⚡️Друзья!

Если вы вдруг пропустили повтор вебинара по секвенированию единичных клеток, то мы напоминаем, что запись выложена в свободный доступ на нашем ютуб-канале (кстати, подписывайтесь!)

На занятии спикеры осветили главные практические моменты single-cell-экспериментов, ответили на вопросы слушателей. Получился очень живой разговор, на этот раз в великолепном качестве😉

А еще:

✔️Мы сделали удобный таймкод для навигации
✔️В чате трансляции есть полезный воркбук от спикеров с реальными фото
✔️Всем заинтересованным партнер вебинара компания СкайДжин предлагает бесплатную аренду оборудования по секвенированию единичных клеток 10X. Нужно только заполнить анкету: bit.ly/SkyGen

➡️Ссылка на видео: https://www.youtube.com/watch?v=XG2SauobxMA

📊По данным известного индекса tiobe, Python — самый популярный язык программирования на сегодняшний день!

Бластим во второй половине сентября как раз запускает новый поток вводного курса по Python.

А пока мы решили поделиться полезными ресурсами для начинающих питонистов!🐍

Пожалуй, самые нужные для биологов библиотеки
📌 pingouin — статистика: https://pingouin-stats.org/build/html/index.html
📌 seaborn — создание графиков: https://seaborn.pydata.org/tutorial.html
📌 biopython — работа с последовательностями, биоинформатика, взаимодействие с ncbi: https://biopython.org/
📌 ete3 — филогенетика: http://etetoolkit.org/
📌 pandas — таблицы: http://pandas.pydata.org/pandas-docs/stable/
📌 scanpy — анализ данных секвенирования единичных клеток: https://scanpy.readthedocs.io/en/stable/
📌 sklearn — создание моделей машинного обучения: https://scikit-learn.org/stable/
📌 iFeature — анализ и визуализация последовательностей: https://ifeatureomega.erc.monash.edu/
📌 graphein — пространственные представления белков и РНК: https://github.com/a-r-j/graphein
📌 napari — визуализация и анализ n-мерных изображений: https://napari.org/stable/

Другие полезности
— Образовательные вебинары MolSSI: http://education.molssi.org/resources.html
— Бесплатный учебник для обучения научным вычислениям: https://github.com/weisscharlesj/SciCompforChemists
— Книга W. McKinney «Python for Data Analysis»: https://wesmckinney.com/book/
— Ссылка на тот самый tiobe, где можно отслеживать рейтинги языков программирования: https://www.tiobe.com/tiobe-index/

Эксклюзивно на Бластиме
📌 Запись вебинара «Обработка таблиц с биологическими данными на Python»: https://www.youtube.com/watch?v=ks99y57FpqM
📌 И, наконец, самая нужная ссылка: https://bit.ly/3QY8Jno

Репост приветствуется :)

#бластим_подборка

🔥Большая подборка вакансий в биоинформатике и датасайнс от Бластим!

📍Постдок в NGS (США)
Лаборатория Тин в Онкологическом центре им. М. Д. Андерсона занимается изучением эпигенетики, а именно метилома в патогенезе рака. Необходимы сильные навыки программирования на R, C++, Python, MD или PhD-степень, знания в области регуляции транскрипции, биологии РНК, одноклеточной/пространственной экспрессии генов и архитектуры генома.
Дедлайн: 7 сентября
bit.ly/44xNpZg

📍PhD-студент в гематологические исследования (Германия)
Университетская клиника в Эссене приглашает выпускников магистратуры в исследование механизмов иммуносупрессии при хроническом лимфолейкозе. Вы будете планировать, проводить и анализировать эксперименты in vivo и in vitro, в т. ч. заниматься проточной цитометрией, балк и синг-селл транскриптомикой, опыт с R и Python будет плюсом. Парттайм.
Дедлайн: 22 сентября
bit.ly/47NT8Nv

