Бластим: курсы и работа в биотехе
7.96K subscribers
1.76K photos
124 videos
1 file
1.46K links
❤️ Наши курсы: agency.blastim.ru

🥨 Свежие вакансии в биотехе: blastim.ru

📈 Курс «Статистика, R и анализ данных» с 26 мая: clck.ru/3JcffP

🤝 По сотрудничеству и рекламе: @edu_blastim

📚 По вопросам о курсах: @varvara_blastim
Download Telegram
👉Как-то мы закружились в череде дел и полезных постов, и совсем не рассказали вам, что через неделю у нас стартует курс по РНК-секвенированию единственный в этом году.

«Анализ данных RNA-seq» — классный лайфхак, как научиться методам обработки, интерпретации данных генной экспрессии, без освоения программы по NGS, которая теперь есть в каждой уважающей себя биологической онлайн-школе.

Ну, смотрите сами, на «РНК-сек» Бластима: основные технологии анализа секвенирования рассматриваем, сингл-селл осваиваем, диф-/коэкспрессию и сплайсинг разбираем, визуализировать результаты учимся! 🧬

В общем, то необходимое, что может быть нужно современному биологу, но не на длинном интенсиве, а в уютном онлайн-формате вечерами по средам и субботам.

В итоге курс позволит:
📌 внести разнообразие в рабочий процесс
📌 узнать нюансы от практикующих людей
📌 научиться видеть подводные камни транскриптомики
📌 адекватно оценивать научные работы коллег
📌 расширить компетенции, открыв доступ к новым задачам

Но и это еще не всё! Мы внимательно слушали советы, как еще улучшить курс, и добавили в разборы новые объекты: помимо человека теперь поработаем с мышью и пшеницей! 🐭🌾

👉Узнать программу и расписание и оставить заявку можно на страничке: bit.ly/45Eb3Ui
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
⚡️Эксклюзив на Бластим!
Мы постоянно говорим про хорошую зарплату в биоинформатике и датасайнс. А вот и пруфы:

📌Постдок-биоинформатик в онкогеномику (Нидерландский институт рака)
Требования: опыт анализа геномных и протеомных данных, владение R, bash + хорошо бы Python. ЗП до 4600 €/мес.

📌PhD-студент в изучение биоразнообразия пресноводных рыб в Университете Радбауд (Нидерланды)
Требования: магистерский диплом, опыт статистического моделирования, знание R/Python/Matlab. ЗП до 3600 €/мес.

📌PhD-студент в изучение биосинтеза сигнальных соединений у растений в Университет Амстердама
Требования: степень магистра, опыт в экспериментальной биологии, знание пайплайнов проведения экспериментов в метаболомике, транскриптомике, умение анализировать данные на R. ЗП до 2770 €/мес.

📌PhD-студент в изучение движения животных и биоразнообразия в Университете Радбауд (Нидерланды)
Требования: магистерский диплом, опыт статистического моделирования и машинного обучения в экологии. ЗП до 3600 €/мес.

📌Докторант в биоинформатику и микробиологию (медицинский факультет Хельсинки)
Требования: магистерская степень, опыт в биоинформатике/биостатистике с R или Python, знание основных методов молекулярной и микробиологии. ЗП 2500 €/мес.

📌NGS-биоинформатик для работы с геномами человека в БФУ (можно удаленно)
Требования: уверенное владение Python,R, Bash, знание конвейера анализа NGS-данных, понимание статистики и генетики. ЗП до 130 тыс. ₽/мес.

📌Биоинформатик-джун в BostonGene (Армения)
Требования: понимание иммунологии/молекулярной биологии, владение Python/R, Bash, понимание хи-квадрата, корреляции Пирсона, теста Стьюдента, основ машинлернинга. ЗП от 1000 $/мес.

📌Биоинформатик в онкологию лимфомы в BostonGene (Армения)
Требования: опыт в биоинформатике рака, знания иммунологии/клеточной биологии, опыт в pandas и matplotlib в Python или/и знание R. ЗП от 1000 $/мес.

📌Мидл-биоинформатик (Санкт-Петербург)
Требования: опыт в NGS на пайтоне или баше, знание программных биоинформатических пакетов. ЗП от 80 тыс. ₽/мес.

#бластим_вакансии
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
💊Дайджест профессий в фарме

Коллеги из проекта «Алло, это фарма?» собрали дайджест разных профессий в фарме, в каждом — интервью или один день из жизни специалиста, чтобы лучше понимать задачи и функционал. А кое-где в качестве бонуса инструкции о том, что изучить и прочитать, чтобы попасть в это направление.

