Forwarded from БиоТехСинтег | Биотех-Синтеграция
💊 Макроциклические пептиды: Икотрокинра - первая таблетка против IL-23
17 марта 2026 года FDA одобрило Икотрокинру (Icotyde) - первый в мире пероральный макроциклический пептид, блокирующий рецептор интерлейкина-23 (IL-23R)
Препарат показан взрослым и подросткам с 12 лет (масса тела ≥40 кг) со среднетяжелым и тяжелым бляшечным псориазом
Икотрокинра - попадая в кровь с пикомолярной аффинностью связывается с рецептором IL-23 на Т-клетках и блокирует сигнал воспаления - так же, как инъекционные антитела (гуселькумаб, рисанкизумаб), но в форме таблетки
Клинические данные:
программа ICONIC ≈2500 пациентов
• ICONIC-LEAD (16 недель): 65% достигли IGA 0/1 (чистая/почти чистая кожа) против 8% плацебо; PASI 90 - у 50% против 4%
• ICONIC-ADVANCE 1/2: икотрокинра превзошла деукравацитиниб (Sotyktu) - 68–71% IGA 0/1 против 50-54%
• Подростки (12-17 лет): к 24 неделе 75% достигли IGA 0 (полностью чистая кожа), 63,6% - PASI 100
Профиль безопасности сопоставим с плацебо, серьезных нежелательных явлений не зарегистрировано
Почему это сдвиг парадигмы
Икотрокинра доказала, что макроциклический пептид может заменить инъекционный биопрепарат, сохранив эффективность и безопасность
Пациент получает таблетку раз в день (натощак, за 30 мин до еды) без уколов и визита в клинику
Дальнейшие разработки
J&J уже инициировала ICONIC-ASCEND - прямое сравнение с устекинумабом (III фаза), а также исследования при псориатическом артрите, язвенном колите и болезни Крона
Если успех подтвердится, макроциклические пептиды станут новым стандартом для IL-23-зависимых заболеваний
#Биотехсинтег
17 марта 2026 года FDA одобрило Икотрокинру (Icotyde) - первый в мире пероральный макроциклический пептид, блокирующий рецептор интерлейкина-23 (IL-23R)
Препарат показан взрослым и подросткам с 12 лет (масса тела ≥40 кг) со среднетяжелым и тяжелым бляшечным псориазом
Икотрокинра - попадая в кровь с пикомолярной аффинностью связывается с рецептором IL-23 на Т-клетках и блокирует сигнал воспаления - так же, как инъекционные антитела (гуселькумаб, рисанкизумаб), но в форме таблетки
Клинические данные:
программа ICONIC ≈2500 пациентов
• ICONIC-LEAD (16 недель): 65% достигли IGA 0/1 (чистая/почти чистая кожа) против 8% плацебо; PASI 90 - у 50% против 4%
• ICONIC-ADVANCE 1/2: икотрокинра превзошла деукравацитиниб (Sotyktu) - 68–71% IGA 0/1 против 50-54%
• Подростки (12-17 лет): к 24 неделе 75% достигли IGA 0 (полностью чистая кожа), 63,6% - PASI 100
Профиль безопасности сопоставим с плацебо, серьезных нежелательных явлений не зарегистрировано
Почему это сдвиг парадигмы
Икотрокинра доказала, что макроциклический пептид может заменить инъекционный биопрепарат, сохранив эффективность и безопасность
Пациент получает таблетку раз в день (натощак, за 30 мин до еды) без уколов и визита в клинику
Дальнейшие разработки
J&J уже инициировала ICONIC-ASCEND - прямое сравнение с устекинумабом (III фаза), а также исследования при псориатическом артрите, язвенном колите и болезни Крона
Если успех подтвердится, макроциклические пептиды станут новым стандартом для IL-23-зависимых заболеваний
#Биотехсинтег
❤2👍2
Шутки о том, что выпускник философского факультета, может претендовать разве что на работу в McDonald's, уже не актуальны.
Главный учёный Microsoft Джейми Тиван на этой неделе заявила, что в эпоху нейросетей классическое гуманитарное образование становится критически важным для успешной карьеры.
