Свежая порция новостей науки от Бластима для чтения на выходных!

🌱Карликовые и полукарликовые сорта пшеницы с подавленным гибберелиновым сигналингом устойчивы к полеганию и во многом обеспечили Зеленую революцию 1960-х. Однако нарушение фитогормонального баланса не проходит даром: растения с коротким стеблем имеют низкую эффективность усвоения азота и фиксации углерода, что приводит к снижению биомассы, размера колоса и веса зерна. Для поддержания высокой урожайности необходимо обильное азотное питание. Это требует внесения большого количества удобрений, что наносит ущерб окружающей среде. На этот раз ученые решили пойти иным путем и сделать редизайн полукарликовых сортов пшеницы без использования традиционных аллелей зеленой революции. Специалисты использовали природных мутантов с редкой делецией генов восприятия других гормонов — брассиностероидов, которые также вовлечены в контроль многих агрономических признаков. Им удалось получить компактные растения с куда лучшей урожайностью. Генетики предлагают получать такие короткостебельные сорта пшеницы и прочих зерновых для сельского хозяйства с помощью CRISPR-Cas9!
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41586-023-06023-6

🐸Некоторые виды, например, ядовитые лягушки-древолазы, предпочитают не прятаться от хищников, а отпугивать их предостерегающей окраской. Это называется апосематизмом, и проблема развития такой адаптивной стратегии давно беспокоит биологов. Действительно, как в популяции может закрепиться признак вызывающей окраски, если первая же особь-мутант станет легкой мишенью для хищников, которые не могут сразу распознать ее несъедобность или ядовитость? Статья в Science как раз на примере амфибий описывает эволюционную траекторию перехода от камуфляжной окраски к пестрой. Канадские и южнокорейские исследователи предполагают, что существуют промежуточные этапы между маскировкой к апосематизмом. В переходном состоянии демонстрация предупреждающего окраса хищникам происходит при непосредственном контакте, поскольку у таких земноводных с химзащитой ярко окрашены только конечности или брюхо.
Подробнее: https://www.science.org/doi/10.1126/science.ade5156

🍴Нервная анорексия — серьезное расстройство пищевого поведения. Несмотря на высокую летальность, пока заболевание описано как набор симптомов, а его этиология неясна. Известно, что в патогенезе участвуют как средовые факторы, так и генетика. В материале в Nature Microbiology датские ученые с помощью метагеномики фекальной микробиоты и метаболомики крови изучили, какую роль играют микробиом и виром кишечника в развитии болезни. Им удалось показать, что кишечные микробы через метаболиты крови способны влиять на процессы контроля мозгом аппетита, эмоций и поведения. Например, бактерии у женщин с нервной анорексией производят меньше витамина B1, дефицит которого связан с психофизиологическими нарушениям. Кроме того, микробиом пациенток был обогащен биохимическими путями деградации нейромедиаторов. А в сыворотке крови оказалось повышено количество соединений, связанных с регуляцией насыщения: желчных кислот и производных триптофана. Роль бактерий в патогенезе анорексии подтвердилась и в экспериментах с трансплантацией фекальной микробиоты человека мышам.
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41564-023-01355-5

Кстати, напоминаем, что в мае у Бластима пройдет серия вебинаров по микробиомике человека. Записывайтесь: bit.ly/3LGVkNC

#выходные_у_бластим

Вакансия химика-лаборанта в Клонинг Фасилити!

Клонинг Фасилити — российская компания, занимающаяся промышленной биотехнологией микроорганизмов. В сильную и дружную команду нужен коллега для помощи с технической работой, требующей базовых лабораторных навыков и аккуратности.

Требования:
⚗️Образование: биологическое или химическое (возможно неполное)
🌡Базовое знание органической химии и биохимии
☢️Понимание работы в лаборатории и техники безопасности
🧪Знание аналитической химии
✍️Усидчивость и сконцентрированность

Условия:
💰Зарплата от 50 000 р. на руки
📍Лаборатория в Москве на территории ИБХ РАН
📈Карьерный рост и увеличение зарплаты по мере профессионального роста
📆Испытательный срок: 3 месяца
📔Оформление в штат по Трудовому Кодексу РФ

Заявки до 15 июня (включительно)
Откликнуться: bit.ly/3Nv6u9n

#бластим_вакансии

Поздравляем с праздниками и анонсируем розыгрыш призов!

Сегодня последний День Открытых дверей, мы собираем заявки и разыгрываем скидки среди тех, кто зарегистрируется до 12:30 (мск).

