🎙 Друзья, если вы не смотрели вебинар Бластима «Ментальное здоровье. Основы» или уже видели, но хотите пересмотреть, то это можно сделать на нашем ютуб-канале (кстати, подписывайтесь на него)!

Мы добавили таймкод для удобной навигации и собрали ссылки на ресурсы и литературу, которые упоминается в ролике. Из видео вы узнаете про выгорание и депрессию, психоз и злоупотребление психоактивными веществами, РАС и СДВГ, нейроразнообразие и микроагрессию.

🟥 Линк на запись: https://www.youtube.com/watch?v=fP97y2UvKjY

📚 Полезные ссылки:

📌 Dragonfly Mental Health
📌 Книга Кей Редфилд Джеймисон «Беспокойный разум» про биполярное расстройство
📌 Книга Элин Сакс «Не держит сердцевина. Записки о моей шизофрении»
📌 Inside Our Autistic Minds: BBC Documentary 2023 (2 episodes)
📌 Sci.STEPS
📌 Благотворительный фонд «Антон тут рядом»

А также напоминаем, что всем участникам, кто записывался на вебинар, до нового года мы пришлем письма с эксклюзивными материалами от Оли Введенской! 💌

#бластим_рекомендует

Стать биоинформатиком поможет... ChatGPT? Nature рассказывает, как можно организовать плавный переход: мокрая биология ➡️ ИИ ➡️ биоинформатика.

Фернанда Гарсиа Фосса — PhD-студентка-токсиколог из Бразилии, изучает эффекты наночастиц серебра на гепатоциты. Анализировать тысячи изображений клеток вручную было невыносимо трудно, и на форуме она прочитала про CellProfiler, онлайн-инструмент на основе ИИ от Массачусетского технологического института. Автоматический анализ картинок заменил монотонные операции и освободил кучу времени. К тому же, ее порадовало, что CellProfiler не требует навыков программирования. Именно с таких инструментов возможно начать знакомство с 🔤🔤.

🖥 Эксперты отмечают, что у многих ученых из области лайфсайнс не хватает биоинформатических навыков, скиллов по управлению данными. Если бы они были, дела пошли бы куда быстрее и веселее. Научившись программировать, можно создавать собственные тулы на основе ИИ. Для этого подходит Python, говорит Гаэль Варокво — один из создателей популярной библиотеки для машинного обучения scikit-learn:

«Python — универсальный язык. С ним можно делать обработку текста, научные вычисления, веб-серверы. Python полезен для науки, потому что чаще, чем мы ожидаем, нам приходится решать побочные задачи. Но также он пригодится, если вы будете искать работу за пределами академических кругов»

Варокво считает, что наука и ИИ стремительно эволюционируют, но все-таки не каждую неделю! Важно для развития карьеры не игнорировать обучение основам кодинга, математики и статистики. Не надо гнаться за новинками, лучше подождать и увидеть, что окажется самым полезным. Скажем, не осваивать нейросети, а для начала разобраться с классическим машинным обучением. И как раз тут опять отлично помогают чат-боты: они снижают требования к программистским навыкам, позволяют пользователям учиться настраивать среду, экспериментировать и задавать глупые вопросы.💬

По данным свежего опроса, каждый третий ученый-постдок уже использует чат-боты в повседневных задачах: чаще всего для правки текста на иностранном языке, но кто-то для отладки кода и в своей научной работе. ИИ преодолевает предубеждения нашего разума в анализе данных, ускоряет рабочий процесс. Тот же CellProfiler позволяет настраивать собственные конвейеры для автоматизации.

Искусственный интеллект открывает неизвестные закономерности, а также карьерные пути. Так, аспирантка Гарсиа Фосса отправила электронное письмо разработчикам CellProfiler, и те неожиданно пригласили ее в Массачусетс писать диссер и помогать улучшать приложение! 👍

⚡️Написали любопытный пост про науку на викенд специально для нашего друга — Колонии Вольвокс!

Советуем читать текст и следить за новостями на канале 👀

Всех началом рабочей недели! ✨📆🎉

Приглашаем поговорить о машинном обучении. Сейчас мы разрабатываем курс по ML и хотим создать программу, которая не только обучит новым навыкам, но и вдохновит🐙

Бластим предлагает поделиться своим мнением и профессиональными потребностями, что поможет нам сделать программу максимально релевантной и эффективной, а вам получить интересный опыт взаимодействия с современной EdTech-компанией и поучаствовать ни много ни мало в создании реального продукта по искусственному интеллекту!

✅ Записаться можно тут: bit.ly/3uAZ39t

⚡️Эксклюзив на Бластим!

Решили провести scRNA-seq эксперимент? Делимся самыми популярными тулами для анализа сингл селл данных в рамках типичного рабочего процесса.

