Еще пара комментов про пользу Линукса и для внимательных акция!

Всем записавшимся на курс «Анализ NGS-данных» дарим 2 дня обучения Linux.

В обзоре Бластима новости, которые заставляют удивиться возможностям науки!

🧬Генетика помогла освободить невинно обвиненную женщину из тюрьмы! 20 лет назад австралийку Кэтлин Фолбигг осудили за серию убийств. Дело в том, что у женщины загадочным образом умерло четверо малолетних детей. Многие не верили в справедливость приговора и боролись за освобождение Фолбигг. Последние 5 лет к делу подключились клинические генетики. Ученые изучили образцы крови осужденной и ее умерших детей. Им удалось обнаружить у женщины необычную мутацию CALM2-G114R в гене кальмодулина. Неправильное функционирование этого белка может приводить к сердечным аритмиям и внезапной смерти у младенцев. Дочери Фолбигг унаследовали патологическую аллель. У сыновей же была обнаружена другая мутация, которая у мышей отвечала за летальную эпилепсию и могла вести к необъяснимой остановке дыхания. Результаты исследований были опубликованы. Суд, вняв доводам ученых, признал ошибку: недавно несчастная женщина была помилована.
https://www.science.org/content/article/how-geneticist-led-effort-free-mother-convicted-killing-her-kids

💊Существует гипотеза, что повышенное содержание уратов при подагре может иметь положительное влияние на интеллектуальные способности. Вот и другой продукт катаболизма — билирубин — похоже, тоже полезен! В учебниках биохимии обычно пишут о билирубине как о ненужном и токсичном продукте деградации гема, при избыточном накоплении которого развивается желтуха. Но сейчас взгляд ученых на молекулу меняется. Давно было замечено, что люди, имеющие умеренно повышенный уровень желчного пигмента вследствие мутаций (синдром Жильбера) или иных причин, реже страдают от онкологии, заболеваний сердца, кишечника. Свежие работы подтвердили, что билирубин — мощный антиоксидант, а еще он может выступать в роли гормона. Сегодня южнокорейские исследователи решили пойти дальше и создали терапевтические наночастицы с билирубином. Такая форма преодолевает проблемы нерастворимости молекулы в воде и ее подверженности легкой фотодеструкции. Скоро стартует I фаза клинических испытаний инновационной разработки по показанию рассеянный склероз и инсульт: будем ждать результатов!
https://www.science.org/content/article/can-toxic-bilirubin-treat-variety-illnesses

🍅Спасти кетчуп поможет искусственный интеллект! В журнале Time вышла любопытная статья о том, как с помощью самых передовых методов наука и индустрия пытаются улучшить потребительские качества выращиваемых растений и приспособить их к меняющемуся климату. Так, стартапы вовсю применяют технологию геномного редактирования CRISPR: например, чтобы получить зелень горчицы без горького вкуса или плоды вишни и ежевики без косточек! Но более насущный вопрос — спасение томатов. Сейчас плантации в Калифорнии, где выращивают 95% всех помидоров для изготовления консервированной продукции в США, страдают от жары и засухи, отчего урожаи снижаются. Компания Avalo предлагает для решения проблемы технологию управляемой эволюции (assisted evolution) на основе ИИ. Алгоритмы машинного обучения помогают выявить признаки устойчивости к жаре и засухе у культурных растений и их диких родственников, а потом рекомендуют оптимальную схему скрещиваний. По сути это ускоренная гибридная селекция, только без лишних проб и ошибок. Первые предсказанные компьютером жаростойкие томаты уже растут в теплице.
https://time.com/6283762/climate-change-tomatoes-ketchup-ai/

#выходные_у_бластим

Бластим расширяет команду сотрудников в центр дополнительного образования для специалистов биотеха!