Ирония в том, что нам долгие десятилетия рассказывали, что всё должно быть ровно наоборот.
Нам несколько лет подряд рассказывали, что тексты теперь напишет ChatGPT, смыслы собираются алгоритмами, а будущее — за хорошим кодом.
Только вот реальность оказалась чуть сложнее.
Нейросети действительно научились генерировать тексты, код и бесконечный поток мусорного контента. А вот объяснить ошибку так, чтобы клиент не ушёл, почувствовать контекст разговора, подобрать интонацию в кризисе — с этим у машины до сих пор проблемы.
И бизнес это заметил.
McKinsey признали, что начали целенаправленно нанимать гуманитариев, которых раньше отодвигали подальше. CEO Cognizant заявил, что идёт набирать людей в колледжах свободных искусств. Сооснователь Anthropic Даниэла Амодеи сказала, что ищет в кандидатах не технические навыки, а эмпатию, любопытство и умение общаться.
Пока технари учились кодить, нейросети научились кодить лучше. А вот думать, чувствовать и убеждать — до сих пор не умеет ни одна модель.
Главный учёный Microsoft Джейми Тиван на этой неделе заявила, что в эпоху нейросетей классическое гуманитарное образование становится критически важным для успешной карьеры.
Ирония в том, что нам долгие десятилетия рассказывали, что всё должно быть ровно наоборот.
Нам несколько лет подряд рассказывали, что тексты теперь напишет ChatGPT, смыслы собираются алгоритмами, а будущее — за хорошим кодом.
Только вот реальность оказалась чуть сложнее.
Нейросети действительно научились генерировать тексты, код и бесконечный поток мусорного контента. А вот объяснить ошибку так, чтобы клиент не ушёл, почувствовать контекст разговора, подобрать интонацию в кризисе — с этим у машины до сих пор проблемы.
И бизнес это заметил.
McKinsey признали, что начали целенаправленно нанимать гуманитариев, которых раньше отодвигали подальше. CEO Cognizant заявил, что идёт набирать людей в колледжах свободных искусств. Сооснователь Anthropic Даниэла Амодеи сказала, что ищет в кандидатах не технические навыки, а эмпатию, любопытство и умение общаться.
Пока технари учились кодить, нейросети научились кодить лучше. А вот думать, чувствовать и убеждать — до сих пор не умеет ни одна модель.
😁4❤2👍1
Учёные из Mass General Brigham представили INSTALL — метод редактирования генома, который позволяет вставлять в ДНК большие фрагменты, включая целые гены, и при этом обходить сильный врождённый иммунный ответ, который часто возникает при доставке обычной двухцепочечной ДНК. Работа вышла в журнале Nature.
Главная идея в том, что вместо стандартного двухцепочечного донорного ДНК-шаблона система использует почти полностью одноцепочечную кольцевую ДНК. Такой формат хуже распознаётся клеткой как сигнал опасности, поэтому снижает риск воспалительной реакции и токсичности.
Чтобы вставить нужный участок в геном, исследователи добавили небольшой двухцепочечный участок, за который может “зацепиться” рекомбиназа — фермент, встраивающий ДНК в нужное место. В результате INSTALL сочетает две вещи сразу: более “тихий” для иммунной системы носитель и точную вставку крупных генетических последовательностей.
Почему это важно: многие наследственные болезни связаны не с одной конкретной поломкой, а с сотнями разных мутаций внутри одного и того же гена. В таких случаях удобнее не исправлять каждую ошибку по отдельности, а вставить сразу рабочую версию всего гена — именно на такие задачи INSTALL и нацелен.
Авторы показали, что подход работает без вирусных векторов: генетический груз доставляли с помощью липидных наночастиц, а успешную интеграцию проверяли в клетках человека и в опытах на мышах. В экспериментах с обычной двухцепочечной ДНК у животных наблюдалась токсичность, тогда как варианты INSTALL переносились значительно лучше.
До клинического применения ещё далеко: исследователям нужно повысить эффективность вставки, проверить метод в других тканях и лучше оценить безопасность. Но сама работа важна уже сейчас, потому что показывает: крупные участки ДНК можно доставлять и встраивать в геном без той иммунной цены, которая раньше сильно ограничивала такие подходы.