Уже почти 400 человек получили бесплатный доступ к избранным лекциям наших курсов (всего 106 часов) и примут участие в лотерее, где можно выиграть выгодные скидки на предстоящие программы! Никто не уйдет без подарка!

Совсем скоро пройдет розыгрыш призовых скидок, спешите присоединиться к акции: bit.ly/3HyifIl
Промокоды будут действовать до пятницы.

Бластим провел розыгрыш призов: смотрите результаты на видео!

Теперь на почту каждому участнику придут промокоды со скидкой, которую можно реализовать на грядущие курсы Бластима. Промокоды работают до 5 мая, скидка не аддитивная.

Поздравляем всех!

«Геномед» — это инновационная компания с командой врачей-генетиков и неврологов, акушеров-гинекологов и онкологов, биоинформатиков и лабораторных специалистов, предоставляющая комплексную и высокоточную диагностику наследственных заболеваний, нарушений репродуктивной функции, подбор индивидуальной терапии в онкологии.

Компания в сотрудничестве с мировыми лидерами в области молекулярной диагностики предлагает более 200 молекулярно-генетических исследований, основанных на самых современных технологиях. Использование секвенирования нового поколения, микроматричного анализа с мощными методами биоинформатического анализа позволяют быстро поставить диагноз и подобрать правильное лечение даже в самых сложных случаях.

Миссия «Геномеда» заключается в предоставлении врачам и пациентам комплексных и экономически эффективных генетических исследований, информационной и консультационной поддержки 24 часа в сутки.

В команду «Геномеда» требуется руководитель R&D-отдела.

Обязанности:
🔸Ведение проектов R&D и управление ими, планирование работы R&D, руководство отделом R&D, построение команды;
🔸Организация и участие в разработке тест-систем для ДНК(РНК)-диагностики (на основе NGS/Microarray), их внедрение в работу лаборатории и валидация;
🔸Решение нетривиальных задач, возникающих в ходе рутинной диагностики;
🔸Участие в процессе внедрения новых методов и оборудования в рутинную работу лаборатории, поиск новых решений;
🔸Отчетность перед руководством.

Требования:
🔺Опыт работы в области молекулярной биологии/генетики не менее 3 лет;
🔺Опыт работы в проектах/команде R&D;
🔺Наличие управленческих/организационных навыков;
🔺Систематический подход к ведению работы;
🔺Готовность работать в команде.

Условия:
🔹Работа в лидирующей компании в области генетических исследований;
🔹Стабильная заработная плата, оформление согласно ТК РФ;
🔹Место работы: Короленко, д. 8, метро «Сокольники»;
🔹Возможность освоения современных диагностических методов;
🔹Возможность участия в научных проектах и разработках.

Откликнуться на вакансию: bit.ly/3NDNkP0

#бластим_вакансии

Как биологу использовать Python для анализа больших данных? Почему этот язык становится мастхэвом для ученых? Может ли умение кодить способствовать профессиональному росту?

Эти и многие другие вопросы обсудим на открытой встрече «Начни программировать на Python: возможности для биологов». Спикером выступит опытный преподаватель программирования и матмоделирования Александр Ильин.

Программа онлайн-лекции:

• Обзор инструментов для упрощения работы в науке: автоматизация/визуализация/машинное обучение/интеграция питона с R, MATLAB, Cytoscape
• Примеры wow-эффектов от использования Python для рутинной работы в лайфсайнс
• Частые проблемы, которые возникают при работе с Python, и будущие возможности
• Грамотный трек изучения языка для новичка
• Презентация нового курса «Python для анализа данных в науке» от Бластим и ответы на все вопросы

Ждем всех желающих начать познавать насущный питон!
До встречи 11 мая в 19:00 (мск).
Регистрация по ссылке: bit.ly/3LCIazU

#бластим_питон

Нам часто задают вопрос, можно ли устроиться на стажировку или работу после наших курсов. Короткий ответ: очень вероятно, что да. Но конечно же, многое зависит от соискателя, от умения себя подать в резюме, а также от типа вакансии. Для вашего удобства подобрали несколько хороших вариантов для биоинформатиков. Надеемся, каждый найдет себе по душе.