⚡️Мы ищем менеджера продаж, в обязанности которого будут входить следующие аспекты:

— Вести теплую базу клиентов
— Выявлять потребности и отвечать на вопросы клиента
— Участвовать в формировании маркетинговых материалов
— Вести отчетность и считать метрики

⭐️Требования:
— Размещение предпочтительно в РФ
— Базовые знания биологии, программирования и отличные коммуникативные навыки
— Опыт продаж от полугода или образования/прохождения курсов по продажам
— Высокая обучаемость, креативность и дружба с табличками
— Опыт удаленной работы (наличие тихого места, компьютера, быстрого интернета и гарнитуры)
— Высокий уровень энергии, желание обучаться, хорошо зарабатывать и расти внутри уникального образовательного проекта

💎Условия:
— Доход в формате оклад + %, бонусы
— Фултайм, но можно начать с парт-тайма с доступом 5/2 с 10:00 до 19:00
— Полностью удаленная работа
— Дадим готовые конверсионные скрипты и проведем тренинг по особенностям продаж в нашем секторе
— Работаем в удобной и простой CRM-системе AmoCRM с использованием cовременных виджетов
— Дадим вспомогательные материалы для презентации программ и мероприятий клиенту
— По-настоящему интересная работа, где клиентами являются приятные люди из научного и индустриального сектора
— Постоянная поддержка и помощь от руководителя и команды, возможность роста до РОП

➡️Если это про вас, присоединяйтесь к команде Бластима: bit.ly/3qJe0nI

Как вы думаете, что служит центральным элементом любого NGS-эксперимента? Получение ридов? Контроль качества? Или может быть сборка генома? Ответ смотрите в новом видео — он может вас удивить!

НПО Петровакс Фарм — российская биофармацевтическая компания полного цикла с 25-летним опытом работы на фармацевтическом рынке.

Директор по исследованиям и разработкам Петровакса Антон Тихонов рассказывает об особенностях компании и открытых вакансиях, а также отвечает на вопросы и делится своим нетривиальным карьерным треком. Смотрите его выступление (есть таймкоды): bit.ly/3JemJVD

А также есть возможность откликнуться на актуальные вакансии, которые были в видео:

Биотех
• Проектный менеджер (Project manager)
• Менеджер по выводу препаратов на зарубежные рынки
(National access manager)
• Старший менеджер по работе с ключевыми клиентами (Senior KAM):
• Старший медсоветник (Senior medical advisor)

R&D
• Научный сотрудник с опытом клеточной работы
• Лаборант-исследователь
• Гематолог

Отклики можно отправлять на почту:
HR-Petrovax@petrovax.ru

Даже когда нет открытых вакансий, но вам нравится Петровакс и у вас есть необходимые навыки и интерес, пишите нанимающим менеджерам компании! Сайт: bit.ly/3Nu2iGC

#бластим_вакансии

Почему биоинформатических программ так много? Ведь многие из них выполняют одну и ту же функцию? Смотрите видео про мифы о работе биоинформатиков!

16 июня в 19:00 (мск) на базе экономического факультета МГУ состоится презентационная сессия и онлайн-дискуссия «Биотех в России: современные тренды и карьерные перспективы».

Одним из спикеров выступит Наталья Мнафки, партнер и руководитель образовательных проектов Бластима.

Узнать программу мероприятия, вопросы дискуссии и зарегистрироваться можно по ссылке: bit.ly/469igx5

К участию приглашаются все заинтересованные слушатели — тоже приходите!

#бластим_рекомендует

Клонирование — это уже давно не про овечку Долли! Сегодня ученые клонируют прежде всего отдельные клетки, которые имеют широчайшее применение в биотехнологии и медицине. В статье узнаем о методе выделения клеток с помощью суперпипетки и импедансного сенсора.

#бластим_технологии

Illumina стала синонимом самого понятия NGS. Эта технология сверхпопулярна, хотя уже появились методы секвенирования длинными ридами. Тот же нанопор, который, однако, не очень точен.

Но ведь и Иллюмина делает ошибки! Почему? Разбираемся с Евгением Герасимовым.

Новости науки от Бластима, которые заставляют задуматься!

