💸Кто в лайфсайнс больше всех зарабатывает? Анализируем свежие данные из США и примеряем на себя.
Читайте до конца — важная ссылка внизу👇

💬👀Association of Biomolecular Resource Facilities, в которую входят более 700 человек, при помощи международной компании Vault Consulting провела исследование зарплат среди членов организации, состоящих в 55 учреждениях (в основном из академии). Опрос проводился в сентябре-декабре 2022 года, а результаты были опубликованы в мае 2023. Что там любопытного?

💡Четверть респондентов была занята в сфере геномики, 22% занималось визуализацией, 9% — проточной цитометрией, 7% — биоинформатикой, остальное — другие отрасли, например, масс-спектрометрия или нейрофизиология. Одни из самых высоких зарплат, конечно, у биоинформатиков — около $96 тыс. в год, а вот меньше всех зарабатывают занятые в сфере цитометрии и работающие с лабораторными животными (около $66 тыс.).

📈⛔️👨‍💻При этом пандемия ковида привела к тому, что зарплаты ученых выросли, и обострилась конкуренция за таланты. 72% респондентов заявили, что рынок стал гораздо более конкурентным, а число сотрудников останется прежним или будет увеличиваться. Никаких сокращений!

💻Данные из США отражают мировую специфику в науке. Ранее исследование рынка зарплат в России, которое проводил Бластим, показало, что зарплаты биоинформатиков и аналитиков всегда выше, чем у остальных из сферы лайфсайнс, а знание статистики и умение программировать значимо влияют на изменение заработной платы научных сотрудников, увеличивая её на 40%. Кроме того, знание статистики — одно из пяти самых частых требований к компетенциям претендентов на вакансии.

💖👍Чтобы узнать о том, как начать зарабатывать также или даже больше, развить свою карьеру или поменять профессиональное окружение только с помощью своих собственных скилов в датасайнс, переходите по ссылке. Мы запустили крутого бота-помощника: bit.ly/45qKZMc

Все мы иногда немного Токсинья Мерзоткина. Знакомо? 😎

Хотите больше почитать о том, как вылезти из стереотипов и дальше расти без оглядки на коллег?

👉 Приходите в наш бот: bit.ly/48Ruo7x

⚡️ Друзья, напоминаем, что уже завтра в 19:00 по мск пройдет вебинар в формате вечернего ток-шоу с соосновательницей Бластима Витой Степановой, преподавателем Иваном Поздняковым и нашими выпускниками.

На необычной встрече спикеры обсудят:

— как дела у Бластим
— почему в науке всё так, а не иначе
— какие задачи и исследования вдохновляют нас
— есть ли план перехода из разработчика в биоинформатику
— как побороть синдром самозванца через освоение статистики

Регистрируйтесь на вебинар, если еще не.
Будет живо и горячо!💞

🤖 ChatGPT, Bard, Claude или LLaMA? Какой чат-бот подходит именно вам?

Недавно сотрудники Data Science Lab Центра онкологических исследований имени Фреда Хатчинсона протестировали самые известные чат-боты на основе больших языковых моделей и выделили их плюсы и минусы. Знакомимся:

Bard AI (Google)
➕бесплатный
➕дает наиболее человечные ответы, так как для его обучения используются в том числе и неформальные диалоги в соцсетях
➕честно признается, если не может ответить на вопрос
➕имеет доступ в интернет
➖испытывает проблемы с программным кодом

Claude (Anthropic)
➕бесплатный
➕хорошо адаптирует тексты под разные аудитории, например, в письмах
➕чуть более формальный, чем Bard
➕может каламбурить и играть со словами
➕справляется с кодом

ChatGPT-3.5 (OpenAI)
➕бесплатный
➕пишет очень неплохие тексты на английском
➕отлаживает и оптимизирует код
➖дает неправильные ответы, когда не знает, придумывает ссылки и источники
➖не имеет доступа к интернету, там нет данных после 2021 года

Phind
➕бесплатный
➕заточен под разработку ПО и кодинга
➕дает ссылки на интернет-форумы, где задаются аналогичные вопросы о программистских проблемах
➕можно использовать как Википедию
➖страдает плагиаризмом при написании текстов

LLaMA (Meta)
➕бесплатный
➕пишет код, работающий с минимальной отладкой
➕имеет выход в интернет
➖новый, пока мало информации

❗️ Пользуйтесь тем, что вам по душе, а также не забывайте про чат-бот Бластима, он на человеческом интеллекте, но не менее полезен: bit.ly/BotBlastim

#бластим_технологии

🔴 Друзья, вечернее ток-шоу «Кому на Руси жить хорошо» уже стартовало!

