Kompyuterda modellashtirish haqida.
Hisoblash tadqiqotlari g'oyalar/nazariyalar va haqiqiy tajriba o'rtasidagi ko'prikdir. Hisoblash va ma'lumotlarga asoslangan fan, tadqiqotning uchinchi ustuni sifatida nazariya va eksperiment bilan bir qatorda ta'limning barcha sohalarini, ilmiy izlanishlarni, ishlab chiqarish amaliyotini, shuningdek, mahalliy va jahon iqtisodiyotini tubdan o'zgartirish uchun potensialga ega.
Kompyuter modellari sistemaning tabiatini o'ziga xos turli xil kombinatsion matematik modellarga asoslangan yaqinlashuvlar yordamida tasvirlab beradi. O'tgan asrda kompyuterda modellashtirishning roli zamonaviy fanning deyarli barcha sohalarida rivojlanishning ajralmas qismiga aylandi. Kompyuter simulyatsiyalari fizika, astrofizika, klimatologiya, kimyo, biologiya, iqtisodiyot, ijtimoiy fanlar va muhandislik sohasidagi sistemalar matematik modellashtirish uchun kuchli vositaga aylandi. U yangi texnologiyalarni o'rganish va yangi tushunchalar olish, shuningdek, analitik yechimlar uchun juda murakkab tizimlarning ish faoliyatini baholash uchun ishlatiladi.
Simulyatsiyadan sistemalar va ularning tabiatini, ya'ni zamonaviy texnologiyalar yordamida erishib bo'lmaydigan nanoo’lchamdagi aniqlik bilan tushunish uchun foydalanish mumkin. Agar bizda ba'zi sistemalarning eksperimental kuzatish asosida qanday harakat qilishini aytib beradigan ma'lumotlar mavjud bo'lsa, biz ushbu hodisalar qanday sodir bo'lganligi haqidagi savollarga javob berish uchun kompyuter simulyatsiyasidan foydalanishimiz mumkin. Bu esa o’z navbatida sistemalarni optimal boshqarish imkonini beradi.
Hisoblash tadqiqotlari g'oyalar/nazariyalar va haqiqiy tajriba o'rtasidagi ko'prikdir. Hisoblash va ma'lumotlarga asoslangan fan, tadqiqotning uchinchi ustuni sifatida nazariya va eksperiment bilan bir qatorda ta'limning barcha sohalarini, ilmiy izlanishlarni, ishlab chiqarish amaliyotini, shuningdek, mahalliy va jahon iqtisodiyotini tubdan o'zgartirish uchun potensialga ega.
Kompyuter modellari sistemaning tabiatini o'ziga xos turli xil kombinatsion matematik modellarga asoslangan yaqinlashuvlar yordamida tasvirlab beradi. O'tgan asrda kompyuterda modellashtirishning roli zamonaviy fanning deyarli barcha sohalarida rivojlanishning ajralmas qismiga aylandi. Kompyuter simulyatsiyalari fizika, astrofizika, klimatologiya, kimyo, biologiya, iqtisodiyot, ijtimoiy fanlar va muhandislik sohasidagi sistemalar matematik modellashtirish uchun kuchli vositaga aylandi. U yangi texnologiyalarni o'rganish va yangi tushunchalar olish, shuningdek, analitik yechimlar uchun juda murakkab tizimlarning ish faoliyatini baholash uchun ishlatiladi.
Simulyatsiyadan sistemalar va ularning tabiatini, ya'ni zamonaviy texnologiyalar yordamida erishib bo'lmaydigan nanoo’lchamdagi aniqlik bilan tushunish uchun foydalanish mumkin. Agar bizda ba'zi sistemalarning eksperimental kuzatish asosida qanday harakat qilishini aytib beradigan ma'lumotlar mavjud bo'lsa, biz ushbu hodisalar qanday sodir bo'lganligi haqidagi savollarga javob berish uchun kompyuter simulyatsiyasidan foydalanishimiz mumkin. Bu esa o’z navbatida sistemalarni optimal boshqarish imkonini beradi.