📍Моделирование мембранного разделения — магистерская диссертация (Германия)
Приглашаются студенты магистратуры для работы в проекте по разработке мембранных моделей на Python для биофармацевтических приложений. Предстоит интеграция разработанных моделей в ПО CADET. Обязательны навыки питона/C++.
Дедлайн: 25 сентября
bit.ly/47WGzj0

📍Постдок в ML (США)
Лаборатории Кэмпбелла занимается генодиагностикой детей с редкими заболеваниями. Предстоит анализ данных электронных медкарт с помощью больших языковых моделей на PyTorch. Требуется знание Python и базового SQL, желателен опыт работы с распределенными вычислениями.
Дедлайн: 30 сентября
bit.ly/45SAZfF

📍Годовая стажировка в области нейронаук в Roche (Швейцария)
Предстоит изучать дисфункцию ГАМК-эргической системы. Стажеры будут работать с лабораторными животными, использовать метод Patch-clamp. Нужно быть студентом университета, иметь опыт в нейробиологии, разбираться в статистике и анализе данных.
Дедлайн: 17 октября
bit.ly/45NFxUh

#бластим_вакансии

Интересуетесь системной биологией? Занимаетесь рациональной инженерией организмов, а может, ищите новые маркеры заболеваний? Или хотите начать это делать, но не знаете как?

🔤Всё, что вы хотели знать, но боялись спросить: исследования, дизайн и пробоподготовку детально обсудим на открытом вебинаре «Метаболомика: от медицины до растениеводства».

На встрече вы узнаете:

➖ что такое метаболомика, хромато-масс-спектрометрия и метаболическая инженерия
➖ для чего и как метаболиты оценивают в медицине, микробиологии, сельском хозяйстве
➖ как правильно выстроить дизайн эксперимента и провести пробоподготовку
➖ о методах и «подводных камнях» обработки метаболомных данных

*️⃣Спикер: Вероника Попова, старший лаборант учебной лаборатории биохимии СПбГУ, член ОФР и FeMS+, 8+ лет работы в области метаболомики растений

*️⃣Дата и время: 7 сентября, 19:00 мск

🔤Чтобы расширить свой набор омиксных инструментов для исследования живых систем, приходите на вебинар Бластима по метаболомике: bit.ly/44w3sXp

И снова 3 новости науки на выходные, которые нас удивили!

👃Chanel №100500
Длина световой волны и частота механических колебаний конвертируются в цвет и высоту звука в нашем мозге, и нейробиологи знают как. Запах же не всегда соответствует форме молекулы: у похожих структур он может быть совершенно разный, а у непохожих — одинаковый. Сопоставление структуры с ароматом — нелегкая задача. Сегодня специалисты научили ИИ распознавать запахи только по химической формуле. Добровольцы понюхали 400 флаконов и описали запахи словами, например, «фруктовый» или «травяной». Потом тоже самое делала графовая нейросеть, обученная на базе данных веществ с известным ароматом. ИИ оказался даже точнее человеческого носа. На основе закономерностей между структурой и запахом, выявленных алгоритмом, была составлена Principal Odor Map (POM). Еще ИИ смог предсказать, как будут пахнуть 500 тыс. не существующих молекул! Теперь можно создавать новые ароматы без необходимости их синтезировать и нюхать. Это открывает перспективы для парфюмерии, пищёвки, бытовой химии. А ученых ждет следующий вызов — научить ИИ определять запах сложных смесей.

🧘Авокадо без адвоката
Авокадо потребляли в Центральной Америке еще до нашей эры. В наши дни экзотический фрукт можно найти на полке провинциальных супермаркетов по всему миру круглый год. Авокадо питательно, богато ненасыщенными жирными кислотами и фотогенично. Для богатых стран оно стало символом культуры потребления миллениалов. Но есть и обратная сторона. Фермерам из основных стран-экспортеров «аллигаторовой груши» — Мексики (30% мирового производства), Перу, Чили, Колумбии — серьезно угрожают наркокартели, которые наживаются на выращивании «зеленого золота». Для удовлетворения спроса под новые плантации вырубают леса и осушают реки. Плюс грузоперевозки оставляют огромный углеродный след: посчитано, что упаковка из двух авокадо дает в 2 раза больше выбросов CO2, чем 1 кг бананов! Кроме того, авокадо остается деликатесом: по оценке экономистов, молодые люди в США готовы платить за модный вкус около $22 несколько раз в неделю вместо того, чтобы вносить взносы за собственное жилье. Помимо прочего, авокадо вредит пчеловодству: для опыления плантаций диких пчел не хватает, и насекомых завозят из других регионов. Такое «мигрирующее пчеловодство» и пестициды сокращают популяции ценных опылителей.