Ждем всех, кто записался: присоединяйтесь в онлайне!

🔗Если вы тоже хотите попасть на встречу, скорее регистрируйтесь по ссылке: bit.ly/nightshowBlastim
✨Или заходите в нашего чат-бота: bit.ly/BotBlastim

🗣Самый лучший курс Бластим стартует через 7 дней!

Канал Бластима читают профи в своей отрасли, в этом нет сомнений. Но еще мы точно знаем: у многих пока есть пробелы в статистике. А Бластим здесь «собаку съел» и может и хочет продвинуть вас в науке и на рынке. Наша команда сконцентрировали лучшие наработки в программе «Статистика R и анализ данных», которая стартует 23 октября. Этот курс в самый раз для того, чтобы окунуться в датасайнс и сделать это максимально комфортно:

🐠 9 дней полного погружения, за которые мы дадим понимание «изнанки» статистических тестов, научим писать скрипты в R, строить красивые графики и оформлять крутые отчеты.

🎙 Опытные преподаватели: ученый, R-энтузиаст, психолог Иван Поздняков, биоинформатик Дарья Бородко и аналитик данных Елена Рыбина.

🧬 Гибкость и гибридность: вы можете присутствовать очно в Москве или подключаться онлайн, а также всегда пересматривать лекции в записи.

Программа будет полезна всем от биоинформатиков до экологов. Вы разберетесь с p-value, мощностью теста, размером эффекта, поймете, как извлекать максимум из ваших данных, так что больше не нужно будет отдавать их на аутсорс. И главная фишка — это возможность практиковаться в кодинге не на абстрактных датасетах, а прийти со своими данными! 🍀

📍Узнайте больше и спланируйте свое обучение: bit.ly/3rHcCTP
Ждем вас на занятиях!

Три новости, которые нас удивили и вдохновили!

🐈Кошка, которая мурлычет сама по себе
Мурлыканье — это характерные низкие звуки, издаваемые любимыми питомцами, когда мы чешем им за ушками. Однако в природе столь низкочастотные колебания обычно генерируют только крупные животные, например слоны, обладающие длинными голосовыми связками. Кошки гораздо мельче, они весят около 5 кг. Но специалисты смогли раскрыть анатомический механизм, как мурлыкают усатые друзья. Оказывается, голосовой аппарат домашних кошек содержит специальные жировые «подушечки», которые замедляют вибрацию связок. Более того, в экспериментах с изолированной кошачьей гортанью (для опытов усыпили неизлечимо больных животных) удалось продемонстрировать, что такие звуки появляются при пропускании воздуха благодаря самоподдерживающимся колебаниям, без ритмичного сокращения мышц и нейронного контроля. Раньше же считалось, что ключевую роль играет именно мышечная работа. Однако еще предстоит проверить гипотезу в лаборатории на живых кошках, что весьма нетривиально, ведь мурлычут они только в безопасности и комфорте.

🥖Ломтик в каждой буханке
Как вы думаете, кто занял бы 4 место в списке производителей зерна, если бы был отдельным государством? Правильно, дождевые черви! В статье в Nature Communications экологи впервые оценили вклад этих беспозвоночных в мировое сельское хозяйство. Специалисты совместили карты численности червей с картами урожаев. По расчетам, дождевые черви ежегодно добавляют 140 млн тонн к мировым запасам продовольствия. В частности на червей приходится 7% урожая зерновых, что эквивалентно ломтику хлеба в каждой буханке! Особенно значимы они для агросектора Глобального Юга. Дождевые черви, перерабатывая растительные остатки, перемешивают и аэрируют почву, высвобождают питательные вещества, стимулируют рост растений. Чтобы помочь великим почвенным инженерам, нужно не так много — для начала попросить землепользователей ограничить вспашку. Ведь то, что разрезанные трактором на две половинки черви регенерируют, — популярное заблуждение.