Главная идея в том, что вместо стандартного двухцепочечного донорного ДНК-шаблона система использует почти полностью одноцепочечную кольцевую ДНК. Такой формат хуже распознаётся клеткой как сигнал опасности, поэтому снижает риск воспалительной реакции и токсичности.
Чтобы вставить нужный участок в геном, исследователи добавили небольшой двухцепочечный участок, за который может “зацепиться” рекомбиназа — фермент, встраивающий ДНК в нужное место. В результате INSTALL сочетает две вещи сразу: более “тихий” для иммунной системы носитель и точную вставку крупных генетических последовательностей.
Почему это важно: многие наследственные болезни связаны не с одной конкретной поломкой, а с сотнями разных мутаций внутри одного и того же гена. В таких случаях удобнее не исправлять каждую ошибку по отдельности, а вставить сразу рабочую версию всего гена — именно на такие задачи INSTALL и нацелен.
Авторы показали, что подход работает без вирусных векторов: генетический груз доставляли с помощью липидных наночастиц, а успешную интеграцию проверяли в клетках человека и в опытах на мышах. В экспериментах с обычной двухцепочечной ДНК у животных наблюдалась токсичность, тогда как варианты INSTALL переносились значительно лучше.
До клинического применения ещё далеко: исследователям нужно повысить эффективность вставки, проверить метод в других тканях и лучше оценить безопасность. Но сама работа важна уже сейчас, потому что показывает: крупные участки ДНК можно доставлять и встраивать в геном без той иммунной цены, которая раньше сильно ограничивала такие подходы.
Nature
Immune evasive DNA donors and recombinases license kilobase-scale writing
Nature - INSTALL overcomes fundamental challenges for DNA delivery and integration methods by synergizing immune-stealth nucleic acids with recombinases to enable kilobase-scale integration...
👍2❤1
Forwarded from BioScience notes
Пока одни худеют на Ozempic и Wegovy, другие начали: микродозировать их. По данным опросов, примерно: каждый седьмой пользователь GLP-1 снижает дозу. И причины… очень разные
Банально это чтобы сэкономить деньги. Препараты дорогие, страховка покрывает не всегда, длительная терапия = серьёзные расходы. А если колоть меньше - будет дешевле и, может, хватит. Гениально же?
А другие уже идут дальше. И думают так: возьмём маленькую дозу, уменьшим побочки, сохраним мышцы,улучшим метаболизм и, возможно, замедлим старение. Звучит здорово! Но есть нюанс
⚠️ На сегодня клинических данных по микродозированию - почти нет. Да, есть: отдельные исследования, наблюдения врачей, субъективные «мне лучше», но, конечно это ещё не доказывает ничего
Тем временем в штатах уже и рынок появился: телемед-компании продают «microdosing для longevity», врачи используют off-label, а пациенты экспериментируют
Как вам такие эксперименты?
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🤔3💯2👍1
BioScience notes
😁4
Наткнулся на прекрасное:
Ещё устные коллоквиумы до девяти вечера, сдача практикума и допуск к экзамену только после всех сделанных домашних заданий и контрольных работ (сложность которых варьируется в диапазоне от "для решения этой задачи надо взять малоизвестную формулу из третьего тома четвёртого издания учебника Иванова, изданного в ночь на пятницу тринадцатое (но учтите, что в формуле есть ошибка, надо минус заменить на плюс)", до "составьте кроссворд на тему истории химии белков").
Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы писали без инета и нейросетей (ну их тогда банально не было). Ну и отчислять могли запросто за долги, а не как сейчас.Но почему сразу советские... Некоторым повезло (я без всякой иронии) застать всё это и в наше время.
Ещё устные коллоквиумы до девяти вечера, сдача практикума и допуск к экзамену только после всех сделанных домашних заданий и контрольных работ (сложность которых варьируется в диапазоне от "для решения этой задачи надо взять малоизвестную формулу из третьего тома четвёртого издания учебника Иванова, изданного в ночь на пятницу тринадцатое (но учтите, что в формуле есть ошибка, надо минус заменить на плюс)", до "составьте кроссворд на тему истории химии белков").
