Хотите узнать, как с вашей специальностью можно войти в IT и Data Science? Начали программировать и где-то «застряли»? Столкнулись с датасетом, но не представляете, как подступиться к анализу данных? Python — самый популярный язык программирования, который позволит решить большинство задач.

Бластим открывает набор на вводный курс «Python для анализа данных в науке» специально для новичков. Мы начнем с самых основ, никаких prior knowledge не понадобится.

Преимущества:
— мы пересобрали программу и предусмотрели свободный формат, чтобы осваивать Python неспешно и оставлять время на усвоение знаний;
— результатом обучения будут полезные инструменты для работы, которые позволят экономить время за счет автоматизации задач;
— удобный тайминг: занятия по вечерам, полностью онлайн, а также записи лекций и поддержка кураторов в чате;
— удостоверение о повышении квалификации гособразца.

Программа подойдет биологам, химикам, врачам, биоинформатикам и всем любителям анализа данных. Вы с нуля научитесь эффективно преобразовывать, визуализировать данные и в итоге сможете претендовать на совсем другой уровень зарплат или даже сменить сферу деятельности.

Занятия с 16 мая по 15 июня по вторникам и четвергам, в сумме 30 часов.

🐍Зарегистрируйтесь до 20 апреля по ссылке ниже и забронируйте скидку в 10 тысяч. Если вы аспирант или студент — узнайте про специальное предложение, оставив заявку на консультацию: bit.ly/43FLL8G

Недавно мы делали подробный экскурс в фарму, где рассмотрели классификацию лекарств и ключевые этапы их разработки. А сегодня нырнем в гибридомную технологию получения моноклональных антител — важной группы биологических препаратов и основы таргетной терапии.

Моноклональные антитела — большие молекулы, очень специфично распознающие свою мишень в организме и применяемые для лечения множества заболеваний. Их нельзя синтезировать химически, так как они слишком сложно устроены. Для производства моноклональных антител используют биологические системы: вирусы, дрожжи, клеточные культуры и даже целые организмы. Методы получения антител можно разделить на две большие группы — гибридомные и дисплейные.

💊Метод гибридóм основан на получении особых клеток-гибридов, сочетающих в себе особенности В-лимфоцитов и опухолевых клеток. Для их наработки проводят иммунизацию животного (обычно мыши) — то есть вводят в него антиген. В ответ на это мышь вырабатывает множество специфичных к этому антигену В-лимфоцитов. Затем В-клетки выделяют из организма и объединяют с опухолевыми клетками (обычно — с клетками миеломы) в специальных условиях.

🔍Получившаяся гибридома «наследует» от В-лимфоцита способность вырабатывать антитела, а от клетки миеломы — способность к неограниченной пролиферации. В результате нескольких этапов селекции и скрининга (отбора наиболее специфично связывающихся с нужной мишенью гибридóм) отбирают самую подходящую гибридóму. Ее размножают, чтобы получить множество копий одной и той же клетки, которые будут нарабатывать только нужные антитела.

✅Главное преимущество метода в том, что это естественная, приближенная к живому организму система. На выходе получают полноценные молекулы растворимых антител, которые хорошо нарабатываются в больших масштабах.

⛔Но у гибридом есть и ограничения, главное из которых — небольшое количество молекул-кандидатов, которые удается проверить в одном раунде. Еще одна сложность — при таком подходе получаются антитела иммунизированного животного. Такие антитела чужеродны для человека, поэтому их необходимо гуманизировать («очеловечивать») — этим занимаются биоинформатики.

Подробнее об особенностях биопрепаратов рассказывает Равиль Ниязов во второй лекции курса «Из исследований в разработку фармпрепаратов».

#бластим_фарма
#бластим_технологии

Институт Теоретической и Экспериментальной Биофизики РАН приглашает принять участие в работе конференции «День ДНК-2023»!

25 апреля в ИТЭБ РАН отмечается День ДНК. Дата считается днем рождения молекулярной биологии, поскольку именно в этот день в 1953 году в Nature вышла легендарная статья Джеймса Уотсона и Фрэнсиса Крика. В этом году мы празднуем 70-летний юбилей открытия.

Двойная спираль совершила научную революцию и повлекла за собой целый ряд новых открытий, без которых нельзя представить современную жизнь.

В рамках мероприятия будут обсуждаться разнообразные вопросы, касающиеся работы с ДНК. Участниками конференции «День ДНК-2023» станут как ученые, проводящие исследования генов и геномов, так и представители разных компаний, предлагающих услуги по секвенированию и занимающихся разработкой секвенаторов.

Адрес проведения: Московская область, г. Пущино, Институтская, 3, большой конференц-зал.

Сайт мероприятия: bit.ly/41s19UF

Приглашаются все желающие!