Kursni o’qitish uchun mavzular:
1. Kompyuterda modellari va modellashtirishni fandagi va hayotimizdagi o’rni / Computer models and their application in science as well as in our lives
2. Ilmiy modellashtirish uchun Linux (ubuntu) operatsion sistemasi / Scientific modeling in Linux (Ubuntu) operating system
3. Linuxda vim/gedit/kate muharrirlari bilan ishlash. Sed va awk komandalaridan faylni tahrirlashda foydalanish / Training with vim/gedit/kate file editors. Application of sed and awk commands in editing of files
4. Vizuallashtirish dasturlari (Pymol; VMD) / Visualizing Software (Pymol; VMD)
5. Molekulyar dinamika haqida ma’lumotlar / MD basics
6. Potensital energiya funksiyalari / Potential energy functions
7. Barcha atom, birlashgan atom va yirik-dona atomlarni o’zaro ta’sirlashuv potensiallari parametrlari / All-atom, united atom and coarse grained force field parameters
8. Integratsion algoritmlar; Temperaturani boshqarish; Chegaraviy shartlar / Integration algorithms; Temperature control; Boundary conditions
9. MD uchun GROMACS programmasi / GROMACS program package in MD simulations
10. Sistemani ishga tushirish va turg’in holatga keltirish / Initialization and Equilibrium
11. Sistemalarni turli xil paramertlarini hisoblash / Calculation of various parameters of the system.
12. Erkin energiyani hisoblash (metan molekulasi misolida) / Free Energy of Solvation (e.g., methane)
13. Ikki fazali sistemalar (siklogeksan va suv)/ Biphasic systems (cyclohexane and water)
14. Phospholipid membranalar / Phospholipid membranes
15. Lyzoferment suvda (oqsilni suvda ionlar bilan modellashtirish) /Lysozyme in water
16. Oqsillarni kichik molekulalar yordamida bog’lanish mumkin bo’lgan tomonlarini aniqlash (FTSite server yordamida) / Predicting potential biding hot spots of proteins (by means of FTSite server)
17. Membranada joylashgan turli xil finksiyali oqsillar / Transmembrane proteins
18. KALP15 oqsili DPPC membranada / KALP15 in DPPC membrane
19. Umbrella namunalash yordamida bog’lanish erkin energiyasini baholash / Estimation of binding free energy using umbrella sampling
20. Turli xil sistemalarni global minimum energiyali holatini aniqlash uchun replika almashunuv molekulyar dinamikasi / Defining the global energy minimum applying the replica exchange molecular dynamics
21. Saratonni davolash uchun sovuq plazma: xujayra membranasidan reaktivi kislorod va azot zarralari (RKAZ) qanday o’tadi? Kompyuter modellariga asoslangan javoblar / Cold plasma for cancer treatment: How can RONS penetrate through the cell membrane? Answers from computer modeling.
22. Saratonni davolashda immunoterapiya: saraton hujayralarini ochib berishda RKAZning ta'siri / Immunotherapy in cancer treatment: the effect of RONS in unmasking cancer cells
23. Zamonaviy muammolar va ularning yechimi / Modern problems and their solutions
1. Kompyuterda modellari va modellashtirishni fandagi va hayotimizdagi o’rni / Computer models and their application in science as well as in our lives
2. Ilmiy modellashtirish uchun Linux (ubuntu) operatsion sistemasi / Scientific modeling in Linux (Ubuntu) operating system
3. Linuxda vim/gedit/kate muharrirlari bilan ishlash. Sed va awk komandalaridan faylni tahrirlashda foydalanish / Training with vim/gedit/kate file editors. Application of sed and awk commands in editing of files
4. Vizuallashtirish dasturlari (Pymol; VMD) / Visualizing Software (Pymol; VMD)
5. Molekulyar dinamika haqida ma’lumotlar / MD basics
6. Potensital energiya funksiyalari / Potential energy functions
7. Barcha atom, birlashgan atom va yirik-dona atomlarni o’zaro ta’sirlashuv potensiallari parametrlari / All-atom, united atom and coarse grained force field parameters
8. Integratsion algoritmlar; Temperaturani boshqarish; Chegaraviy shartlar / Integration algorithms; Temperature control; Boundary conditions