🧮А как вы считаете?
Давно подметили, что люди могут легко охватить глазом до четырех предметов, скажем, яблок. Но уже на пятерке мы спотыкаемся, и точно не сможем сказать, сколько фруктов в целой корзине. Было неясно почему: то ли есть разные системы измерения на большое и маленькое, то ли на солидных цифрах мозг теряет точность. Сегодня ученые выяснили, что все-таки существует два механизма: один для подсчета четырех и менее объектов, а другой — для пяти и более. В первом случае специализированные нейроны срабатывают, когда видят любимое ими число предметов. Например, есть нервные клетки, заточенные только на 1, есть на — 2, и так до четырех. А вот когда вещей 5+, работает другая группа нейронов. Они менее избирательны и реагируют не только на предпочтительное число объектов, но и на соседние числа. Такой приблизительный счет. Новое открытие, сделанное при измерении активности отдельных нейронов мозга 17 пациентов-эпилептиков, должно положить конец противоборству двух гипотез мозговой калькуляции.

#выходные_у_бластим

«Я могу написать софтвер для астронома, но лучше один астроном напишет для другого астронома»

🪐Эти слова создателя Bioconductor и вице-президента 23andMe Роберта Джентльмена, отлично отражают философию экосистемы R, когда эксперты в своей области создают хорошее для коллег. Бластим тоже старается быть полезным. Мы собрали самые популярные пакеты в R. И учим ими пользоваться: bit.ly/3S4uAdt

Итак, пакеты:

CRAN
💎IPMpack — моделирование численности населения
💎Neotoma 2 — палеоэкология
💎DCluster — пространственные кластеры заболеваний
💎Bchron — углеродное датирование
💎BiocManager — установка пакетов Bioconductor

🌵Популярные пакеты в экологии
📌Ime4 — линейные модели смешанных эффектов
📌vegan — экология сообществ
📌nlme — линейные и нелинейные модели смешанных эффектов
📌ape — филогенетика

🤖Машинное обучение
📌Caret — прогнозное моделирование
📌RandomForest — классификация и регрессия
📌glmnet — лассо и эластичная сеть

Bioconductor
📎Genomic Ranges — работа с геномными интервалами
📎AnnotationHub — обеспечение доступа к важным полногеномным ресурсам UCSC Genome Browser, Ensembl
📎Biostrings — манипулирование последовательностями
📎seqinr — анализ биологических последовательностей
📎ChIPseeker — анализ пиков ChIP
📎BSgenome — SNP
📎ChAMP — метилирование ДНК
📎ClusterProfiler — функциональная аннотация
📎Phyloseq — профилирование микробиома
📎ChemmineR — хемоинформатика малых молекул
📎QuasR — анализ коротких ридов

Анализ данных RNA-seq
🏳DESeq2 — дифференциальная экспрессия
🏳limma — микрочиповые данные
🏳edgeR — тоже DEG
🏳bayseq — байесовский анализ DEG
🏳Seurat — сингл-селл

Датавиз
🖍ggplot2 — классика, еще интересное тут
🖍lattice — нестандартная визуализация
🖍EnhancedVolcano — вулкано-плот для визуализации дифэкспресии
🖍ComplexHeatmap — тепловые карты
🖍dendextend — дендрограммы
🖍igraph — графы

🕓Как ускорить выполнение кода: FastR, pqR

🔥Ссылка, если хотите заполучить весь мощный инструментарий себе в скилы: bit.ly/3S4uAdt

#бластим_технологии

#бластим_рекомендует канал Человек наук, который ведет наш друг Владимир Шитов! На канале много полезного о статистике, визуализации данных. А еще там вы узнаете о красоте науки и окружающего мира.

Только некоторое любопытное:

Как телекомпания CNN искажает данные по абортам в США? 📺
🐴 Почему у лошадей невозможна рвота?
Чем отличается научная этика в России и за рубежом? 🧪
🙂Что такое лица Чернова?
И даже: как попасть на лохофский народный праздник? 🥳

В общем, советуем всем, а особенно любителям прикольных графиков, диаграмм и табличек!