#бластим_рекомендует

Наука не перестает удивлять! Свежие новости в подборке Бластима.

🌾Традиционные знания эфиопских фермеров оказались полезными для современной селекции пшеницы. Об этом рассказывает статья в PNAS. Мягкая пшеница, подходящая для хлебопечения, появилась в Эфиопии относительно недавно. А вот твердая пшеница востребована в местной кухне и издревле выращивается мелкими фермерскими хозяйствами. Эти сорта возникли на стыке традиционной селекции и естественного отбора и имеют уникальное генетическое разнообразие. Его поддерживают фермеры, которые ведут отбор не столько по продуктивности, сколько по адаптированности растений. Генетики объединили геномную селекцию с опытом местных растениеводов: они скрестили локальные сорта с элитными международными линиями и попросили аграриев выбрать предпочтительные для них гибриды. Оценки фермеров не только отлично предсказали урожайность пшеницы, но и указали на новые уникальные локусы, которые можно использовать в дополнение к известным молекулярным маркерам.
Подробности: https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2205774119

🍰Давно известно, что употребление каннабиса вызывает у людей чувство голода и гедонистическую полифагию. В новой статье в Current Biology этот феномен подтвердился и для модельной нематоды C. elegans. Исследователи купали червей в растворе эндоканнабиноида анандамида и помещали в лабиринт с вкусными и невкусными бактериями. Черви, получившие ванну с каннабиноидами, предпочитали потреблять более аппетитных и калорийных бактерий, причем кушали они дольше, чем трезвые сородичи и черви с выключенными каннабиноидными рецепторами. Реакция нематод на каннабиноиды сходна с поведением млекопитающих, что указывает на эволюционную консервативность каннабиноидной системы в контроле аппетита и энергетического гомеостаза. По-видимому, она возникла еще у предка C. elegans и позвоночных более 500 миллионов лет назад!
Подробности: https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(23)00301-9

🥦Нутрициологи советуют есть больше богатых клетчаткой овощей для поддержания здоровой микробиоты. Но клетчатка клетчатке рознь, выяснили британские ученые. Пищевые волокна — гетерогенная группа, и их состав серьезно влияет на сообщество микроорганизмов. Специалисты инкубировали фекальную микробиоту с 14 различными растительными субстратами и через 72 часа изучали продукты ферментации, обилие бактерий и их видовой состав. На сложных средах формировались более вариабельные сообщества. Кроме того, микробный профиль отличался на волокнах из листовых овощей и корнеплодов, а также сильно варьировал в зависимости от строения пектинов клеточных стенок. Проведенное исследование поможет в разработке диет для оптимизации кишечной микрофлоры.
Подробности: https://ami-journals.onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/1462-2920.16368

Кстати, совсем скоро у Бластима пройдет серия вебинаров по исследованию микробиоты. Следите за соцсетями!

#выходные_у_бластим

Антон Гопка — венчурный инвестор в сфере LifeScience — запускает свой курс Lead&Invest In Life Sciences From Lab To IPO!

📝Программа состоит из 8 лекций/8 практик + 8 консультаций тет-а-тет по вашему проекту/задаче. Подробнее о структуре курса и его преимуществах можно прочитать здесь: bit.ly/3oDi5ZM

📅На русском языке курс будет идти по выходным (в 7:00 по NY / 14:00 по Москве). Старт 29 апреля. Early-bird получат скидки при записи!

↪Можно заполнить форму, чтобы зарегистрироваться и пообщаться про курс с самим организатором: bit.ly/3L7wJzR

#бластим_рекомендует

🧬Отметим день ДНК отличной вакансией в молекулярной биологии!

Клонинг Фасилити — российская компания, которая создает инновации в области генной инженерии и синтетической биологии. Команда ищет старшего научного сотрудника с опытом работы и достижениями в молекулярной биологии.

Требования:

—Обязательно наличие научных статей.
—Идеальный кандидат любит глубоко вникать в научную литературу, не боится пробовать новое, владеет основными молекулярно-биологическими методами и английским на уровне чтения. Если что-то из этого не про вас, все равно стоит подавать заявку!

Условия:

—Работа в одной из самых сильных команд, занимающихся промышленной биотехнологией микроорганизмов.
—Лаборатория на территории ИБХ РАН.
—Рыночная з/п в зависимости от опыта и по результатам собеседования.
—Карьерный рост и увеличение з/п по мере профессионального роста.
—Испытательный срок 3 месяца. Оформление по ТК РФ.

Дедлайн: 1 мая

Если вакансия вас заинтересовала, пройдите по ссылке и ответьте на вопросы анкеты: bit.ly/3n6AJcc

Планируйте май и лето вместе с Бластимом!