😻 Вы рыбов продаете?
Хорошо известно пристрастие кошек к рыбе, а особенно тунцу. Между тем, появилась домашняя кошка около 10 тыс. лет назад в пустынях Ближнего востока, где до моря далеко. Несостыковка? Ученые ищут ответы. Кошки не ощущают сладкое и малочувствительны к горечи. Даже по сравнению с собаками они куда более хищные, их привлекает умами — белковый вкус. Биологи выяснили, что гены кошачьего рецептора умами имеют необычные мутации, из-за которых рецептор активируется сперва нуклеотидами, и только потом аминокислотами. Кошкам в экспериментах давали воду с добавлением различных веществ: животные предпочитали тарелки с глутаматом и аспартатом — эти аминокислоты обеспечивают пикантный мясной вкус. Еще кошкам нравились гистидин и инозинмонофосфат — соединения, которыми и богат тунец! Предполагается, что необычная особенность развилась у домашних кошек не сразу, а когда они стали жить в портовых городах по соседству с рыбаками.

#выходные_у_бластим

Друзья, а вы знаете, как родился Учебный центр Бластима?
Юра и Вита закончили ФББ МГУ и поняли, что нифига они не умеют — directed by Robert B. Weide

Ну, правда, к сожалению, пока ты 5-6 лет учишься в университете, твоя суперскоростная наука убежала вперед. И тебе уже надо осваивать другой язык программирования, разбираться в форматах данных, которых никогда раньше не видел и т.д. Вот и сейчас все наши курсы не похожи на курсы с тем же названием два года назад: мы каждый раз добавляем апдейты, расширяем базу.

Когда вам хочется научиться новому навыку или даже профессии, в голову приходят магистратуры или онлайн-университеты, но мир так стремительно идет вперед, что скоро учиться (особенно дополнительно) даже один год станет большой роскошью.

🔤Как же тогда набрать 10 000 часов практики, необходимых для освоения нового навыка?

Мы в Бластиме пересмотрели эту идею и между собой всегда говорим о концепции «трех проектов». Если вы смогли выполнить три проекта, используя новый навык, вы скорее всего уже вряд ли забудете его и вам не придется начинать всё с нуля.

Уже после трех проектов вы сможете независимо наращивать свою практику, а наша группа выпускников всегда подставит вам плечо.

Именно поэтому в наших интенсивах мы обязательно добавляем домашние проекты, которые вы выполняете вместе с наставниками, моделируя реальную ситуацию: вы-данные-бесконечность.

▶️Какое самое весомое преимущество интенсивов? Быстрая проверка гипотезы. Пришли, познакомились с ключевыми людьми из отрасли, попробовали, протестировали подход на себе и своих данных — сделали выводы. В течение пары недель станет понятно, как и куда развиваться. Или, в самом плохом случае, что вам это не совсем подходит.

🔤Намного лучше, чем выяснить это к концу первого полугодия магистратуры, а впереди еще 1,5 года. Мы преподавали в вузах и знаем, о чем говорим.

Так что, да, Бластим не заменит магистратуру Вышки или профессию Скилбокса, но мы и не должны — у нас есть кое-что получше: наш учебный центр и короткие курсы, например, Python для биологов

⚡️ Недавно EdTech-эксперты выделили 5 глобальных трендов в образовании. Обсуждаем!

