📚 Объявление: одинокая клетка ищет своего биоинформатика

Кажется, что single-cell RNA-seq — это что-то для лабораторий с дорогим оборудованием, большой командой и отдельным биоинформатиком? Не обязательно. Да, экспериментальная часть single-cell действительно не из дешевых и технически сложная. Однако это не отговорка, чтобы его не применять.

Например, вы проводите обычное bulk RNA-seq исследование и находите интересный ген. А в каких именно клетках он экспрессируется? Можно обратиться к уже опубликованным scRNA-seq данным и открытым датасетам. Например, найти закономерности, которые не заметили авторы, сравнить результаты разных исследований между собой или использовать их как дополнительный уровень подтверждения собственных находок. А можно пойти еще дальше — разрабатывать на их основе новые методы анализа.

Причем даже если большую часть рутины со временем будут делать ИИ-агенты, всё равно важно понимать, что происходит с данными между файлом с матрицей экспрессии и красивым UMAP на последнем слайде.

Поэтому мы в Бластим вместе с преподавателями сделали небольшую методичку: «Single-cell RNA-seq анализ: от А до Б», где собрали актуальные инструменты для базовых и более продвинутых задач и полезные ссылки, с которых можно начать самостоятельно.

✏️ Хотите обрадовать своего научника и коллег? Пишите Варваре @varvara_blastim «СИНГЛ СЕЛЛ» и мы пришлем методичку

ЯМР-вакансии за рубежом

Собрали подборку актуальных позиций — от тех, где требуется базовый опыт работы с ЯМР, до предложений для специалистов с глубокой экспертизой в интерпретации данных и управлении ЯМР-инфраструктурой.

🇩🇪 PhD Students | TUM School of Natural Sciences
ЯМР белков, misfolding & aggregation, твердотельный ЯМР
→ ссылка

🇩🇰 Academic Technical Position | Aarhus University
LC-MS/MS + NMR, organic & medicinal chemistry
Дедлайн: 23 августа
→ ссылка

🇸🇪 Staff Scientist | Lund University
Все основные области химии
Дедлайн: 31 августа
→ ссылка

🇬🇧 Research Associate | University of Manchester
High-resolution NMR & J-spectroscopy
Дедлайн: 31 августа
→ ссылка

🇺🇸 NMR Director & Lecturer | Ohio State University
Требования: минимум Bachelor’s degree и 2+ лет релевантного опыта
→ ссылка

А если вы на старте карьерного пути или хотите систематизировать свои знания, еще есть последняя возможность попасть на программу ДПО МГУ «Структурная интерпретация спектров ЯМР».

📕 И напоминаем, что для руководителей ЯМР-лабораторий у нас есть бесплатная методичка «Аудит компетенций ЯМР-лаборатории». Она поможет оценить уровень компетенций команды, выявить потенциальные риски и определить точки роста. Забрать практический чек-лист можно просто написав нам @edu_blastim

Генетика предполагает, эпигенетика располагает, а NGS помогает всё это увидеть 🧬

На первый взгляд, начальный этап пайплайна анализа NGS максимально однообразен: получаем риды, базово смотрим качество, картируем на референс. Что может пойти не так? На самом деле очень многое зависит от дизайна исследования. Например, где-то мы хотим равномерное покрытие, а где-то, наоборот, стремимся к ярким пикам. В одном случае мы должны бить в набат, увидев высокий процент дубликатов, а в ином — такой результат ожидаем. Что для определенного протокола может быть важным биологическим сигналом, для другого — признаком жутких технических проблем. Хороший биоинформатик обязан ориентироваться в этой теме как рыба в воде.

20 августа на вебинаре мы научимся читать NGS-данные и использовать разные характеристики ридов для интерпретации эксперимента. Разбираться будем на примере разных «секов» для изучения эпигенома, таких как ChIP-seq, ATAC-seq, MNase-seq, DNase-seq. Бластим пригласил спикера с невероятно богатым опытом в этой области, Александру Галицыну (ФББ, Сколтех, MIT). Не пропустите!

Адженда:
➜ Всегда ли нестандартный QC-профиль это плохо?
➜ Чем отличается работа с одним ридом и с парой?
➜ Почему картирование дает отнюдь не только координату в геноме?
➜ Какие показатели почти всегда указывают на артефакты, а когда нужно учесть метод?
➜ Как перейти от сырых данных к осмысленным выводам?

Кому пригодится: всем новичкам в бионфе, специалистам, интересующимся эпигенетикой и логикой контроля качества

Регистрация по ссылке: https://t.me/BlastimWeb_bot
Если не работает, то тут: https://agency.blastim.ru/ngs#galitsyna

У нас пополнение: к команде легендарного курса «Анализ NGS-данных» присоединилась Александра Галицына 🎉

Друзья, отличные новости: Александра не только прочтет вводный вебинар, но и будет вести основные занятия на самой востребованной программе Бластим. Ура!

Александра Галицына — вычислительный биолог мирового уровня и, без всяких преувеличений, человек, находящийся на переднем крае науки о трехмерной организации генома. Еще в школе она увлекалась математикой и биологией, поэтому поступила на ФББ МГУ. Со второго курса Александра занимается хроматином и регуляцией генов. Старт ее академической карьеры практически совпал с активным внедрением Hi-C. Так Александра оказалась среди пионеров области в России. 

