Планируйте май и лето вместе с Бластимом!

🦠 Вебинары

Бластим x Knomx x Nobias Technologies представляют серию вебинаров об особенностях проведения исследований микробиоты человека методом секвенирования 16S рРНК. В рамках занятий вы получите практические рекомендации по проведению микробиомных исследований от стадии планирования до анализа данных.

17 мая — Сбор данных и биобанка: клинический этап.
Спикер: Владимир Романов

24 мая — Обработка биобанка микробиоты: лабораторный этап.
Спикер: Станислав Кошечкин

31 мая — Обработка данных: биоинформатика и статистика.
Спикер: Вера Одинцова

Зарегистрироваться на вебинары: bit.ly/3n5pT6e

🎓 Курсы

Запись открыта:

🆕 Python для анализа данных в науке
Освоим популярный язык программирования с нуля для решения большинства задач в датасайнс и биоинформатике. Старт 16 мая
Регистрируйтесь сейчас со скидкой: bit.ly/44fUizw

📌 Анализ NGS-данных
Летний поток курса по основным разделам NGS с качественной практикой. Старт 26 июня
Записаться: bit.ly/41I6l74

🆕 ML на Python для решения биоинформатических задач
Курс по основам машинного обучения для применения в своих исследованиях. Старт 29 августа
Узнать подробности: bit.ly/41Xanbo

Можно предзаписаться:

📌 Анализ данных РНК-секвенирования
Интенсив по анализу транскриптомов: bit.ly/40FGZ8j

Сохраняйте и делитесь с друзьями!

#бластим_курсы

#бластим_рекомендует

🧬 Уважаемые студенты, аспиранты и молодые ученые!

⚡Приглашаем Вас принять участие в научной конференции молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов, вирусологов, биофизиков и биоинформатиков, которая состоится в рамках Площадки открытых коммуникаций OpenBio, 26-28 сентября 2023 г. в наукограде Кольцово.

Секции конференции:
26.09 — вирусология;
26.09 — биоинформатика;
27.09 — биотехнология;
27.09 — биофизика;
28.09 — молекулярная биология.

◾К участию приглашаются ученые до 35 лет включительно;
◾Отбор осуществляется на основе тезисов;
◾Если у Вас нет возможности присутствовать лично, то организаторы обеспечат онлайн-включение. Возможно заочное участие с публикацией и выступление онлайн;
◾Отобранные тезисы будут опубликованы в сборнике конференции, размещенном в научной электронной библиотеке eLIBRARY с индексацией в РИНЦ и присвоением DOI каждому тезису.

⚡Тезисы принимаются до 1 августа

Ссылка на информацию о конференции и других мероприятиях OpenBio: https://www.openbio.ru/

На прошлой неделе мы рассматривали гибридомную технологию для наработки терапевтических антител. А в сегодняшнем посте кратко разберем альтернативный подход для получения иммуноглобулинов — фаговый дисплей.

🎯Дисплейные методы, как и метод гибридóм, начинаются с иммунизации животного. Этот этап нужен, чтобы получить антитела, из которых затем мы будем выбирать лучшее. Однако, в отличие от ограниченного набора антител-кандидатов в методе гибридóм, с помощью дисплейных методов можно «перебрать» сразу миллиарды последовательностей потенциальных антител.

🦠Самым популярным из всех дисплейных методов считается фаговый дисплей. Он заключается в том, чтобы «заставить» бактериофаг М13 выставлять на своей поверхности (от англ. display — отсюда название метода) фрагменты антитела. Каждый отдельный бактериофаг представляет последовательность только одного антитела, а в одной пробирке таких вирусных частиц могут быть миллиарды. Такие масштабы достигаются за счет высокопроизводительных методов молекулярного клонирования. Затем, в результате нескольких раундов селекции, из миллиардов потенциальных последовательностей отбирают единственный кандидат, который станет будущим антителом.

🐭Главное преимущество фагового дисплея — в огромном разнообразии молекул-кандидатов: в одном раунде удается «прогнать» миллиарды последовательностей. Также среди плюсов, которые отличают фаговый дисплей от метода гибридóм, стоит отметить возможность работы с полностью человеческими (а не мышиными) последовательностями, а также меньшие затраты времени — не нужно иммунизировать мышей, выделять из них В-лимфоциты и скрещивать их с клетками миеломы. В этом же кроется, пожалуй, и главный недостаток: фаговый дисплей — слишком искусственная система. На выходе мы получаем «огрызки» молекул — всего лишь вариабельные фрагменты, а не полноразмерные антитела. Не факт, что даже идеально связавшийся фрагмент-кандидат сможет наработаться в клетках.