👉Как-то мы закружились в череде дел и полезных постов, и совсем не рассказали вам, что через неделю у нас стартует курс по РНК-секвенированию — единственный в этом году.

«Анализ данных RNA-seq» — классный лайфхак, как научиться методам обработки, интерпретации данных генной экспрессии, без освоения программы по NGS, которая теперь есть в каждой уважающей себя биологической онлайн-школе.

Ну, смотрите сами, на «РНК-сек» Бластима: основные технологии анализа секвенирования рассматриваем, сингл-селл осваиваем, диф-/коэкспрессию и сплайсинг разбираем, визуализировать результаты учимся! 🧬

В общем, то необходимое, что может быть нужно современному биологу, но не на длинном интенсиве, а в уютном онлайн-формате вечерами по средам и субботам.

В итоге курс позволит:
📌 внести разнообразие в рабочий процесс
📌 узнать нюансы от практикующих людей
📌 научиться видеть подводные камни транскриптомики
📌 адекватно оценивать научные работы коллег
📌 расширить компетенции, открыв доступ к новым задачам

Но и это еще не всё! Мы внимательно слушали советы, как еще улучшить курс, и добавили в разборы новые объекты: помимо человека теперь поработаем с мышью и пшеницей! 🐭🌾

👉Узнать программу и расписание и оставить заявку можно на страничке: bit.ly/45Eb3Ui

⚡️Эксклюзив на Бластим!
Мы постоянно говорим про хорошую зарплату в биоинформатике и датасайнс. А вот и пруфы:

📌Постдок-биоинформатик в онкогеномику (Нидерландский институт рака)
Требования: опыт анализа геномных и протеомных данных, владение R, bash + хорошо бы Python. ЗП до 4600 €/мес.

📌PhD-студент в изучение биоразнообразия пресноводных рыб в Университете Радбауд (Нидерланды)
Требования: магистерский диплом, опыт статистического моделирования, знание R/Python/Matlab. ЗП до 3600 €/мес.

📌PhD-студент в изучение биосинтеза сигнальных соединений у растений в Университет Амстердама
Требования: степень магистра, опыт в экспериментальной биологии, знание пайплайнов проведения экспериментов в метаболомике, транскриптомике, умение анализировать данные на R. ЗП до 2770 €/мес.

📌PhD-студент в изучение движения животных и биоразнообразия в Университете Радбауд (Нидерланды)
Требования: магистерский диплом, опыт статистического моделирования и машинного обучения в экологии. ЗП до 3600 €/мес.

📌Докторант в биоинформатику и микробиологию (медицинский факультет Хельсинки)
Требования: магистерская степень, опыт в биоинформатике/биостатистике с R или Python, знание основных методов молекулярной и микробиологии. ЗП 2500 €/мес.

📌NGS-биоинформатик для работы с геномами человека в БФУ (можно удаленно)
Требования: уверенное владение Python,R, Bash, знание конвейера анализа NGS-данных, понимание статистики и генетики. ЗП до 130 тыс. ₽/мес.

📌Биоинформатик-джун в BostonGene (Армения)
Требования: понимание иммунологии/молекулярной биологии, владение Python/R, Bash, понимание хи-квадрата, корреляции Пирсона, теста Стьюдента, основ машинлернинга. ЗП от 1000 $/мес.

📌Биоинформатик в онкологию лимфомы в BostonGene (Армения)
Требования: опыт в биоинформатике рака, знания иммунологии/клеточной биологии, опыт в pandas и matplotlib в Python или/и знание R. ЗП от 1000 $/мес.

📌Мидл-биоинформатик (Санкт-Петербург)
Требования: опыт в NGS на пайтоне или баше, знание программных биоинформатических пакетов. ЗП от 80 тыс. ₽/мес.

#бластим_вакансии

Почему биоинформатик должен быть еще и датасаентистом?

Биоинформатик извлекает информацию из биологических данных. Датасаентист работает практически с любыми данными. Используя методы статанализа, машинного обучения и датавиза, он выявляет закономерности и строит прогнозы. То есть Data science шире биоинформатики, а специалисты этой области не ограничиваются изучением генома или транскриптома.

