Долгожданный, обновленный, неповторимый. Дайджест уютных курсов Бластима. Зима 2023-24! ❄️

🧬Анализ NGS-данных
29 января — 9 февраля
Классический и одновременно современный курс Бластима по анализу данных секвенирования 2 и даже 3 поколения! Разберемся с продвинутой биоинформатикой от SNV-calling до сингл селл и метагеномики. Приручим bash, R и Python.
Успейте предзаписаться по старой цене до 5️⃣ декабря!

Все подробности: bit.ly/419ip1G

🤖 ML на питоне для решения биоинформатических задач
13 февраля — 21 марта
Повторим азы статистики, освоим продвинутое программирование на пайтон, узнаем всё об алгоритмах машинного обучения от линейной регрессии до кластеризации, познакомимся с нейросетями и PyTorch.

Забронировать место: bit.ly/3uBExW5

🐍 Питон для новичков
26 февраля — 21 марта
Обучение самому популярному языку программирования с нуля. Автоматизируем рабочие процессы, выполним 3 проекта для портфолио и попрактикуем всё, что нужно для решения задач в дата-сайнс, биоинформатике и вообще любом ресёче.

Предзаписаться: bit.ly/3NuqJDF

🎁 Напоминаем, что курсы можно купить в подарок, а также мы периодически разыгрываем крупные скидки, так что не переключайтесь!

Недавно Collins назвал ИИ словом 2023 года. А теперь свой вариант озвучил Cambridge Dictionary. Словарь выбрал глагол «галлюцинировать» в контексте искусственного интеллекта. Сегодня мы расскажем про галлюцинацию галлюциногенов.

🧟‍♂️Последние 20 лет наблюдается бум дизайнерских наркотиков: на улицах находят людей-зомби с передозировкой неизвестными соединениями. Эти молекулы по сравнению с уже запрещенными имеют химические модификации, что позволяет им легально продаваться на рынке. У пострадавших берут на анализ мочу и кровь для масс-спектрометрии, чтобы определить, чем они отравлены и оказать медпомощь. Но для быстрой идентификации веществ нужно сравнение с чистыми образцами, а взять их негде, ведь новинки синтезируют подпольно. Что делать?

В 2021 году Майкл Скиннидер из Принстона с коллегами создали глубокую генеративную модель DarkNPS. Она была вдохновлена языковыми моделями, которые понимают, какое слово в предложении подходит следующим по смыслу. Точно также DarkNPS умеет предсказывать символы, но не в тексте, а в SMILES-строках — линейном представлении химструктур для компьютера. Однако первоначально была проблема — ничтожно малая обучающая выборка всего из 1753 психоактивных веществ, с огромным трудом собранных в базе данных департамента судебной химии университета Копенгагена. Тогда ученые применили аугментацию: размножили одни и те же данные и представили их как новенькие. Трюк сработал! После этого обученный ИИ сгаллюцинировал 9 млн правдоподобных наркотиков. Оказалось, что ИИ предсказал 90% веществ, которые вошли в оборот у драгдилеров уже после обучения алгоритма. Но главное, что модель научилась выделять, какие из сгенерированных молекул вероятнее появятся на черном рынке в будущем. И тем самым с высокой точностью определять структуру наркотиков из образцов пациентов только по массе!

За решение ранее нерешаемой задачи Скиннидер в 2023 г. получил несколько престижных премий, а разработка уже внедряется в практику правоохранителей и врачей скорой помощи! 🚑

#выходные_у_бластим

⚡️Друзья, мы знаем, что у нас на канале за последнее время появилось много новеньких. Поэтому мы решили кратко напомнить, кто мы, откуда, куда мы идём!

Бластим — флагман образования в биотехе. Мы публикуем крутые вакансии, делаем полезные вебинары, провели «воз и маленькую тележку» курсов по биоинформатике! ⭐️

Наша миссия — помочь людям развить собственные скилы, найти работу в лайфсайнс. И визитная карточка Бластима — курс по анализу данных секвенирования нового поколения (NGS). Мы сделали его в далеком 2015 году в Пущино и были первыми и единственными в России. С тех пор многое изменилось, нас пытались копипастить, но мы всегда улучшаем программу, чутко внимаем советам экспертов и запросам слушателей, добавляем новые фичи, поэтому стабильно остаемся лучшими!

Факт, что в биологии многим не хватает биоинформатических навыков, которые могут ускорить науку, углубить понимание процессов. Собственно поэтому курс по NGS очень востребован: только за последние три года он прошел 6 раз, а в нашем alumni-чате — около 300 выпускников, каждого из которых мы поддерживали на протяжении обучения и продолжаем сейчас. Важно, что на наших занятиях вы работаете с реальными проектами, а лекторы дают готовые рецепты, что позволяет избегать типичных ошибок. Курс проходит полноценно в онлайне. А также очно в Москве, где на кофе-брейках можно спокойно расспросить преподавателей об их карьере и плотнее влиться в комьюнити☕️

Когда кругом неопределенность, даже у золота и акций уже не та ценность, самая лучшая инвестиция — вложение в себя. Она реально окупается, а знания приносят еще и радость. Об этом говорят наши ученики. Их отзывы, а также обновленную программу по NGS можно найти на сайте: https://bit.ly/46KEqF8

Добро пожаловать на Бластим!

