Computer_simulations_Uz
548 subscribers
632 photos
93 videos
96 files
485 links
Ushbu kanal talabalarda kompyuterda modellashtirish ko’nikmalarini hosil qilish va kelajakda sohada yetuk kadrlar tayyorlashni maqsad qilgan.
Download Telegram
[UZ] "Plazma qishloq xo'jaligi - kompyuter simulyatsiyasi yordamida fundamental tadqiqotlar" bo'yicha loyihamiz 2021 yilda muvaffaqiyatli moliyalashtirildi! 🎉

Loyihamizning rejasiga muvofiq, Materialshunoslik institutida modellashtirish guruhimizni tashkil qildik. Biz bu jamoani “Fanlararo kompyuter modellashtirish guruhi” deb nomlaganmiz. 💻🔬

Bizning guruhimiz hujayralardagi molekulyar darajadagi mexanizmlarni, masalan, membrana o'tkazuvchanligi, oqsil-oqsil bilan bog'lanish, oqsil-dori ta'siri va oqsil-DNK o'zaro ta'sirini o'rganishga bag'ishlangan. Bundan tashqari, biz molekulyar dinamika va zichlik funktsional nazariyasi kabi ilg'or usullardan foydalangan holda moddaning turli xossalarini, jumladan bionanosensorlar va fotokatalizatorlarni o'rganamiz.

Hamkorlik bizning tadqiqotimizning asosiy falsafasidir va biz turli fanlardan boshqa tadqiqotchilar, olimlar va muassasalar bilan hamkorlik qilshga tayyormiz. Birgalikda biz ilm-fanning sirli olamiga chuqurroq kirib borishimiz mumkin.

Agar siz biz bilan hamkorlik qilishni xohlasangiz yoki davom etayotgan tadqiqotlarimiz haqida ko'proq ma'lumot olishni istasangiz, biz bilan bog'laning. Keling, kuchlarni birlashtiraylik va tadqiqot darajasini oshiraylik!
[EN] Our project on "Plasma Agriculture - fundamental studies by computer simulations" was successfully funded in 2021! 🎉

In line with our project goals, we have established our modeling group at the Institute of Material Sciences. We have named this team the "Interdisciplinary Computer Modeling Group." 💻🔬

Our group is dedicated to unraveling the molecular-level mechanisms occurring within living cells, such as membrane permeability, protein-protein binding, protein-drug interactions, and protein-DNA interactions. In addition, we explore various aspects of material sciences, including bionanosensors and photocatalysts, using cutting-edge techniques such as molecular dynamics and density functional theory.

Collaboration is our main research philosophy, and we warmly welcome partnerships with fellow researchers, scientists, and institutions from diverse disciplines. Together, we can delve deeper into the fascinating world of science.

If you are interested in collaborating with us or would like to learn more about our ongoing research, please don't hesitate to reach out. Let's join forces and make the world of research better!
Media is too big
VIEW IN TELEGRAM
Dars 16: Mesitilen (1,3,5-trimetilbenzol - ham deb ataladi) bu gidrofob modda. Suv bilan fazaviy ajralishini modellashtirish yordamida tadqiq qilish. ATB (automatic topology builder - https://atb.uq.edu.au/) - MD uchun force field parametrlarni hosil qilib beradi. Serverdan foydalanish uchun ro'yxatdan o'tish kerak. ATB server bazasidagi hamma molekulalarni ta'sir potensiallarini tog'ridan to'g'ri olib foydalanib bo'lmaydi. Molekulalarni izlab topganizda Termodynamic Integration method bilan erkin energiyasini hisoblab qo'yganlari bor. Siz tajribada hisoblangan Gibbs energiyasi bilan solishtirib ko'rasiz, qay biriniki yaqin bo'lsa modellashtirish uchun aynan o'sha parametrlarni foydalanasiz. Shunda modellashtirish natijalari aniqroq chiqadi. Username: m.maxkamov@imssolar.uz; Password: Sho2hdDS
[UZ] Bugun O'simlik moddalari kimyosi institutida "Hujayra darajasidagi molekulyar mexanizmlarni tushunish uchun kompyuter simulyatsiyalaridam foydalanish" mavzusida ma'ruza qilish imkoniga ega bo'ldim! Tadqiqotchilar o‘z qiziqishlarini bildirganlari va ko‘plab savollar berishganidan hamda ijobiy javob olganimdan juda xursandman. Suhbatdan so‘ng Azimova Shaxnoz Sadikovnaning guruh a’zolari bilan kelgusida turli birikmalarni ajratib olib, hujayra hayotiyligini sinovdan o‘tkazgan laboratoriya xodimlari bilan hamkorlik qilish imkoniyatlarini muhokama qildik. Ba'zi birikmalar saraton hujayralariga qarshi juda yaxshi natijalarni ko'rsatgan, ammo aniq mexanizmlarni aniqlash uchun hali ko'p ish qilishimiz kerak. Umid qilamizki, hamkorligimiz samarali bo'ladi!
