Заметки лабораторного кота
413 subscribers
426 photos
31 videos
1 file
613 links
Заметки дилетанта широкого профиля.
Download Telegram
Forwarded from Forever and BioMed
Продолжаю обсуждение важнейших вопросов Бытия интересностей прикладной Науки - которые упомянул в последнем опросе Канала и в последующем отклике ИИ ⬅️

Пришла пора разобраться с "теоремой имени двух великих математиков" - Колмогорова и Арнольда. Среди прочего (и грандиозного) их наследия, значится решение одной из проблем Гильберта. Соответствующая задача входит в известнейший в узких кругах список "самого-самого важного в математике", составленный - удивительное дело, великим математиком Гильбертом! - более 100 лет назад. Кстати, несколько проблем из этого списка до сих пор не решены, и представляют "святой грааль" Науки, за подробностями => соответствующая статью в Wiki ⬅️

Так вот, теорема Колмогорова-Арнольда, если упрощённо-вульгарно, про следующее: любая функция многих переменных может быть представлена через композицию многих функций одной переменной (каждая) и их сложение. Почти магия = любая многомерная сложность как будто "раскладывается" в набор одномерных функций.

До определённого момента красота сей теоремы оставалась скорее примером "игр разума". Но с наступлением эпохи машинного обучения, нейросетей, и там паче современного ИИ, стали ясны её очень актуальные приложения. Что воплотилось в архитектуру специальных сетей, получивших (ожидаемое) название KAN (Кolmogorov-Arnold Networks). В чём их интересность:
▪️вместо множества слоёв нейронов, со сложно-подбираемыми весами - что характерно для "обычных" нейросетей - KAN используют (как правило простые) одномерные функции на рёбрах сети и складывают их в (тоже довольно простые) композиции,
▪️важно понимать, что во многих реальных задачах, например в классификации по набору признаков, результат как раз определяется не "бесформенной многомерной сложностью", а сочетанием нескольких откликов на характерные признаки = один маркер полезен только вместе с другими / есть выраженные пороги / маркеры очень сильно "прицепляются" к классам... KAN "органически" приспособлены к тому, чтобы "вытаскивать" именно одномерные зависимости и их композиции, а потом ещё и упрощать их,
▪️поэтому ценность KAN часто не в том, что они всегда дают лучший accuracy - а в том, что они чаще выдают пользователю простую и интерпретируемую логику.

Яркие прикладные примеры KAN:
🔹десятки типов рака на multi-omics данных хорошо классифицируются всего несколькими признаками = mRNA + miRNA + DNA methylation + "ещё чуть-чуть",
🔹для прогноза краткосрочного потребления электричества в разных типах инфраструктуры - многоквартирный дом, большое общежитие, таунхаус с зарядкой электромобилей, промышленное здание - тоже оказывается достаточным взять в расчёт лишь несколько ключевых "маркеров" по типажу здания,
🔹биохимические связи, играющие роль в развитии системных и сложных заболеваний, могут быть сведены к небольшим наборам ключевых генов и их взаимодействий.

...если этот пост вызовет интерес широких народных масс - готов впоследствии подробнее рассказать, чем KAN помогают прямосейчас в моих задачах 🤓
🔥5👍31
💊 Макроциклические пептиды: перспективы для фармакологии

Макроциклические пептиды представляют собой уникальный класс лекарств, занимающий промежуточное положение между низкомолекулярными препаратами и биологическими препаратами

Замкнутая в кольцо структура защищает эти пептиды от разрушения ферментами


Это позволяет им совмещать полезные свойства двух видов лекарств:

• они достаточно малы и устойчивы, чтобы их можно было принимать в таблетках

• они узнают свою мишень так же точно и избирательно, как это
делают антитела


А также они способны воздействовать на мишени, традиционно считавшиеся «недоступными»


🏭 Известные препараты

В фармакопее более 60 циклических пептидов, но это в основном природные соединения:

антибиотики (ванкомицин)
• иммунодепрессанты (циклоспорин)
• гормоны (окситоцин)

Сейчас появляются синтетические молекулы


🚀 Энлицитид (MK‑0616): прорыв Merck

Первый пероральный ингибитор PCSK9 в III фазе испытаний

Препарат снижает LDL-холестерин на 57-58% у пациентов на статинах, включая семейную гиперхолестеринемию. Безопасность сопоставима с плацебо.