👍3❤1👎1🔥1
Заметки лабораторного кота
Наткнулся на прекрасное: Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы…
И неповторимая атмосфера поиска формулы синтеза нужной соли в научных журналах Императорского Русского физико-химического общества (на французском языке)*.
*Потому что вместо Google Shcolar нас учили пользоваться справочником Гмелина (сам он на немецком).
*Потому что вместо Google Shcolar нас учили пользоваться справочником Гмелина (сам он на немецком).
🔥3❤1
Заметки лабораторного кота
Наткнулся на прекрасное: Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы…
Впрочем, на некоторых факультетах ещё больше выноса мозга. Каждый год один или два студента с этих факультетов обязательно кончают самоубийством. Традиция такая.
😢2
Заметки лабораторного кота
Наткнулся на прекрасное: Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы…
Вынесено из комментариев:
Которую не примут пока не синтезируешь вещество с нужным выходом и чистой. Процесс прокачивающий как экспериментальные навыки, так и навыки переговорные, если синтез никак не выходил, а нужное вещество было доступно у лаборантов)
🔥3❤1👍1
Заметки лабораторного кота
Насколько здание Фундаментальной библиотеки МГУ ужасное снаружи, настолько оно базированное изнутри.
И очень смелое по нынешним меркам.
👍1
Рапамицин давно считается одним из самых заметных препаратов в исследованиях старения, и новая работа добавляет к этому еще один важный штрих: у старых мышей он ослаблял возрастное ухудшение движений, особенно у самок.
Исследование вышло в журнале Journal of Gerontology: Biological Sciences.
Авторы использовали генетически разнородных мышей UM-HET3 обоих полов, что делает модель ближе к естественному биологическому разнообразию, чем эксперименты на одной линии животных.
Мышам давали микроинкапсулированный рапамицин с 12 до 24 месяцев жизни, а затем проверяли их спонтанную активность, координацию, силу хвата и несколько маркеров состояния мозга.
Главный результат простой: длительный прием рапамицина замедлил возрастное падение двигательной функции.
У самок эффект был выражен сильнее: препарат предотвращал снижение общей и обычной двигательной активности, улучшал результаты в тесте на координацию движений и частично был связан с лучшим поведенческим профилем. У самцов эффект тоже был, но в целом слабее.
Отдельно важно, что речь не только о поведении животных.
Исследователи увидели, что рапамицин уменьшал накопление окисленных белков в нескольких участках мозга, связанных с движением, включая стриатум, гиппокамп, средний мозг, кору и мозжечок.
Проще говоря, в мозге становилось меньше белкового повреждения, которое обычно нарастает с возрастом.
Важно помнить главное ограничение: это исследование на мышах, а не на людях. Поэтому говорить, что рапамицин так же будет улучшать двигательную функцию у пожилых людей, пока рано. Но сама находка важна, потому что она поддерживает идею: влияние на путь mTOR может не только продлевать жизнь, но и сохранять функции организма при старении.
Исследование вышло в журнале Journal of Gerontology: Biological Sciences.
Авторы использовали генетически разнородных мышей UM-HET3 обоих полов, что делает модель ближе к естественному биологическому разнообразию, чем эксперименты на одной линии животных.
Мышам давали микроинкапсулированный рапамицин с 12 до 24 месяцев жизни, а затем проверяли их спонтанную активность, координацию, силу хвата и несколько маркеров состояния мозга.
Главный результат простой: длительный прием рапамицина замедлил возрастное падение двигательной функции.
У самок эффект был выражен сильнее: препарат предотвращал снижение общей и обычной двигательной активности, улучшал результаты в тесте на координацию движений и частично был связан с лучшим поведенческим профилем. У самцов эффект тоже был, но в целом слабее.
Отдельно важно, что речь не только о поведении животных.
Исследователи увидели, что рапамицин уменьшал накопление окисленных белков в нескольких участках мозга, связанных с движением, включая стриатум, гиппокамп, средний мозг, кору и мозжечок.
Проще говоря, в мозге становилось меньше белкового повреждения, которое обычно нарастает с возрастом.
