Molekulyar dinamikani atroflicha o'rganish uchun adabiyotlar. Keyingi darsimizda GROMACS program packagida amaliy mashqlar bajaramiz.

Har bir sohada Ingliz tilini bilish zamon talabiga aylandi. Raqobatbardosh kadr bo'lish uchun tilni o'rni muhim. BBC science podcastlari tilni o'rganish hamda fandagi muhim yangiliklardan xabardor bo'lish uchun juda yaxshi manba hisoblanadi. TV ko'rmiyman, asosan fandagi yangiliklarni sport bilan shug'ullanayotganda BBC podcastlaridan muntazam eshitib boraman. Jurnalistlar dunyoga mashxur olimlardan intervyu oladi va ommabop qilib tinglovchilarga tushuntirib beradi. Qolaversa chet elga chiqqaningizda turli xil aksentlar bilan to'qnash kelasiz. Poscastni eshitish esa asta-sekinlik bilan turli aksentlarni tushunishni osonlashtiradi. (Professor Saiful Islam talks to Jim Al-Khalili about his life and work studying the materials that make renewable energy possible.)

Xujayra memranasida lipidlarni flip-flop harakatini tadqiq qilish membranada ro'y berayotgan hodisalarni chuqur o'rganishga yordam beradi. Maqola uchun link: https://onlinelibrary.wiley.com/doi/full/10.1002/ppap.201700013

Tokyo Texnologiya Instituti olimlari ammoniyani 50C da katalizatorlar yordamida sintez qilish usulini kashf qilishibdi. Maqola Nature Communications jurnalida chop etilgan. Qo'shimcha ma'lumot uchun: https://phys.org/news/2020-04-fueling-world-sustainably-ammonia-energy.html

Dars 6: GROMACS yordamida suvni modellashtirish /Modeling of water using GROMACS.

Modellashtirish uchun fayllar to'plami. my_init faylda foydalanilgan komandalar ko'rsatib o'tilgan. Turli temperaturalarda 280, 290, 300, 310, 320 K NPT ansambldan foydalanib modellashtirib ko'ring va suv zichligini hidoblab ko'ring. qo'shimca o'qish uchun linklar: http://www1.lsbu.ac.uk/water/water_models.html https://en.wikipedia.org/wiki/Water_model

Fannig turli sohalaridan xabardor bo'lishni hohlaysizmi? Navbatdagi podcast: The Naked Scientists discuss climate change, type 1 diabetes, packed lunches and origami.

Hamkasbim Umedjon Khalilov o'zbek tilida yozilgan ajoyib kitobni tavsiya qildilar: Nanozarralar fizikasi, kimyosi va texnologiyalari". Kanalimiz qatnashchilari o'qib chiqsa, fan va texnologiyalarning zamonaviy yo'nalishlar haqida bilimlarini boyitib oladi.

Dars 6-davomi: GROMACS: model sistemaga ionlar qo’shish. Gromacs bazasida boshqa ionlar ham mavjud. Quydagi komandani yozib bazadagi barcha ionlarni ko'rishingiz mumkin:
vi /usr/share/gromacs/top/oplsaa.ff/ions.itp
Qo'shimcha mashq uchun: sistemaga boshqa turdagi ionlarni qo'shib modellashtirib ko'ring. Batafsil ma'lumot GROMACS manualida keltirilgan.

Melburndagi tadqiqotchilar ko'krak bezi saratoni bo'yicha sut ishlab chiqaradigan va tashiladigan joylarni, shuningdek ko'krak saratoni paydo bo'ladigan sohalarni tartibga solib, ko'krak to'qimasini sog'lom saqlashga yordam beradigan yangi immunitet hujayrasini topdilar. Maqola "Nature Cell Biology" jurnalida chop etildi. Batafsil: https://medicalxpress.com/news/2020-04-immune-cell-breast-ducts.html

Dars 6 Davomi: GROMACS: model sistemani analiz qilish uchun index fayldan foydalanish.

Yaponiyalik olimlar diatomic carbon (C2) ni xona tempreturasida sintez qilishdi. Maqola Nature Communications jurnalida chop etildi: https://www.nature.com/articles/s41467-020-16025-x

2019 yilgi Fiziologiya yoki Tibbiyot bo'yicha Nobel mukofoti sovrindori Sir Peter Ratcliffe, Jimga tanamizni kislorodning past darajasiga moslashishga imkon beradigan molekulyar o’zgarishni qanday kashf qilganligini aytib beradi.
Sir Peter Ratcliffe, winner of 2019's Nobel Prize for Physiology or Medicine, tells Jim how he uncovered the molecular switch allowing our bodies to adapt to low levels of oxygen.

Dunyo rivojlanish bosqichlarida insoniyat turli muammolarga duch keladi. Muammolarga yechim topish o'z navbatida fanda turli yangi yo'nalishlar vujudga kelishiga sabab bo'ladi. Vaqt o'tishi bilan ilmiy faoliyatda ham sohani o'zgartirishga ehtiyoj tug'ilishi mumkin. Shunday ekan bir sohadan boshqasiga o'tish va qisqa muddatda yangi sohaga moslashish uchun nimalar qilish kerak?

Ko'pfunksiyali polimerlarni biologik va tibbiy maqsadlarda foydalanish haqida review maqola: https://www.nature.com/articles/s41570-020-0180-5

Yuqoridagi video kichik hajmda.

Maqolalar ko'chirib olish uchun, Sci-Hub sayti. Maqolalarni DOI nomeri yoki internet linkini berish yetarli: https://sci-hub.tw/

Reaktiv kislorod va azot zarralarini cytoglobin (Cygb) strukturasi va funksiyasiga ta'siri. (Globin oqsillar oilasiga kiruvchi cytoglobinni eksperiment va modellashtirish yordamida tadqiq qilganmiz. Maqola uchun link: https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2213231718304658). Avval ta'kidlab o'tganimdek saraton xujayralarida reaktiv zarralar konsentratsiyasi yuqori bo'ladi, tashqaridan Cygb xujayraga kiritilsa, yoki Cygb ishlab chiqaradigan gen yuborilsa saraton xujayradagi reaktiv zarralarni tozalashga va saraton xujayrasini rivojlanishini to'xtatishga yordam beradi.

Reja bilan ishlashni afzalliklari / Advantages of working with a plan. Xaftalik rejalarimdan biri:
Weekly plan.
1. Check simulation results of CD47-SIRPa proteins
2. Prepare other simulation systems for the umbrella sampling (US)
3. Prepare oxidized fibers for the US simulations
4. Prepare informative video about biomedicine
5. Presentation of my activity; short introduction
6. Lesson 3 visualization techniques (mutation, change view, capture, video)
7. Public information for kun.uz about computer simulation and my activity

Navbatdagi qiziq podcast. Chuqur uyquda bo'lish (hibernation) gallaktikalararo sayohat qilishga yordam beradimi? Olimlar Alyaskada yashovchi olmaxonni uyqudagi holatini o'rganib muammoga yechim topishmoqchi. Dunyoqarashimizni keygaytirishda va fan yangiliklari bilan tanishishda davom etamiz.

Science fiction is full of people settling on distant planets. But even the closest stars would take millennia to reach with current speeds of travel, by the time any passengers reached an extra solar planet, they would be long dead. So CrowdScience listener Balaji asked us to find out whether humans could hibernate for interstellar travel?