9. MD uchun GROMACS programmasi / GROMACS program package in MD simulations
10. Sistemani ishga tushirish va turg’in holatga keltirish / Initialization and Equilibrium
11. Sistemalarni turli xil paramertlarini hisoblash / Calculation of various parameters of the system.
12. Erkin energiyani hisoblash (metan molekulasi misolida) / Free Energy of Solvation (e.g., methane)
13. Ikki fazali sistemalar (siklogeksan va suv)/ Biphasic systems (cyclohexane and water)
14. Phospholipid membranalar / Phospholipid membranes
15. Lyzoferment suvda (oqsilni suvda ionlar bilan modellashtirish) /Lysozyme in water
16. Oqsillarni kichik molekulalar yordamida bog’lanish mumkin bo’lgan tomonlarini aniqlash (FTSite server yordamida) / Predicting potential biding hot spots of proteins (by means of FTSite server)
17. Membranada joylashgan turli xil finksiyali oqsillar / Transmembrane proteins
18. KALP15 oqsili DPPC membranada / KALP15 in DPPC membrane
19. Umbrella namunalash yordamida bog’lanish erkin energiyasini baholash / Estimation of binding free energy using umbrella sampling
20. Turli xil sistemalarni global minimum energiyali holatini aniqlash uchun replika almashunuv molekulyar dinamikasi / Defining the global energy minimum applying the replica exchange molecular dynamics
21. Saratonni davolash uchun sovuq plazma: xujayra membranasidan reaktivi kislorod va azot zarralari (RKAZ) qanday o’tadi? Kompyuter modellariga asoslangan javoblar / Cold plasma for cancer treatment: How can RONS penetrate through the cell membrane? Answers from computer modeling.
22. Saratonni davolashda immunoterapiya: saraton hujayralarini ochib berishda RKAZning ta'siri / Immunotherapy in cancer treatment: the effect of RONS in unmasking cancer cells
23. Zamonaviy muammolar va ularning yechimi / Modern problems and their solutions
CV_Jamoliddin_Razzokov.pdf
521.8 KB
Hurmatli kanal ishtirokchilari ushbu xujjatda kanal admini haqida to'liq ma'lumot keltirilgan. Taklif, savol va hamkorlik uchun Gmail pochtaga xat yozishingiz mumkin.
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Bugun birinchi video darslarimiz bo'lib o'tdi. Kompyuter modellari va modellashtirishni fandagi va hayotimizdagi o’rni.
Ushbu kanaldan tashqari gruppa ham tashkil qilindi. Qiziqtirgan savollar bo'lsa so'rashingiz mumkin.
https://t.me/joinchat/Dgc3AxbughAOM9jyC_fP3w
https://t.me/joinchat/Dgc3AxbughAOM9jyC_fP3w
kompyuterda_modellashtirish_material.rar
242.8 MB
O'quv kurslarimiz davomida zarur bo'ladigan kitob va qo'llanmalar to'plami. Har bir dars uchun o'qish kerak bo'lgan kitoblarni nomlarini yozib boraman. O'zaro tanishlar bo'lsa bir kishi ko'chirib olib qolganlarga berishi mumkin.
ubuntu_installation.pdf
829.4 KB
2-darsimiz uchun zarur bo'ladigan Linux Ubuntu operatsion sistemasi va uni kompyuterga o'rnatish ketma-ketligi keltirib o'tilgan. O'rnatishga urinib ko'ring, savollar bo'lsa gruppaga murojaat qilasiz. Sistema o'rnatilganligi haqida ham xabar berib qoying.
Ubuntu operatsion sistemani 4 xil o'rnatish varianti bor, o'zizini ehtiyojlarizdan kelib chiqib birini tanlang. 1. Diskni to'liq ochirib tashlab Ubuntu o'rnatish. 2. Windows bilan birgalikda (yonma-yon) o'rnatish. Kompyuterni ishga tushirganizda sistemalardan birini tanlash imkonini beradi (yuqoridagi PDF faylda ketma-ketlik keltirilgan). 3. VMware player yordamida windows ichida o'rnatish. Bu variantni tanlamoqchi bo'lsangiz CPU i7 core, 8Gb RAM bo'lgani yaxshi. Windowsga 4 yadro/4 Gb RAM va Ubuntuga 4 yadro/4Gb RAM berib Ubuntuni Windows ichida ishlatasiz. 4. Avval windowsda alohida disk ajratib olib keyin, osha diskka Ubuntu ni o'rnatasiz.
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Yuqoridagi videoni kichikroq hajmdagi varianti
professorlarga yozilgan xatlar.pdf
233.1 KB
Yozgan xatlarimni o'qib tanishib chiqishingiz uchun yuklamoqdaman.
Computer_simulations_Uz
kompyuterda_modellashtirish_material.rar
Kursimiz materiallari ichida DesktopCourseStudentGuide.pdf fayl bor. Ubuntu sistemani o'rnataolganlar bo'lsa shu kitobni o'qib sistema haqida qo'shimcha ma'lumotlar olishi mumkin. Shanba kungi darsimizda sistema haqida to'liqroq tushunchalar beraman.
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Dars 2: Ilmiy modellashtirish uchun Linux (ubuntu) operatsion sistemasi / Scientific modeling in Linux (Ubuntu) operating system