1️⃣Создание библиотеки
Выделение единичных клеток, захват РНК, обратная транскрипция, секвенирование. Все детали на вебинаре 🟥

2️⃣ Препроцессинг
Выравнивание, контроль качества, коррекция ПЦР-дубликатов, генерация матрицы каунтов
⭐️CellRanger — коммерческий тул для библиотек 10X
⭐️dropEst — для разных библиотек
⭐️Kallisto-BUStools — псевдовыравнивание
⭐️STAR — выравниватель внутри CellRanger и dropEst
⭐️scran — нормализация

Фильтрация клеток, идентификация дублетов
📁EmptyDrops — пустые капли
📁Scrublet — дублеты на питоне
📁doubletFinder — на R
📁scds — быстрая оценка

Интеграция данных и коррекция батч-эффекта
👍Harmony
👍LIGER
👍Conos
👍Scanorama
👍Seurat CCA

3️⃣ Постобработка
Нормализация, снижение размерности, кластеризация, дифэкспрессия
✅Seurat — наиболее популярный инструмент (на R)
✅scanpy — на питоне
✅pagoda2 — на R
✅scVI — вариационный автоэнкодер
✅saucie — снижение размерности с помощью нейросетки

Траектории дифференцировки и псевдовремя
📎Monocle3
📎slingshot
📎destiny
📎PAGA
📎Wishbone
📎Palantir

RNA Velocity
⚡velocyto — самый ранний
⚡scVelo — продвинутый
⚡DeepVelo — глубокое обучение

Автоматическое типирование клеток
☀️SingleR
☀️CellID

Межклеточная коммуникация
🏳️CellPhoneDB
🏳️ICELLNET

Мультиомиксный анализ
📌WNN в Seurat
📌MOFA+
📌TotalVI

Пользуйтесь сами и расшаривайте друзьям!

#бластим_подборка

Всего-то после 11 лет, что пролетело с момента разработки Дженнифер Дудной и Эммануэль Шарпантье прорывной технологии, и вот уже одобрено первое CRISPR-лекарство. Историческое событие!

16 ноября британский фармрегулятор MHRA разрешил инновационный препарат Casgevy от двух наследственных гемоглобинопатий — серповидно-клеточной анемии (СКА) и тяжелой формы β-талассемии. При серповидно-клеточной анемии у пациентов наблюдаются мучительные боли, которые вызваны закупоркой сосудов аномальными эритроцитами. У больных β-талассемией не хватает гемоглобина, они страдают от анемии, что требует переливания крови каждые 3-5 недель.

Casgevy создавался совместно компаниями Vertex из США и CRISPR Therapeutics со штаб-квартирой в Швейцарии. В декабре ожидается, что зеленый свет лекарству предоставит и американский FDA.

💉Как это работает? Casgevy не таблетка, а сложная ex vivo генная терапия. У пациентов забирают гемопоэтические стволовые клетки и редактируют с помощью CRISPR. Генетические ножницы в этом случае нацелены на ген репрессора BCL11A, который подавляет экспрессию фетального гемоглобина. Именно благодаря активации HbF и достигается компенсаторный эффект. После модификации клетки возвращают пациентам, которым химиотерапией предварительно освобождают место в костном мозге. Огромный плюс Casgevy в том, что не нужно искать доноров и нет реакции иммунитета. В ходе клинических исследований 28 из 29 пациентов с СКА избавились от болевых кризов. 39 из 42 испытуемых с β-талассемией перестала требоваться трансфузия крови. Результаты впечатляют!

💸Но какова стоимость? С учетом необходимых манипуляций и инфраструктуры ожидается, что стоимость лечения составит $2 млн. Дороговизна сузит доступность новаторской терапии, притом, что СКА широко распространена в бедных странах Африки, где придает устойчивость к малярии.

Надеемся, что ограничения будут преодолены, и «иммунитет бактерий» поможет людям победить и другие недуги!

👉 Разобраться, как работает Криспр
👉 Почитать про типы лекарств

#бластим_технологии

Долгожданный, обновленный, неповторимый. Дайджест уютных курсов Бластима. Зима 2023-24! ❄️

🧬Анализ NGS-данных
29 января — 9 февраля
Классический и одновременно современный курс Бластима по анализу данных секвенирования 2 и даже 3 поколения! Разберемся с продвинутой биоинформатикой от SNV-calling до сингл селл и метагеномики. Приручим bash, R и Python.
Успейте предзаписаться по старой цене до 5️⃣ декабря!