🔍Изучение микробиома человека невероятно популярно: всё благодаря распространению shortgun-метагеномики, когда анализируются не отдельные ампликоны, такие как гены 16s рРНК, а сразу вся ДНК в пробе. Издержка метода в том, что от 10 до 90% последовательностей, которые секвенируются, принадлежат отнюдь не микробам, а их хозяину. Их обычно удаляют. Но интересно, что можно извлечь из этих прочтений? И могут ли крупные метагеномные проекты нарушить конфиденциальность личных геномных данных доноров? Такими вопросами задались японские ученые. Они решили попытаться добыть информацию о людях из исследования метагенома кишечника. На основе всего лишь незначительного количества ридов человека, полученных при анализе образцов фекальной микробиоты, биоинформатики смогли правильно предсказать пол, происхождение человека и повторно идентифицировать индивидов, геном которых был ранее прочитан и доступен, а также оценить риски наследственных патологий! Результаты работы, которая недавно вышла в Nature Microbiology, должны как помочь разрешить вопросы этики, так и пригодиться в медицине и криминалистике.
https://www.nature.com/articles/s41564-023-01381-3

🧲Белки состоят из левых аминокислот, а ДНК — правая спираль. Миллиарды лет назад природа выбрала одни оптические изомеры для построения всего живого и отбраковала другие. Хиральная чистота давно в фокусе ученых: ее возникновение у первых молекул жизни пытались объяснить и поляризованным УФ-светом, и космическим излучением. Прорывное исследование, опубликованное в Science Advances, похоже, приблизило нас к разгадке великой тайны пребиотической химии. Молекулярные биологи из Гарварда и Кембриджа в опытах разделяли рацемическую смесь рибо-аминооксазолина (РАО) — соединения-предшественника РНК — с помощью распространенного в земной коре магнетита. При наложении сильного внешнего поля им удалось собрать на поверхности магнитного железняка в 1,5 раза больше молекул одного из стереоизомеров. Достижение хиральной асимметрии в таких экспериментах говорит о том, что в условиях древней Земли магнитные минералы действительно могли приводить к концентрированию на себе только определенных энантиомеров биомолекул. Гомохиральность РАО «открывает дорогу» к хирально чистой РНК, как раз лежавшей в основе жизни во времена РНК-мира! https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adg8274

⛩В 2015 году была вручена Нобелевская премия за открытие артемизинина, лекарства против малярии на основе полыни. Идею препарата почерпнули из традиционной китайской медицины. Огромный научный интерес представляет и китайская национальная кухня! В материале Nature разбираются плюсы и минусы ряда популярных в Азии блюд, которые готовят с незапамятных времен. Например, последние исследования зеленого чая — главного напитка в Китае, которому уже более 5000 лет — показали, что он снижает риск смерти от сердечно-сосудистых болезней за счет антиоксидантов катехинов, однако при этом может вести к инсулинорезистентности. Древнейший продукт ферментации, соевый соус, служит хорошим источником дефицитного микроэлемента селена, но способствует избыточному потреблению натрия, приводящему к значительным проблемам со здоровьем. Тофу — будущий заменитель мяса — содержит изофлавоны, которые проявляют фитоэстрогенную активность. Хотя раньше считалось, что из-за них может развиться рак молочной железы, работа 2020 года, наоборот, продемонстрировала, что соевый творог уменьшает риск развития онкологии!
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01842-z

#выходные_у_бластим

Сегодня в ходе контроля качества им часто пренебрегают, но иногда он по-настоящему необходим.

В новом видео Евгений Герасимов поведал мораль тримминга!

Секвенирование нового поколения — бесценный инструмент для исследований в самых разных областях. Даже если вы не занимаетесь NGS непосредственно, что-то секвенировать может потребоваться на одном из этапов комплексного эксперимента!

Бластим приглашает всех открытую встречу «Приготовление NGS-библиотек: преодолеваем наиболее частые трудности». Мы подготовили для вас минимум повторения теории, максимум практики и жизненных советов от экспертов отрасли. На встрече:

— сделаем кратчайший обзор методов NGS
— обсудим лучшие практики извлечения ДНК и РНК
— рассмотрим контроль качества: спектрофотометрию и флуорометрию, электрофорез, Bioanalyzer и TapeStation
— поговорим про индексацию и мультиплексирование: основные трудности и неочевидные возможности
— затронем ПЦР-амплификацию и измерение количества библиотеки

Спикеры мероприятия: эксперт с большим стажем в секвенировании Евгения Плаксина и Айказ Еремян — молекулярный биолог, руководил несколькими лабораториями и компанией

С занятия вы уйдете с объемным представлением о том, как получать качественные данные для последующего биоинформатического анализа!