Саша защитила PhD в Сколтехе. Ее диссертация была посвящена пространственной структуре хроматина в единичных клетках (scHi-C) дрозофилы. Поясним: обычные Hi-C матрицы — это «средняя температура по больнице», сигнал от целого образца. Поэтому ТАДы, хорошо видимые на агрегированной карте, не обязаны существовать в отдельных клеточках. Это требует пристального внимания и особых вычислительных подходов для анализа разреженных single-cell данных. Также в аспирантуре Александра изучала, как меняется хроматин при формировании плодового тела социальной амебы Dictyostelium.

Огромный опыт Александра приобрела в постдокторантуре Массачусетского технологического института. В США Александра исследовала фонтаны — необычные паттерны, перпендикулярные главной диагонали на Hi-C картах, которые казались странным исключением, но потом нашлись у многих позвоночных в раннем эмбриогенезе. Также она была вовлечена в проект по расшифровке роли хроматина в иммунитете. В феврале 2026 года публикация про когезин в функционировании дендритных клеток украсила обложку журнала Science Immunology.

Александра использует современные методы и интегрирует разные омики — Hi-C, ChIP-seq, ATAC-seq, bulk и scRNA-seq. Также ученая вносит вклад в разработку новаторских биоинформатических инструментов. Например, при ее участии был создан пакет pairtools для удобной трансформации сырых данных секвенирования в хромосомные контакты.

Мы очень рады, что Александра будет преподавать в Бластиме. Приходите 20 августа познакомиться и подружиться!

💊 Лучшее в организации клинических исследований — враг хорошего или необходимость?

Современный фармацевтический рынок предъявляет к исследовательским центрам новые требования: на первый план выходят понятность процессов и системное управление. Но так ли нужны изменения уже в привычной практике и как перейти к актуальным моделям организации? Об этом нам рассказал Михаил Камха, преподаватель Передовой инженерной школы МГУ на базе ФББ МГУ:

Уважаемые коллеги, давайте честно взглянем на то, как исторически складывалась практика клинических исследований в наших медицинских организациях и в нашей стране. Долгое время исследования приходили в клинику благодаря личному авторитету главных исследователей, их профессиональным связям или стратегическим целям — например, включению препарата в перечень ЖНВЛП или клинические рекомендации.

И мы должны признать: на определенном этапе эта модель работала. Однако парадигма глобального фармацевтического рынка необратимо изменилась. Сегодня, в эпоху внедрения ICH E6(R3), спонсоры и международные CRO перестали оценивать центр исключительно по именам в штатном расписании. Их главный запрос — операционная зрелость и предсказуемость. Если ранее качество данных часто оставалось на откуп личной ответственности врача-исследователя, то современный стандарт требует иного. GCP больше не может существовать изолированно. Это часть сложной матрицы, включающей риск-ориентированное управление качеством (RBQM), валидацию компьютеризированных систем по GAMP5 и строгое соблюдение принципов ALCOA+.

Моя задача как преподавателя и практика — не критиковать прошлый опыт, а дать инструменты для будущего. На нашем курсе мы разбираем, как трансформировать исторически сложившуюся практику в отлаженную интегрированную систему управления качеством — систему, которая защитит репутацию вашей клиники, обеспечит безупречное прохождение аудитов и сделает ваш центр магнитом для серьезных исследовательских проектов.

🔗 А если вы впервые слышите о программе ДПО по направлению «Менеджмент» от ФББ МГУ, который упоминает Михаил, — самое время познакомиться с ней поближе: https://agency.blastim.ru/qms

🎵 Изучайте программу и слушайте аудиоверсию подкаста Михаила Круга Камха в Бластим

🥹 И от бабушки ушел, и от дедушки ушел, а от нас не уйдет. Кто? Хроматин

ChIP-seq, ATAC-seq, MNase-seq, DNase-seq — методы изучения хроматина: какие участки ДНК открыты, где сидят белки, как уложены нуклеосомы. У каждого своя логика и свой характерный след в данных. Именно поэтому одна и та же подозрительная картина в одном эксперименте знаменует фиаско, а в другом — ровно то, что вы могли искать.

Сегодня в 19:00 мск Александра Галицына расскажет, как отличить шум от настоящего сигнала и на что обращать внимание при контроле качества.

🔗 Моментальная регистрация в боте: https://t.me/BlastimWeb_bot

⚠️ Записи вебинара не будет — ждем онлайн

АНТОН ТИХОНОВ. БОЛЬШОЕ ИНТЕРВЬЮ 💊💊💊

Готово ли человечество к эпидемии хантавируса? Пророчества Бориса Черного сбываются в фарме? Как Брайан Джонсон прошляпил аутоиммунку? Чем ЗОЖ отличается от лонжевити? Почему давление — это классная штука?

В июле Вита Степанова встретилась с добрым другом Бластима и опытным экспертом в области RnD лекарств Антоном Тихоновым из «Петровакса». Разговор зашел о самых горячих темах последних лет: Клод Коде и Оземпике, продлении жизни и фармлобби, молекулярных клеях и даже Трое.

➡️ Только на нашем сайте: https://agency.blastim.ru/media/tpost/g82bcv8hb1-intervyu-s-antonom-tihonovim

Читайте. Комментируйте. Делитесь

#про_карьеру_по_субботам