Forwarded from 🔷شبکه بیوانفورماتیک و بیولوژی محاسباتی ایران🔷
با سلام و احترام
دوستانی که سوال یا هر مشکلی در زمینه های تئوری دارن میتونن تو گروه زیر عضو بشن و سوالاتشونو بپرسن.با تشکر
https://telegram.me/joinchat/BP7D2wMpgBMa-vyZ7mwALw
دوستانی که سوال یا هر مشکلی در زمینه های تئوری دارن میتونن تو گروه زیر عضو بشن و سوالاتشونو بپرسن.با تشکر
https://telegram.me/joinchat/BP7D2wMpgBMa-vyZ7mwALw
با سلام و عرض ادب محضر سعادتمند تک تک اعضای محترم کانال بیوانفورماتیک و محاسبات زیستی
💐ضمن قدردانی از حضور سروران گرامی
🌺تقاضا میشود جهت هر چه بهتر شدن این مجموعه و ارتقای سطح کیفی کانال
🌹 مطالب ارزشمند خود را در زمینه بیوانفورماتیک و محاسبات زیستی به آدرس مدیر کانال：
@ammar_mohseni
ارسال نموده تا در معرض دید عموم قرار بگیرد.
💐 با توجه به اینکه این کانال سعی دارد که نرم افزارهای خوب در زمینه زیست شناسی، علوم داروی و ... را با بهترین کیفیت آموزش دهد، لطفا جهت بالا رفتن کیفیت کار و همچنین افزایش انگیزه مدیران، آدرس کانال را به دوستان خود معرفی فرمایید.
با تشکر
🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺
@computational_science
💐ضمن قدردانی از حضور سروران گرامی
🌺تقاضا میشود جهت هر چه بهتر شدن این مجموعه و ارتقای سطح کیفی کانال
🌹 مطالب ارزشمند خود را در زمینه بیوانفورماتیک و محاسبات زیستی به آدرس مدیر کانال：
@ammar_mohseni
ارسال نموده تا در معرض دید عموم قرار بگیرد.
💐 با توجه به اینکه این کانال سعی دارد که نرم افزارهای خوب در زمینه زیست شناسی، علوم داروی و ... را با بهترین کیفیت آموزش دهد، لطفا جهت بالا رفتن کیفیت کار و همچنین افزایش انگیزه مدیران، آدرس کانال را به دوستان خود معرفی فرمایید.
با تشکر
🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺🌺
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
سرور findmod tools یکی از سرورهای مناسب جهت پیش بینی پتانسیل تغییرات پس از ترجمه پروتئین می باشد. با استفاده از این سرور می توان جایگاه هایی از پروتئین را که قابلیت تغییرات پس از ترجمه را دارند مشخص کرد. این سرور با آدرس اینترنتی زیر قابل دسترسی می باشد.
http://web.expasy.org/findmod/
@computational_science
سرور findmod tools یکی از سرورهای مناسب جهت پیش بینی پتانسیل تغییرات پس از ترجمه پروتئین می باشد. با استفاده از این سرور می توان جایگاه هایی از پروتئین را که قابلیت تغییرات پس از ترجمه را دارند مشخص کرد. این سرور با آدرس اینترنتی زیر قابل دسترسی می باشد.
http://web.expasy.org/findmod/
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
جهت طراحی پرایمر سرورهای آنلاین و نرم افزارهای زیادی وجود دارند که استفاده از آنها صرفا نیاز به شناخت خود خصوصیات پرایمر دارد. و در کل همه سرورها و نرم افزارها تقریبا از یک سری قوانین و الگوریتم های استفاده می کنند. یکی از نرم افزارهای آنلاین مفید در این زمینه سرور primer3 می باشد که با آدرس زیر قابل دسترسی است.
http://simgene.com/Primer3
@computational_science
جهت طراحی پرایمر سرورهای آنلاین و نرم افزارهای زیادی وجود دارند که استفاده از آنها صرفا نیاز به شناخت خود خصوصیات پرایمر دارد. و در کل همه سرورها و نرم افزارها تقریبا از یک سری قوانین و الگوریتم های استفاده می کنند. یکی از نرم افزارهای آنلاین مفید در این زمینه سرور primer3 می باشد که با آدرس زیر قابل دسترسی است.
http://simgene.com/Primer3
@computational_science
با توجه به اینکه چهارشنبه روز قبل از کارگاه مصادف با ۲۲ بهمن بوده و تعطیل می باشد٬ بنا به درخواست عده ای از دوستان مبنی بر احتمال مسافرت در روزهای تعطیل٬ کارگاه گرومکس از روز ۲۳ بهمن به روز ۳۰ بهمن منتقل می شود.پوستر کارگاه تا ساعاتی دیگر بارگذاری خواهد شد.