Встреча пройдет 22.06 в 19:00 МСК. Вход свободный.
✅Узнать подробности и зарегистрироваться: bit.ly/42IWPjC

Почему математики не всегда могут справиться без биологов, решая, казалось бы, чисто алгоритмическую задачу картирования ридов?

Несколько слов о секвенировании РНК, сплайсинге и интронах!

SPLAT Global — компания-производитель средств для гигиены полости рта, натуральной косметики для ухода за кожей и волосами, а также экологичных продуктов для ухода за домом. Компания представлена как в России, так и на мировом рынке!

Ведущий специалист по инновациям ООО «Сплат Глобал» Виктор Филатов в рамках Ярмарки Бластима рассказывает о ценностях компании, инновациях и карьерных возможностях.

Смотрите наше видео и заходите на карьерный портал Сплат: bit.ly/43RWEUD

#бластим_вакансии

В новом видео жизненный совет для всех биоинформатиков от Евгения Герасимова!

Как получить качественные NGS-данные, чтобы потом их было интересно и комфортно анализировать in silico? Это главный вопрос, на который ответят спикеры вебинара Бластима «Приготовление NGS-библиотек: преодолеваем наиболее частые трудности».

Эксперты с большим стажем в секвенировании Айказ Еремян и Евгения Плаксина уже сегодня в 19:00 (по мск) будут обсуждать ключевые моменты мокрой части NGS-экспериментов. Приходите, будет полезно!

Регистрируйтесь прямо сейчас, и мы пришлем вам ссылку для подключения: bit.ly/3Ptv3oe

Запись вебинара будет доступна бесплатно всем зарегистрировавшимся в течение 24 часов после мероприятия!

Помните схему типичного биоинформатического пайплайна? Там было много-много разных форматов файлов, которыми оперируют биоинформатики. Это вообще нормально? Евгений Герасимов рассказывает!

Куда инвестировать? Где есть интересная работа? Стартапы! Смотрите подборку любопытных стартапов в биотехе!

📌Atomwise (Сан-Франциско, США) — биотех-компания, которая занимается разработкой новых низкомолекулярных лекарств с помощью методов машинного обучения и анализа библиотек химических веществ. Последнее финансирование: $123M, август 2020 (серия B). Сайт: https://www.atomwise.com/

📌Cradle (Нидерланды, Швейцария) — стартап, который занимается дизайном протеинов с помощью ИИ. Последнее финансирование: €5,5M, ноябрь 2022. Сайт: https://cradle.bio

📌Human Immunology Biosciences (Мэриленд, США) — стартап, который разрабатывает таргетную терапию орфанных заболеваний на основе генетики и иммунологии. Последнее финансирование: $120M, ноябрь 2022 (серия D). Сайт: https://hibio.com/

📌Kingdom Supercultures (Нью-Йорк, США) — фудтех-компания, которая изолирует и изучает штаммы пищевых бактерий для их оптимизации и создания суперкультур, позволяющих производить естественно ферментированные пищевые продукты, напитки и средства личной гигиены без отходов. Последнее финансирование: $24M, октябрь 2021 (серия B). Сайт: https://www.kingdomsupercultures.com/

📌NuProbe (США, Китай) — биотех-стартап, создающий диагностические панели для выявления рака. Последнее финансирование: $50M, июнь 2022 (серия В). Сайт: http://www.nuprobe.com/

📌Phenomics Health (США) — компания прецизионной медицины, которая использует биоинформатику, машинное обучение для подбора персонализированной терапии. Последнее финансирование: $11,5M, октябрь 2022 (серия В). Сайт: https://www.phenomicshealth.com/

📌Seqera Labs (Барселона, Испания) — биоинформатическая компания, которая создает технологии для конвейеров обработки больших данных. От создателей Nextflow. Компания поддерживается фондом Цукерберга. Последнее финансирование: €22М, 2022 (серия А). Сайт: https://seqera.io/

Узнать больше о стартапах в биотехе можно из записей курса Бластима «Биотех глазами инвесторов»: bit.ly/3Pnwuoh

#бластим_подборка

Уже в ближайший понедельник 26 июня на Бластиме стартует курс по анализу данных секвенирования нового поколения. Публикуем заключительный ролик с Евгением Герасимовым для погружения в атмосферу NGS! Биоинформатик рассказывает, как получали знаменитые матрицы замен.