T-shaped

👔 Т-shaped специалист глубоко разбирается в одной области, но обладает некоторыми знаниями и в других сферах. Это не узкий I-shaped специалист и не всё понемногу умеющий дженералист. Спрос на T-shaped людей растет.
✔️ Что на Бластиме? У нас на курсе по анализу данных секвенирования участники разбираются с разными приложениями NGS, будь-то WGS, RNA-seq или метагеномика, но при выполнении домашнего проекта концентрируются на одной области.

HyFlex

⏰ Гибкое гибридное обучение: студенты могут посещать уроки очно, присоединяться онлайн из дома и участвовать в обучении в режиме реального времени или же смотреть лекции в записи.
✔️ На курсах Бластима по NGS и статистике это уже реализовано! Занятия проходят очно в Москве и одновременно онлайн, а записи доступны минимум год.

Современные навыки

🤖 Искусственный интеллект, облачные вычисления и умение кодить — сегодня безоговорочные лидеры по востребованности.
✔️ На Бластиме мы давно учим программировать, а в августе запустили курс по машинному обучению для биоинформатиков и биологов.

Концепция 4К

🧠 Креативность, критическое мышление, коммуникация, кооперация. Эти навыки важны как для работодателя, так и для личностного развития. Человек, ими обладающий, быстро осваивает появляющиеся технологии и применяет в работе.
✔️ Бластим старается прививать 4К на каждом курсе: на питоне преподаватели дают хитрые домашние задачки, которые не так-то легко запрограммировать, что прокачивает креативность! У нас предусмотрен нетворкинг для коммуникации + мы организуем хакатоны для кооперации.

Фокус на практике

🛠 Для общего развития объемы информации просто зашкаливают — сегодня ценны программы, где дают практические навыки.
✔️ Наши курсы ориентированы на реальные кейсы, рабочие схемы, чтобы уже во время учебы применять их на своих задачах и пополнять портфолио. Также мы организуем вебинары, где ученые делятся готовыми пайплайнами и лайфхаками.

А вы готовы шагать в ногу со временем?

🔥 Ищу работу с Витой! Шанс развить карьеру, о котором можно было только мечтать

Друзья, возможно, вы знаете, что соосновательница нашего агентства и специалист в международном рекрутинге Вита Степанова два года консультировала людей за донаты в целях популяризировать благотворительность, но, к сожалению, этот подход не сработал.

Во многом, потому что к продукту, который мы получаем бесплатно или почти бесплатно, мы не относимся серьезно. Были случаи, когда люди приходили на консультации за донат в 300 рублей, а потом шли за «нормальной» консультацией за 10 тыс. рублей, которая оказывалась менее толковой.

📊 Вита продолжает исследовать вопрос, как помогать людям искать работу эффективно для обеих сторон процесса. И сегодня предлагает попробовать новый формат, для чего в телеграме собирает отдельную группу.

Если вам хочется:

— определиться с карьерным треком
— сменить работу
— обновить резюме
— освоить эффективные тактики поиска работы
— получить обратную связь от Виты и рынка
— узнать неочевидные фишки LinkedIn и шорткаты для мотивационного письма
— послушать истории успешной релокации

➡️ присоединяйтесь по ссылке, чтобы вместе создавать полезный для поиска работы продукт: https://t.me/+Y0-HIqF2PXRiZDBi

Делитесь информацией с друзьями, коллегами и всеми, кто ищет карьерные возможности! Скоро стартуем!

Развитие зеленой химии идет семимильными шагами — вот уже скоро нас ждут промышленные фабрики, использующие в работе бактерии. А пока японские ученые из института Riken создали штамм-продуцент малеиновой кислоты 🧪🇯🇵 Но что здесь такого?

На самом деле малеиновая кислота — вещество с широчайшим спектром применения: она нужна и в фармацевтической, и в пищевой промышленности. Из малеата изготавливают синтетические волокна и искусственные камни, моющие средства и топливные компоненты. Методы получения малеиновой кислоты постоянно совершенствуются и становятся всё более безопасными.