🇵🇱Оплачиваемая стажировка по биоинформатике в Ardigen (Краков, Польша)
На стажировке предстоит оказывать биоинформатическую поддержку приложений для персонализированной терапии рака. Требования к соискателям: нужно быть студентом магистратуры или выпускником в области биоинформатики/молбиологии/биотехнологии/информатики или смежных, иметь базовое понимание рабочих процессов анализа NGS-данных, а также навыки на Python. Формат гибридный.
Дедлайн: 29 мая
bit.ly/3AYCtYo

🇩🇪PhD-студент в институт Роберт Коха (Бранденбург, Германия)
Приглашаются кандидаты со степенью магистра для работы и написания диссертации в области ИИ в здравоохранении. Требуется опыт количественного анализа сложных массивов данных с использованием Python или Java. Приветствуются знания в сфере ИИ.
Дедлайн: 30 мая
bit.ly/41odM2l

🇱🇺Разработчик ПО в Центр Системной Медицины (Люксембург)
Предстоит создать платформу для управления и анализа данных пациентов. Необходима степень магистра, в идеале в области, связанной с IT, отличное знание Python или Java, а также 4+ лет опыта в качестве разработчика.
Дедлайн: 2 июня
bit.ly/42eQpJO

🇳🇴Постдок в биоинформатику в Институт исследования рака (Осло, Норвегия)
Приглашается биоинформатик в проект по изучению роли регуляторных Т-клеток в микроокружении опухоли путем scRNA-seq, пространственной транскриптомики и протеомики. Нужна степень PhD в области биоинформатики, вычислительной биологии, информатики и смежных, знание Linux, а также Python и R, основ ML, опыт анализа и интеграции мультиомных данных.
Дедлайн: 13 июня
bit.ly/413jzKt

🇺🇸Старший менеджер в протеомику в Freenome (Калифорния, США)
Freenome занимается онкодиагностикой по биомаркерам крови. В стартап требуется менеджер для поддержания мультиомиксной платформы. От соискателя нужна PhD-степень в области биоинформатики, опыт в постановке экспериментов в протеомике с использованием Python/R, навыки руководства коллективом, знания статистики.
bit.ly/3LWqOj0

🇧🇪Биоинформатик в Orionis Biosciences (Гент, Бельгия)
Стартап создает платформу для скрининга новых лекарств против рака. От кандидата: степень бакалавра в области биоинформатики, наук о жизни, информатики или прикладной математики. Нужны продвинутые навыки программирования (Python) и опыт работы с базами данных (PostgreSQL), AWS и Docker.
bit.ly/416E7li

🇩🇪Стажер в вычислительную биологию в Dewpoint (Дрезден, Германия)
Разыскивается стажер, который присоединится к команде генетиков и вычислительных биологов. Предстоит применять мультиомные данные к разработке лекарств. Стажеры будут изучать концепции датасайнс в биоинформатике. Нужна степень магистра, хорошее знание статистики, опыт в R или Python.
bit.ly/3HDUmz5

🇩🇪Стажировка в KWS (Айнбек, Германия)
KWS — компания по селекции растений — приглашает бакалавров и магистров на оплачиваемую стажировку. Предстоит проводить молекулярные исследования в лабораториях по разным направлениям, в том числе биоинформатике.
bit.ly/3HDQEG0

🇫🇷Стажировка по машинному обучению в Owkin (Париж, Франция)
Owkin — биотех-стартап, который применяет искусственный интеллект для разработки новых лекарств. Компания приглашает на стажировку, которая будет посвящена приложению федеративного обучения к генетическим данным. Нужен опыт работы в ML, навыки в Linux/Unix и Python, а также знание фреймворков DL (Tensorflow, PyTorch).
bit.ly/3AXnX2V

#бластим_подборка

Погружаемся в новости лайфсайнс вместе с Бластимом!

🧬22 ноября 2022 года FDA одобрило Hemgenix — первую генную терапию гемофилии B. Стоимость лечения в 3,5 млн долларов сделало препарат самым дорогим в мире. На страницах Nature авторы как раз анализируют вопрос доступности передовой терапии. Создание и производство таких лекарств обходится дороже, чем традиционных малых молекул, а ценник за лечение одного пациента может исчисляться миллионами долларов, если учитывать затраты на госпитализацию и манипуляции с клетками. Правда, некоторые специалисты считают, что генотерапия все равно выгодна, так как позволяет сэкономить на повторном лечении. Тем не менее даже в богатых странах системы здравоохранения не справляются с такими расходами. Удешевить лечение, по мнению авторов, может терапия in vivo, то есть без извлечения клеток из тела. Другой вариант — разработка платформ генной терапии: доказав безопасность и эффективность одной системы, специалисты могли бы заменять гены в отработанной конструкции под другие болезни. Успешность преодоления проблемы ценообразования определит будущее генотерапевтических препаратов.
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01389-z