Важно помнить главное ограничение: это исследование на мышах, а не на людях. Поэтому говорить, что рапамицин так же будет улучшать двигательную функцию у пожилых людей, пока рано. Но сама находка важна, потому что она поддерживает идею: влияние на путь mTOR может не только продлевать жизнь, но и сохранять функции организма при старении.
OUP Academic
Chronic rapamycin treatment attenuates age-related motor deficits in sex-dependent manner in UM-HET3 mice
Abstract. Interventions Testing Program identified rapamycin as a robust lifespan-extending agent at multiple testing sites and in both sexes, with particu
❤3👍2🔥2
Ряды Фурье
Уиии! Тут самые пугающие хорошие новости, которые мы слышали за год! Пока вы тут сидите, там уже выпустили первые вирусы, сконструированные нейросетями. Вот работа про то, как учёные первый раз смогли собрать жизнеспособные вирусы с заданной архитектурой.…
Микробиологи из Сельскохозяйственного университета Ганьсу в Китае обнаружили вирус-бактериофаг W5, безопасный для человека, который уничтожает сальмонеллу, включая штаммы, устойчивые к антибиотикам. Он размножается за 22 минуты и действует как «точная ракета», поражая колонии в продуктах и упаковке.
Исследование опубликовано в журнале Applied and Environmental Microbiology.
Исследователи выделили 27 видов фагов и выявили штамм, способный атаковать три опаснейшие разновидности сальмонеллы, вызывающие брюшной тиф и сальмонеллез. Фаг W5 также предотвращает образование защитных биопленок, делая его перспективным для очистки мясной, молочной и другой пищевой продукции.
Фаготерапия, изучавшаяся раньше преимущественно в СССР, сегодня вновь становится актуальной из-за роста устойчивости бактерий к антибиотикам.
Исследование опубликовано в журнале Applied and Environmental Microbiology.
Исследователи выделили 27 видов фагов и выявили штамм, способный атаковать три опаснейшие разновидности сальмонеллы, вызывающие брюшной тиф и сальмонеллез. Фаг W5 также предотвращает образование защитных биопленок, делая его перспективным для очистки мясной, молочной и другой пищевой продукции.
Фаготерапия, изучавшаяся раньше преимущественно в СССР, сегодня вновь становится актуальной из-за роста устойчивости бактерий к антибиотикам.
Applied and Environmental Microbiology
Antibiofilm efficacy of phage W5 against antimicrobial-resistant Salmonella Typhimurium targeting biofilms in dairy/meat/egg and…
Antimicrobial-resistant Salmonella poses a severe threat to food safety and public health, particularly through persistent
biofilms on food-processing surfaces and animal-derived products. Traditional disinfection
methods often fail against biofilms, while…
biofilms on food-processing surfaces and animal-derived products. Traditional disinfection
methods often fail against biofilms, while…
🔥3❤1
Заметки лабораторного кота
Фаготерапия, изучавшаяся раньше преимущественно в СССР, сегодня вновь становится актуальной из-за роста устойчивости бактерий к антибиотикам.
Но всё-таки нельзя не заметить, что у терапии с помощью фагов есть масса подводных камней. И главные проблемы — регуляторика и производство. Фаги — живые, вариабельные, персонализированные. FDA и EMA от этого корёжит как чертей от ладана.
👍2🔥2❤1😁1
БиоТехСинтег | Биотех-Синтеграция
Как российская Клотилия обогнала мировой фармрынок В продолжение темы российских оригинальных препаратов В октябре 2025 года российская биотехнологическая компания «Генериум» зарегистрировала препарат Клотилия® (веренафусп альфа) для лечения синдрома Хантера…
Интересный текст про российское ноу-хау.
Клотилия – первый в мире зарегистрированный препарат, использующий инсулиновый рецептор для преодоления ГЭБ.
Молекула веренафуспа альфа представляет собой рекомбинантный фермент идуронат-2-сульфатазу, ковалентно связанный с Fab-фрагментом антитела (что само по себе тоже является инновационным подходом) к инсулиновому рецептору человека
Препараты, в которых Fc-фрагменты антител пришиты к ферменту или рецептору какого-то гормона, давно и широко используется. А вот пришивка Fab-фрагментов нигде ранее не использовалась.