🔥 Идем в биоинформатику! Хорошие вакансии за рубежом.

📌 Биоинформатик с опытом работы в мокрой биологии в университет Данди (Шотландия, Великобритания)
Предстоит определять механизмы действия противомалярийных соединений. Нужен опыт в геномной биоинформатике, умение работать на R, Python, Linux. ЗП до £44 тыс./год
Дедлайн: 11 декабря

📌 Постдок в области ИИ (Милан, Италия)
Институт Human Technopole приглашает постдока для проведения исследований на стыке ИИ и наук о жизни. Требования: PhD-степень, владение Python, опыт в микроскопии и автоматизированном анализе изображений.
Дедлайн: 20 декабря

📌 Биоинформатик в Кингс в проект Mind & Skin (Лондон, Великобритания)
Предстоит использовать подходы машинного обучения и интеграции данных. Нужна степень PhD, обязательны знания Python и R, а также статанализа. ЗП до £44 тыс./год
Дедлайн: 4 января

📌 Руководитель группы геномики человека в EMBL-EBI (Хинкстон, Великобритания)
Требования: опыт управления персоналом, написания грантовых заявок, использования данных геномики, методов анализа различных типов данных для аннотации генома. ЗП от £5,6 тыс./мес
Дедлайн: 10 января

📌 Постдок-биоинформатик (Вашингтон, США)
Разыскивается постдок в сингл селл и пространственную протеогеномику. Предстоит интегрировать различные типы омиксных данных для поиска биомаркеров и мишеней для лечения рака у детей. Нужны: степень PhD, хорошие навыки программирования, опыт разработки R-пакетов и скриптов на Python.
Дедлайн: 31 января

📌 Постдок в институт Бака по исследованию старения (Калифорния, США)
Предстоит изучать функции митохондрий в β-клетках поджелудочной железы при диабете 2 типа у человека. От кандидатов: навыки работы с Linux, умение писать скрипты, опыт работы с NGS и RNA-seq воркфлоу.
ЗП $68 тыс./год

#бластим_вакансии

В малых дозах в любых количествах: 3 новости науки про вино!

🍷ИИ-сомелье
Вино приобретает особую идентичность в зависимости от терруара — сочетания почвенно-климатических факторов местности и практики виноградарства. Опытные сомелье могут с одного глотка назвать склон холма, где рос виноград, или локацию, где шло производство. Химики из Швейцарии решили проверить, как с этой задачей справится ИИ. Они взяли 80 французских вин из 7 шато в Бордо и с помощью ГХ-МС получили информацию об их химическом составе — по 30 тыс. молекул для каждого образца. А потом «скормили» данные модели машинного обучения. Натренированный на выборке из 73 вин алгоритм предсказал происхождение еще 7 бутылок со 100% точностью, с 50% — год изготовления. Авторы показали, что неповторимый вкус вина зависит не от концентрации горстки ключевых веществ, а складывается из малых эффектов огромного числа молекул. Скоро сомелье могут и без работы остаться!

🤕 Бокала красного — головная боль?
Бывает, что голова болит от красного вина, а не любого другого алкоголя. Причем боль у восприимчивых индивидов начинается даже после единственного бокала. Согласно статье в Scientific Reports, феномен объясняет кверцетин. Содержание этого фенольного соединения высоко именно в красном вине, а его гликозид — кверцетин-3-глюкуронид ингибирует фермент альдегиддегидрогеназу 2, превращающий ацетальдегид в ацетат. Накопление токсичного альдегида и ведет к головной боли. Такой же эффект наблюдается у людей с мутациями в генах фермента, которые распространены, например, среди японцев и корейцев. Кстати, уровень «вредного» кверцетина сильно выше в премиальных винах.

🍇Происхождение виноградной лозы
Считалось, что дикий виноград рос в Центральной Азии и потом распространился на запад, где его одомашнили то ли в Иберии, то ли на Кавказе. Новые масштабные генетические исследования китайских ученых опровергают старые представления. По их данным, первоначально виноград широко произрастал в Евразии, но потом его ареал фрагментировался из-за оледенения. Поэтому лозу одомашнили два раза и независимо примерно 11 тыс. л.н. Так, на Ближнем Востоке окультурили виноград cтоловый, а на Кавказе — винный. В дальнейшем, столовый виноград из Азии, но не с Кавказа, вместе с земледельцами мигрировал в Европу, и по мере продвижения скрещивался с диким, становясь всё более сахаристым, пригодным для брожения и виноделия. После этого в Европе началась бурная диверсификация винных сортов, проследить корни каждого из которых генетика уже не может.

#выходные_у_бластим