Из того, что уже попало в дайджест:

▫️ медицинский писатель,
▫️ специалист по фармаконадзору,
▫️ специалист по регистрации лекарственных средств,
▫️ монитор клинических исследований и не только!

Дайджест пополняется на регулярной основе, а пока читайте уже вышедшие материалы по ссылке.

🔥Если вы работаете в фарме и хотите поделиться своим опытом, то пишите коллегам и, конечно, подписывайтесь на канал!

#бластим_рекомендует
Почему биоинформатик должен быть еще и датасаентистом?

Биоинформатик
извлекает информацию из биологических данных. Датасаентист работает практически с любыми данными. Используя методы статанализа, машинного обучения и датавиза, он выявляет закономерности и строит прогнозы. То есть Data science шире биоинформатики, а специалисты этой области не ограничиваются изучением генома или транскриптома.

Почему же биоинформатик должен быть еще и специалистом по данным?
💻биоинформатики оперируют огромными массивами (тот же наш геном это 100 ГБ), поэтому им нужны инструменты аналитиков
🔄сегодня нужно проводить интегративный анализ разных омик — здесь тем более не обойтись без опыта работы с разнородными данными
⭐️передовые методы статистики и машинлернинга появляются в датасайнс, и биоинформатики просто обязаны их изучать, чтобы извлекать всеобъемлющую информацию
🧪биологические эксперименты — междисциплинарные, поэтому наличие навыков обработки бигдата значительно облегчает командное сотрудничество, скажем, с клиницистами или программистами

Что минимально должен знать биоинформатик?
🕷(молекулярную) биологию
🔤 программирование на R или Python
📊 датасайнс

Плюс в ближайшие 5 лет на рынке точно будут востребованы такие навыки:
глубокое обучение
разработка конвейеров
сингл-селл омики
облачные вычисления
интеграция и мультиомики
визуализация

👨‍💻 Разбираться в датасайнс сегодня получается выгоднее, чем быть просто биоинформатиком: у аналитика данных зарплата выше, а перспективы шире. Кроме того, аналитические задачки раскрывают в человеке главные качества хорошего исследователя — критическое мышление и умение вычленять информацию из хаоса. Мало кто может похвастаться вторым скилом.

🚩У большинства сотрудников есть пробелы в статанализе, и работодатели, понимая это, вынуждены поднимать зарплату для специалистов, умеющих ставить и проверять гипотезы в наборе наблюдений, не говоря уже о более продвинутых компетенциях.

👉Повысить востребованность мы помогаем на программе по статистике и R. Стартуем через 3 дня!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
На канале youth&career каждый день публикуются подборки конференций, конкурсов, лекций. Вам будут интересны не только естественнонаучные и технические подборки, но также all и бизнес

Сейчас ребята идут дальше и делают обзор стипендий, грантов и даже интервью с участниками. Круто взглянуть на полезное мероприятие с другого ракурса. Становится не так страшно пробовать, когда уже ясно, как это выглядит. А если ты хочешь поделится своим опытом участия, то они всегда будут рады его опубликовать.

По секрету скажем🧐, что скоро будет какая-то активность про стипендии и набор участников на стажировки.

Присоединяйся к youth&career💡
🔥Вирусный вебинар на Бластим!

Сегодня в сфере генной терапии популярны AAV-векторы — платформы для доставки заданных последовательностей ДНК и РНК на основе аденоассоциированных вирусов. Всё больше лабораторий и исследовательских центров разрабатывают свои собственные подходы и наращивают мощности для производства AAV-векторов.

Между тем, специалистов с таким опытом и знаниями катастрофически не хватает, поэтому Бластим решил сделать вебинар для знакомства ученых и всех желающих с этой новой биотех-«кухней».

На мастер-классе вы узнаете:

— что такое AAV и их возможности в молекулярке и медицине
— для чего используются scAAV и dsAAV
— какой общий пайплайн получения AAV
— как конструировать векторы в лаборатории от наработки до анализа

Вебинар идеален для тех, кто интересуется генотерапией, хочет «поднять» технологию создания AAV у себя в лабе и вообще любит современные методы.

🎙Спикер — Александр Мощенко | Ведущий — Айказ Еремян

🔝Регистрируйтесь по ссылке: bit.ly/3tG3RtB
И до встречи 26 октября!
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Из мокрого биолога в биоинформатика, из науки в индустрию, из простого китайского студента в главу отдела в американском стартапе. Рассказываем историю трансформации карьеры и жизни.