💊Но, несмотря на свои ограничения, метод фагового дисплея остается очень популярным для получения моноклональных антител во многих фармацевтических компаниях. Если отработать лабораторный процесс до автоматизма, можно анализировать потенциальные антитела намного быстрее, чем с помощью гибридóм.

#бластим_технологии
#бластим_фарма

Впереди длинные выходные и мы с командой решили добавить к ленивым каникулам чуточку пользы!

С 29 апреля по 3 мая Бластим проводит День Открытых Дверей. Каждый сможет посмотреть избранные лекции самых популярных курсов (всего 106 часов):

📑Пакет для карьеры за рубежом (3 лекции)
🐧Введение в Linux (3 дня)
📊Статистика, R и анализ данных (3 дня)
💻Анализ NGS-данных (3 дня)
🧬Анализ РНК-секвенирования (2 лекции)
💊Из исследований в разработку фармпрепаратов (3 дня)

Среди бесплатных материалов будут подсказки по биологии и полезные гайды по программированию.

А еще можно поучаствовать беспроигрышной лотерее и получить одну из скидок в списке:

✨Скидка 10% на любой из курсов Бластим
💫Скидка 20% на любой из курсов Бластим
⭐Скидка 30% на любой из курсов Бластим
🔥Скидка 50% на курс «Анализ NGS-данных»
⚡Скидка 50% на курс «ML на Python для решения биоинформатических задач»
💥Скидка 80% на курс «Python для анализа данных в науке»

Регистрируйтесь сами и зовите друзей: bit.ly/4212SzW

Свежая порция новостей науки от Бластима для чтения на выходных!

🌱Карликовые и полукарликовые сорта пшеницы с подавленным гибберелиновым сигналингом устойчивы к полеганию и во многом обеспечили Зеленую революцию 1960-х. Однако нарушение фитогормонального баланса не проходит даром: растения с коротким стеблем имеют низкую эффективность усвоения азота и фиксации углерода, что приводит к снижению биомассы, размера колоса и веса зерна. Для поддержания высокой урожайности необходимо обильное азотное питание. Это требует внесения большого количества удобрений, что наносит ущерб окружающей среде. На этот раз ученые решили пойти иным путем и сделать редизайн полукарликовых сортов пшеницы без использования традиционных аллелей зеленой революции. Специалисты использовали природных мутантов с редкой делецией генов восприятия других гормонов — брассиностероидов, которые также вовлечены в контроль многих агрономических признаков. Им удалось получить компактные растения с куда лучшей урожайностью. Генетики предлагают получать такие короткостебельные сорта пшеницы и прочих зерновых для сельского хозяйства с помощью CRISPR-Cas9!
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41586-023-06023-6

🐸Некоторые виды, например, ядовитые лягушки-древолазы, предпочитают не прятаться от хищников, а отпугивать их предостерегающей окраской. Это называется апосематизмом, и проблема развития такой адаптивной стратегии давно беспокоит биологов. Действительно, как в популяции может закрепиться признак вызывающей окраски, если первая же особь-мутант станет легкой мишенью для хищников, которые не могут сразу распознать ее несъедобность или ядовитость? Статья в Science как раз на примере амфибий описывает эволюционную траекторию перехода от камуфляжной окраски к пестрой. Канадские и южнокорейские исследователи предполагают, что существуют промежуточные этапы между маскировкой к апосематизмом. В переходном состоянии демонстрация предупреждающего окраса хищникам происходит при непосредственном контакте, поскольку у таких земноводных с химзащитой ярко окрашены только конечности или брюхо.
Подробнее: https://www.science.org/doi/10.1126/science.ade5156