Этот Fab-фрагмент, связываясь с рецептором на клетках сосудистого эндотелия мозга, запускает механизм рецептор-опосредованного трансцитоза и проводит всю терапевтическую молекулу через барьер
Попадая в центральную нервную систему, фермент начинает расщеплять накопленные токсичные гликозаминогликаны
Клотилия – первый в мире зарегистрированный препарат, использующий инсулиновый рецептор для преодоления ГЭБ.
Молекула веренафуспа альфа представляет собой рекомбинантный фермент идуронат-2-сульфатазу, ковалентно связанный с Fab-фрагментом антитела (что само по себе тоже является инновационным подходом) к инсулиновому рецептору человека
Препараты, в которых Fc-фрагменты антител пришиты к ферменту или рецептору какого-то гормона, давно и широко используется. А вот пришивка Fab-фрагментов нигде ранее не использовалась.
Этот Fab-фрагмент, связываясь с рецептором на клетках сосудистого эндотелия мозга, запускает механизм рецептор-опосредованного трансцитоза и проводит всю терапевтическую молекулу через барьер
Попадая в центральную нервную систему, фермент начинает расщеплять накопленные токсичные гликозаминогликаны
👍2
Arc Institute 20 марта выложил препринт BioReason-Pro, демо на bioreason.net, код на GitHub и веса моделей в Hugging Face. Система получает аминокислотную последовательность, предлагает термины из Gene Ontology и пишет, почему пришла именно к такому выводу. Вместо одного ярлыка вроде "киназа" или "транспортный белок" модель раскладывает домены, возможные взаимодействия, клеточный контекст и ожидаемую функцию в один проверяемый разбор.
Arc Institute выложил препринт о модели, которая получает аминокислотную последовательность белка, выдаёт функциональные аннотации и расписывает ход вывода. Авторы собрали датасет из 133 492 белков, сгенерировали более 130 тысяч синтетических трасс рассуждения с помощью GPT-5 и затем усилили модель обучением с подкреплением. В слепой оценке 27 молекулярных биологов версия после первого этапа обучения совпадала с записями UniProt или оказывалась полезнее в 79% сравнений.
У белковой биологии давно один и тот же перекос. В главной базе UniProt лежат 250+ млн белковых последовательностей, а экспериментальная функциональная аннотация есть меньше чем у 0,1%. Последовательностей уже гораздо больше, чем людей, которые могут быстро связать домен, структуру, локализацию и функцию в одну проверяемую гипотезу.
Arc Institute предложил для этой задачи новый рабочий формат. Внутри BioReason-Pro соединены ESM3 — белковая модель, обученная на последовательностях и структурах, — языковая модель Qwen3-4B и отдельный модуль GO-GPT. GO-GPT предсказывает термины Gene Ontology, то есть стандартного словаря функций белков. Дальше система собирает ответ целиком: какие домены она видит, на какие участки последовательности опирается, какого партнёра по взаимодействию ждёт и в каком клеточном процессе белок, вероятно, участвует.
Ценность такой системы — в формате ответа. Биологу нужна гипотеза, из которой понятно, что проверять в лаборатории. Если система пишет «киназа», это даёт мало. Если она пишет, что у белка есть домен Pkinase, рядом стоит SH2-домен и весь набор признаков похож на участника сигнального пути у клеточной мембраны, исследователь уже понимает, какие мутации и взаимодействия смотреть первыми. В этом смысле Arc продолжает линию, которую уже было видно в Evo 2: сначала научиться читать биологические последовательности в масштабе, потом превращать чтение в план эксперимента.
Авторы показывают и два содержательных кейса. Для eEFSec — белка, который помогает вставлять редкую аминокислоту селеноцистеин, — модель назвала партнёра SBP2 и сосредоточила внимание на участке, который в структуре, полученной криоэлектронной6 микроскопией, совпадает с интерфейсом связывания РНК. Для CFAP61 картина вышла ещё интереснее: Rossmann-подобный домен здесь работает как структурный каркас, а три ключевых остатка служат поверхностью контакта с другим белком. Такой вывод уже годится как черновик разговора с экспериментатором.