#نرم_افزارهای_مفید
مشخص کردن ویژگی های پروتئین ها مانند وزن مولکولی، نقطه ایزوالکتریک و ترکیب آمینواسیدی در مراحل تخلیص و آنالیز پروتئین مورد نظر در آزمایشگاه مفید بوده و بازده کار را بالا می برد. سرورهای مختلفی برای مشخص کردن این ویژگی ها ارائه شده اند که یکی از این سرورها AACompIdent می باشد که با آدرس اینترنتی زیر قابل دسترسی می باشد.
http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Leon_2003/pages/visualizacion/programas_manuales/spdbv_userguide/us.expasy.org/tools/aacomp/index.html
@computational_science
مشخص کردن ویژگی های پروتئین ها مانند وزن مولکولی، نقطه ایزوالکتریک و ترکیب آمینواسیدی در مراحل تخلیص و آنالیز پروتئین مورد نظر در آزمایشگاه مفید بوده و بازده کار را بالا می برد. سرورهای مختلفی برای مشخص کردن این ویژگی ها ارائه شده اند که یکی از این سرورها AACompIdent می باشد که با آدرس اینترنتی زیر قابل دسترسی می باشد.
http://www.pdg.cnb.uam.es/cursos/Leon_2003/pages/visualizacion/programas_manuales/spdbv_userguide/us.expasy.org/tools/aacomp/index.html
@computational_science
#نرم_افزارهای_مفید
پروتئین ها از سطوح ساختاری متفاوتی (اول، دوم، سوم، چهارم) تشکیل شده اند و هر کدام از سطوح پیچیدگی های اطلاعاتی و رمزی مخصوص به خود را دارند. بررسی مسیر فولدینگ پروتئین ها در حال حاضر یکی از دغدغه های اصلی در حوزه بیوشیمی و علی الخصوص علم زیبای مهندسی پروتئین می باشد. با توجه به اینکه بررسی تاخوردگی (فولدینگ) در پروتئین های بزرگتر در حوزه محاسباتی کار سخت و زمان بر می باشد به همین دلیل سرورها و نرم افزارهای متفاوتی ارائه شده اند که بدون طی کردن مسیر فولدینگ سطوح ساختاری مختلف را پیش بینی کنند. یکی از مهمترین سطوح ساختاری، ساختارهای ثانویه می باشد که از مارپیچ های آلفا، صفحات بتا و ... تشکیل شده اند و از تجمع آنها ساختار سوم تشکیل می شوند. جهت پیش بینی ساختار دوم سرورها و نرم افزارهای متفاوتی وجود دارد و همینطور برای ساختار سوم از روش مدلسازی مقایسه ای استفاده می شود. یکی از سرورهایی که در اینجا معرفی می شود و جهت پیش بینی ساختار دوم می باشد. این سرور از الگوریتم jnet (که یکی از الگوریتم های مناسب در پیش بینی ساختار دوم می باشد) استفاده می کند. جهت دسترسی به این سرور می توانید از لینک زیر استفاده کنید.
http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred4/index.html
« با فوروارد کردن این مطالب مفید کانال ما را به دوستانتان معرفی کنید.»