🦠 Вебинары

Бластим x Knomx x Nobias Technologies представляют серию вебинаров об особенностях проведения исследований микробиоты человека методом секвенирования 16S рРНК. В рамках занятий вы получите практические рекомендации по проведению микробиомных исследований от стадии планирования до анализа данных.

17 мая — Сбор данных и биобанка: клинический этап.
Спикер: Владимир Романов

24 мая — Обработка биобанка микробиоты: лабораторный этап.
Спикер: Станислав Кошечкин

31 мая — Обработка данных: биоинформатика и статистика.
Спикер: Вера Одинцова

Зарегистрироваться на вебинары: bit.ly/3n5pT6e

🎓 Курсы

Запись открыта:

🆕 Python для анализа данных в науке
Освоим популярный язык программирования с нуля для решения большинства задач в датасайнс и биоинформатике. Старт 16 мая
Регистрируйтесь сейчас со скидкой: bit.ly/44fUizw

📌 Анализ NGS-данных
Летний поток курса по основным разделам NGS с качественной практикой. Старт 26 июня
Записаться: bit.ly/41I6l74

🆕 ML на Python для решения биоинформатических задач
Курс по основам машинного обучения для применения в своих исследованиях. Старт 29 августа
Узнать подробности: bit.ly/41Xanbo

Можно предзаписаться:

📌 Анализ данных РНК-секвенирования
Интенсив по анализу транскриптомов: bit.ly/40FGZ8j

Сохраняйте и делитесь с друзьями!

#бластим_курсы

#бластим_рекомендует

🧬 Уважаемые студенты, аспиранты и молодые ученые!

⚡Приглашаем Вас принять участие в научной конференции молодых ученых биотехнологов, молекулярных биологов, вирусологов, биофизиков и биоинформатиков, которая состоится в рамках Площадки открытых коммуникаций OpenBio, 26-28 сентября 2023 г. в наукограде Кольцово.

Секции конференции:
26.09 — вирусология;
26.09 — биоинформатика;
27.09 — биотехнология;
27.09 — биофизика;
28.09 — молекулярная биология.

◾К участию приглашаются ученые до 35 лет включительно;
◾Отбор осуществляется на основе тезисов;
◾Если у Вас нет возможности присутствовать лично, то организаторы обеспечат онлайн-включение. Возможно заочное участие с публикацией и выступление онлайн;
◾Отобранные тезисы будут опубликованы в сборнике конференции, размещенном в научной электронной библиотеке eLIBRARY с индексацией в РИНЦ и присвоением DOI каждому тезису.

⚡Тезисы принимаются до 1 августа

Ссылка на информацию о конференции и других мероприятиях OpenBio: https://www.openbio.ru/

На прошлой неделе мы рассматривали гибридомную технологию для наработки терапевтических антител. А в сегодняшнем посте кратко разберем альтернативный подход для получения иммуноглобулинов — фаговый дисплей.

🎯Дисплейные методы, как и метод гибридóм, начинаются с иммунизации животного. Этот этап нужен, чтобы получить антитела, из которых затем мы будем выбирать лучшее. Однако, в отличие от ограниченного набора антител-кандидатов в методе гибридóм, с помощью дисплейных методов можно «перебрать» сразу миллиарды последовательностей потенциальных антител.

🦠Самым популярным из всех дисплейных методов считается фаговый дисплей. Он заключается в том, чтобы «заставить» бактериофаг М13 выставлять на своей поверхности (от англ. display — отсюда название метода) фрагменты антитела. Каждый отдельный бактериофаг представляет последовательность только одного антитела, а в одной пробирке таких вирусных частиц могут быть миллиарды. Такие масштабы достигаются за счет высокопроизводительных методов молекулярного клонирования. Затем, в результате нескольких раундов селекции, из миллиардов потенциальных последовательностей отбирают единственный кандидат, который станет будущим антителом.

🐭Главное преимущество фагового дисплея — в огромном разнообразии молекул-кандидатов: в одном раунде удается «прогнать» миллиарды последовательностей. Также среди плюсов, которые отличают фаговый дисплей от метода гибридóм, стоит отметить возможность работы с полностью человеческими (а не мышиными) последовательностями, а также меньшие затраты времени — не нужно иммунизировать мышей, выделять из них В-лимфоциты и скрещивать их с клетками миеломы. В этом же кроется, пожалуй, и главный недостаток: фаговый дисплей — слишком искусственная система. На выходе мы получаем «огрызки» молекул — всего лишь вариабельные фрагменты, а не полноразмерные антитела. Не факт, что даже идеально связавшийся фрагмент-кандидат сможет наработаться в клетках.

💊Но, несмотря на свои ограничения, метод фагового дисплея остается очень популярным для получения моноклональных антител во многих фармацевтических компаниях. Если отработать лабораторный процесс до автоматизма, можно анализировать потенциальные антитела намного быстрее, чем с помощью гибридóм.

