از طریق نرم افزارهایی مانند (clustalw)،
3- ساخت مدل با سرورهای آنلاین مانند I-TASSER و یا با نرم افزارهایی مانند modeller
4- آنالیز مدل.
یکی از سرورهای مناسبی که برای مدلسازی پروتئین ها استفاده می شود سرور I-TASSER می باشد.
http://zhanglab.ccmb.med.umich.edu/I-TASSER/
@computational_science