2008 год. Открытие Олимпиады в Пекине. В это время выпускник шанхайского вуза Мин «Томми» Тан прилетает в США. В кармане $2 тыс. — все накопления семьи, он впервые в Америке. Молодой человек приехал в докторантуру по молекулярной биологии в университет Флориды. Томми сидит в лабе по 10 часов в день и даже в выходные, благодаря чему становится асом в пипетировании. Защищает PhD, публикуется.

Однажды научрук попросил Томми обработать ChipSeq-датасеты, для чего требовалось открыть файл 2ГБ. Он пытается, но привычный Excel зависает. Томми осознает, что ему остро не хватает навыков анализа данных. С помощью друзей-биоинформатиков, которым он однажды помог сделать мокрые эксперименты, Томми учится сортировать, искать уникальные значения, манипулировать таблицами. Большинство мощных тулов запускается из терминала, поэтому он начинает осваивать командную строку. Сперва непривычно без графического интерфейса, но Томми настойчив, хотя больше никто из сотрудников лабы не программирует, и хорошего комьюнити не достает. Биолог за пару лет самостоятельно проходит >40 курсов по статистике, кодингу на Python и R, покоряя биоинформатику!

Сегодня Мин Тан возглавляет отдел вычислительной биологии рака в топовой биотех-компании Immunitas Therapeutics и занимается синг-селл мультиомикой опухолей, используя, например, tidyverse в R для обработки данных и визуализации, SnakeMake на Python для сборки пайплайнов. Прежде чем возглавить департамент, он успел поработать с данными во всемирно известных учреждениях: онкологическом центре Андерсона, институте рака «Дана-Фарбер», Гарвардском университете.

У каждого свой трек, но терпение и труд помогают. Совершить карьерный скачок реально, и перейти «from cell line to command line» тоже. А вместе с командой единомышленников на Бластиме это еще быстрее!

#про_карьеру_по_субботам
Нам всегда кажется, что наше время придет, но, к сожалению, оно только уходит⌛️

🕑Последние дни мы много рассказывали про датасайнс, и если вы осознали, что вам пора освоить анализ данных, но никак не можете выкроить время на обучение, у нас есть решение! Через день, в понедельник 23 октября, мы начинаем нашу без преувеличения самую проработанную программу по статистике и R. Первая, интенсивная часть курса будет выкладываться в записи сразу после каждого урока, так что у вас будет время всё освоить в своем темпе до старта ключевого второго модуля — а он удобно пройдет в выходные 4-5 и 11-12 ноября! Еще на протяжении всех 3 недель, у нас будет чат с преподавателями и техническими ассистентами, где можно задавать вопросы и созваниваться с ТА один на один для коллективного брейншторминга сложных проблем. Кроме того, все лекции и материалы останутся и после окончания обучения, а также будет чат выпускников, где вы всегда можете попросить помощи или разобраться с темами, с которыми не успели во время занятий.

Если у вас есть любые вопросы, связанные с организацией, программой или оплатой курса, оставьте заявку. Мы с вами свяжемся и найдем оптимум. Если у вас уже есть свои датасеты, то пойти именно на курс по R будет рационально, ведь он единственный из всей линейки Бластима, куда можно прийти с данными «из дома» и обработать их силами лучших R-профессионалов.

👋Будем рады видеть каждого, кто горит наукой: bit.ly/48ZM0Op
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Моллюск, ракообразное или медуза? Биологи разгадывают тайну причудливого существа.

🌊В 2018 году у берегов Окинавы подводный фотограф Рё Минемизу заснял необычный морской организм. Определить таксономическую принадлежность он не сумел и обратился за помощью к своим подписчикам, выложив фото в инстаграм. Пост увидел Игорь Адамейко — нейроиммунолог из России, работающий в Каролинском институте в Швеции и известный своими прорывными открытиями в области развития нервного гребня методами сингл-селл. Он попросил японца прислать образцы крошечного пловца (к счастью, они имелись).

Адамейко с коллегами были заинтригованы и даже сравнили животное с головой медузы Горгоны. Но, присмотревшись, ученые осознали, что видят не единый организм, а конгломерат. Волосы Горгоны — это существа по периферии, и они прикреплены к комку других особей в центре. В силу своей специализации исследователи изучили нейроны. По структуре нервных клеток животные принадлежали к лофотрохозоа — обширной группе, включающей самые разные типы от моллюсков до плоских червей. Далее команда прибегла к секвенированию. Образцы долго пролежали в формалине, поэтому пришлось даже применять хитрые технологии, разработанные для анализа древней ДНК.