[EN] Today, I had the opportunity to give a talk at the Institute of the Chemistry of Plant Substances on "The Power of Computer Simulations to Understand the Molecular Level Mechanisms that Occur at the Cellular Level" and it was amazing! I'm thrilled to have received such a positive response from the audience, including researchers expressing their interest and asking many questions. After the talk, we discussed possible future collaboration with the lab members of Azimova Shaxnoz Sadikovna, who have extracted various compounds and tested them for cell viability. Some of the compounds showed promising results against cancer cell lines, but we still have a lot of work to do to reveal the exact mechanisms behind this. Hopefully, our collaboration will be fruitful!
#Science #CancerResearch #Collaboration
[UZ] 🔬🖥 Kompyuter simulyatsiyalari yordamida hayot sirlarini o'rganish! 🔬🖥
Kompyuter simulyatsiyalari bizning hujayralarimizda sodir bo'ladigan murakkab biofizik va biokimyoviy jarayonlar haqidagi tushunchamizda inqilob qilganini bilasizmi? 🧬
Ilmiy tadqiqotlarning maftunkor dunyosida kompyuter modellashtirish hayot sirlarini ochishda hal qiluvchi rol o'ynaydi. 🌱 Keling, kompyuter simulyatsiyalari nima uchun bunchalik muhimligini va ular bizga nima uchun kerakligini ko'rib chiqamiz:
1️⃣ Murakkab tizimlarni tushunarliroq qildi: Hujayraning ichki ishi juda murakkab yo'llar bilan o'zaro ta'sir qiluvchi son-sanoqsiz molekulalarni o'z ichiga oladi. Kompyuter modellashtirish orqali olimlar molekulalarning qanday harakatlanishi, bog'lanishi va o'zgarishi haqida vizual va miqdoriy tushunchani ta'minlab, ushbu o'zaro ta'sirlarni simulyatsiya qilishlari mumkin. Bu molekulyar darajadagi hayotning yashirin dinamikasini ochib beradigan virtual mikroskopga o'xshaydi!
2️⃣ Ko'rinmaydigan narsalarni o'rganish: Hujayra ichida sodir bo'ladigan ko'plab jarayonlarni eksperimental kuzatish qiyin. Kompyuter simulyatsiyalari bizga bu erishib bo'lmaydigan olamlarni ko'rib chiqishga imkon beradi, bu esa oqsillarning konformatsiyasi, DNK replikatsiyasi va ferment katalizi kabi hodisalar haqida tushuncha beradi. Ushbu jarayonlarni vizualizatsiya qilish orqali biz topilmalarimizni tasdiqlash uchun muhim mexanizmlarni va dizayn tajribalarini ochishimiz mumkin.
3️⃣ Dorilarni dizaynlashda yo'l ko'rsatish: Kompyuter simulyatsiyalari yangi dori vositalarini yaratishda muhim rol o'ynaydi. Virtual skrining va molekulyar dokingi orqali olimlar potentsial dori molekulalari tanadagi aniq maqsadlar bilan qanday o'zaro ta'sir qilishini taxmin qilishlari mumkin. Bu istiqbolli nomzodlarni samarali aniqlash, dori vositalarini topish jarayonida vaqt va resurslarni tejash imkonini beradi.