#бластим_технологии
#бластим_фарма

Впереди длинные выходные и мы с командой решили добавить к ленивым каникулам чуточку пользы!

С 29 апреля по 3 мая Бластим проводит День Открытых Дверей. Каждый сможет посмотреть избранные лекции самых популярных курсов (всего 106 часов):

📑Пакет для карьеры за рубежом (3 лекции)
🐧Введение в Linux (3 дня)
📊Статистика, R и анализ данных (3 дня)
💻Анализ NGS-данных (3 дня)
🧬Анализ РНК-секвенирования (2 лекции)
💊Из исследований в разработку фармпрепаратов (3 дня)

Среди бесплатных материалов будут подсказки по биологии и полезные гайды по программированию.

А еще можно поучаствовать беспроигрышной лотерее и получить одну из скидок в списке:

✨Скидка 10% на любой из курсов Бластим
💫Скидка 20% на любой из курсов Бластим
⭐Скидка 30% на любой из курсов Бластим
🔥Скидка 50% на курс «Анализ NGS-данных»
⚡Скидка 50% на курс «ML на Python для решения биоинформатических задач»
💥Скидка 80% на курс «Python для анализа данных в науке»

Регистрируйтесь сами и зовите друзей: bit.ly/4212SzW

Свежая порция новостей науки от Бластима для чтения на выходных!

🌱Карликовые и полукарликовые сорта пшеницы с подавленным гибберелиновым сигналингом устойчивы к полеганию и во многом обеспечили Зеленую революцию 1960-х. Однако нарушение фитогормонального баланса не проходит даром: растения с коротким стеблем имеют низкую эффективность усвоения азота и фиксации углерода, что приводит к снижению биомассы, размера колоса и веса зерна. Для поддержания высокой урожайности необходимо обильное азотное питание. Это требует внесения большого количества удобрений, что наносит ущерб окружающей среде. На этот раз ученые решили пойти иным путем и сделать редизайн полукарликовых сортов пшеницы без использования традиционных аллелей зеленой революции. Специалисты использовали природных мутантов с редкой делецией генов восприятия других гормонов — брассиностероидов, которые также вовлечены в контроль многих агрономических признаков. Им удалось получить компактные растения с куда лучшей урожайностью. Генетики предлагают получать такие короткостебельные сорта пшеницы и прочих зерновых для сельского хозяйства с помощью CRISPR-Cas9!
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41586-023-06023-6

🐸Некоторые виды, например, ядовитые лягушки-древолазы, предпочитают не прятаться от хищников, а отпугивать их предостерегающей окраской. Это называется апосематизмом, и проблема развития такой адаптивной стратегии давно беспокоит биологов. Действительно, как в популяции может закрепиться признак вызывающей окраски, если первая же особь-мутант станет легкой мишенью для хищников, которые не могут сразу распознать ее несъедобность или ядовитость? Статья в Science как раз на примере амфибий описывает эволюционную траекторию перехода от камуфляжной окраски к пестрой. Канадские и южнокорейские исследователи предполагают, что существуют промежуточные этапы между маскировкой к апосематизмом. В переходном состоянии демонстрация предупреждающего окраса хищникам происходит при непосредственном контакте, поскольку у таких земноводных с химзащитой ярко окрашены только конечности или брюхо.
Подробнее: https://www.science.org/doi/10.1126/science.ade5156

🍴Нервная анорексия — серьезное расстройство пищевого поведения. Несмотря на высокую летальность, пока заболевание описано как набор симптомов, а его этиология неясна. Известно, что в патогенезе участвуют как средовые факторы, так и генетика. В материале в Nature Microbiology датские ученые с помощью метагеномики фекальной микробиоты и метаболомики крови изучили, какую роль играют микробиом и виром кишечника в развитии болезни. Им удалось показать, что кишечные микробы через метаболиты крови способны влиять на процессы контроля мозгом аппетита, эмоций и поведения. Например, бактерии у женщин с нервной анорексией производят меньше витамина B1, дефицит которого связан с психофизиологическими нарушениям. Кроме того, микробиом пациенток был обогащен биохимическими путями деградации нейромедиаторов. А в сыворотке крови оказалось повышено количество соединений, связанных с регуляцией насыщения: желчных кислот и производных триптофана. Роль бактерий в патогенезе анорексии подтвердилась и в экспериментах с трансплантацией фекальной микробиоты человека мышам.
Подробнее: https://www.nature.com/articles/s41564-023-01355-5

Кстати, напоминаем, что в мае у Бластима пройдет серия вебинаров по микробиомике человека. Записывайтесь: bit.ly/3LGVkNC

#выходные_у_бластим