水水的摸鱼日常
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自用mark
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菜得一逼的鶸鸡生物搬砖狗的搬砖日常
博士四年级在读 quit倒计时ing
除了生物什么都做

做过Archaea,UAA,CRISPR-Cas,evolution,microbiome,barcode,RNA regulation,imaging,dev bio

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白泽安全团队暑期课程学员招募开始了。@杨珉_复旦大学 @复旦白泽战队

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哇,这是怎么解决的脱靶
有点厉害
相分离最近也太火了吧((

生物大分子的“相变” (Phase transition) 可以在异常复杂的细胞内部形成一个个可以区分开的区室或隔间 (compartment),区室化 (compartmentalization) 就像往水里点油一样,让不同的细胞结构和元件互不干扰地工作。
单细胞测序技术的小结 - 10x genomics

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https://mp.weixin.qq.com/s/jl2I8qpSTtfIaw8K7-ggxw

为碱基转换测序设计的比对软件:HISAT-3N(感觉可以用来看DNA甲基化还不错.jpg
碱基转换测序法 (nucleotide conversion sequencing technology),是将一段遗传物质(DNA或者RNA)中的一种特定碱基转化成另一种碱基的测序方法。例如重亚硫酸盐定序(Bisulfite sequencing)就是将DNA中未被甲基化的C转化成T。
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自然选择让细菌演化出了抵抗病毒入侵的CRISPR系统,也让病毒演化出了抵抗CRISPR系统的手段 - 抑制CRISPR系统的作用
两类:
1. 阻止Cas酶与靶点DNA序列的结合:例如AcrIIA4(下图红色圆形)能够与Cas9酶识别靶点DNA序列的蛋白域结合,而AcrIIC3(蓝色方块)能够促使Cas9酶形成二聚体,让它们无法与靶点DNA序列结合。AcrVA1(黄色)则能够切割Cas12a酶用于辅助靶点识别的RNA序列。
2. 直接抑制Cas酶的DNA切割活性:例如AcrIIC1(橙色三角)能够通过与核酸酶蛋白域结合抑制Cas9的活性。

抗CRISPR蛋白具有以下几个优点:

具有广谱效应:很多Acr蛋白能够抑制多种Cas酶,这种广谱的活性意味着它们可以用于调节不同种天然和通过基因工程改造的CRISPR-Cas基因编辑系统。
具有多变的调节模式和特异性:目前已经发现了多种靶向同一Cas酶的Acr蛋白。它们有不同的大小,不同的抑制强度,以及不同的作用方式。因此,根据需求,研究人员可以筛选特定的Acr,或对它们进行进一步优化来达成对CRISPR系统的特异性调节。
容易使用:使用标准的分子生物学手段,Acr蛋白可以多种体外和体内系统中表达。编码这些Acr蛋白的基因序列可以与编码CRISPR-Cas系统的序列使用同样的载体递送到患者体内。
https://mp.weixin.qq.com/s/GKKrPqwC_vw21d7XcuaLXw

推一个新的公众号:相比起别的陈述性总结的文章,感觉更具总结性和思考性一点
lab真的什么都养啊……
老板:Because you have expressed interest in learning practical problem, , I am considering a mini exercise project that will probably take you a week or two to complete.

我真是能给自己找事情干啊TAT
Supervised classification: trained with dataset with feature value and known classification - to partition the feature space in a way that separate the known classes

vs.

Unsupervised classification: trained with dataset with feature value but without know classification - find partition that result in district clusters of data points
Euclidean geometry - 二维平面上的几何
(我还以为是什么高深玩意儿
Gaussian distribution = normal distribution
大家都很不容易啊
你校我问到的别的美本,不管是东北的东南的中部的,手里都握着UMN的offer-bio/chem/neuroscience(但都没去),我怀疑UMN就是贵校的终极备胎
david liu又发paper了…
望天
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#博士脱单有多难# 大数据告诉我们,女博士脱单后,更有利于发论文。@大熊医学杂货铺 source