Почему же биоинформатик должен быть еще и специалистом по данным?
💻биоинформатики оперируют огромными массивами (тот же наш геном это 100 ГБ), поэтому им нужны инструменты аналитиков
🔄сегодня нужно проводить интегративный анализ разных омик — здесь тем более не обойтись без опыта работы с разнородными данными
⭐️передовые методы статистики и машинлернинга появляются в датасайнс, и биоинформатики просто обязаны их изучать, чтобы извлекать всеобъемлющую информацию
🧪биологические эксперименты — междисциплинарные, поэтому наличие навыков обработки бигдата значительно облегчает командное сотрудничество, скажем, с клиницистами или программистами

Что минимально должен знать биоинформатик?
🕷(молекулярную) биологию
🔤 программирование на R или Python
📊 датасайнс

Плюс в ближайшие 5 лет на рынке точно будут востребованы такие навыки:
✅глубокое обучение
✅разработка конвейеров
✅сингл-селл омики
✅облачные вычисления
✅интеграция и мультиомики
✅визуализация

👨‍💻 Разбираться в датасайнс сегодня получается выгоднее, чем быть просто биоинформатиком: у аналитика данных зарплата выше, а перспективы шире. Кроме того, аналитические задачки раскрывают в человеке главные качества хорошего исследователя — критическое мышление и умение вычленять информацию из хаоса. Мало кто может похвастаться вторым скилом.

🚩У большинства сотрудников есть пробелы в статанализе, и работодатели, понимая это, вынуждены поднимать зарплату для специалистов, умеющих ставить и проверять гипотезы в наборе наблюдений, не говоря уже о более продвинутых компетенциях.

👉Повысить востребованность мы помогаем на программе по статистике и R. Стартуем через 3 дня!

🔥Вирусный вебинар на Бластим!

Сегодня в сфере генной терапии популярны AAV-векторы — платформы для доставки заданных последовательностей ДНК и РНК на основе аденоассоциированных вирусов. Всё больше лабораторий и исследовательских центров разрабатывают свои собственные подходы и наращивают мощности для производства AAV-векторов.

Между тем, специалистов с таким опытом и знаниями катастрофически не хватает, поэтому Бластим решил сделать вебинар для знакомства ученых и всех желающих с этой новой биотех-«кухней».

На мастер-классе вы узнаете:

— что такое AAV и их возможности в молекулярке и медицине
— для чего используются scAAV и dsAAV
— какой общий пайплайн получения AAV
— как конструировать векторы в лаборатории от наработки до анализа

Вебинар идеален для тех, кто интересуется генотерапией, хочет «поднять» технологию создания AAV у себя в лабе и вообще любит современные методы.

🎙Спикер — Александр Мощенко | Ведущий — Айказ Еремян

🔝Регистрируйтесь по ссылке: bit.ly/3tG3RtB
И до встречи 26 октября!

Нам всегда кажется, что наше время придет, но, к сожалению, оно только уходит⌛️

🕑Последние дни мы много рассказывали про датасайнс, и если вы осознали, что вам пора освоить анализ данных, но никак не можете выкроить время на обучение, у нас есть решение! Через день, в понедельник 23 октября, мы начинаем нашу без преувеличения самую проработанную программу по статистике и R. Первая, интенсивная часть курса будет выкладываться в записи сразу после каждого урока, так что у вас будет время всё освоить в своем темпе до старта ключевого второго модуля — а он удобно пройдет в выходные 4-5 и 11-12 ноября! Еще на протяжении всех 3 недель, у нас будет чат с преподавателями и техническими ассистентами, где можно задавать вопросы и созваниваться с ТА один на один для коллективного брейншторминга сложных проблем. Кроме того, все лекции и материалы останутся и после окончания обучения, а также будет чат выпускников, где вы всегда можете попросить помощи или разобраться с темами, с которыми не успели во время занятий.

❓Если у вас есть любые вопросы, связанные с организацией, программой или оплатой курса, оставьте заявку. Мы с вами свяжемся и найдем оптимум. Если у вас уже есть свои датасеты, то пойти именно на курс по R будет рационально, ведь он единственный из всей линейки Бластима, куда можно прийти с данными «из дома» и обработать их силами лучших R-профессионалов.

👋Будем рады видеть каждого, кто горит наукой: bit.ly/48ZM0Op