Все подробности: bit.ly/419ip1G

🤖 ML на питоне для решения биоинформатических задач
13 февраля — 21 марта
Повторим азы статистики, освоим продвинутое программирование на пайтон, узнаем всё об алгоритмах машинного обучения от линейной регрессии до кластеризации, познакомимся с нейросетями и PyTorch.

Забронировать место: bit.ly/3uBExW5

🐍 Питон для новичков
26 февраля — 21 марта
Обучение самому популярному языку программирования с нуля. Автоматизируем рабочие процессы, выполним 3 проекта для портфолио и попрактикуем всё, что нужно для решения задач в дата-сайнс, биоинформатике и вообще любом ресёче.

Предзаписаться: bit.ly/3NuqJDF

🎁 Напоминаем, что курсы можно купить в подарок, а также мы периодически разыгрываем крупные скидки, так что не переключайтесь!

Недавно Collins назвал ИИ словом 2023 года. А теперь свой вариант озвучил Cambridge Dictionary. Словарь выбрал глагол «галлюцинировать» в контексте искусственного интеллекта. Сегодня мы расскажем про галлюцинацию галлюциногенов.

🧟‍♂️Последние 20 лет наблюдается бум дизайнерских наркотиков: на улицах находят людей-зомби с передозировкой неизвестными соединениями. Эти молекулы по сравнению с уже запрещенными имеют химические модификации, что позволяет им легально продаваться на рынке. У пострадавших берут на анализ мочу и кровь для масс-спектрометрии, чтобы определить, чем они отравлены и оказать медпомощь. Но для быстрой идентификации веществ нужно сравнение с чистыми образцами, а взять их негде, ведь новинки синтезируют подпольно. Что делать?

В 2021 году Майкл Скиннидер из Принстона с коллегами создали глубокую генеративную модель DarkNPS. Она была вдохновлена языковыми моделями, которые понимают, какое слово в предложении подходит следующим по смыслу. Точно также DarkNPS умеет предсказывать символы, но не в тексте, а в SMILES-строках — линейном представлении химструктур для компьютера. Однако первоначально была проблема — ничтожно малая обучающая выборка всего из 1753 психоактивных веществ, с огромным трудом собранных в базе данных департамента судебной химии университета Копенгагена. Тогда ученые применили аугментацию: размножили одни и те же данные и представили их как новенькие. Трюк сработал! После этого обученный ИИ сгаллюцинировал 9 млн правдоподобных наркотиков. Оказалось, что ИИ предсказал 90% веществ, которые вошли в оборот у драгдилеров уже после обучения алгоритма. Но главное, что модель научилась выделять, какие из сгенерированных молекул вероятнее появятся на черном рынке в будущем. И тем самым с высокой точностью определять структуру наркотиков из образцов пациентов только по массе!

За решение ранее нерешаемой задачи Скиннидер в 2023 г. получил несколько престижных премий, а разработка уже внедряется в практику правоохранителей и врачей скорой помощи! 🚑

#выходные_у_бластим

⚡️Друзья, мы знаем, что у нас на канале за последнее время появилось много новеньких. Поэтому мы решили кратко напомнить, кто мы, откуда, куда мы идём!

Бластим — флагман образования в биотехе. Мы публикуем крутые вакансии, делаем полезные вебинары, провели «воз и маленькую тележку» курсов по биоинформатике! ⭐️

Наша миссия — помочь людям развить собственные скилы, найти работу в лайфсайнс. И визитная карточка Бластима — курс по анализу данных секвенирования нового поколения (NGS). Мы сделали его в далеком 2015 году в Пущино и были первыми и единственными в России. С тех пор многое изменилось, нас пытались копипастить, но мы всегда улучшаем программу, чутко внимаем советам экспертов и запросам слушателей, добавляем новые фичи, поэтому стабильно остаемся лучшими!

Факт, что в биологии многим не хватает биоинформатических навыков, которые могут ускорить науку, углубить понимание процессов. Собственно поэтому курс по NGS очень востребован: только за последние три года он прошел 6 раз, а в нашем alumni-чате — около 300 выпускников, каждого из которых мы поддерживали на протяжении обучения и продолжаем сейчас. Важно, что на наших занятиях вы работаете с реальными проектами, а лекторы дают готовые рецепты, что позволяет избегать типичных ошибок. Курс проходит полноценно в онлайне. А также очно в Москве, где на кофе-брейках можно спокойно расспросить преподавателей об их карьере и плотнее влиться в комьюнити☕️

Когда кругом неопределенность, даже у золота и акций уже не та ценность, самая лучшая инвестиция — вложение в себя. Она реально окупается, а знания приносят еще и радость. Об этом говорят наши ученики. Их отзывы, а также обновленную программу по NGS можно найти на сайте: https://bit.ly/46KEqF8

Добро пожаловать на Бластим!