4️⃣ Biologik muhandislikni optimallashtirish: Kompyuter modellari ishlab chiqilgan biologik tizimlarni loyihalash va optimallashtirishda yordam beradi. Metabolik yo'llardan to sintetik gen ketma-ketligiga qadar simulyatsiyalar ushbu murakkab tizimlarning xatti-harakatlarini bashorat qilishi mumkin, bu esa yanada samarali va ishonchli bioinjeneriya mahsulotlarini ishlab chiqishga yordam beradi.
5️⃣ Tajribalar va nazariyalarni birlashtirish: Kompyuter simulyatsiyalari eksperimental ma'lumotlar va nazariy asoslar o'rtasida ko'prik bo'lib xizmat qiladi. Eksperimental natijalarni hisoblash modellariga integratsiyalashgan holda, olimlar o'z nazariyalarini takomillashtirishlari va eksperimental ravishda sinovdan o'tkazilishi mumkin bo'lgan bashoratlarini amalga oshirishlari mumkin. Bu sinergiya ilmiy taraqqiyotni tezlashtiradi va hayot haqidagi tushunchamizni kengaytiradi.
Xulosa qilib aytganda, kompyuter simulyatsiyasi hujayralarning iishlashi haqida bilim olishga intilishda ajralmas vositaga aylandi. Ular bizga ko'rinmas narsalarni o'rganishga, murakkab narsalarni tadqiq qilishga va yangi kashfiyotlar uchun yo'l ochishga imkon beradi.
Shunday qilib, keling, kompyuter modellashtirishning kuchini va uning hayotning murakkabliklarini tushunishni rivojlantirishga qo'shgan ajoyib hissasini olqishlaylik! 🌟
[EN] 🔬🖥 Exploring the Secrets of Life with Computer Simulations! 🔬🖥
Did you know that computer simulations have revolutionized our understanding of the intricate biophysical and biochemical processes that occur within our cells? 🧬
In the fascinating world of scientific research, computer modeling plays a crucial role in unraveling the mysteries of life. 🌱 Let's delve into why computer simulations are so important and why we need them:
1️⃣ Complex Systems Made Understandable: The inner workings of a cell involve countless molecules interacting in highly complex ways. Through computer modeling, scientists can simulate these interactions, providing a visual and quantitative understanding of how molecules move, bind, and transform. It's like a virtual microscope revealing the hidden dynamics of life at the molecular level!
2️⃣ Exploring the Unseen: Many processes occurring inside a cell are challenging to observe experimentally. Computer simulations allow us to peek into these inaccessible realms, providing insights into phenomena such as protein folding, DNA replication, and enzyme catalysis. By visualizing these processes, we can uncover essential mechanisms and design experiments to validate our findings.
3️⃣ Guiding Drug Discovery: Computer simulations play a vital role in the development of new drugs. Through virtual screening and molecular docking, scientists can predict how potential drug molecules interact with specific targets in the body. This enables efficient identification of promising candidates, saving time and resources in the drug discovery process.
4️⃣ Optimizing Biological Engineering: Computer models aid in the design and optimization of engineered biological systems. From metabolic pathways to synthetic gene circuits, simulations can predict the behavior of these complex systems, guiding the construction of more efficient and reliable bioengineered products.
5️⃣ Bridging Experiments and Theory: Computer simulations serve as a bridge between experimental data and theoretical frameworks. By integrating experimental results into computational models, scientists can refine their theories and make predictions that can be tested experimentally. This synergy accelerates scientific progress and expands our understanding of life.
In a nutshell, computer simulations have become indispensable tools in the pursuit of knowledge about the inner workings of cells. They allow us to explore the invisible, decipher the intricate, and pave the way for groundbreaking discoveries.
So, let's appreciate the power of computer modeling and its incredible contributions to advancing our understanding of life's complex tapestry! 🌟
#SimulationScience #ComputationalBiology #UnravelingLife #ScientificInquiry
Genomic Innovation in Rice: Transforming Black, Brown, and Red Varieties With CRISPR
https://scitechdaily.com/genomic-innovation-in-rice-transforming-black-brown-and-red-varieties-with-crispr/
🔬 Samarali ilmiy maqola yozish sirlari 📝
Ilmiy tadqiqotlar bilan shug'ullanish - bu boshlang’ich bosqich, olingan natijalarni nashr qilish esa butunlay o’zgacha yondashuvni talab etadi. Muvaffaqiyatli ilmiy maqolani yaratish puxta tahlil hamda chuqur fikrlashni talab qiladi. Keling, ilmiy maqola yozish uchun muhim elementlarni ko'rib chiqaylik.
🔍 Batafsil tahlil: Yaxshi maqola chuqur tahlildan boshlanadi. Ma'lumotlaringizni tanqidiy baholash, mazmunli xulosalar chiqarish va olingan grafik yoki tendentsiyalarni aniqlash uchun vaqt ajrating. Topilmalaringizni tahlil qilish jozibali maqola yaratish uchun mustahkam asos bo'lib xizmat qiladi. Aynan mana shu jiddiy tahlil nufuzli ilmiy maqolaning asosini tashkil etadi.
📖 Keng qamrovli kirish: Kirish qismi juda muhim, u maqsadli ma'lumotlarni o'z ichiga olishi va jozibali bo'lishi kerak. Aniq kontekstni taqdim etishi, tadqiqot muammosini aniqlashi va uning ahamiyatini ta'kidlashi kerak. Kamida 20-30 ta oxirgi 10 yillikda chop etilgan tegishli adabiyotlardan iqtibos keltirish mavjud mavzu atrofida tushunganingizni ko'rsatadi va ishingizni kengroq ilmiy doirada taqdim etishga yordam beradi. Bu tadqiqotingiz ahamiyatini ko'rsatadi va uni ilmiy hamjamiyat orasida muhim o’ringa ko’taradi.
✅ Metodologiya: Metodologiya bo'limi tadqiqotingizda qo'llaniladigan eksperimental yoki hisoblash tartiblarini belgilaydi. Bu bo’lim batafsil va shaffof bo'lishi kerak, boshqa tadqiqotchilarga sizning ishingizni takrorlash va natijalaringizni tasdiqlash imkonini beradi. Usullaringizning aniq va qisqacha tavsiflari tadqiqotingizning takrorlanuvchanligi va ishonchliligiga hissa qo'shadi.
💡 Chuqur munozara: Muhokama boʻlimida siz oʻz xulosalaringizni sharhlaysiz, ularni oldingi tadqiqotlar bilan bogʻlaysiz va ularning oqibatlarini tushuntirasiz. Natijalaringizni mavjud adabiyotlar bilan tanqidiy tahlil qilish va solishtirish, o'xshashlik, nomuvofiqlik yoki yangi tushunchalarni ta'kidlash juda muhimdir. Mantiqiy sharhlar tadqiqotingizga qo'shimcha qiymat beradi va tadqiqot mavzusini yanada o'rganishni rag'batlantiradi.
Ba’zida, olimlar mening tajribam doirasidan tashqarida bo'lgan tadqiqot ishlarini yozishda yordam so'rashadi. Men, ularni maqolani yozishga undayman, lekin ko'pincha ko'rib chiqqach, motivatsiyam bir zumda o’ladi. Faqat 5-6 ta iqtibosdan iborat tadqiqot ishining kirish qismida zarur tahlil, taqqoslash va muhokama yetishmaydi. Mavzuning ahamiyatini tushunish qiyin bo'ladi. Bu qo'lyozmaning Scopus yoki Web of Science tomonidan indekslangan mashhur jurnallarda nashr etilish deyarli imkonsiz! Shunday qilib, ilmiy hamjamiyatni rivojlanishida hissa qo'shadigan maqolani yaratishda sinchkovlik bilan tahlil qilish muhim ahamiyatga ega.
Esda tutingki, puxta tahlil, keng qamrovli kirishni yozish, mos metodologiyani qo'llash va chuqur mulohazalar orqali siz diqqatni tortadigan va doimiy ta'sir kuchiga ega bo’lgan ajoyib ilmiy maqolani shakllantirishingiz mumkin. Natijada maqola iqtibos oladi, h-index o'sadi va olimni dunyo reytingida o’z o’rni mustahkamlashib boradi.
Keep exploring, keep writing, and let your scientific discoveries shine! ✨🔬
#ScientificWriting #ResearchPaper
Andre Geim on levitating frogs, graphene and 2D materials
BBC Radio 4
The world around us is three-dimensional. Yet, there are materials that can be regarded as two-dimensional. They are only one layer of atoms thick and have remarkable properties that are different from their three-dimensional counterparts.
Sir Andre Geim created the first-ever man-made 2D material, by isolating graphene, and is one of the pioneers in this line of research. Even beyond his Nobel Prize-winning work on graphene, he has explored new ideas in many different areas of physics throughout his career.
Andre tells Jim about his time growing up in the Soviet Union, being rejected from university based on his German ethnicity, his move to Western Europe, and levitating frogs.
Produced by Florian Bohr.
🇧🇪🤝🇺🇿 Sport madaniyatlarini solishtirish: Belgiya va O'zbekiston 🌍⚽️🏋️‍♀️‍
O'zbekistondagi vaziyatni 3 yil davomida kuzatdim va ba’zi jihatini Belgiya bilan solishtirishga qaror qildim. №1 -Sportga munosabat. Belgiyada PhD va postdok davrida 20 ta maqola chop etdim. Ayniqsa, mutlaqo yangi sohada tadqiqot qilish uchun ko’p vaqt va kuch talab etadi. Kompyuter oldida 12-15 soat vaqt o'tkazish mening kundalik ishim edi, lekin bu oson emas. PhD boshlandi, 1 oy o'tgandan so'ng, dahshatli bel og'rig'I paydo bo’ldi va o’zimni juda kuchsiz his qildim. Bunga qarshi kurashish uchun bir hafta uyda mashq qildim, ammo yordam bermadi. Keyin sport bilan shug'ullanishga qaror qildim, chunki fan bilan shug'ullanish uchun kuchli va sog'lom bo'lishim kerak. Hamkasblarimdan so'radim va ular BasicFit.ga borishni maslahat berishdi. BasicFit - bu Belgiyadagi sport markazlari tarmog'i va ulardan biri bizning kampusimizda joylashgan edi. Sport markazga bordim, xodim to'ldirish uchun bir varaq xujjat berdi. Yil davomida narxi 350 evro edi. BasicFitning kampusda joylashganligi sababli talabalar uchun chegirma berdi va 250 evro. Universitet tomonidan yana bir qism mablag’ to’lanar ekan, xullas 180 evro to'lashim kerakligini aytdi. Kalit karta rasmiylashtirdi, sug'urtaga hujjat berdi va sug'urta ham yana 30 evro qaytib berdi. Shunday qilib, men 150 yevroga (1 869 268 so'm) bir yillik abonoment sotib oldim. Kuniga bir marta kirishga ruxsat berildi. Asta-sekin sog‘ligim tiklandi va sport bilan shug‘ullanish hayotimdagi muhim mashg‘ulotga aylandi. Jismoniy kuchli bo’lishim kuniga 4 soat uxlab ishlashga yordam berdi. Ta’kidlaganimdek, hukumat pulning bir qismini to'lash orqali odamlarni sport bilan shug'ullanishga undaydi. Shuning uchun ko'pchilik ish kunidan keyin 1-2 soat vaqtini sport markazlarida o'tkazadi. Sport bilan shug'ullanishning ko'plab afzalliklari bor, masalan, immunitet tizimi yaxshi ishlaydi (5 yil davomida men hech qanday sog'liq muammosiga duch kelmadim), hatto statistik ma'lumotlar ham sport bilan shug'ullanadigan odamlar biznes vazifalarini yaxshiroq tashkil etishini, tez ishlashini va yaxshiroq strategik qarorlar qabul qilishini isbotladi. Eng muhimi, davlat aholi salomatligi haqida qayg‘uradi. O‘zbekistonga qaytib kelganimdan so‘ng yaxshi sport markazlarini topishda qiynaldim. Narx juda yuqori, oyiga 50 dan 150 dollargacha va sport markazlari ko'p emas. Ishdagi buyrokratiya vaqtimning katta qismini oladi. Oqibatda sport bilan shug‘ullanishga vaqt topa olmayman. Uyda mashqlar bajaraman, lekin sport zali butunlay boshqacha jismoniy kuch beradi. Shunday ekan, hukumatimiz qandaydir tarzda odamlarni sport bilan shug‘ullanishga undash haqida o‘ylashi kerak. Sog’lom odam kuchli jamiyatni bir bo’lagi. Imkon qadar sport bilan shug’ullanishni kunlik odatimizga aylantirishimiz kerak 💪🏋️‍♀️‍🏀⚽️.