🍴Нервная анорексия — серьезное расстройство пищевого поведения. Несмотря на высокую летальность, пока заболевание описано как набор симптомов, а его этиология неясна. Известно, что в патогенезе участвуют как средовые факторы, так и генетика. В материале в Nature Microbiology датские ученые с помощью метагеномики фекальной микробиоты и метаболомики крови изучили, какую роль играют микробиом и виром кишечника в развитии болезни. Им удалось показать, что кишечные микробы через метаболиты крови способны влиять на процессы контроля мозгом аппетита, эмоций и поведения. Например, бактерии у женщин с нервной анорексией производят меньше витамина B1, дефицит которого связан с психофизиологическими нарушениям. Кроме того, микробиом пациенток был обогащен биохимическими путями деградации нейромедиаторов. А в сыворотке крови оказалось повышено количество соединений, связанных с регуляцией насыщения: желчных кислот и производных триптофана. Роль бактерий в патогенезе анорексии подтвердилась и в экспериментах с трансплантацией фекальной микробиоты человека мышам.
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41564-023-01355-5

Кстати, напоминаем, что в мае у Бластима пройдет серия вебинаров по микробиомике человека. Записывайтесь: bit.ly/3LGVkNC

#выходные_у_бластим

Вакансия химика-лаборанта в Клонинг Фасилити!

Клонинг Фасилити — российская компания, занимающаяся промышленной биотехнологией микроорганизмов. В сильную и дружную команду нужен коллега для помощи с технической работой, требующей базовых лабораторных навыков и аккуратности.

Требования:
⚗️Образование: биологическое или химическое (возможно неполное)
🌡Базовое знание органической химии и биохимии
☢️Понимание работы в лаборатории и техники безопасности
🧪Знание аналитической химии
✍️Усидчивость и сконцентрированность

Условия:
💰Зарплата от 50 000 р. на руки
📍Лаборатория в Москве на территории ИБХ РАН
📈Карьерный рост и увеличение зарплаты по мере профессионального роста
📆Испытательный срок: 3 месяца
📔Оформление в штат по Трудовому Кодексу РФ

Заявки до 15 июня (включительно)
Откликнуться: bit.ly/3Nv6u9n

#бластим_вакансии

Поздравляем с праздниками и анонсируем розыгрыш призов!

Сегодня последний День Открытых дверей, мы собираем заявки и разыгрываем скидки среди тех, кто зарегистрируется до 12:30 (мск).

Уже почти 400 человек получили бесплатный доступ к избранным лекциям наших курсов (всего 106 часов) и примут участие в лотерее, где можно выиграть выгодные скидки на предстоящие программы! Никто не уйдет без подарка!

Совсем скоро пройдет розыгрыш призовых скидок, спешите присоединиться к акции: bit.ly/3HyifIl
Промокоды будут действовать до пятницы.

Бластим провел розыгрыш призов: смотрите результаты на видео!

Теперь на почту каждому участнику придут промокоды со скидкой, которую можно реализовать на грядущие курсы Бластима. Промокоды работают до 5 мая, скидка не аддитивная.

Поздравляем всех!

«Геномед» — это инновационная компания с командой врачей-генетиков и неврологов, акушеров-гинекологов и онкологов, биоинформатиков и лабораторных специалистов, предоставляющая комплексную и высокоточную диагностику наследственных заболеваний, нарушений репродуктивной функции, подбор индивидуальной терапии в онкологии.

Компания в сотрудничестве с мировыми лидерами в области молекулярной диагностики предлагает более 200 молекулярно-генетических исследований, основанных на самых современных технологиях. Использование секвенирования нового поколения, микроматричного анализа с мощными методами биоинформатического анализа позволяют быстро поставить диагноз и подобрать правильное лечение даже в самых сложных случаях.

Миссия «Геномеда» заключается в предоставлении врачам и пациентам комплексных и экономически эффективных генетических исследований, информационной и консультационной поддержки 24 часа в сутки.

В команду «Геномеда» требуется руководитель R&D-отдела.

Обязанности:
🔸Ведение проектов R&D и управление ими, планирование работы R&D, руководство отделом R&D, построение команды;
🔸Организация и участие в разработке тест-систем для ДНК(РНК)-диагностики (на основе NGS/Microarray), их внедрение в работу лаборатории и валидация;
🔸Решение нетривиальных задач, возникающих в ходе рутинной диагностики;
🔸Участие в процессе внедрения новых методов и оборудования в рутинную работу лаборатории, поиск новых решений;
🔸Отчетность перед руководством.

Требования:
🔺Опыт работы в области молекулярной биологии/генетики не менее 3 лет;
🔺Опыт работы в проектах/команде R&D;
🔺Наличие управленческих/организационных навыков;
🔺Систематический подход к ведению работы;
🔺Готовность работать в команде.

