😖 Как приручить митохондрию: история одной древней сделки

Уже завтра, 17 декабря, в 18:00 мск встречаемся на лекции «Путь митохондрии: от бактериального симбионта до эгоистичного элемента и обратно — сможет ли наука одомашнить их силу и превратить в медицинских агентов?»

Спикер: Константин Юрьевич Попадьин, к.б.н., руководитель Центра митохондриальной функциональной геномики, БФУ имени Канта

🏺 Несколько миллиардов лет назад наша предковая клетка вступила во взаимовыгодное сотрудничество с древней бактерией. Этот симбиоз дал начало митохондриям (на некоторых планетах более известным под именем «мидихлориане» — см. Звездные войны). Событие открыло дорогу к эволюционному усложнению живых форм на Земле.

С тех пор митохондрии всё еще помнят свое независимое происхождение и порой «бунтуют», переходя на темную сторону: в клетках накапливаются эгоистичные митохондриальные мутации, которые начинают размножаться без остановки, убивая хозяйскую клетку и способствуя развитию возрастных заболеваний человека, таких как нейродегенерация.

Сегодня, глубже постигая законы эволюции, мы пробуем «одомашнить» митохондрии вновь — а именно направить их энергию и силу на светлую сторону исцеления и поддержания здоровья. Об одном из таких подходов — митохондриальной трансплантации, внедрении здоровых, молодых органелл в поврежденные ткани пациента для их восстановления и омоложения, — мы поговорим на завтрашней встрече более подробно.

🔗 Участие бесплатное, регистрируйтесь через бот: ссылка

Митохондрии, да пребудет с вами сила!

📌 Вдохновляющие возможности за рубежом

Если энергии перед праздниками еще хватает, загляните в наш новый список вакансий. Можно подаваться, а можно просто наметить цели и встретить Новый год с идеями для следующего карьерного шага.

PhD-стипендия в ML для энзимологии — Novo Nordisk Foundation Centre for Biosustainability — Дания 🇩🇰
Группа Computational Protein Engineering предлагает PhD-позицию в рамках MSCA Doctoral Network ELEGANCE. Требуется MSc в смежной области, а также опыт в молекулярной биологии и белковой инженерии. Контракт на 3 года.
Зарплата: от ~ DKK 30k в месяц
Дедлайн: 31/01/2026
Ссылка

Research Associate/Fellow — University of Nottingham — Великобритания 🇬🇧
Deep Seq Facility ищет опытного биоинформатика для анализа и интерпретации NGS-данных с различных платформ. Обязанности включают поддержку пользователей, разработку и оптимизацию пайплайнов, подготовку отчетов и участие в публикациях. Требуется PhD или MSc в биоинформатике.
Зарплата: £31,387-£46,485 в год
Дедлайн: 02/03/2026
Ссылка

Руководитель — AstraZeneca — США 🇺🇸
Проект в отделе Biologics Engineering, направленный на развитие NGS-платформы для поддержки AI/ML-направлений в инженерии антител. Обязанности включают руководство командой ученых и биоинформатиков. Требуется PhD в молекулярной биологии, генетике, биоинформатике или смежной области, 7+ лет опыта работы с NGS в фармацевтической или биотехнологической индустрии, а также опыт управления.
Зарплата: $172,672-$259,008 в год
Ссылка

NGS Technician — Biomedical Sequencing Facility — Австрия 🇦🇹
Позиция предполагает выполнение широкого спектра NGS-анализов (геном, транскриптом, эпигеном, single-cell), решение технических задач и обучение коллег. Требуется MSc (кандидаты с BSc или PhD также рассматриваются) в молекулярной биологии, биохимии или смежной области, практический опыт работы с ДНК/РНК и высокая внимательность при работе в лаборатории.
Зарплата: от €39k в год
Дедлайн: 31/12/2025
Ссылка

Постдок — Karolinska Institutet — Швеция 🇸🇪
Taras Kreslavsky group ищет кандидата для исследований молекулярных механизмов иммунной системы. Требуется PhD в биомедицине, иммунологии, клеточной биологии или смежной дисциплине, базовые навыки в биоинформатике приветствуются. Стипендия на срок до 2 лет.
Дедлайн: 16/01/2026
Ссылка

Scientist — St. Jude Children’s Research Hospital — США 🇺🇸
Приглашают ученого в Protein and Biologics Screening Core (Host–Microbe Interactions). Фокус на разработке и проведении кампаний по antibody discovery. Предпочтителен PhD, но сильные кандидаты со степенью бакалавра и выше также рассматриваются. Ожидаемая экспертиза: B-cell иммунология, single B-cell discovery, проточная цитометрия, ELISA, BLI/SPR, NGS и биоинформатика.
Зарплата: $86,320-$154,960 в год
Ссылка

Биоинформатик — University of Southern Denmark — Дания 🇩🇰
Проект в области RNA Therapeutics and Cardiometabolic Disease, направленный на разработку и внедрение вычислительных методов для анализа microRNA и интеграции omics-данных. Требуется сильная база в RNA-биологии, анализе NGS-данных, программировании на Python или R, приветствуется опыт в ML.
Дедлайн: 31/01/2026
Ссылка