Ограничения у работы видны сразу. Статус работы пока препринт; рецензирование ещё впереди. Трассы рассуждения для обучения синтетические, их сгенерировал GPT-5. Часть автоматической оценки делалась через GPT-5.1 как судью. В ручной проверке было 162 белка, а на коротких пептидах и белках без узнаваемых доменов качество падает. Авторы отдельно показывают ещё одну границу: для полностью новых синтетических белков ответ сильнее зависит от того, какой организм указан на входе.
BioReason-Pro пока выглядит ранней версией этого подхода. Направление уже видно: полезный ИИ для биологии должен оставлять после себя разбор, с которым можно спорить: какие остатки мутировать, какого партнёра проверить, где именно искать функцию. Когда модель умеет собирать такой разбор, она экономит недели ручной работы и быстрее подводит к эксперименту.
Arc Institute выложил препринт о модели, которая получает аминокислотную последовательность белка, выдаёт функциональные аннотации и расписывает ход вывода. Авторы собрали датасет из 133 492 белков, сгенерировали более 130 тысяч синтетических трасс рассуждения с помощью GPT-5 и затем усилили модель обучением с подкреплением. В слепой оценке 27 молекулярных биологов версия после первого этапа обучения совпадала с записями UniProt или оказывалась полезнее в 79% сравнений.
У белковой биологии давно один и тот же перекос. В главной базе UniProt лежат 250+ млн белковых последовательностей, а экспериментальная функциональная аннотация есть меньше чем у 0,1%. Последовательностей уже гораздо больше, чем людей, которые могут быстро связать домен, структуру, локализацию и функцию в одну проверяемую гипотезу.
Arc Institute предложил для этой задачи новый рабочий формат. Внутри BioReason-Pro соединены ESM3 — белковая модель, обученная на последовательностях и структурах, — языковая модель Qwen3-4B и отдельный модуль GO-GPT. GO-GPT предсказывает термины Gene Ontology, то есть стандартного словаря функций белков. Дальше система собирает ответ целиком: какие домены она видит, на какие участки последовательности опирается, какого партнёра по взаимодействию ждёт и в каком клеточном процессе белок, вероятно, участвует.
Ценность такой системы — в формате ответа. Биологу нужна гипотеза, из которой понятно, что проверять в лаборатории. Если система пишет «киназа», это даёт мало. Если она пишет, что у белка есть домен Pkinase, рядом стоит SH2-домен и весь набор признаков похож на участника сигнального пути у клеточной мембраны, исследователь уже понимает, какие мутации и взаимодействия смотреть первыми. В этом смысле Arc продолжает линию, которую уже было видно в Evo 2: сначала научиться читать биологические последовательности в масштабе, потом превращать чтение в план эксперимента.
Авторы показывают и два содержательных кейса. Для eEFSec — белка, который помогает вставлять редкую аминокислоту селеноцистеин, — модель назвала партнёра SBP2 и сосредоточила внимание на участке, который в структуре, полученной криоэлектронной6 микроскопией, совпадает с интерфейсом связывания РНК. Для CFAP61 картина вышла ещё интереснее: Rossmann-подобный домен здесь работает как структурный каркас, а три ключевых остатка служат поверхностью контакта с другим белком. Такой вывод уже годится как черновик разговора с экспериментатором.
Ограничения у работы видны сразу. Статус работы пока препринт; рецензирование ещё впереди. Трассы рассуждения для обучения синтетические, их сгенерировал GPT-5. Часть автоматической оценки делалась через GPT-5.1 как судью. В ручной проверке было 162 белка, а на коротких пептидах и белках без узнаваемых доменов качество падает. Авторы отдельно показывают ещё одну границу: для полностью новых синтетических белков ответ сильнее зависит от того, какой организм указан на входе.
BioReason-Pro пока выглядит ранней версией этого подхода. Направление уже видно: полезный ИИ для биологии должен оставлять после себя разбор, с которым можно спорить: какие остатки мутировать, какого партнёра проверить, где именно искать функцию. Когда модель умеет собирать такой разбор, она экономит недели ручной работы и быстрее подводит к эксперименту.
www.bioreason.net
BioReason-Pro
Understand what your protein does
❤2👍1🔥1