🏭 Обычно в химической промышленности малеиновую кислоту синтезируют через окисление ароматического углеводорода — бензола. У микроорганизмов же производство бензоатов идет через шикиматный путь с хоризматом в качестве интермедиата. Но бактерии в норме не продуцируют малеат😖

❓Что же предложили синтетические биологи из Японии? Вначале они модифицировали штамм E.coli CFT5, увеличив выход хоризмата. Из него получили 3-гидроксибензоат. А затем спроектировали два новых метаболических пути, введя плазмиды с генами, кодирующими необходимые ферменты. Первый путь, это синтез гентизата. Второй путь — превращение гентизата в малеилпируват. Гены соответствующих ферментов позаимствовали у Rhodococcus.

🚩Изначально выход малеата оказался в два раза меньше максимально возможного, однако позже ученые усовершенствовали штамм и условия культивирования. В результате им удалось достичь высокого выхода целевого продукта! Это многообещающий экологичный подход. Только представьте, что обычные фабрики с большим количеством токсичных отходов можно будет заменить безопасным бактериальным производством — технологии метаболической инженерии будущего совсем близко!

⬆️ Узнать больше о метаболической инженерии можно на нашем бесплатном вебинаре. Завтра в 19:00 мск. Регистрируйтесь по ссылке, если еще не: bit.ly/3PopS8F

Текст подготовлен Светланой Бозровой специально для Бластима

🔴 Друзья, наша встреча по метаболомике уже идет!

Присоединяйтесь в онлайне, участников ждет много интересных и полезных тем, а также вы сможете задать спикеру свои дополнительные вопросы, всегда возникающие по ходу встреч. Будут подарки!

➡️ Для тех, кто не зарегистрировался, вы еще можете успеть: bit.ly/44D4jpm

Девушка в красном на фото в центре. Кто она и почему радостно улыбается?

🔼Это Мелани Цеппель — физиолог растений, специалист по почвенному углероду и моделированию последствий изменения климата. Мелани долго работала в университетах Австралии, но 12 лет не могла получить должность преподавателя, несмотря на упорный труд, публикации и постдокторские стипендии. А потом она устала ждать у моря погоды и решила совершить прыжок из академии в индустрию. Основываясь на своих знаниях статистики, она пошла на онлайн-курсы по программированию и машинному обучению. И это быстро окупилось. Освоив R, Python, SAS, SQL, Мелани получила должность датасаентиста в топовом австралийском банке WestPac, а потом нашла кое-что поближе к своей стезе: стала специалистом в сервисе CarbonLink, занимающимся углеродными квотами. Сегодня она менеджер в международной компании New Forests. Nature Careers недавно у нее взял интервью: Мелани занята любимым делом, у нее куда лучше work-life balance, она суперзвезда STEM и выступает координатором местной Python Users Group.

❓ Все большие карьерные истории начинается с маленьких степов, и кодинг тут невероятно помогает. Какие еще советы тем, кто хочет найти себя в индустрии?

📌 Не бойтесь потратить время на самоанализ, прежде чем гуглить вакансии. Оцените ваши интересы и сильные стороны. Не пугайтесь, когда вы наткнетесь на тысячи разных вакансий
📌 Разговаривайте с теми, кто в отрасли, посещайте научные конференции, хакатоны, куда приглашают отраслевиков
📌 Наращивайте сеть знакомств: ЛинкедИн — уникальный инструмент, позволяющий коммуницировать с людьми из разных уголков мира. Не бойтесь писать работникам компаний и спрашивать об их карьере. Попробуйте через них отправить резюме!
📌 Ищите отраслевые стажировки по хэштегам #internship. Смотрите в сервисах типа Crunchbase информация о стартапах и их финансировании — там нужны люди!
📌 Держите профиль открытым, указывайте #OpenToWork. При отклике подсвечивайте навыки актуальные для конкретной вакансии… и обновляйте резюме на сайте Бластима:)

⚡️Эксклюзив на Бластим!

Смотрим новые кружочки с Витой в нашей еженедельной рубрике #про_карьеру_по_субботам