Наполним выходные большой наукой вместе с Бластимом!

🚀Илон Маск обещает скоро колонизировать Марс. Но чем должны питаться астронавты, которые отправятся в долгий полет? Можно взять еду в тюбиках, однако нужна и свежая зелень. При поддержке NASA создаются инновационные подходы. Например, предлагается выращивать растения без света. Шутка? Отнюдь, нет. В темном космосе невозможен фотосинтез, но зато можно запустить альтернативную биохимию. Например, химики создали электролизер, эффективно превращающий углекислый газ и воду в ацетат, а биотехнологи готовят ГМ-культуры, которые могут его метаболизировать. Вообще, у проростков растений, особенно с масличными семенами, для преобразования липидов работает видоизменений цикл Кребса — глиоксилатный шунт. С позеленением он отключается. Ученые с помощью генной инженерии активировали этот путь во взрослых растениях и получили на ацетате арабидопсис без единого фотона! А еще им удалось вырастить на подслащенной воде плодоносящие карликовые помидоры-черри. Даже если полет на Марс не состоится, «темновое» культивирование применимо и на Земле для выращивания ценных овощей на недорогих субстратах!
https://www.science.org/content/article/crops-grown-without-sunlight-could-help-feed-astronauts-bound-mars

🔧Алфавита в 20 букв ученым оказалось мало. Сегодня вовсю идет работа над расширением генетического кода: в материале Nature описываются смелые эксперименты синтетических биологов. Специалисты уже запросто кодируют стоп-кодонами более 200 неканонических аминокислот. Причем, если сначала модификацию трансляции производили в пробирке, то теперь взламывают код живых организмов: кишечной палочки, нематод и даже мышей. Белковый хакинг имеет прикладное значение: вставка необычных аминокислот позволяет лучше изучать протеины, производить новые нестандартные полимеры в клеточных фабриках или разрабатывать лекарства на основе белков, способных образовывать прочные ковалентные связи. Например, благодаря включению фторсульфат-тирозина в рецептор PD-1 удалось уменьшить опухоли у мышей. А вот группа Джорджа Чёрча из Гарварда решила нарушить правило универсальности: перекодировав некоторые аминокислоты, они вырастили бактерий совершенно невосприимчивых к фагам. Подход получил название генетический файрволл. Другие ученые проводят еще более экстремальные опыты: создают клеточные системы с квадруплетными кодонами или перепрограммируют рибосомы на прием бета- и гамма-аминокислот и даже катализ углерод-углеродных связей вместо обычных пептидных!
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01980-4

🐐Жизнь в неволе — огромный стресс для диких животных, особенно травоядных. Поэтому в ходе процесса одомашнивания шел сильный отбор на крепость иммунной системы, повышенную репродукцию и психологическую устойчивость к стесненным условиям. Можно сказать, приручаемость — сложный поведенческий признак. Коза была одними из первых одомашненных видов, и ученые решили определить гены приручения. В ходе популяционных исследований обнаружили двухгенный локус STIM1-RRM1, который подвергся сильнейшему отбору при доместикации безоарового козла — предка современных коз. А именно, определенные снипы в гене RRM1 наблюдалась у домашних коз, но не их диких сородичей. Известно, что этот ген кодирует субъединицу фермента рибонуклеотидредуктазы, нужного для поддержания ДНК, особенно митохондриальной, что важно для развития нервной системы. Миссенс-мутация в нем способствует лучшей приручаемости и, по-видимому, быстро распространилась во всей популяции первых одомашненных коз 6500 лет назад. Генетики считают, что описанный локус связан с общим для млекопитающих регулятором поведения: ГМ-мыши с воспроизведенной точечной заменой в поведенческих тестах меньше боялись людей и проявляли большую социальность, а GWAS показал ассоциацию локуса с СДВГ и деструктивным расстройством у человека!
https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adf4068

#выходные_у_бластим