В случае регистрации препарат станет таблетированной альтернативой дорогим инъекциям - антителам и миРНК


🧪 Пероральный инсулин? Макроциклический пептид как система доставки

Одним из наиболее ярких примеров применения макроциклических пептидов является разработка исследователей из Университета Кумамото (Япония)

В основе - использование специально сконструированного макроциклического пептида под названием DNP, который выступает в роли молекулярного «проводника» для инсулина

Его уникальная циклическая структура, как и у других представителей этого класса, обеспечивает высокую устойчивость к агрессивной среде желудочно-кишечного тракта - ферменты, расщепляющие линейные пептиды и белки, оказываются бессильны против замкнутого кольца

Благодаря этому DNP-пептид благополучно достигает тонкого кишечника, где активно проникает через эпителиальный барьер, увлекая за собой связанную молекулу инсулина

В экспериментах на животных эта стратегия продемонстрировала биодоступность инсулина 33-41%, что является высоким показателем для пероральной доставки белковых препаратов

Хотя технология находится на доклинической стадии, она наглядно подтверждает ключевое преимущество макроциклических пептидов - способность решать задачи, непосильные для традиционных малых молекул и классических биопрепаратов


💰 Инвестиции: Unnatural Products

Крупный бизнес проявляет интерес к технологиям создания макроциклических пептидов

Unnatural Products заключил сделки на сотрудничество:

Merck & Co (2024): до 220 млн $ (онкология)
• Novartis (2026): до 1,7 млрд $ (кардиология)

Фармгиганты платят за доступ к AI-платформе, которая создаёт молекулы, работающие как биопрепараты, но в форме таблеток


🇷🇺 Российский контекст

В России сильные научные школы (ИБХ РАН, МГУ, КФУ) ведут фундаментальные исследования по пептидам

Но до готовых лекарств, подобных энлицитиду, дистанция велика

Для перехода к производству нужны либо покупка лицензий, либо многолетние инвестиции в собственные GMP-мощности


#Биотехсинтег
👍52🔥2
БиоТехСинтег | Биотех-Синтеграция
💊 Макроциклические пептиды: перспективы для фармакологии Макроциклические пептиды представляют собой уникальный класс лекарств, занимающий промежуточное положение между низкомолекулярными препаратами и биологическими препаратами Замкнутая в кольцо структура…
Не меньший интерес представляют биологически активные линейные пептиды, и особый интерес — линейные пептиды, получаемые в результате ферментативного расщепления белков — так называемые протеолитические пептиды. В отличие от макроциклических, они не требуют сложного химического синтеза и могут быть получены из природного белкового сырья с использованием мягких ферментативных процессов, что делает их производство более доступным и экологичным. Именно такие пептиды образуются в желудочно-кишечном тракте при переваривании пищи и способны оказывать разнообразные физиологические эффекты: иммуномодулирующие, антиоксидантные, противовоспалительные, гипотензивные.
2👍1🔥1
Хотел бы обратить внимание на новый инструмент искусственного интеллекта (ИИ) – ИИ-агент OpenClaw, который был впервые презентован лишь в ноябре 2025 года, но уже стал настолько популярным, что оказывает влияние на акции ИИ-компанний:

https://www.bfm.ru/news/601119

В заметке на BFM говорится: «Глава Nvidia Дженсен Хуанг заявил, что OpenClaw — это фундаментальный сдвиг на рынке искусственного интеллекта и он определенно станет «новым ChatGPT». OpenClaw был разработан австрийским программистом Питером Штайнбергером. Это ИИ-агент, который может принимать решения фактически самостоятельно. Грубо говоря, ставишь перед ним какую-то задачу, и OpenClaw сам продумывает, какие шаги нужно предпринять, чтобы ее выполнить. Его преимущество в том, что у него открытый исходный код, то есть его можно настроить так, как нужно пользователю.»

Это слишком общее описание, и из него трудно что-либо понять. К счастью, OpenClaw может быть безбарьерно установлен в России; некоторые энтузиасты это уже сделали, и оставили подробные отзывы. Я бы рекомендовал прочитать вот эту статью, где все очень подробно расписано:

https://habr.com/ru/articles/1008782/

Не буду здесь пересказывать содержание этой статьи. Отмечу лишь, что (а) работа с OpenClaw требует достаточно высокой квалификации – «человек с улицы» с этим не справится; (б) этот ИИ-агент можно установить бесплатно, но работа с ним отнюдь не бесплатна и может «влетать в копеечку»; (в) лучше его устанавливать на отдельном (не основном) компьютере, а то еще подверженный галлюцинациям ИИ-агент, который может самостоятельно отдавать команды, связываться с внешними сайтами и т.д., «наураганит» так, что сотрет или деформирует нужные Вам файлы.