Условия:
🔹Работа в лидирующей компании в области генетических исследований;
🔹Стабильная заработная плата, оформление согласно ТК РФ;
🔹Место работы: Короленко, д. 8, метро «Сокольники»;
🔹Возможность освоения современных диагностических методов;
🔹Возможность участия в научных проектах и разработках.

Откликнуться на вакансию: bit.ly/3NDNkP0

#бластим_вакансии

Как биологу использовать Python для анализа больших данных? Почему этот язык становится мастхэвом для ученых? Может ли умение кодить способствовать профессиональному росту?

Эти и многие другие вопросы обсудим на открытой встрече «Начни программировать на Python: возможности для биологов». Спикером выступит опытный преподаватель программирования и матмоделирования Александр Ильин.

Программа онлайн-лекции:

• Обзор инструментов для упрощения работы в науке: автоматизация/визуализация/машинное обучение/интеграция питона с R, MATLAB, Cytoscape
• Примеры wow-эффектов от использования Python для рутинной работы в лайфсайнс
• Частые проблемы, которые возникают при работе с Python, и будущие возможности
• Грамотный трек изучения языка для новичка
• Презентация нового курса «Python для анализа данных в науке» от Бластим и ответы на все вопросы

Ждем всех желающих начать познавать насущный питон!
До встречи 11 мая в 19:00 (мск).
Регистрация по ссылке: bit.ly/3LCIazU

#бластим_питон

Нам часто задают вопрос, можно ли устроиться на стажировку или работу после наших курсов. Короткий ответ: очень вероятно, что да. Но конечно же, многое зависит от соискателя, от умения себя подать в резюме, а также от типа вакансии. Для вашего удобства подобрали несколько хороших вариантов для биоинформатиков. Надеемся, каждый найдет себе по душе.

🇵🇱Оплачиваемая стажировка по биоинформатике в Ardigen (Краков, Польша)
На стажировке предстоит оказывать биоинформатическую поддержку приложений для персонализированной терапии рака. Требования к соискателям: нужно быть студентом магистратуры или выпускником в области биоинформатики/молбиологии/биотехнологии/информатики или смежных, иметь базовое понимание рабочих процессов анализа NGS-данных, а также навыки на Python. Формат гибридный.
Дедлайн: 29 мая
bit.ly/3AYCtYo

🇩🇪PhD-студент в институт Роберт Коха (Бранденбург, Германия)
Приглашаются кандидаты со степенью магистра для работы и написания диссертации в области ИИ в здравоохранении. Требуется опыт количественного анализа сложных массивов данных с использованием Python или Java. Приветствуются знания в сфере ИИ.
Дедлайн: 30 мая
bit.ly/41odM2l

🇱🇺Разработчик ПО в Центр Системной Медицины (Люксембург)
Предстоит создать платформу для управления и анализа данных пациентов. Необходима степень магистра, в идеале в области, связанной с IT, отличное знание Python или Java, а также 4+ лет опыта в качестве разработчика.
Дедлайн: 2 июня
bit.ly/42eQpJO

🇳🇴Постдок в биоинформатику в Институт исследования рака (Осло, Норвегия)
Приглашается биоинформатик в проект по изучению роли регуляторных Т-клеток в микроокружении опухоли путем scRNA-seq, пространственной транскриптомики и протеомики. Нужна степень PhD в области биоинформатики, вычислительной биологии, информатики и смежных, знание Linux, а также Python и R, основ ML, опыт анализа и интеграции мультиомных данных.
Дедлайн: 13 июня
bit.ly/413jzKt

🇺🇸Старший менеджер в протеомику в Freenome (Калифорния, США)
Freenome занимается онкодиагностикой по биомаркерам крови. В стартап требуется менеджер для поддержания мультиомиксной платформы. От соискателя нужна PhD-степень в области биоинформатики, опыт в постановке экспериментов в протеомике с использованием Python/R, навыки руководства коллективом, знания статистики.
bit.ly/3LWqOj0

🇧🇪Биоинформатик в Orionis Biosciences (Гент, Бельгия)
Стартап создает платформу для скрининга новых лекарств против рака. От кандидата: степень бакалавра в области биоинформатики, наук о жизни, информатики или прикладной математики. Нужны продвинутые навыки программирования (Python) и опыт работы с базами данных (PostgreSQL), AWS и Docker.
bit.ly/416E7li

