🔺Часть 5
А вот и результаты такого теста для улитонек на разных работах в разных морях, чем светлее квадратик – тем значимее фактор для вида. В целом чаще всего модель портит случайное перемешивание значений о глубине, солёности и кислотности (в простонародье – pH). Но в каждом море своя специфика. Например для Центральной части Арктики (Arctic Ocean) очень важна глубина, в Восточно-Сибирском и море Лаптевых – солёность, ведь они сильно распреснены стоком сибирских рек.
🔻#мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

🔺Часть 6
И да, я очень люблю картинки. Вообще я трачу времени на визуальную часть результатов любого исследования больше чем на текстовую (ну не считая обсуждения, которое я иногда пишу годами долго). Обычно я делаю минимально приемлемые картинки в R, а после доделываю их в графическом редакторе. Очевидный недостаток такого подхода – если пересчитал анализ (вспомните с чего началась эта ветка), то нужно заново редачить картинки, что занимает уйму времени. В этот раз я попробовал сразу вставить в скрипт все параметры для идеальной картинки, которую можно будет прогонять с разными данными без изменений. К тому же сейчас есть нейросети, а значит – можно не вставлять в код кучу правок вручную а просто попросить ии-ассистента сделать красиво поставить такой-то шрифт там-то, задать прозрачность для того-то цвета и выровнять так-то. Поначалу это казалось прикольным, но потом я посчитал что потратил на такие объяснения в несколько раз больше времени, чем кастомизировал бы это вручную. К тому же у меня внезапно кончились токены (я только сейчас узнал, что они могут кончаться 😳), именно поэтому картинка еще немного сыровата. В общем этот эксперимент я больше воспроизводить не буду. Заодно, у меня было время подумать, что пока я объясняю бездушной машине, какой текст сдвинуть на три пикселя вправо, мог бы уже закончить начать другой более концептуальный проект, к которому я все не нахожу времени подойти.
#мастерская@bottom_bottom #Морские #Арктика

Всякие закономерности распространения зверюшек – это, конечно, очень интересно. Но пора написать про то, чем действительно должен заниматься каждый учёный научный работник – про описание новых видов 🤩 *Сообщение от пояснительной бригады: это метаирония. Конец сообщения от пояснительной бриагды.*

Тем более, что у меня наконец-то вышла первая из серии статей про мою любимую (но никому не известную) группу морских улитонек – семейства Rissoidae. Этих мелких улитонек я полюбил очень давно, тем более, что первые мои два гранта, которые дали мне не столько деньги, сколько возможность поверить в свои силы или фигурально – оттолкнуться ото дна, были посвящены именно им. Тогда же мне подкинули пробирку со странными улитоньками из метановых сипов моря Лаптевых. К слову, я тогда не знал что такое метановые сипы (напомню, это места – где со дна пузырьками сочится метан и другие органические газы, которые мы с вами сжигаем, когда кипятим чайник) и слабо представлял где находится море Лаптевых.

Улитки были немного похожи на Frigidoalvania janmayeni, это очень широко распространённый вид в Арктике, но явно были чем-то новым. Тогда же я сделал препараты для сканирующего микроскопа с мелкими деталями её анатомии, а так все остальные виды этого рода (для сравнения) мной уже были изучены, то ничего не мешало её описать …. Но тут начались всякие переезды, обустройство новой лаборатории и я на какое-то время забыл про этих улитонек.
🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 2
Потом я начал изучать для себя молекулярную филогенетику. Это когда мы сравниваем фрагменты генов у разных улитонек и сложными рассчётами пытаемся понять кто кому родня. Примерно как тут. И я решил что просто описывать новый вид скучно и нужно непременно прочитать его гены.

Вообще мои отношения с молекулярной филогенетикой можно описать строками из песни (или вот на русском):

You loaded 16 tons and what are you get? Another day older and deeper in debt ….

Когда после очередного абсолютно безрезультатной попытки я зимней ночью шёл по парку в котором работаю и курил мыслено заменяя в этой песне “16 tons” на “16S”. и грустно улыбался, вспоминая очередную форезную плашку без следов продуктов ПЦР. На то чтобы подобрать сочетание реактивов, которые действительно работали с моими улитоньками мне пришлось потратить два года.

Зато когда я его подобрал у меня получилось сразу очень много-много данных, которые я начал анализировать и метановые улитоньки опять оказались не в приоритете, к тому же получилось там далеко не всё, что хотелось. В позапрошлом году я всё-таки обработал тонны фотографий, полученных ещё во время первых грантов, и сделал морфологическую часть своей работы, а моя аспирантка дообработала старые последовательности ДНК и мы построили пусть и не самое лучшее, но всё-таки филогенетическое дерево.
🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 3
Основная крутизна нашей работы – мы нашли действительно эндемичный вид, который с очень большой долей вероятностью живёт в одном-единственном, очень небольшом месте в Центральной Арктике. Других таких видов известно мало, строго говоря до этого момента был известен только один, да и то с оговорками. Он известен из одного глубоководного подводного леса, но возможно это только потому что других сборов с затопленных деревяшек из арктического глубоководья почти нет. Наша новая улитка, напротив достаточно мелководная, живёт всего на 70 метрах, то есть в очень изученной зоне. Обычно же арктические улитоньки имеют очень широкие ареалы и живут сразу в нескольких (если не во всех) морях океана (вот, картинки кстати).

А ещё метановые сипы на шельфе Арктики изучены довольно хорошо, в том же море Лаптевых (и его окрестностях) этих сипов изучили аж четырнадцать штук, однако улитоньки нашлись только в одном, причём регулярно в разные года. То есть это пока действительно первый случай находки прямо настоящего эндемика Арктики среди улитонек.
🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 4
В общем вот, поглядите на самих улитонек. Отдельно раковины и отдельно – куски половой системы
🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 7
Вы наверно спросите – а почему же виды объединили вместе из-за красного периостракума? Это наверно очень важный эволюционный признак и учёные научные работники потратили не один год, чтобы это установить 🤔 Не-а 🙂‍↔️ Это такая же параша гипотеза, как например рёбрышки или складки кишечника и это показал наш филогенетический анализ. Ну как показал … в этот раз не очень показал, но в следующий – обязательно покажет 🤪 В общем, после долгой серии экспериментов, с разными вариантами рассчётов удалось получить филогенетическое дерево, статистическая поддержка (это маленькие циферки у ветвлений, в идеале они должны быть единицами) которого хоть как-то нас устраивала. Вот, оно, на картинке ниже.
🔻 #Морские #Арктика

🔺Часть 8
Спойлер: мы сейчас, потратив мой годовой бюджет на пирожные «картошка», получили уже полностью поддержаное дерево с такой же топологией, правда для этого пришлось добавить туда уйму видов, в том числе одну линию, которая как раз становится между «синей» и «зелёными», но это тема ещё для двух историй. Пока эти статьи в бесконечном аду рецензирования 🤬, а сосны, которые станут бумагой для них растут в подводном лесу.

На дереве есть несколько других видов этого рода (они, кстати, тоже есть на картинках в части 5) – тихоокеанская Frigidoalvania asura и арктическая Frigidoalvania cruenta. Причём все остальные их родственники тоже тихоокеанские. То есть несмотря на красную ракушку все фригидоальвании попали в Арктику разными путями, да и строго говоря вообще не родственники.

В общем, мы открыли очередной ящик пандоры, который нужно будет разгребать ещё минимум в серии исследований. Так что следите за обновлениями Дна!
🔻 #Морские #Арктика