Наконец, стало понятно: перед учеными плавающая колония дигеней — да, да, тех самых паразитов, жизненный цикл которых мы учим в школе (вспоминаем печеночного сосальщика). Конгломерат составляют 2 формы личинок-церкариев с очень разным фенотипом, но генетически идентичных. Мелкие пигментированные церкарии пассажиры находятся внутри полушария и служат инфекционными агентами, а их крупные собратья моряки перемещают всю колонию в воде, жертвуя собственными возможностями размножения. Объединение личинок в такой «круизный лайнер» позволяет им быть более заметными и аппетитными для своих окончательных хозяев — рыб. 🐟

Вот так неотразимые паразиты подарили нам настоящий научный детектив!

#выходные_у_бластим
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Одноклеточное секвенирование, скрининг антител и исследования направленной эволюции… Для каждого из перечисленных научных приложений нужно выделять отдельные клетки. И сегодня микрофлюидика (или манипулирование жидкостями малых объемов) стала важнейшим инструментом для этой процедуры.

#бластим_технологии
T-shaped специалист — тот, кто хорошо решает широкий спектр задач, плюс необычайно силен в своей узкой области. Именно за такими сотрудниками сегодня гоняются работодатели.

Курс повышения квалификации Бластима «Анализ данных RNA-seq» как раз предлагает всем, кто уже занимается NGS-данными, возможность получить системные знания в одной из самых востребованных областей — транскриптомике. Вы будете обрабатывать данные секвенирования РНК, сформируете свою специализацию и приобретете авторитет в команде.

🚀Формат курса заточен под это и предусматривает не только удобные прямые эфиры по вечерам, но и практику в командах, а также выполнение сквозного учебного проекта. Программа охватывает все основные разделы: картирование, дифэкспрессия, анализ коэкспрессии и обогащения генов, сплайсинг, основы single-cell и даже анализ длинных некодирующих РНК, ATAC-seq. По окончании вы получите удостоверение о повышении квалификации гособразца, а оно котируется как в вузах, так и биотех- и фарм-компаниях.

🔤Приходите за современными навыками в Бластим: подробности на сайте. Стартуем вечером 25 октября, то есть завтра, так что записывайтесь сейчас!

P.S.
Хотя мы рады вам в любой момент курса. Прикрепляем скрин переписки с участницей программы по статистике и R: у нас уже учатся семьями, вы тоже можете присоединиться и быстро наверстать пройденное🦸‍♂️
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
🧬Канал Молбиол, биоинформатика, life science посвящен молекулярной и клеточной биологии и биоинформатике для студентов и специалистов. Здесь вы найдете:

📌фундаментальные обзорные и методические статьи
📌протоколы и различные мануалы по мокрой биологии
📌информацию про софт, базы данных, пакеты и т.д.
📌учебники по молекулярной биологии, клеточной биологии, микробиологии, вирусологии, биоинформатике
📌ссылки на лекции и курсы
📌информацию о мероприятиях в академии: конференции, воркшопы, стажировки
📌карьерные возможности в академии, в т.ч. зарубежом: вакансии + советы по развитию карьеры

🔍Для удобства поиска используйте хештеги в закрепе либо поиск по ключевым словам (на русском и английском), например flow cytomtery, cell culture, так как одни и те же материалы не публикуются дважды, а в истории канала вы можете найти много интересных материалов.

✏️Также ждем вас в чате канала: https://t.me/molbiolrf_chat
Смехотворная зарплата, издевательства, дискриминация, харассмент, переутомление и постоянный стресс... Что-то из этого списка знакомо? Согласно опросу 2018 года, проведенному Nature среди научных сотрудников и аспирантов, 39% респондентов страдали умеренной или тяжелой депрессией, 41% — тревожностью. Показатели в 6 раз хуже, чем у населения в целом!😱

Кризис психического здоровья охватывает науку, и проблему уже нельзя просто замалчивать. По теме не так много литературы, а еще меньше организаций и ресурсов, куда можно обратиться за консультацией или помощью. Бластим предлагает начать открытое обсуждение и организует бесплатный вебинар «Ментальное здоровье ученых. Основы»

🧠 На встрече мы поговорим о распространенности психических заболеваний в общей и академической популяции, конкретных их проявлениях, проведем обзор признаков и симптомов, характерных для научной среды. На вебинаре вы узнаете не только о причинах токсичности исследовательской культуры, но и методах, как можно помочь себе и коллегам.