В статье на habr.com основное внимание уделяется применению OpenClaw в сфере бизнеса. Но для меня важнее всего был бы ответ на вопрос, можно ли использовать OpenClaw в научных исследованиях. Думаю, что перспективы тут есть, но я пока не готов озвучить смутные идеи, которые приходят в голову.

Меня насторожил фрагмент текста, где автор говорит о том, что он приспособил OpenClaw для написания постов в своем телеграм-канале. «Я могу надиктовать голосовое сообщение или написать несколько тезисов вроде: "рассказать про новый инструмент"; "объяснить почему он интересный"; "добавить пару практических выводов". Агент берёт эти тезисы, разворачивает их в полноценный текст и делает черновик поста. Причём старается писать в том же стиле, как я обычно пишу в канале. После этого я просто открываю текст, немного редактирую его, убираю лишнее, где‑то добавляю детали — и пост готов.»

Что-то я сильно сомневаюсь, что читателям будут интересны подобные посты – ведь свою душу и жизненный опыт ИИ-агенту не передашь. А вот что OpenClaw может действительно облегчить – это изготовление фальшивых научных статей. Там «душа» не нужна. Имитаторы науки могут загрузить свои убогие (или «высосанные из пальца») результаты, и попросить OpenClaw смастерить статью в стиле ведущих мировых ученых. Научному сообществу надо бы четко осознать данную опасность.
2👍1🔥1🤔1
💊 Макроциклические пептиды: Икотрокинра - первая таблетка против IL-23

17 марта 2026 года FDA одобрило Икотрокинру (Icotyde) - первый в мире пероральный макроциклический пептид, блокирующий рецептор интерлейкина-23 (IL-23R)

Препарат показан взрослым и подросткам с 12 лет (масса тела ≥40 кг) со среднетяжелым и тяжелым бляшечным псориазом

Икотрокинра - попадая в кровь с пикомолярной аффинностью связывается с рецептором IL-23 на Т-клетках и блокирует сигнал воспаления - так же, как инъекционные антитела (гуселькумаб, рисанкизумаб), но в форме таблетки


Клинические данные:
программа ICONIC ≈2500 пациентов

• ICONIC-LEAD (16 недель): 65% достигли IGA 0/1 (чистая/почти чистая кожа) против 8% плацебо; PASI 90 - у 50% против 4%

• ICONIC-ADVANCE 1/2: икотрокинра превзошла деукравацитиниб (Sotyktu) - 68–71% IGA 0/1 против 50-54%

• Подростки (12-17 лет): к 24 неделе 75% достигли IGA 0 (полностью чистая кожа), 63,6% - PASI 100

Профиль безопасности сопоставим с плацебо, серьезных нежелательных явлений не зарегистрировано


Почему это сдвиг парадигмы

Икотрокинра доказала, что макроциклический пептид может заменить инъекционный биопрепарат, сохранив эффективность и безопасность

Пациент получает таблетку раз в день (натощак, за 30 мин до еды) без уколов и визита в клинику


Дальнейшие разработки

J&J уже инициировала ICONIC-ASCEND - прямое сравнение с устекинумабом (III фаза), а также исследования при псориатическом артрите, язвенном колите и болезни Крона

Если успех подтвердится, макроциклические пептиды станут новым стандартом для IL-23-зависимых заболеваний


#Биотехсинтег
2👍2
Шутки о том, что выпускник философского факультета, может претендовать разве что на работу в McDonald's, уже не актуальны.

Главный учёный Microsoft Джейми Тиван на этой неделе заявила, что в эпоху нейросетей классическое гуманитарное образование становится критически важным для успешной карьеры.

Ирония в том, что нам долгие десятилетия рассказывали, что всё должно быть ровно наоборот.

Нам несколько лет подряд рассказывали, что тексты теперь напишет ChatGPT, смыслы собираются алгоритмами, а будущее — за хорошим кодом.