🇩🇪Стажер в вычислительную биологию в Dewpoint (Дрезден, Германия)
Разыскивается стажер, который присоединится к команде генетиков и вычислительных биологов. Предстоит применять мультиомные данные к разработке лекарств. Стажеры будут изучать концепции датасайнс в биоинформатике. Нужна степень магистра, хорошее знание статистики, опыт в R или Python.
bit.ly/3HDUmz5

🇩🇪Стажировка в KWS (Айнбек, Германия)
KWS — компания по селекции растений — приглашает бакалавров и магистров на оплачиваемую стажировку. Предстоит проводить молекулярные исследования в лабораториях по разным направлениям, в том числе биоинформатике.
bit.ly/3HDQEG0

🇫🇷Стажировка по машинному обучению в Owkin (Париж, Франция)
Owkin — биотех-стартап, который применяет искусственный интеллект для разработки новых лекарств. Компания приглашает на стажировку, которая будет посвящена приложению федеративного обучения к генетическим данным. Нужен опыт работы в ML, навыки в Linux/Unix и Python, а также знание фреймворков DL (Tensorflow, PyTorch).
bit.ly/3AXnX2V

#бластим_подборка

Погружаемся в новости лайфсайнс вместе с Бластимом!

🧬22 ноября 2022 года FDA одобрило Hemgenix — первую генную терапию гемофилии B. Стоимость лечения в 3,5 млн долларов сделало препарат самым дорогим в мире. На страницах Nature авторы как раз анализируют вопрос доступности передовой терапии. Создание и производство таких лекарств обходится дороже, чем традиционных малых молекул, а ценник за лечение одного пациента может исчисляться миллионами долларов, если учитывать затраты на госпитализацию и манипуляции с клетками. Правда, некоторые специалисты считают, что генотерапия все равно выгодна, так как позволяет сэкономить на повторном лечении. Тем не менее даже в богатых странах системы здравоохранения не справляются с такими расходами. Удешевить лечение, по мнению авторов, может терапия in vivo, то есть без извлечения клеток из тела. Другой вариант — разработка платформ генной терапии: доказав безопасность и эффективность одной системы, специалисты могли бы заменять гены в отработанной конструкции под другие болезни. Успешность преодоления проблемы ценообразования определит будущее генотерапевтических препаратов.
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01389-z

💉В пандемию COVID-19, которую ВОЗ недавно объявила оконченной, мРНК-вакцины против коронавируса из-за риска деградации компонентов приходилось постоянно держать в холодильнике. Избавиться от недостатков таких вакцин ученые из Baidu Research решили с помощью искусственного интеллекта. Применив алгоритм компьютерной лингвистики LinearDesign к нуклеотидной последовательности РНК, они провели оптимизацию кодонов для учета предпочтения клеток и повышения устойчивости молекул. Как известно, чем стабильнее мРНК, доставляемая в клетки, тем сильнее экспрессия антигенного белка и выработка в ответ на него антител, что в свою очередь усиливает иммунную защиту. ИИ легко подобрал РНК с жесткими двуцепочечными участками, которые в ходе валидационных испытаний на мышах вызвали иммунный ответ в 128 раз выше, чем традиционные вакцины! Алгоритм также увеличил сохранность препарата. Надеемся поскорее увидеть новые вакцины в клинике.
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01487-y

☀️Чтобы повысить урожайность сельскохозяйственных культур, нужно сделать фотосинтез более эффективным. Узкое место процесса — это свойства основного фермента карбоксилирования Rubisco. У энзима низкая скорость реакций, а также он часто фиксирует кислород вместо CO2, из-за чего много энергии растрачивается на бесполезное фотодыхание. Некоторые растения, скажем, кукуруза или сахарный тростник, решают эту проблему, переходя на С4-фотосинтез. Но есть и другие механизмы концентрирования углекислоты, например, карбоксисомы. Эти специальные органеллы, где Rubisco инкапсулирован в полиэдрические белковые оболочки, характерны для микроорганизмов. Ученые решили перенести гены карбоксисом из бактерий в хлоропласты. Так, методами генной инженерии был получен транспластомный табак. В его пластидах действительно происходила самосборка функциональных карбоксисом, которые даже поддерживали фотосинтез и рост растений, но только при ненормально высокой концентрации углекислого газа. Хотя результаты свидетельствуют о необходимости оптимизации дизайна внедряемой генетической конструкции, «карбоксисомная инженерия» сулит большие перспективы для агротеха!
https://www.nature.com/articles/s41467-023-37490-0

#выходные_у_бластим