Летние стажировки — Genentech/Roche — США 🇺🇸
Genentech приглашает студентов уровня Master’s или выше на летние стажировки в различных направлениях. Relocation benefits для позиций не предусмотрены.
Ссылка

#бластим_вакансии

Вокруг шум? Не кипишуем 😶

Даже идеальные NGS-данные не бывают «чистыми». В них встречаются варианты ридов, которые создаются особенностями методов секвенирования, а не природой. Основные источники искажений — ошибки PCR и сам процесс считывания последовательностей прибором. Такой шум может быть коварным и создавать иллюзию разнообразия, искажать статистику и приводить к ненадежным выводам. Поэтому в анализе важно не пропускать стадию денойзинга.

Денойзинг — это не фильтрация по качеству. Он статистически оценивает ошибки и позволяет отличить реальные последовательности от артефактов. Такой подход помогает восстановить исходный биологический сигнал, а не просто удалить «плохие» данные.

Популярные инструменты:
• DADA2 — удобный метод с хорошей документацией
• Deblur — распространенная альтернатива DADA2
• UNOISE — менее предпочтительный вариант
• QIIME2 — инструмент для метагеномных исследований, но с рядом ограничений

Но с денойзингом важно быть аккуратным. Слишком жесткие параметры могут привести к потере редких, но биологически значимых ридов.

Подробнее о сложностях и нюансах анализа результатов секвенирования мы говорили на вебинаре «Как не утонуть в ошибках при анализе NGS-данных?» с Николаем Кольжецовым в августе. В преддверии праздников мы решили бесплатно поделиться материалами встречи со всеми желающими! Просто напишите Варваре @varvara_blastim: «Хочу конспект по NGS» 🎁

Буду на фага охотиться, на профага 🔍

Прокариоты пребывают в бесконечной гонке вооружений с мобильными элементами. Однако плазмиды, фаги и другие эгоисты порой несут и пользу бактериям и археям. Например, они опосредуют горизонтальный перенос генов, кодирующих адаптивные признаки. Так, плазмиды часто содержат детерминанты вирулентности или резистентности к антибиотикам. Но что микробу хорошо, то человеку — 🪦 Однако сегодня благодаря технологии NGS мы можем по-настоящему исследовать прокариотический мобилом и идентифицировать потенциальных патогенов с помощью биоинформатики.

В этот четверг 25 декабря 18:30 МСК присоединяйтесь к биоинформатическому онлайн-семинару с преподавателем Николаем Кольжецовым (МГУ, Институт биофизики клетки РАН). Разберем, как уверенно находить мобильные элементы в геномных/метагеномных сборках и как отличать их от хромосом и «привидений» — контигов, которые могут быть артефактами или ошибками ассемблирования👻

Спикер продемонстрирует современные инструменты на основе машинного обучения:

🎄 PlasX — определяет уровень достоверности того, что контиг — плазмида,
🎄 VIBRANT и geNomad — служат для идентификации и таксономии профагов и фагов в сборках,
🎄 MobMess — позволяет перейти на более высокий уровень и провести анализ сходства сразу большого массива плазмид и других мобильных элементов.

Ждем вас на последнем вебинаре 2025. Регистрация по ссылке

Бластим — ваш геномный островок стабильности

🎲 Почему иммунитет играет в кости?

Неожиданно спонтанная, но очень крутая лекция уже сегодня, 23 декабря в 18:00 мск!

Встречаемся с Никитой Воробьевым — серебряным призером Международной биологической олимпиады (IBO-2023), студентом The Hong Kong University of Science and Technology (HKUST) по направлению Biotechnology & Data Science и специалистом по молекулярной динамике.

Поговорим о том, как организм позвоночных, и в частности человека, успевает подстраиваться под постоянно меняющийся мир вирусов? Почему иммунная система сознательно «впускает хаос», чтобы настроиться максимально точно?

Один из ключевых механизмов этой адаптации — соматический гипермутагенез В‑лимфоцитов, который позволяет вырабатывать высокоаффинные антитела и превращает случайность в инструмент выживания.

На лекции разберем:
• чем отличаются врожденный и адаптивный иммунитеты и как они работают в связке;
• когда появился адаптивный иммунитет и какие молекулярные механизмы лежат в его основе;
• как именно устроен соматический гипермутагенез и почему он принципиально стохастичен;
• зачем иммунная система умеет временно «отключать» гипермутагенез в В‑клетках;
• как все эти процессы используются при разработке вакцин и иммунных терапий.

Регистрация на лекцию бесплатно по ссылке: https://sbsite.pro//BioEvents_1

В прямом эфире можно будет задать вопросы, обсудить современные гипотезы и те самые нюансы, которые еще не скоро попадут в учебники. Это редкая возможность заглянуть в пульсирующую иммунологию и увидеть, как фундаментальные механизмы превращаются в прикладные решения.

P.S. Заботливо напоминаем про конкурс научных идей и призовые 300 000 ₽: участвуйте