Только вот реальность оказалась чуть сложнее.

Нейросети действительно научились генерировать тексты, код и бесконечный поток мусорного контента. А вот объяснить ошибку так, чтобы клиент не ушёл, почувствовать контекст разговора, подобрать интонацию в кризисе — с этим у машины до сих пор проблемы.

И бизнес это заметил.

McKinsey признали, что начали целенаправленно нанимать гуманитариев, которых раньше отодвигали подальше. CEO Cognizant заявил, что идёт набирать людей в колледжах свободных искусств. Сооснователь Anthropic Даниэла Амодеи сказала, что ищет в кандидатах не технические навыки, а эмпатию, любопытство и умение общаться.

Пока технари учились кодить, нейросети научились кодить лучше. А вот думать, чувствовать и убеждать — до сих пор не умеет ни одна модель.
😁42👍1
Вот так и живём.
3😁1
Учёные из Mass General Brigham представили INSTALL — метод редактирования генома, который позволяет вставлять в ДНК большие фрагменты, включая целые гены, и при этом обходить сильный врождённый иммунный ответ, который часто возникает при доставке обычной двухцепочечной ДНК. Работа вышла в журнале Nature.

Главная идея в том, что вместо стандартного двухцепочечного донорного ДНК-шаблона система использует почти полностью одноцепочечную кольцевую ДНК. Такой формат хуже распознаётся клеткой как сигнал опасности, поэтому снижает риск воспалительной реакции и токсичности.

Чтобы вставить нужный участок в геном, исследователи добавили небольшой двухцепочечный участок, за который может “зацепиться” рекомбиназа — фермент, встраивающий ДНК в нужное место. В результате INSTALL сочетает две вещи сразу: более “тихий” для иммунной системы носитель и точную вставку крупных генетических последовательностей.

Почему это важно: многие наследственные болезни связаны не с одной конкретной поломкой, а с сотнями разных мутаций внутри одного и того же гена. В таких случаях удобнее не исправлять каждую ошибку по отдельности, а вставить сразу рабочую версию всего гена — именно на такие задачи INSTALL и нацелен.

Авторы показали, что подход работает без вирусных векторов: генетический груз доставляли с помощью липидных наночастиц, а успешную интеграцию проверяли в клетках человека и в опытах на мышах. В экспериментах с обычной двухцепочечной ДНК у животных наблюдалась токсичность, тогда как варианты INSTALL переносились значительно лучше.

До клинического применения ещё далеко: исследователям нужно повысить эффективность вставки, проверить метод в других тканях и лучше оценить безопасность. Но сама работа важна уже сейчас, потому что показывает: крупные участки ДНК можно доставлять и встраивать в геном без той иммунной цены, которая раньше сильно ограничивала такие подходы.
👍21
Forwarded from BioScience notes
💉Новый биохак? Микродозинг GLP-1

Пока одни худеют на Ozempic и Wegovy, другие начали: микродозировать их. По данным опросов, примерно: каждый седьмой пользователь GLP-1 снижает дозу. И причины… очень разные🔣

Банально это чтобы сэкономить деньги. Препараты дорогие, страховка покрывает не всегда, длительная терапия = серьёзные расходы. А если колоть меньше - будет дешевле и, может, хватит. Гениально же? 🧠

А другие уже идут дальше. И думают так: возьмём маленькую дозу, уменьшим побочки, сохраним мышцы,улучшим метаболизм и, возможно, замедлим старение. Звучит здорово! Но есть нюанс 🤏

⚠️
На сегодня клинических данных по микродозированию - почти нет. Да, есть: отдельные исследования, наблюдения врачей, субъективные «мне лучше», но, конечно это ещё не доказывает ничего

Тем временем в штатах уже и рынок появился: телемед-компании продают «microdosing для longevity», врачи используют off-label, а пациенты экспериментируют 😱. Немного науки, немного логики и много надежды. Ах да, и экономия 😁

Как вам такие эксперименты? 🤔
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🤔3💯2👍1
Наткнулся на прекрасное:

Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы писали без инета и нейросетей (ну их тогда банально не было). Ну и отчислять могли запросто за долги, а не как сейчас.
Но почему сразу советские... Некоторым повезло (я без всякой иронии) застать всё это и в наше время.