@computational_science
پروتئین ها از سطوح ساختاری متفاوتی (اول، دوم، سوم، چهارم) تشکیل شده اند و هر کدام از سطوح پیچیدگی های اطلاعاتی و رمزی مخصوص به خود را دارند. بررسی مسیر فولدینگ پروتئین ها در حال حاضر یکی از دغدغه های اصلی در حوزه بیوشیمی و علی الخصوص علم زیبای مهندسی پروتئین می باشد. با توجه به اینکه بررسی تاخوردگی (فولدینگ) در پروتئین های بزرگتر در حوزه محاسباتی کار سخت و زمان بر می باشد به همین دلیل سرورها و نرم افزارهای متفاوتی ارائه شده اند که بدون طی کردن مسیر فولدینگ سطوح ساختاری مختلف را پیش بینی کنند. یکی از مهمترین سطوح ساختاری، ساختارهای ثانویه می باشد که از مارپیچ های آلفا، صفحات بتا و ... تشکیل شده اند و از تجمع آنها ساختار سوم تشکیل می شوند. جهت پیش بینی ساختار دوم سرورها و نرم افزارهای متفاوتی وجود دارد و همینطور برای ساختار سوم از روش مدلسازی مقایسه ای استفاده می شود. یکی از سرورهایی که در اینجا معرفی می شود و جهت پیش بینی ساختار دوم می باشد. این سرور از الگوریتم jnet (که یکی از الگوریتم های مناسب در پیش بینی ساختار دوم می باشد) استفاده می کند. جهت دسترسی به این سرور می توانید از لینک زیر استفاده کنید.
http://www.compbio.dundee.ac.uk/jpred4/index.html
« با فوروارد کردن این مطالب مفید کانال ما را به دوستانتان معرفی کنید.»
@computational_science
#اخبار
مطالعات بیوانفورماتیکی در حال حاضر روی چه سیستم هایی متمرکز شده است؟
مطالعات بیوانفورماتیکی در مهندسی پزشکی و همچنین در حوزه computational medicine به طور اساسی روی آنالیز داده های سلولی بدست آمده -جهت بررسی مکانیزم رفتاری آنها- تمرکز کرده اند. در توضیح این جمله می توان گفت که در حال حاضر تحقیقات پزشکی به سمتی پیش می روند که بتوانند مکانیسم تشکیل یک بیماری را از طریق بررسی ارتباطات مولکولی مورد مطالعه قرار دهند. برای مثال یکی از تحقیقات، بررسی میزان Mrna موجود در ریزآرایه های ژنی جهت بدست آوردن دید کلی نسبت به فعالیت های سلولی می باشد. در این تحقیق از طریق بررسی سطوح بیان همزمان هزاران ژن به اطلاعات رفتاری مناسبی در مورد سلول دست پیدا می کنند. به طور مشابه، روش های جدیدی جهت اندازه گیری سطح بیان پروتئین ها در سلول ها و بافت ها و همینطور بررسی الگوهای میانکنش پروتئین-پروتئین استفاده می شود که منبع اطلاعاتی مناسبی را جهت یادگیری مکانیسم تشکیل یک بیماری در اختیار محققان قرار می دهند. علم بیوانفورماتیک و حوزه های پزشکی مربوطه در حال حاضر روی روش های جدیدی متمرکز شده اند که بتوانند این داده ها را مورد آنالیز قرار دهند.
@computational_science
مطالعات بیوانفورماتیکی در حال حاضر روی چه سیستم هایی متمرکز شده است؟
مطالعات بیوانفورماتیکی در مهندسی پزشکی و همچنین در حوزه computational medicine به طور اساسی روی آنالیز داده های سلولی بدست آمده -جهت بررسی مکانیزم رفتاری آنها- تمرکز کرده اند. در توضیح این جمله می توان گفت که در حال حاضر تحقیقات پزشکی به سمتی پیش می روند که بتوانند مکانیسم تشکیل یک بیماری را از طریق بررسی ارتباطات مولکولی مورد مطالعه قرار دهند. برای مثال یکی از تحقیقات، بررسی میزان Mrna موجود در ریزآرایه های ژنی جهت بدست آوردن دید کلی نسبت به فعالیت های سلولی می باشد. در این تحقیق از طریق بررسی سطوح بیان همزمان هزاران ژن به اطلاعات رفتاری مناسبی در مورد سلول دست پیدا می کنند. به طور مشابه، روش های جدیدی جهت اندازه گیری سطح بیان پروتئین ها در سلول ها و بافت ها و همینطور بررسی الگوهای میانکنش پروتئین-پروتئین استفاده می شود که منبع اطلاعاتی مناسبی را جهت یادگیری مکانیسم تشکیل یک بیماری در اختیار محققان قرار می دهند. علم بیوانفورماتیک و حوزه های پزشکی مربوطه در حال حاضر روی روش های جدیدی متمرکز شده اند که بتوانند این داده ها را مورد آنالیز قرار دهند.
@computational_science
بررسی نفوذ دارو در داخل پروتئین از طریق شبیه سازی دینامیک مولکولی در ویدئو زیر: