https://mp.weixin.qq.com/s/efSK1TJ8Lm42DxGCON5iUw
自然选择让细菌演化出了抵抗病毒入侵的CRISPR系统，也让病毒演化出了抵抗CRISPR系统的手段 - 抑制CRISPR系统的作用
两类：
1. 阻止Cas酶与靶点DNA序列的结合：例如AcrIIA4（下图红色圆形）能够与Cas9酶识别靶点DNA序列的蛋白域结合，而AcrIIC3（蓝色方块）能够促使Cas9酶形成二聚体，让它们无法与靶点DNA序列结合。AcrVA1（黄色）则能够切割Cas12a酶用于辅助靶点识别的RNA序列。
2. 直接抑制Cas酶的DNA切割活性：例如AcrIIC1（橙色三角）能够通过与核酸酶蛋白域结合抑制Cas9的活性。
抗CRISPR蛋白具有以下几个优点：
具有广谱效应：很多Acr蛋白能够抑制多种Cas酶，这种广谱的活性意味着它们可以用于调节不同种天然和通过基因工程改造的CRISPR-Cas基因编辑系统。
具有多变的调节模式和特异性：目前已经发现了多种靶向同一Cas酶的Acr蛋白。它们有不同的大小，不同的抑制强度，以及不同的作用方式。因此，根据需求，研究人员可以筛选特定的Acr，或对它们进行进一步优化来达成对CRISPR系统的特异性调节。
容易使用：使用标准的分子生物学手段，Acr蛋白可以多种体外和体内系统中表达。编码这些Acr蛋白的基因序列可以与编码CRISPR-Cas系统的序列使用同样的载体递送到患者体内。
自然选择让细菌演化出了抵抗病毒入侵的CRISPR系统，也让病毒演化出了抵抗CRISPR系统的手段 - 抑制CRISPR系统的作用
两类：
1. 阻止Cas酶与靶点DNA序列的结合：例如AcrIIA4（下图红色圆形）能够与Cas9酶识别靶点DNA序列的蛋白域结合，而AcrIIC3（蓝色方块）能够促使Cas9酶形成二聚体，让它们无法与靶点DNA序列结合。AcrVA1（黄色）则能够切割Cas12a酶用于辅助靶点识别的RNA序列。
2. 直接抑制Cas酶的DNA切割活性：例如AcrIIC1（橙色三角）能够通过与核酸酶蛋白域结合抑制Cas9的活性。
抗CRISPR蛋白具有以下几个优点：
具有广谱效应：很多Acr蛋白能够抑制多种Cas酶，这种广谱的活性意味着它们可以用于调节不同种天然和通过基因工程改造的CRISPR-Cas基因编辑系统。
具有多变的调节模式和特异性：目前已经发现了多种靶向同一Cas酶的Acr蛋白。它们有不同的大小，不同的抑制强度，以及不同的作用方式。因此，根据需求，研究人员可以筛选特定的Acr，或对它们进行进一步优化来达成对CRISPR系统的特异性调节。
容易使用：使用标准的分子生物学手段，Acr蛋白可以多种体外和体内系统中表达。编码这些Acr蛋白的基因序列可以与编码CRISPR-Cas系统的序列使用同样的载体递送到患者体内。
老板：Because you have expressed interest in learning practical problem, , I am considering a mini exercise project that will probably take you a week or two to complete.
我真是能给自己找事情干啊TAT
我真是能给自己找事情干啊TAT
Supervised classification: trained with dataset with feature value and known classification - to partition the feature space in a way that separate the known classes
vs.
Unsupervised classification: trained with dataset with feature value but without know classification - find partition that result in district clusters of data points
vs.
Unsupervised classification: trained with dataset with feature value but without know classification - find partition that result in district clusters of data points
Mahalanobis distance:
1. find multivariate outliers
2. compare two dataset's similarity
https://www.youtube.com/watch?v=spNpfmWZBmg
1. find multivariate outliers
2. compare two dataset's similarity
https://www.youtube.com/watch?v=spNpfmWZBmg
YouTube
23: Mahalanobis distance
Multivariate distance with the Mahalanobis distance. Using eigenvectors and eigenvalues of a matrix to rescale variables.
你校我问到的别的美本，不管是东北的东南的中部的，手里都握着UMN的offer-bio/chem/neuroscience（但都没去），我怀疑UMN就是贵校的终极备胎
使用时空可控的光交联配体小分子探针特异性地靶向DNA G4（一种特殊的四链 DNA二级结构）并且不干扰G4-蛋白相互作用
https://mp.weixin.qq.com/s/ND0j34jwYNeSy7cR28z6yA
https://mp.weixin.qq.com/s/ND0j34jwYNeSy7cR28z6yA
https://mp.weixin.qq.com/s/-uxDWR14PPAp9AeGZDTctA
碱基编辑器的两大类是胞嘧啶碱基编辑器 (CBE)，将 C•G 转换为 T•A，以及腺嘌呤碱基编辑器 (ABE)，将 A•T 转换为 G•C。CBE 和 ABE 可以高效率和产品纯度（所有编辑的等位基因中仅包含所需编辑的部分）安装转换突变，但通常无法有效安装转换突变，包括 C•G 到 G•C。
碱基编辑器的两大类是胞嘧啶碱基编辑器 (CBE)，将 C•G 转换为 T•A，以及腺嘌呤碱基编辑器 (ABE)，将 A•T 转换为 G•C。CBE 和 ABE 可以高效率和产品纯度（所有编辑的等位基因中仅包含所需编辑的部分）安装转换突变，但通常无法有效安装转换突变，包括 C•G 到 G•C。
Image registration: is the process of transforming different sets of data into one coordinate system
https://en.wikipedia.org/wiki/Expansion_microscopy#cite_note-:0-2
Expansion microscopy (ExM) is a sample preparation tool for biological samples that allows investigators to identify small structures by expanding them using a polymer system. The premise is to introduce a polymer network into cellular or tissue samples, and then physically expand that polymer network using chemical reactions to increase the size of the biological structures. Current research allows for the expansion of samples up to 16x larger than their initial size. This technique has been found useful in various laboratory settings, such as analyzing biological molecules. ExM allows researchers to use standard equipment in identifying small structures, but requires following of procedures in order to ensure clear results.
卧槽还有这种有意思的玩意儿
Expansion microscopy (ExM) is a sample preparation tool for biological samples that allows investigators to identify small structures by expanding them using a polymer system. The premise is to introduce a polymer network into cellular or tissue samples, and then physically expand that polymer network using chemical reactions to increase the size of the biological structures. Current research allows for the expansion of samples up to 16x larger than their initial size. This technique has been found useful in various laboratory settings, such as analyzing biological molecules. ExM allows researchers to use standard equipment in identifying small structures, but requires following of procedures in order to ensure clear results.
卧槽还有这种有意思的玩意儿
Wikipedia
Expansion microscopy
utilizing polymers to examine small biological samples
pronucleus: the haploid nucleus of either the egg or sperm, both present in the fertilized egg prior to their fusion