🎤Рассказывает: Ольга Введенская, PhD, MD, специалистка в области масс-спектрометрии, менеджерка по научным коммуникациям и соосновательница организаций Dragonfly Mental Health и Sci.STEPS

🌐Когда: 31 октября, 18:00 мск

🔗Чтобы попасть на вебинар, регистрируйтесь по ссылке: bit.ly/473AEXV
🔠🔠🔠 🔠🔠🔠🔠

Друзья, наш вебинар, посвященный потенциалу аденоассоциированных вирусов, стартовал. Спикеры Александр и Айказ ждут вас в онлайне. Присоединяйтесь!

Если вы еще не регистрировались, записывайтесь, и вам придет ссылка на видео: bit.ly/3MjrjDr
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM
Неделю назад в Science Advances вышло масштабное исследование о темпах оттока кадров из вузовской системы США. Социологи, с одной стороны, проанализировали трудовые книжки 245 тыс. сотрудников, работавших с 2011 по 2020 гг. А с другой — проинтервьюировали 10 тыс. преподавателей, как бывших, так и нынешних. Каковы итоги?

Женщины покидают академические круги чаще, чем мужчины, на любом карьерном этапе, несмотря на растущую долю докторских степеней! Это характерно для всех областей, будь-то STEM или социально-гуманитарные науки. Причем риск оставить службу для женщин увеличивается примерно через 15 лет после защиты диссертации. Это удивляет, ведь к этому времени уже много препятствий позади, и обычно есть штатная должность.

Причины увольнения фундаментально разные. Мужчины часто ссылались на профессиональные факторы: низкие зарплаты или необходимость публикационной активности. А женщины в первую очередь говорили о токсичной атмосфере в коллективе, которая включает дискриминацию, дисфункциональное лидерство, чувство несоответствия и др. Даже баланс между профессиональной деятельностью и личной жизнью оказался менее важен, хотя ранее его считали первопричиной ухода с должности.

Еще раньше вышел препринт другой любопытной статьи. Опросили почти 5 тыс. авторов, которые активно публиковались с 2008 по 2017 гг. Оказалось, что мужчины отправляли больше статей в самые топовые издания, такие как Nature, Science, Cell, PNAS. А женщины — меньше, хотя восприятие качества своих научных трудов было одинаково. Исследовательницам характерны более высокие внутренние стандарты, и они куда чаще отвечали, что их работа не новаторская и им не советуют подавать рукописи в передовые журналы.

Свежие данные, к сожалению, указывают, что женщины недостаточно представлены в науке. Как искоренить коллег-токсиков? Как добиться справедливости и гендерного равенства в академии? Будем вместе искать ответы на нашем вебинаре во вторник.

#про_карьеру_по_субботам
Хеллоуинские страшилки после такого покажутся цветочками🤣

66 млн лет назад на Земле творился настоящий ад — мел-палеогеновое вымирание. Об эту историю сломано много копий, и в научных дискуссиях противопоставляются два события, возможно, породивших катастрофу. ☄️Первое — удар огромного астероида, который оставил кратер Чиксулуб в Юкатане и вызвал появление в воздухе дымки, заслонившей солнце, что в итоге привело к похолоданию на Земле. 🌋Второе — мощный вулканизм в районе Деканских траппов в Индии. Бурные дебаты не стихают, ведь на кону разгадка тайны краха мира динозавров!

Исследователи из Дартмутского колледжа, наконец, попросили ИИ вынести соломоново решение. Вообще, у геологов есть косвенные данные о климате в те далекие времена. Например, по изотопам в ископаемых раковинах фораминифер можно узнать температуру океана и концентрацию CO2 в атмосфере. Но на этот раз ученые решили пойти обратным ходом: зная следствие, найти причину. Они использовали модель углеродного цикла в системе «океан-атмосфера-отложения» и применили байесовские методы машинного обучения. Компьютер смоделировал 300 тыс. сценариев содержания вулканических газов в атмосфере — CO2 (разогревает планету) и SO2 (охлаждает) — за миллион лет извержений! 128 процессоров работали параллельно, пока не подобрали газовый состав, который приводил бы к содержанию изотопов, фактически наблюдаемым в геологической летописи.

Полученные моделированием количества газов действительно были характерны для выбросов из Деканских траппов. И этих извержений было уже достаточно, чтобы вызвать массовую гибель животных и без метеорита. Вулканизм-то начался за 300 тыс. лет до падания астероида и способствовал медленному высвобождение разных по составу летучих веществ. Это искажало глобальный цикл углерода и вызывало колебания температуры то в одну, то в другую сторону. От климатических качелей страдала растительность, и далее по пищевой цепочке — рептилии. Хотя, как отмечают авторы работы, и метеориту дино тоже явно не обрадовались!🦖

#выходные_у_бластим
Please open Telegram to view this post
VIEW IN TELEGRAM