Ещё устные коллоквиумы до девяти вечера, сдача практикума и допуск к экзамену только после всех сделанных домашних заданий и контрольных работ (сложность которых варьируется в диапазоне от "для решения этой задачи надо взять малоизвестную формулу из третьего тома четвёртого издания учебника Иванова, изданного в ночь на пятницу тринадцатое (но учтите, что в формуле есть ошибка, надо минус заменить на плюс)", до "составьте кроссворд на тему истории химии белков").
👍31👎1🔥1
Заметки лабораторного кота
Наткнулся на прекрасное: Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы…
И неповторимая атмосфера поиска формулы синтеза нужной соли в научных журналах Императорского Русского физико-химического общества (на французском языке)*.

*Потому что вместо Google Shcolar нас учили пользоваться справочником Гмелина (сам он на немецком).
🔥31
Заметки лабораторного кота
Наткнулся на прекрасное: Но что нам рассказывали о предыдущих поколениях историков, из советских времён, так это то, что на каждом предмете студенты писали конспекты монографий, автоматов почти не было, семинары были зачастую в устной форме, курсовые и дипломы…
Вынесено из комментариев:

Которую не примут пока не синтезируешь вещество с нужным выходом и чистой. Процесс прокачивающий как экспериментальные навыки, так и навыки переговорные, если синтез никак не выходил, а нужное вещество было доступно у лаборантов)
🔥31👍1
Насколько здание Фундаментальной библиотеки МГУ ужасное снаружи, настолько оно базированное изнутри.
👍31🔥1
Рапамицин давно считается одним из самых заметных препаратов в исследованиях старения, и новая работа добавляет к этому еще один важный штрих: у старых мышей он ослаблял возрастное ухудшение движений, особенно у самок. 

Исследование вышло в журнале Journal of Gerontology: Biological Sciences.

Авторы использовали генетически разнородных мышей UM-HET3 обоих полов, что делает модель ближе к естественному биологическому разнообразию, чем эксперименты на одной линии животных. 

Мышам давали микроинкапсулированный рапамицин с 12 до 24 месяцев жизни, а затем проверяли их спонтанную активность, координацию, силу хвата и несколько маркеров состояния мозга.

Главный результат простой: длительный прием рапамицина замедлил возрастное падение двигательной функции. 

У самок эффект был выражен сильнее: препарат предотвращал снижение общей и обычной двигательной активности, улучшал результаты в тесте на координацию движений и частично был связан с лучшим поведенческим профилем. У самцов эффект тоже был, но в целом слабее.

Отдельно важно, что речь не только о поведении животных. 
Исследователи увидели, что рапамицин уменьшал накопление окисленных белков в нескольких участках мозга, связанных с движением, включая стриатум, гиппокамп, средний мозг, кору и мозжечок. 

Проще говоря, в мозге становилось меньше белкового повреждения, которое обычно нарастает с возрастом.

Важно помнить главное ограничение: это исследование на мышах, а не на людях. Поэтому говорить, что рапамицин так же будет улучшать двигательную функцию у пожилых людей, пока рано. Но сама находка важна, потому что она поддерживает идею: влияние на путь mTOR может не только продлевать жизнь, но и сохранять функции организма при старении.
3👍2🔥2
Ряды Фурье
Уиии! Тут самые пугающие хорошие новости, которые мы слышали за год! Пока вы тут сидите, там уже выпустили первые вирусы, сконструированные нейросетями. Вот работа про то, как учёные первый раз смогли собрать жизнеспособные вирусы с заданной архитектурой.…
Микробиологи из Сельскохозяйственного университета Ганьсу в Китае обнаружили вирус-бактериофаг W5, безопасный для человека, который уничтожает сальмонеллу, включая штаммы, устойчивые к антибиотикам. Он размножается за 22 минуты и действует как «точная ракета», поражая колонии в продуктах и упаковке.

Исследование опубликовано в журнале Applied and Environmental Microbiology.

Исследователи выделили 27 видов фагов и выявили штамм, способный атаковать три опаснейшие разновидности сальмонеллы, вызывающие брюшной тиф и сальмонеллез. Фаг W5 также предотвращает образование защитных биопленок, делая его перспективным для очистки мясной, молочной и другой пищевой продукции.

Фаготерапия, изучавшаяся раньше преимущественно в СССР, сегодня вновь становится актуальной из-за роста устойчивости бактерий к антибиотикам.
🔥31