💉В пандемию COVID-19, которую ВОЗ недавно объявила оконченной, мРНК-вакцины против коронавируса из-за риска деградации компонентов приходилось постоянно держать в холодильнике. Избавиться от недостатков таких вакцин ученые из Baidu Research решили с помощью искусственного интеллекта. Применив алгоритм компьютерной лингвистики LinearDesign к нуклеотидной последовательности РНК, они провели оптимизацию кодонов для учета предпочтения клеток и повышения устойчивости молекул. Как известно, чем стабильнее мРНК, доставляемая в клетки, тем сильнее экспрессия антигенного белка и выработка в ответ на него антител, что в свою очередь усиливает иммунную защиту. ИИ легко подобрал РНК с жесткими двуцепочечными участками, которые в ходе валидационных испытаний на мышах вызвали иммунный ответ в 128 раз выше, чем традиционные вакцины! Алгоритм также увеличил сохранность препарата. Надеемся поскорее увидеть новые вакцины в клинике.
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01487-y

☀️Чтобы повысить урожайность сельскохозяйственных культур, нужно сделать фотосинтез более эффективным. Узкое место процесса — это свойства основного фермента карбоксилирования Rubisco. У энзима низкая скорость реакций, а также он часто фиксирует кислород вместо CO2, из-за чего много энергии растрачивается на бесполезное фотодыхание. Некоторые растения, скажем, кукуруза или сахарный тростник, решают эту проблему, переходя на С4-фотосинтез. Но есть и другие механизмы концентрирования углекислоты, например, карбоксисомы. Эти специальные органеллы, где Rubisco инкапсулирован в полиэдрические белковые оболочки, характерны для микроорганизмов. Ученые решили перенести гены карбоксисом из бактерий в хлоропласты. Так, методами генной инженерии был получен транспластомный табак. В его пластидах действительно происходила самосборка функциональных карбоксисом, которые даже поддерживали фотосинтез и рост растений, но только при ненормально высокой концентрации углекислого газа. Хотя результаты свидетельствуют о необходимости оптимизации дизайна внедряемой генетической конструкции, «карбоксисомная инженерия» сулит большие перспективы для агротеха!
https://www.nature.com/articles/s41467-023-37490-0

#выходные_у_бластим

Собрали воедино отличные мероприятия в науке и индустрии!

📌Всероссийская школа-конференция «Сохранение и преумножение генетических ресурсов микроорганизмов» (Санкт-Петебург)
26 — 27 июня
Дедлайн: 12 мая
bit.ly/41qWilU

📌Съезд Российского Физиологического Общества им. И.П. Павлова (Санкт-Петебург)
11 — 15 сентября
Дедлайн: 12 мая
bit.ly/3BdVwxU

📌Школа по Магнитно-Резонансной Томографии (Санкт-Петербург)
3 — 8 июля
Дедлайн: 14 мая
bit.ly/3nRcj6S

📌Мини-курс «Исследования микробиома человека — руководство пользователя» (онлайн)
17, 24, 31 мая
bit.ly/3O6s58J

📌Вебинар «Руководство для начинающих по интерпретации результатов биостатистики»
23 мая, 14:00 (мск)
bit.ly/41sxVEb

📌Виртуальная Ярмарка вакансий в биотехе
27 мая
bit.ly/42P9pyn

📌Съезд Общества физиологов растений «Биология растений в эпоху глобальных изменений климата» (Уфа)
18 — 23 сентября
Дедлайн: 31 мая
bit.ly/3O0fIL2

📌Конференция «Современные проблемы фотобиологии» (Краснодарский край и дистанционно)
10 — 17 сентября
Дедлайн: 1 июня
bit.ly/3MjF2L5

📌Международная научная конференция молодых учёных и специалистов, посвящённая 180-летию со дня рождения К.А. Тимирязева (Москва и дистанционно)
5 — 7 июня
Дедлайн: 3 июня
bit.ly/3I0MMPx

📌Всероссийская школа-конференция «Коллекции культур клеток человека и животных: современные вызовы и сетевые решения» (Санкт-Петербург)
22 — 23 июня
Дедлайн: 5 июня
bit.ly/42sIw3d

📌Международная онлайн-конференция по сельскому хозяйству IOCAG2023
1 — 15 ноября
Дедлайн: 26 июня
bit.ly/3O13sdu

📌Конференция «Геномика, метагеномика и молекулярная биология микроорганизмов» (Сколково)
23 — 24 сентября
Дедлайн: 1 августа
bit.ly/3O1rSng

📌Летняя школа по тропическим и инфекционным заболеваниям (Бразилия)
31 июля — 18 августа
bit.ly/42ILv7w

📌Всероссийская GMP-конференция (Екатеринбург и дистанционно)
27 — 29 сентября
bit.ly/42sjXDB

#бластим_подборка